涮辣与辣椒属5 个栽培种亲缘关系的研究

 利用筛选出的11 对ISSR 引物对涮辣（Capsicum frutescens L. var. shuanlaense）和辣椒属5个栽培种[一年生辣椒（Capsicum annuum）、灌木状辣椒（C. frutescens）、中国辣椒（C. chinense）、浆果状辣椒（C. baccatum）和绒毛辣椒（C. pubescens）]共计71 份种质的DNA 进行PCR 扩增,共扩增出 112 条谱带,多态性平均为90.17%,材料间遗传相似系数在0.049 ~ 0.875 之间。在相似系数为0.31 时,涮辣与C. frutescens 聚在一组,说明涮辣属于C. frutescens。Capsicum frutescens var. shuanlaense 与C.annuum 亲缘关系最近,其次是C. chinense,与C. baccatum 亲缘关系较远,与C. pubescens 亲缘关系最远。相似系数为0.397 时,供试的66 份C. annuum 材料进一步分为7 个亚组,个旧皱壳辣、建水樱桃椒各自单独聚在一起,其它基本按长角椒（var. longum）、指形椒（var. dactylus）+ 短锥椒（var. breviconoideum）、灯笼椒（var. grossum）、樱桃椒（var. cerasiforme）和簇生椒（var. fascicutatum）聚类,与辣椒植物形态学分类结果大体一致。     

辣椒的起源、进化与栽培历史

辣椒起源于玻利维亚中南部年降雨量不到500 mm的半干旱区，属亚热带无霜区，最初原始野生种为多年生草本植物。野生辣椒的利用可追溯到8 000～7 500年以前，早期辣椒依靠飞鸟传播种子，生长区域从发源地玻利维亚逐渐扩大到南美洲、中美洲，再到北美洲西南部，在不同生态区进化产生10多个栽培种的近缘野生种和约20个非近缘野生种。辣椒栽培种由共同祖先Capsicum chacoense进化而来，紫花祖先迁移到安第斯高地，进化产生了绒毛辣椒（Capsicum pubescens）；白花祖先迁移到玻利维亚南部相对干燥的地区进化产生下垂辣椒（Capsicum baccatum），继续迁移到潮湿的亚马逊盆地，进化产生了一年生辣椒、灌木辣椒和中国辣椒的共同祖先。共同祖先继续向外迁移，在墨西哥和中美洲北部进化产生了一年生辣椒，在加勒比地区进化产生了灌木辣椒，在亚马逊河流域北部谷地进化产生了中国辣椒。辣椒的驯化是将野生种从原产地移出进行人工栽培开始，将易脱落、果实小、色泽单一、果实朝上的野生种，改变成不易脱落、果实朝下、肥大化及形状、颜色多样化、经济效益好的栽培种。一年生辣椒在墨西哥和中美洲最早进化，已有6...     

山东省栽培灵芝属菌株的分子特征

提取27个山东省栽培灵芝属菌株的基因组总DNA,PCR扩增获得其ITS序列,构建基于ITS序列的系统进化树。结果表明,供试灵芝菌株分布于3个聚类组,分别为Ⅰ组(Ganoderma lingzhi sp.nov.)、Ⅳ组(G.applanatum)和Ⅴ组(G.siense)。研究明确了山东省栽培灵芝属菌株的分类地位、亲缘关系和分子特征,为山东省灵芝属种质资源保护、遗传改良和新品种选育提供理论依据。     

最新辣椒属内种名汇编

辣椒属(Capsicum)的种的命名史曾经历过多次重复。当初林奈在他的著作《植物种志》(Species plantarum，1753)中将辣椒属分为两个种，即一年生椒C．annuum和灌木状椒C．frutescens；在之后的著作《曼迪沙植物志》(Mantisa plantarum，1767)中又添加了小樱椒C．baccatum和大椒C．grossum两个种。到19世纪末年。     

