TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3（transforming growth factor beta 3，TGFβ3）基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性，并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术，以F0代个体的DNA为模板，筛选TGFβ3基因外显子区的SNP，并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证，进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现，TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点，即SSC7：105179474 G > A，表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明，SSC7：105179474 G > A与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关（P < 0.01），与猪腰椎数无显著相关（P > 0.05）。χ²适合性检验发现，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。综上所述，TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁，SSC7：105179474 G > A位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

猪蛋白酪氨酸磷酸酶-1B基因第7内含子多态性与猪脂肪沉积性状的关联性

本研究旨在分析蛋白酪氨酸磷酸酶-1B(PTP-1B)基因部分SNP与猪脂肪沉积性状的关联性。选取国外瘦肉型猪种大约克夏16头、长白猪21头和中国脂肪型地方猪种梅山猪22头以及"大白×梅山"F2代资源家系213头为研究材料,利用PCR-Eco88I-RFLP方法检测PTP-1B基因第7内含子序列存在G/A突变的多态性,并进行方差分析。结果表明,大白和长白猪种为单一的A等位基因,而梅山猪种以杂合子GA基因型为主,对213头"大白×梅山"F2代资源家系进行性状关联分析,该位点与猪板油质量、内脂率、胸腰椎间背膘厚等脂肪沉积性状显著相关(P<0.05),且杂合子GA基因型个体的板油质量和内酯率都最低(GA基因型个体相似文献   

嘉兴黑猪ESR2和FSHβ及PRLR基因多态性与繁殖性状相关性分析

本研究旨在检测嘉兴黑猪ESR2、FSHβ和PRLR基因的多态性及其对繁殖性能的影响。通过聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)检测嘉兴黑猪273个个体8个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性,并与母猪繁殖性能(总产仔数、产活仔数、死胎数、两胎间隔和初生均重)开展关联分析。结果表明:ESR2基因外显子1的A221G与母猪的总产仔数、产活仔数、死胎数和初生均重显著相关(P0.001),PRLR基因的A13901T影响总产仔数、产活仔数、死胎数和初生均重(P0.001);上述2个位点合并基因型分析表明基因型为AA-TT和AGTT的个体繁殖性状显著高于其他部分基因型个体(P0.001);其余位点并未发现与繁殖性状显著关联(P0.05)。本研究与常用的ESR2、FSHβ和PRLR基因酶切位点分析不同,筛选并确定了8个嘉兴黑猪新的SNP位点,其中2个位点和繁殖性状紧密相关,这为提高嘉兴黑猪种群的遗传育种水平和生产繁殖能力提供了理论支撑。     

猪ROCK2基因多态性及其遗传效应分析

为了探究猪ROCK2基因多态性及其与生产性状的关系,试验采用焦磷酸测序法检测了ROCK2基因编码区145 bp序列中5处潜在的SNP中的3个(A27G、C42T和T61C)在大白猪、长白猪、梅山猪、清平猪4个猪种和大白×梅山F2代资源家系中的基因频率,并进行了遗传变异分析及生产性状关联分析。结果表明:3个SNP的优势等位基因在国外猪种和国内地方猪种间没有差异,分别为A、C和T;A27G位点与皮率和胸腰椎间背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一颈椎背膘厚和至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);C42T位点与至第一颈椎背膘厚呈显著相关(P0.05),与至第一肋胸背膘厚呈极显著相关(P0.01);T61C位点与皮率、背最长肌和股二头肌大理石纹评分呈显著相关(P0.05),与股二头肌p H值呈极显著相关(P0.01)。说明这3个SNP很可能是影响猪生产性状的分子标记。     

香梅F1代猪PRKAA1基因对肉品质和屠宰性能的影响

为了探究单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMPK)家族PRKAA1基因多态性对香梅F1代猪(从江香猪♂×梅山猪♀)肉品质和屠宰性能的影响,以PRKAA1基因为候选基因,运用PCR扩增结合直接测序法,对香梅F1代猪PRKAA1基因外显子区域SNP位点进行筛选,并分析不同基因型与肉用性状间关联性。结果显示:在试验群体中第7外显子75 bp处存在A/G突变,命名为g.75AG;遗传学分析发现,AG为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,g.75AG属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析显示,AG型个体胴体重、棕榈酸指标均显著高于AA、GG型(P0.05),AG和GG型个体瘦肉重显著高于AA基因型(P0.05)。结果表明:PRKAA1基因第7外显子g.75AG位点突变对香梅F1代猪胴体重、瘦肉重及棕榈酸具有一定调控作用。     

