鹅新城疫病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

本研究拟建立一种能在基层实时、便捷诊断鹅新城疫病毒（goose Newcastle disease virus，GNDV）的检测方法。根据GenBank中公布的GNDV F基因的高度同源保守序列设计特异性引物，并在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂，建立可视化RT-LAMP检测方法。结果显示，建立的方法能特异地检测出GNDV及NDV Lasota疫苗株，而小鹅瘟病毒（GPV）、禽流感病毒（AIV）、鸭坦布苏病毒（DTMUV）等其他病毒均为阴性。所建立的GNDV可视化RT-LAMP检测方法对RNA的最低检测限为10 pg，反应过程不需PCR仪等复杂的仪器，50 min即可完成反应，可经肉眼观察反应体系颜色判定结果。该方法特异性强、灵敏度高，且操作安全、简便、快捷，可满足基层筛查GNDV的需求。     

非洲马瘟病毒可视化RT-LAMP现场检测方法的建立

为建立非洲马瘟病毒(AHSV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据AHSV外衣壳蛋白(VP7)基因保守序列设计2对特异性引物,通过反应条件优化建立了AHSV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,本实验所建立RT-LAMP方法的最佳反应条件为62℃1 h;利用该方法检测进口灭活冻干疫苗中的9个血清型AHSV以及马流感病毒、马传贫病毒、马动脉炎病毒和蓝舌病病毒的RNA,结果显示所有血清型AHSV RNA检测均为阳性,其它病毒RNA检测为阴性,该方法特异性较强;该方法最低可检测到3.2×10~(-9)ng/μL的RNA,敏感性是普通RT-PCR方法的1 000倍。利用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对35份马血和5份驴血样品同时进行检测,结果显示二者阳性和阴性符合率均为100%。本研究在国内外首次建立了AHSV 9种血清型的可视化RT-LAMP检测方法,其具有特异性强、敏感性高、快速和高通量检测的优点,为非洲马瘟(AHS)快速的可视化现场诊断提供可行方法。     

禽流感病毒RT-LAMP检测技术的建立

根据GenBank中禽流感病毒(AIV)M基因序列,设计针对所有亚型AIV的通用检测引物,并对反应条件进行优化,建立了检测AIV的逆转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)可视化检测方法。结果表明,建立的检测方法对禽流感病毒总RNA最小检出限为10fg,灵敏度为RT-PCR的1 000倍,能特异地检测出所有不同的HA亚型禽流感病毒,对其他禽呼吸道病原体无扩增反应;本方法快速,在常规水浴锅或金属恒温槽中50min就可完成,反应结束后不需开盖即可直接用肉眼根据反应液的颜色变化对结果进行判定。本研究建立的禽流感病毒RT-LAMP可视化检测方法具有操作简便、仪器设备要求简单、灵敏、快速、特异等优点,适合在基层进行AIV的快速早期筛检。     

新型鸭呼肠孤病毒可视化检测方法的建立与应用

为了快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),试验针对NDRV保守序列设计特异性引物,将RT-LAMP技术与荧光染料钙黄绿素结合,建立NDRV钙黄绿素可视化RT-LAMP快速检测方法,并对该方法的反应温度、时间及体系进行优化,检测该方法的特异性和敏感性,同时采集12份临床疑似NDRV感染的病料分别用钙黄绿素可视化RT-LAMP方法和常规RT-PCR方法进行检测,比较两者的阳性检出率。结果表明:成功构建NDRV钙黄绿素可视化RT-LAMP快速检测方法;优化后的反应温度为66℃,反应时间为50 min,反应体系中Mg~(2+)浓度为3.0 mmol/L,甜菜碱浓度为0.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.3 mmol/L,Bst DNA聚合酶的浓度为0.32 U/μL,AMV反转录酶的浓度为0.14 U/μL,内外引物浓度比为10∶1,环外引物浓度比为4∶1。该方法可特异性检测出NDRV;对NDRV的最低检测量约为200 fg;用该方法对临床疑似NDRV感染的病料进行检测,阳性率为91.67%,而常规RT-PCR方法阳性率为83.33%,并且钙黄绿素可视化RT-LAMP方法能通过颜色变化观察反应结果。说明试验建立的RT-LAMP检测方法特异性好,敏感性强,读取结果更方便直观。     