基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析

 以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。     

基于ITS序列的蔷薇纲二十六个物种遗传多样性分析

利用ITS序列对蔷薇纲的桔梗科、唇形科、菊科、豆科和蔷薇科5个科的26个物种进行了遗传多样性分析.结果表明:26个物种的ITS序列全长为580～815 bp,G+C含量约为60％;基于ITS序列构建的系统树表明,科内物种优先聚类,桔梗科和唇形科优先聚类后再与菊科聚为1支,豆科和蔷薇科为另1支.可见,ITS可以将不同科的物种区分开来,但对科间关系的确定存在一定局限性.因此,ITS序列最好结合其它如形态学、结构学和其它分子标记等多种分析手段才能更加准确地分析科间亲缘关系.     

云南灌木辣椒资源

辣椒属于茄科（Solanaceae）茄亚族（Solaninae Dunal）辣椒属（Capsicum）年生或多年生植物，起源于新大陆的热带和亚热带地区，具有极丰富的野生种和近缘种质资源，包括5个栽培种和20—30个野生或近缘野生种^[1]。     

利用nrDNAITS探讨雄性不育“YX-1”与宁夏枸杞的亲缘关系

采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.利用nrDNA ITS(核核糖体DNA基因内转录间隔区)序列,探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"与其它7份宁夏枸杞材料的亲缘关系.结果表明:首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其它7份枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559～633 bp,平均为612 bp,初步从基于ITS序列得出的NJ聚类图可以判断枸杞雄性不育"YX-1"在DNA水平与其他7个枸杞品种存在差异,其与四倍体88024亲缘关系较近.基于nrDNA ITS区序列分析可作为探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"亲缘关系的一种新方法.     

基于叶绿体rRNA ITS序列的兰科植物系统发育关系分析

叶绿体DNA(Chloroplast DNA,cpDNA)中的反向重复序列中的非编码区对于陆生植物的进化研究非常有指导意义,被越来越广泛的应用在不同的分类阶元的系统研究中.该研究在叶绿体rRNA ITS 序列的保守区设计引物,PCR扩增得到450 bp左右的叶绿体rRNA从4.5 S到5 S的片段,扩增产物直接测序,进而依据叶绿体rRNA ITS基因序列分析了兰科植物(Orchidaceae)的33个品种材料(12个兰属品种,14个兜兰属品种,7个石斛属品种)间的亲缘关系.通过最简约性分析产生的叶绿体rRNA ITS系统树表明,石斛属和兜兰属为两个自然类群,兰属可能为一多源组.兰属的碧玉兰位于系统树的基部,构成其余各种的姐妹支.兜兰属的白花兜兰、麻栗坡兜兰独立于属内其他种而自成一支.由于兰科植物叶绿体rRNA ITS序列变异率较低,最简约分析产生的分支得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属之间的关系也不明确.对兰科植物系统发育关系的研究尚需要更多的证据.     

广东辣椒上首次检测到西瓜银斑驳病毒

2014 年在广东辣椒产区发现疑似番茄斑萎病毒属（Tospovirus）病毒侵染引起的辣椒褪绿坏死环斑症状。Dot-ELISA 检测显示,该病毒分离物与番茄斑萎病毒（Tomato spotted wilt virus,TSWV）单克隆抗体不产生血清学反应,表明该病毒不属于TSWV。利用Tospovirus 属病毒通用引物gL3637/gL4435C进行RT-PCR 检测,可以从所有辣椒病样总RNA 中扩增出预期大小约800 bp 的目的片段。基因克隆与序列分析表明,该片段序列与西瓜银斑驳病毒（Watermelon silver mottle virus,WSMoV）中国广州分离物的同源性最高,为97.5%。系统进化分析也显示,该病毒分离物与WSMoV 各分离物亲缘关系最近,并聚类在一个分支。因此,侵染广东辣椒的病毒分离物为WSMoV。     