利用GWAS筛选影响野猪被毛表型变异的候选功能基因

识别野生动物群体内潜在影响动物表型变异的相关基因是进化遗传学研究的主要目的,而动物毛色是研究动物被毛表型形成遗传机制的最佳模型之一。应用Illumina公司提供的猪60 k SNP基因芯片对选取的62只不同被毛表型的野猪个体进行基因分型,利用SNP分析结果,通过对照全基因组关联分析（GWAS）识别影响野猪被毛表型差异的相关变异。结果表明,识别了6个与野猪被毛表型相关的基因组变异区域,分别位于SSC1（ALGA0001794,ASGA0006416）、SSC2（ASGA0011559）、SSC6（H3GA0018683）、SSC7（ASGA0035535）和SSC14（ASGA0060641）;最显著相关的SNP（ALGA0001794）位于猪1号染色体上（SSC1）的27 899 596-27 899 696 bp区间（P=2.96×10-（-5））。该研究初步鉴定了6个与野猪毛色性状相关的易感位点,为进一步研究野猪不同毛色性状的形成机制提供了基础。     

猪MSTN基因的多态性和生长性状关联分析

基于肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因结构及功能研究报道,将其作为猪生长发育性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪分子遗传标记提供依据。本研究以长白猪、大白猪、杜长大、通城猪、莱芜猪、五指山猪6个不同猪种基因组DNA为模板,通过克隆测序鉴定MSTN基因启动子区、第1内含子区、第2内含子区、第1外显子区、第2外显子区及3′UTR区SNPs位点;以长白猪和杜长大2个试验猪群为材料,利用基质辅助激光解吸飞行时间质谱法对MSTN基因进行SNP分型。建立最小二乘法分析模型,利用SAS软件分析数据。结果表明:在6个猪种76个个体中,共筛选出16个SNPs,其中有4个位于启动子区,5个位于第1内含子,7个位于第2内含子,在外显子1、外显子2和3′UTR区域并未检测到SNP位点。对MSTN基因的4个SNPs位点(P1、P3、P4、P5;其中P1、P3、P4位于启动子区,P5位于内含子1区)的生长性状关联分析显示,P4和P5 2个位点的多态性与猪生长性状显著相关(P<0.05)。P4和P5 2个位点具有作为分子标记辅助猪育种的潜在应用价值。     

加系大白猪乳头数性状的全基因组关联分析

乳头数是母猪重要繁殖性状,影响断奶仔猪存活率。研究者对不同品种和品系的猪相继开展了乳头数性状相关数量性状座位(Quantitative Trait Locus,QTL)鉴定,但目前关于加系大白猪乳头数性状相关QTL的研究较少。本研究以944头加系大白猪群体为研究对象,对乳头数性状进行全基因组关联分析(GWAS)。GCTA软件计算左、右、总乳头数性状的遗传力分别为0.1、0.12、0.16。利用rMVP软件在SSC7上分别检测到4、1、4个与左、右和总乳头数基因组水平显著相关(P<1.26×10-6)的SNP,其中1个SNP位于SSC7的14.1 Mb,剩余3个SNP位于SSC7的97.6～102.0 Mb。在SSC3、SSC4、SSC6、SSC7、SSC9、SSC11、SSC13上分别鉴定到4、1、4、5、1、1、5个与乳头数性状潜在显著相关(P<2.52×10^-5)的SNP。进一步扫描25个显著相关SNP上下游200 kb位置处的基因,共获得84个候选基因,其中SSC7上获得39个候选基因,包括FAM71D、MPP5、EIF2S1、PIGH、ARG2...     