牛轮状病毒RT-LAMP快速检测方法的建立

本研究旨在建立一种快速可视化检测牛轮状病毒(BRV)的反转录-环介导恒温扩增方法(RT-LAMP)。根据BRV的群特异性基因VP6设计一套LAMP引物,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了恒温(63.5℃)、快速(45 min)的检测方法。结果显示:所建立方法特异性好,检测其他对照病毒均为阴性;灵敏度高,最低可检测到1个拷贝的阳性质粒,扩增产物经酶切分析结果正确,扩增结果可通过观察浑浊度或加入染料后直接判定。建立了用于检测BRV的RT-LAMP方法,该方法简便、快速、特异性好、灵敏度高,适合基层和现场检测。     

快速检测小反刍兽疫病毒RT—LAMP方法的建立

本研究采用一步法反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)建立了一种快速、灵敏、高度特异的检测小反刍兽疫病毒(PPRV)的方法.针对PPRV-N基因保守区域设计4条引物,在Bst大片段聚合酶的作用下,可以实现DNA的梯状等温扩增.优化RT-LAMP的反应体系,并检验其灵敏性、特异性.一步法RT-LAMP检测方法从核酸抽提到检测结果出现仅需70 min,该方法具有良好的特异性,与同属的犬瘟热病毒无交叉反应,灵敏度是RT-PCR的1 000倍,是巢式RT-PCR的100倍.结果证明,RT-LAMP方法可快速、灵敏、特异、经济地检测PPRV,在基层和实验室都具有良好的应用前景.     

猪繁殖与呼吸综合征RT-LAMP检测方法的建立和初步应用

根据Genbank上已报道的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因组序列设计了2对LAMP引物(P-F3/P-B3、P-FIP/P-BIP),通过反转录-环介导等温扩增技术(RT-LAMP)反应条件的优化,建立了猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)RT-LAMP检测方法,并通过酶切的方法对阳性结果进行了验证。本方法最低可以检测到反应体系内1pg的PRRSV的RNA,表明本方法具有较高的检测灵敏度;通过在反应中加入SYBR-Green I荧光染料后可以方便地用肉眼对试验结果进行可视化判定。所以,本研究建立的PRRSV的RT-LAMP检测方法能够满足基层临床PRRSV病原的快速检测要求。     

非洲马瘟病毒RT-LAMP检测方法的建立

为了建立非洲马瘟病毒(AHSV)环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)快速检测方法,基于AHSV VP7基因保守序列,设计2对特异性扩增引物。通过对反应体系中各组分浓度,反应温度及时间的优化,建立了快速、灵敏的AHSV RT-LAMP检测方法,并对该方法特异性、灵敏度、重复性进行探索。结果表明,在63℃恒温下反应45min,便可进行高效率的特异性扩增。反应产物经琼脂糖凝胶电泳和染料可视化鉴定,能够快速有效检测AHSV。用建立的方法检测马属动物易感的4种疫病病原,结果均为阴性,证实具有较高的特异性。灵敏度是RT-PCR的1 000倍。建立了AHSV RT-LAMP检测方法,具有快速、特异、灵敏、操作简单、设备要求低的特点,适合用于现场AHSV快速检测。     

美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP可视化快速检测方法的建立与应用

为建立一种快速诊断美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(NA-PRRSV)的可视化检测方法,根据GenBank已发表的美洲型PRRSV经典病毒株JXA1序列,运用在线生物软件设计合成并筛选出1组引物,通过反应体系优化,建立了NA-PRRSV RT-LAMP可视化快速检测方法,并验证了该方法的特异性、敏感性,同时开展了初步临床应用。结果显示:该方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,可检测病毒RNA模板的最低浓度为10 copies/μL;应用该方法检测30份临床样品,结果与实时荧光RT-PCR方法符合率为100%,进一步证实了该方法的可行性。结果表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、可视等优点,适用于NA-PRRSV的现场快速检测。本研究为NA-PRRSV的快速、准确鉴别提供了有效手段。     

流行性乙型脑炎病毒一步法RT-LAMP检测方法的建立

为建立一种简便、快速、灵敏、特异的乙型脑炎病毒(JEV)检测方法,本研究根据GenBank中登录的25株流行性JEV基因组序列,设计3对特异性的环介导等温扩增(LAMP)引物,优化反应体系,建立了一步法反转录-LAMP(RT-LAMP)检测方法。该方法检测时间短,灵敏度比常规RT-PCR方法高,可检测出103TCID50/0.2mL JEV;特异性强,对猪细小病毒、猪圆环病毒、伪狂犬病毒、猪瘟病毒等常见猪病毒均无交叉反应。结果判定时只需要在扩增产物中加入SYBR GreenⅠ染料,就可以直接在可见光或紫外光下观察颜色变化。该方法简便快捷,省时省力,是一种适用于基层实验室快速、准确检测流行性JEV的方法。     