基于细胞核ITS序列的变叶海棠起源新证据

在利用ITS序列初步证明苹果属植物变叶海棠(Malus toringoides Hughes.)杂种起源的基础上,对其3个自然居群(马尔康雅尔珠林场、柯河和下阿坝)47个样品(其中18个新样品)的核糖体DNA的ITS区进行了进一步测序分析。以窄叶海棠(M.angustifolia Michx.)、草原海棠(M.ioensis Britt.)和台湾林檎(M.doumeri Chev.)作为外类群,结合已报道的变叶海棠的ITS序列,对变叶海棠及其假定亲本的种间特异位点和系统进化关系进行了分析,并用软件RDP3beta27对变叶海棠的ITS序列进行了重组检测。结果表明,变叶海棠居群有3种ITS拷贝变异类型:1)与陇东海棠(M.kansuensis Schneid.)相似的ITS拷贝;2)与花叶海棠(M.transitoria Schneid.)相似的ITS拷贝;3)杂合的ITS拷贝。在ITS基因树上3类ITS拷贝分别与2个推测亲本单独聚在一支(自展值分别为100%和92%);杂合的ITS拷贝虽与花叶海棠聚在同一大支(B),但杂合的ITS拷贝在B支内形成具有94%自展值支持的次级分支。重组检测支持杂合ITS拷贝是假定亲本ITS重组进化的产物。上述结果为变叶海棠的杂种起源提供了进一步的分子证据。     

濒危植物太行菊与长裂太行菊的ITS序列分析

对太行菊属（Opisthopappus）的太行菊（O. taihangensis）和长裂太行菊（O. longilobus）13个种群的核糖体DNA ITS进行测序,分析不同种、不同种群间的ITS序列差异。结果表明：排序后的ITS序列总长度为682 bp,含有15个简约信息位点;根据ITS序列差异共确定出18种单倍型,太行菊和长裂太行菊种群均表现出高的单倍型多样性和核苷酸多样性;两个种均有独有的单倍型,又有共有单倍型;聚类分析表明18种单倍型形成明显两支,Hn1和Hn8分别位于两支的中心为祖先单倍型。ITS序列将太行菊和长裂太行菊13个种群聚类成一个单源支系,但长裂太行菊中两个种群（林虑山LLS和石板岩SBY）与太行菊种群聚为一支,显示出两种之间存在着基因交流或杂交。在进化过程中,长裂太行菊可能经历了长距离侵殖,太行菊在太行山隆升之前经历了种群的扩张,随着太行山的隆升逐渐形成现今的分布格局。     

中国猴头菌属真菌分子系统学研究

在传统分类的基础上结合分子系统学方法对我国猴头菌属真菌进行分类学研究,结果表明,我国猴头菌属分3个种,即猴头菌（Hericium erinaceus）、珊瑚状猴头菌（H．coralloides）和冷杉猴头菌（H．abietis）。ITS序列聚类分析获得18份材料,遗传相似系数范围为0．018～0．453,冷杉猴头菌与猴头菌的亲缘关系较近,而与珊瑚状猴头菌的亲缘关系较远。     

猕猴桃DNA条形码标记的筛选

以5种野生猕猴桃为试验材料,采用DNA条形码技术,对6个DNA条形码标记rbcL、matK、psbA、trnL-F、ITS、trnH-psbA进行序列分析,筛选出能鉴别猕猴桃种间分子差异的DNA条形码,以期利用DNA条形码技术用于猕猴桃育种。结果表明:通过序列碱基含量分析,trnL-F和ITS条形码序列的GC含量最高,为51.1%~55.2%,trnH-psbA的GC含量最小,约为32.0%;通过Blast比对,结果显示5个猕猴桃野生种与基因库中已登录种类的6个DNA条形码相似度在99%以上,而有些与基因库中已登录种类有所差异,体现出猕猴桃种内的遗传多样性或种间存在基因渗透;从系统进化树结果分析显示,ITS标记能将上述5个野生种明显区分,基因进化多样性两两比对分析显示,5个猕猴桃野生种之间差异明显;Tajima’s中性检验中,trnL-F,ITS和matK具有较高的核苷酸多样性和中性检验值。研究比较了6种DNA条形码标记,认为ITS种间多样性较高,差异明显,较适宜作为猕猴桃DNA条形码。     