猪SRRM3基因多态性与母猪产仔数性状的关联分析

本实验旨在探究猪SRRM3基因单核苷酸多态性（SNP）位点rs326267396与母猪产仔数性状的关系。基于前期GWAS数据筛选出与母猪产仔数性状相关的候选基因SRRM3,本研究选取465头大白猪作为实验对象,通过Sanger测序检测SRRM3基因内SNP位点,并与母猪产仔数性状进行关联分析。SRRM3基因rs326267396位点存在G>T突变,且检测出GG、GT、TT 3种基因型。结果显示GT基因型个体较多,GG基因型和GT基因型个体的总产仔数、产活仔数和健仔数都显著高于TT基因型个体,且总产仔数和产活仔数的加性效应达到显著水平,而健仔数的加性效应与母猪产仔数的显性效应均未达到显著水平。此外,定量结果显示猪SRRM3基因在卵巢、子宫和心脏组织中高表达,其中在子宫组织中表达量最高;采用生物信息学方法预测出与SRRM3基因rs326267396位点不同亚型结合的转录因子发生变化;以及SRRM3基因可能通过与CDC5L蛋白（调节卵母细胞的减数分裂和成熟）结合参与调控母猪的繁殖性能。综上,SRRM3基因rs326267396位点与产仔数性状显著相关,推测SRRM3基因可作为大白猪繁殖...     

松辽黑猪KPNA7基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

实验旨在分析KPNA7基因多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与繁殖性状的相关性。选择90头健康经产松辽黑猪母猪，采用直接测序法检测KPNA7基因的SNP位点，SPSS 26.0软件分析KPNA7基因的SNP位点多态性与松辽黑猪母猪繁殖性状的相关性。在松辽黑猪KPNA7基因第9外显子和第4、8内含子共发现6个SNP位点，其中在KPNA7基因第4内含子的g.385302 T>C发现TT、TC、CC 3种基因型，g.385256G>A和g.385248G>A存在连锁突变，均检测到2种基因型：GG、GA；在第8内含子的g.372731A>G发现3种基因型：AA、AG、GG,g.372629C>T处检测到3种基因型：CC、CT、TT。KPNA7的突变位点均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示，KPNA7的突变位点均为中度多态(0.25C.位点TT基因型个体的3周龄重、断奶重显著高于TC、CC基因型个体，TT、CC基因型个体的乳头数显著或极显著高于...     

猪Calsarcin-2基因遗传多态性与胴体及肉质性状相关性研究

为探讨Calsarcin-2基因的多态性与猪胴体及肉质性状之间的关联性,共采集了4个品种,88头猪血样,利用PCR扩增,获得了Calsarcin-2基因第一内含子的4个核苷酸序列。对其进行测序和基因型分析,发现2个SNP位点(T613C、C936G),与胴体及肉质性状关联分析表明,613位点处AB型个体的肉质性状显著优于AA型(P0.05),而在胴体性状方面则相反;936位点处CC型个体的肉质性状显著优于DD型(P0.05)。     

红眼白水貂FSHβ和NCOA1基因多态性及其与繁殖性状的相关分析

本研究旨在检测红眼白水貂促卵泡激素β(follicle-stimulating hormone beta subunit,FSHβ)和核受体辅激活蛋白1(nuclear receptor coactivator 1,NCOA1)基因多态性与繁殖性状的关系。采用单链构象多态性(SSCP)和DNA测序相结合的方法检测了红眼白水貂215个个体的单核苷酸多态性,针对红眼白水貂群体的特点建立合适的统计分析模型,利用SAS 9.4统计软件对候选基因进行多态性分析,并采用最小二乘法分析了总产仔数和产活仔数的遗传效应。结果表明,在红眼白水貂FSHβ基因上存在2个多态位点,分别为内含子1处的g.1228GA突变和外显子2处的g.1866TC突变;在NCOA1基因上存在1个多态位点,为第6外显子处g.151536TC突变。在红眼白水貂群体中,FSHβ基因的优势基因为B等位基因,NCOA1基因的优势基因为A等位基因;FSHβ基因g.1228GA位点的AA和AB基因型个体在总产仔数、产活仔数上均极显著高于BB基因型(P0.01),g.1866TC位点在总产仔数和产活仔数上呈现BBABAA的趋势;NCOA1基因的AB基因型个体的总产仔数和产活仔数均极显著高于AA基因型(P0.01);g.151536TC与g.1228GA的合并基因型对繁殖性状有显著影响(P0.05)。因此,可以利用以上突变位点对红眼白水貂的繁殖性状进行标记辅助选择研究。     