猪瘟病毒RT-LAMP检测方法的建立及初步应用

为建立猪瘟病毒(CSFV)可视化逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法,从GenBank下载不同基因亚型CSFV分离株全基因序列,通过引物设计, RT-LAMP反应体系优化,建立了检测CSFV的RT-LAMP方法。该方法特异性和敏感性好,对CSFV cDNA最低检测限量为1.0×10~(-7) ng/μL,不能检测到非目标病毒核酸。对临床送检的100份疑似CSFV感染样品进行检测,检出13份CSFV阳性,其中10份和RT-PCR检测结果一致,另外3份的RT-PCR检测结果呈阴性,同时对比发现RT-LAMP方法的敏感性比常规RT-PCR方法高100倍。本研究为CSFV检测提供了可供选择的方法。     

基于PEDV M基因RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

为建立一种快速、灵敏、方便的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)早期诊断方法,本研究针对PEDV的M基因片段设计了4条引物,对反应体系的时间、温度进行了优化,对试验的特异性和敏感性进行了评估,初步建立了逆转录环介导恒温扩增技术(RT-LAMP)。结果表明,建立的PEDV RT-LAMP方法在65℃恒温下扩增60min,可通过琼脂糖凝胶电泳或SYBR Green I染料肉眼判断结果,灵敏性较普通RT-PCR高100倍。该方法与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)等无交叉反应,具有良好的特异性。采用该RT-LAMP对100份临床疑似发病粪便拭子、小肠组织、初乳样本进行检测,结果较RT-PCR更灵敏。因此,本研究初步建立了可用于临床PEDV检测的RT-LAMP检测方法,为PEDV的临床快速诊断和综合防控提供了一种新的手段。     

二重荧光RT-LAMP方法鉴别检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒

口蹄疫和水泡性口炎是牛常见高度急性病毒传染病,在全球范围内广泛存在。本研究旨在建立一种可同时鉴别口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据口蹄疫病毒(FMDV)3D基因和水泡性口炎病毒(VSV)N基因的保守序列,设计了2套特异性引物,在每条内引物的5′端标记荧光基团,通过扩增产物颜色判断检测结果。优化反应条件,建立了可同时检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP方法。结果显示,该方法灵敏性高,每个反应最低能够检测到100个拷贝混合模板;特异性好,能在同一个反应管里检测到两种病毒,对其他牛病原体无扩增;干扰性小,扩增效率不受模板浓度影响。本研究建立的口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒二重荧光RT-LAMP方法具有简便、快速、特异、敏感等优点,可用于FMDV和VSV的临床检测和流行病学调查。     

B亚型禽偏肺病毒RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

利用Primer Explorer V4在线软件设计针对B亚型禽偏肺病毒(aMPV)F基因的特异性引物,并从反应时间、温度、各组分浓度等方面优化了反应体系和反应条件,建立了B亚型aMPV逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法.该方法能够在63℃条件下1h内实现B亚型aMPV F基因片段的特异性扩增,与其他病毒,如H9N2亚型禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)等的核酸无交叉反应.反应结果可直接用肉眼判断.对质粒DNA的最小检测量为1×102拷贝/μL.利用建立的检测方法对20份疑似aMPV样品进行检测,其阳性检出率为10％.结果表明,建立的B亚型aMPV RT-LAMP检测方法具有快速、准确、特异性强、灵敏度高的特点,可应用于相关疾病的临床诊断.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP检测方法的建立

针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因设计了2对特异性引物,建立了快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,并进行了酶切鉴定以及特异性、灵敏性和临床试验确定。酶切鉴定试验结果与RT-LAMP结果完全符合;特异性试验结果表明本研究所建立的RT-LAMP检测方法只针对猪繁殖与呼吸综合征病毒;灵敏度试验结果显示RT-LAMP是RT-PCR方法的100倍;临床试验中RT-LAMP方法的检出率与病毒分离的符合率为100%。本检测方法操作简单,不需要复杂的仪器,是适合基层和现场检测而无需送至诊断实验室的快速灵敏实用的分子生物学检测方法。     