基于ITS序列探讨核果类果树桃、李、杏、梅、樱的系统发育关系

测定了桃属(Amygdalus L. ) 8个野生种的ITS序列, 并结合GenBank中已有的3个近缘属(李属、杏属和樱属) 18个代表种的ITS数据, 组成数据距阵, 应用PAUP程序中的最大简约法构建了核果类果树桃李杏梅樱的系统发育关系。结果表明: 基因树上, 桃李杏梅樱类植物被分成2大分支, 樱属(Cerasus Mill. ) 各个种构成一单系分支(CladeⅠ) , 并与其余各属构成另一单系分支, 形成姊妹群关系位于系统发育树的基部, 自展支持率分别为68%; 而李属( Prunus L. ) 、杏属(Armeniaca Mill. ) 和桃属(Amygdalus L. ) 聚在一起构成另一个单系分支(CladeⅡ) , 得到了Bootstrap值的有力支持(100% ) , 表明它们三属之间可能存在很近的亲缘关系或具有共同的起源。在CladeⅡ分支内又分成两支, 一支为桃属, 一支为李属和杏属, 其自展支持率为100%和54%。最后根据ITS基因树并结合各属的形态特征及地理分布讨论了核果类果树的进化和分类问题。     

不同产地柴胡种子的微观及分子鉴定

以收集的28份柴胡种子为试材,采用种子外观鉴定和DNA分子鉴定相结合的方法,研究了28份柴胡种子间的亲缘关系,以期为DNA条形码和种子的形态特征结合来鉴定柴胡种子提供参考依据.结果 表明:利用ITS2分析北柴胡种子的序列聚为一支,黑柴胡聚为一支,抱茎柴胡与窄竹叶柴胡聚为一支,有很好的单系性,与柴胡种子形态特征的分析结果一致.     

中国扁桃亚属植物亲缘关系及其演化途径研究

 对中国分布的扁桃亚属7个种的植物学性状、核ITS序列以及叶绿体psbA-trnH序列进行了比对分析,以期了解其亲缘关系及演化途径。结果表明,扁桃和矮扁桃,长柄扁桃和榆叶梅,西康扁桃和蒙古扁桃的亲缘关系分别相近。结合其起源及地理分布初步推测：矮扁桃为原始种;3条进化路径分别为：（1）由矮扁桃进化为扁桃,（2）由矮扁桃先进化为西康扁桃再至蒙古扁桃,（3）由矮扁桃先进化为榆叶梅再至长柄扁桃。     

基于ITS和matK序列探讨新疆野苹果与中国苹果的系统演化关系

 以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malus sieversii（Ledeb.）Roem.]、9份中国苹果品种（Malus × domestica subsp. chinensis Li.）、1份森林苹果（M. sylvestris Miller）种质为试材,进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA internal transcribed spacers,ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyrus communis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver. 4.0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换/颠换比率、序列间成对距离,以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明,采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589 ~ 594 bp,含有148个简约信息位点,转换/颠换比率（R）为1.029;MatK序列长度为1 451 ~ 1 461 bp,没有复制子Ⅱ序列,含有16个简约信息位点,转换/颠换为1.442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内,新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MatK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内,但自展支持率低。由此说明,中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术对42份蔷薇属（Rosa L.）种质资源（包括13份野生种、变种、变型及29份栽培品种）的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~14个,平均8.2个。材料间遗传相似系数变化范围为0.282~0.892,表明在分子水平上云南省蔷薇属植物具有丰富的遗传多样性。本研究发现,在相似系数为0.456时,基于SSR标记的聚类分析可以将 13个蔷薇野生种明显分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0.43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群;同时初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的遗传亲缘关系。     

牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用

利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。