鸡RB1基因多态性与腹脂性状的相关性

在肉鸡养殖业中,脂肪沉积过多已成为很严重的问题。RB1基因作为细胞周期的负调控因子,调控脂肪细胞的增殖和分化过程。本研究以RB1基因为影响鸡脂肪生长发育的候选基因,在鸡全基因组SNP芯片上筛选到RB1基因上的4个SNP位点的基因型。比较RB1基因上4个SNP位点等位基因频率在高、低脂系间的差异,结果发现其中3个SNP位点(Gga_rs13552715、GGalu GA054680和GGalu GA054691)的等位基因频率在肉鸡高、低脂系间存在显著差异(P0.05)。进一步分析SNP多态性与鸡腹脂重和腹脂率的相关性,结果发现GGalu GA054691位点多态性与腹脂重显著相关(P0.05),Gga_rs13552715和GGalu GA054667位点多态性与腹脂重有一定程度的相关(P0.2);GGalu GA054691和Gga_rs13552715位点多态性与腹脂率显著相关(P0.05),GGalu GA054667位点多态性与腹脂率有一定程度的相关(P0.2)。上述结果说明RB1基因确实是影响鸡腹脂沉积的重要基因。本研究结果为深入研究RB1基因影响鸡腹脂性状的遗传机理提供了重要依据。     

黑羽番鸭AMH基因多态性与产蛋及体重性状的关联分析

为研究黑羽番鸭AMH基因的单核苷酸多态性与产蛋及体重性状之间的关系,本实验随机采取186只笼养黑羽番鸭,采用限制性内切酶(PCR-RLFP)方法进行AMH基因SNP筛选,并与产蛋和体重性状进行相关性分析。结果显示:筛选出g.1731GA、g.2044TC、g.3531CT 3个位点,其中g.1731GA的AG为优势基因型,相关性分析结果表明,g.1731GA突变位点中AG基因型的产蛋数显著高于AA型,g.1731GA与体重无显著相关;g.2044TC的CC为优势基因型,CC基因型的产蛋数显著高于TT型和TC型,CC基因型的体重显著高于TT型;g.3531CT与产蛋数和体重不相关(P0.05)。综上可知,AMH基因存在于产蛋及体重性状相关的单核苷酸多态性位点,本研究为培育优良黑羽番鸭品种提供可参考的遗传标记。     

嘉兴黑猪FSHβ和RFRP基因外显子多态性与繁殖性状的相关分析

本研究以128头嘉兴黑猪为实验群体,通过直接测序检测FSHβ和RFRP基因外显子单核苷酸多态性(SNP)位点,并探讨其多态性对母猪繁殖性状的影响。结果表明:在FSHβ和RFRP基因外显子中各检测到1个SNP位点。FSHβ基因在外显子2存在突变位点C1035T;RFRP基因在外显子3存在突变位点T4696C,且2个位点均存在AA、AB、BB 3种基因型;FSHβ-C1035T对嘉兴黑猪的初生窝重有显著影响(P0.05),RFRP-T4696C对初产母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重均有显著影响(P0.05)。综上所述,FSHβ、RFRP基因外显子多态性对嘉兴黑猪繁殖性状有一定的遗传效应,可作为潜在的遗传标记。     

猪LTBP2、DLST、TGFB3基因SNPs鉴定及其与生长性状的关联研究

为探讨LTBP2、DLST、TGFB3基因与猪生长性状的相关性,本实验选用美系大白猪为研究对象,采用PCR-RFLP技术对猪LTBP2、DLST和TGFB3的SNPs位点进行基因分型,同时利用线性混合模型分析单个标记位点与猪重要经济性状的相关性。结果表明:LTBP2基因3'UTR区域存在一个g.109TC突变位点,极显著影响左乳头数、总乳头数及体长;DLST基因第3内含子存在1个g.213GA突变位点,与体长具有显著相关性,与左乳头数具有极显著相关性;TGFB3基因第6外显子g.96TA多态性位点与体长显著关联。综上,在美系和法系大白猪中,LTBP2、DLST、TGFB3基因多态性与乳头数和体长性状存在显著关联。     