犬瘟热病毒野毒株与疫苗株鉴别检测RT-LAMP方法的建立

为建立一种鉴别犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的反转录-环介导等温扩增方法(RT-LAMP),本研究通过比对野毒株与疫苗株H基因设计特异性引物,对反应体系中的Mg2+、Betaine、Bst DNA Polymerase、dNTP和反应温度等条件分别进行优化,建立用于鉴别检测CDV野毒株与疫苗株的RT-LAMP。建立的RT-LAMP方法检测CDV野毒株时,在65℃水浴锅中反应40 min即可完成。该方法具有高度特异性,对犬细小病毒、犬腺病毒、狂犬病毒、犬冠状病毒无交叉反应,敏感度可达40 copies/μL,是常规RT-PCR方法的100倍。     

猪急性腹泻综合征冠状病毒RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

为建立简捷、灵敏的猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)检测方法,本研究针对SADS-CoV N基因片段保守区域设计特异性的反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)引物,经条件优化后显示建立的SADS-CoV RTLAMP检测方法最佳反应条件为64℃,50 min,初步建立SADS-CoV的RT-LAMP快速检测方法。利用该方法检测SADS-CoV、猪流行性腹泻性病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪轮状病毒(PoRV)和猪肠道病毒9型(PEV9),评估其特异性,结果显示除SADS-CoV外,该方法与其它病原无交叉反应,特异性较强;将病毒RNA 10倍倍比稀释后作为模板,利用该RT-LAMP与普通RT-PCR同时检测,结果显示,RTLAMP方法比普通RT-PCR方法的敏感性高10~3倍,敏感性较高。以同一批次或不同批次的SADS-CoV核酸为模板进行RT-LAMP试验,结果显示RT-LAMP批内批间均可稳定的检出阳性样本,表明该方法具有良好的重复性和稳定性。对经口服感染SADS-CoV和未感染仔猪的临床样本进行检测,结果显示RT-LAMP与普通RT-PCR检测结果高度一致。本实验首次建立的SADS-CoV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高,操作简便、快速和高通量检测的优点,为临床SADS-CoV感染的快速诊断和综合防控提供检测手段。     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的M基因编码区序列,分别设计合成3组引物,通过对引物的筛选和反应条件优化,建立了PEDV RT-LAMP可视化快速检测方法。灵敏度和特异性试验结果显示,本方法在65℃45 min对PEDV的检测灵敏度为2 copies/μL,与猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应。利用该方法对30份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量RT-PCR检测结果一致。试验表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于PEDV现场快速检测。     

可视化的RT-LAMP方法检测禽白血病病毒

本研究旨在建立一种快速检测禽白血病病毒(ALV)的RT-LAMP方法.根据GenBank中ALV序列,在其保守序列区域设计了多套LAMP引物,通过LAMP Real-time Turbidimeter仪对ALV的LAMP引物、反应体系及反应进程进行监测和分析,以评价该方法的特异性和敏感性,并对加入SYBR Green Ⅰ肉眼判定与仪器监测结果进行比对.结果表明:建立的RT-LAMP方法在63℃水浴中36 min可对ALV核酸进行高效扩增,在反应结束后加入SYBR Green I肉眼判断结果与Real-time Turbidimeter仪检测结果一致;该方法具有很强特异性,对其它相关鸡病病原检测结果均为阴性;其检出限量为14.2 pg·μL-1,显示出很高的敏感性;用建立的LAMP方法对24个样品进行检测,结果表明LAMP法与其原检测结果基本一致;本研究建立了可对ALV进行快速检测并可肉眼判定结果的可视化RT-LAMP方法,其操作简便、无需昂贵设备,适用于ALV的快速检测.     

牛轮状病毒RT-LAMP检测方法的建立

建立一种适用于牛轮状病毒(BRV)的反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)的快速检测方法。根据GenBank中登录的BRV VP7基因序列,针对其保守区设计了4条引物,利用RT-LAMP方法进行检测,并优化了反应体系与反应时间,检测了该方法的特异性和灵敏度。结果表明,该方法在等温条件下只需要50min就能检测出结果,与普通RT-PCR相比,具有较短的检测时间、良好的特异性和较高的灵敏度。论文针对BRV建立的RT-LAMP快速检测方法操作简便、无需昂贵设备、结果可视,适用于BRV在基层的快速检测。