猪HMGA1基因的组织表达及其多态性与背膘厚的关联分析

旨在探究HMGA1基因在猪不同组织、不同日龄下不同品种中的表达谱,并对该基因编码区及3′UTR区的多态性与猪背膘厚进行关联分析。本研究利用实时荧光定量PCR检测大白猪HMGA1基因在7种组织的表达情况,及其在60、150和210日龄大白猪和民猪背部脂肪中的差异表达。对576头大白猪×民猪F2代资源群体的基因组DNA重测序进行HMGA1序列分析,筛选其编码区及3′UTR区SNPs,并以屠宰体重为协变量与背膘厚(第6～7肋)进行关联分析。结果表明,HMGA1 mRNA在大白猪不同组织中均有表达,且在组织间存在显著差异(P0.05),其中在肺中的表达量最高,而在心和肌肉中微量表达。在60和150日龄时,HMGA1基因在民猪背部脂肪中的表达量显著高于大白猪(P0.05);210日龄时在两个猪种中的表达差异不显著(P0.05)。通过对F2群体HMGA1序列分析,在编码区检测出13个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,其中包含2个错义突变位点:g.3261GA和g.5818GA,且g.3261GA位点与背膘厚显著关联(P0.05)。在3′UTR区检测到3个SNPs,且位于小RNA(microRNA, miRNA)结合靶点,其中g.7217GC和g.7280TC与背膘厚显著关联(P0.05)。研究结果表明,HMGA1作用于猪背部脂肪组织,且该基因g.3261GA、g.7217GC和g.7280TC位点可作为猪背膘厚选育的潜在分子标记,为猪的分子育种奠定基础。     

猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3''''侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响

利用PCR-RFLP技术,分析了猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的3'侧翼区一碱基变异区Ava I位点的多态性在不同猪群体间的基因型分布及其多态性对猪胴体、肉质性状的影响.结果表明经x2独立性检验,发现该多态片段3种基因类型在各品种间分布不一致,杜洛克与中国地方猪种淮南猪、二花脸猪、清平猪、八眉猪相比差异极显著(P＜0.01),中国地方猪种间比较差异均不显著(P＞0.05);采用最小二乘法以及回归法分析了大白×梅山资源家系F2代139头个体的Ava Ⅰ位点多态性与相应的胴体、肉质性状的连锁关系,未发现该位点对猪胴体、肉质性状的显著性影响.UCP3基因3'侧翼区多态位点基因片段在各猪群间分布类型的不同显示出中国地方猪种与外来猪种相比所具有的种质差异,但该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究.     

安徽白山羊GDF9基因群体遗传效应分析

为验证GDF9基因是否与山羊产羔数存在关联性,采集具有1~5胎产羔记录的安徽白山羊经产母羊血样265份,提取血液总DNA;根据基因序列(Gen Bank:EF446168.2)和参考文献设计4对引物,利用PCR-SSCP方法检测GDF9基因2个外显子在安徽白山羊品种中是否存在遗传多态性,采用最小二乘均值法分析遗传突变位点不同基因型产羔数之间的差异。结果表明:在外显子1中存在1个SNP EF446168.2:c.1956AC(同义突变),而在外显子2中存在2个SNPs(EF446168.2:c.3319GA,错义突变;EF446168.2:c.4085GA,同义突变)。群体遗传分析发现,3个SNP位点均存在3种基因型,优势基因型频率分别为AA(0.607 5)、GG(0.750 9)、GG(0.786 8)。关联性分析表明,在EF446168.2:c.1956AC位点,3种基因型安徽白山羊产羔数LSM(最小二乘均值)无显著差异;对EF446168.2:c.3319GA位点,AA型产羔数LSM分别比GG型个体和GA型个体LSM高0.77只和0.41只(P0.01);对EF446168.2:c.4085GA,AA型个体产羔数LSM分别比GG型个体和GA型个体LSM高0.43只和0.28只(P0.01)。因此,GDF9基因与安徽白山羊产羔数密切相关,可能是影响产羔数的一个主效基因;EF446168.2:c.1956AC、EF446168.2:c.3319GA、EF446168.2:c.4085GA可能作为分子标记,应用于安徽白山羊多胎性育种。