中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析。结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041~0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切。     

中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析.结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041～0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切.     

中国地方肉用鹅种种群的遗传变异

对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明:总共检测到188个等位基因,其中等位基因数最多的位点为TTUCG5(12个);最少的位点为CKW19(2个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。18个品种中,平均杂合度最高的为乌棕鹅(0.6727),杂合度最低的为雁鹅(0.5010)。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远,分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类,聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系,尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

江西地方家鹅资源遗传结构及遗传分化研究

利用25对微卫星标记研究了江西4个家鹩资源群体(莲花白鹅、兴国灰鹅、广丰白翎鹅和丰城灰鹅)的遗传结构及遗传分化,通过计算F-统计量、基因分化系数和基因流等参数,评估了各群体间遗传结构与分化.结果表明:4个鹅群体间存在较大的遗传分化,20.7%的遗传变异来自于群体间的差异.就全群而言,基因分化系数(GST)为0.1667.莲花白鹅与兴国灰鹅之间的基因流(Nm=1.1802)最大,广丰白翎鹅与丰城灰鹅的基因流(Nm=0.8577)最小.莲花白鹅与兴国灰鹅Ds遗传距离(0.2036)最近,广丰白翎鹅与兴国灰鹅的DS遗传距离(0.2935)最远.基于DS遗传距离采用NJ聚类法构建系统树,4个家鹅资源被划分为2大类.分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,江西地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在明显关联.     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究。结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst达到极显著水平(P<0.01)。鹅群体内近交系数(Fis)均为负值。各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430)。结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究.结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst 达到极显著水平(P<0.01).鹅群体内近交系数(Fis)均为负值.各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430).结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致.     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

我国地方鹅品种资源遗传多样性保护等级分析

研究旨在分析我国地方鹅品种资源遗传多样性保护等级,为更好地制定我国地方鹅品种资源保护方案提供理论依据。采用25个微卫星标记计算我国14个地方鹅品种(太湖鹅TH、永康灰鹅YK、百子鹅BZ、酃县白鹅LX、闽北白鹅MB、长乐鹅CL、兴国灰鹅XG、豁眼鹅HY、雁鹅YE、浙东白鹅ZD、广丰白翎鹅GF、丰城灰鹅FC、莲花白鹅LH、皖西白鹅WX)间DA遗传距离、基因流(Nm)、有效等位基因数(Ne)、杂合度(Ho)和多态信息含量(PIC),并采用Weitzman和Caballero两种遗传多样性保护理论,分析了各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性。25个微卫星座位平均有效等位基因数为8.12,平均多态信息含量为0.581。14个地方鹅种的平均观察杂合度为0.6808,雁鹅观察杂合度最低(0.5662),百子鹅观察杂合度最高(0.7748);丰城灰鹅与浙东白鹅之间的遗传距离最小(0.2188),太湖鹅与永康灰鹅之间的遗传距离最大(0.7388)。Weitzman保护理论分析结果表明永康灰鹅、酃县白鹅、太湖鹅、百子鹅和雁鹅的品种贡献率较高(10.0%),Caballero保护理论分析认为太湖鹅、永康灰鹅、百子鹅、酃县白鹅和闽北白鹅具有较高的贡献率(0.5%),与Weitzman保护理论确定的等级顺序存在一定差异,主要原因是Weitzman保护理论没有考虑到品种内遗传多样性。我国地方鹅品种资源不仅具有丰富的品种间遗传多样性,品种内遗传多样性也较为丰富,在分析保护等级时,应两者兼顾。     

中国地方肉用鹅种种群的遗传变异

对我国18个地方肉用鹅品种资源的遗传多样性进行了31微卫星标记的研究。结果表明：总共检测到188个等位基因，其中等位基因数最多的位点为TTUCG5（12个）；最少的位点为CKW19（2个）；而且每个位点的等位基因分布并不均匀，都有一种或几种优势基因存在。18个品种中，平均杂合度最高的为乌棕鹅（0．6727），杂合度最低的为雁鹅（0．5010）。反映了各鹅种的遗传多样性水平都较丰富。通过计算DS遗传距离发现18个品种的遗传距离较远，分化时间较长。UPGMA聚类结果将18个地方肉用鹅品种聚为6类，聚类结果与各品种的生态地域分布和经济类型有一定的关系，尤其与生态地域的关系较为密切。该聚类结果对了解和获取各个品种内和品种间的遗传信息和遗传关系具有更准确更普遍性的依据。     

山东地方鸡种遗传距离与聚类分析方法比较研究

选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种：寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和DA遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他6个鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，得到4个聚类图。结果表明：DA遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。     

MyoD基因在不同猪种中的分布及群体遗传结构分析

利用RFLP法检测了MyoD基因在10个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,分析了各群体内MyoD基因的遗传分布、遗传变异、群体杂合性等群体遗传信息,并进一步以各群体基因频率为基础,计算出群体间遗传距离和进化距离,根据进化距离对群体进行聚类,重建了系统发生树。结果表明:MyoD基因内含子1的DdeI酶切位点上不同基因型的分布在多数群体中都服从Hardy-Weinberg平衡,但在杜洛克和DLY群体中发生偏离。总体上讲,各试验群体的遗传多样性较丰富,群体遗传变异性较高,进化过程中受到自然选择压的作用,选择潜力较大。在系统发生树上,10个群体被分为4个分枝。分别是长白猪血缘、原始地方品种、杜洛克血缘和高原藏猪分枝。这一结果与各猪种的育种过程有较高的吻合性。说明部分功能基因的RFLP数据可用于近缘物种间的遗传分化研究。     

地方鸡种与隐性白羽鸡遗传变异的AFLP指纹

利用6对AFLP引物组合对我国12个地方鸡种和引进鸡种隐性白羽鸡进行了遗传检测,统计了每个引物组合在各个品种中检测到的多态性条带和特异性条带,计算了13个鸡种的遗传相似系数和遗传距离,并据此构建了UPGMA聚类关系图,分析了所研究鸡种的遗传关系.结果表明:6对AFLP引物组合在13个鸡种中共检测到290条多态性条带,平均每个引物组合产生48.3奈多态性标记,同时在每个品种群体中还检测到了数量不等的特异性条带,其中寿光鸡和东乡黑鸡最多,为9条,旧院黑鸡、兴义矮脚鸡和隐性白羽鸡最少,为1条.13个鸡种聚为4类,其中隐性白羽鸡单独聚为一类,鸡种间的遗传相似系数及聚类结果与各个鸡种的地理分布、现实状况相吻合,从而表明AFLP指纹用于我国地方鸡种的遗传多态性分析、品种鉴定及品种间亲缘关系分析是可行的.     

利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

基于SSR标记的河南省狗牙根遗传多样性及群体遗传结构分析北大核心CSCD

应用SSR分子标记,对河南省15个居群共288份狗牙根材料进行遗传多样性及群体遗传结构分析,结果表明,10对引物共扩增出173条条带,其中163条为多态性条带,多态性条带百分率为94.29%,表明河南省狗牙根具有丰富的多态性。15个居群间的遗传分化系数为0.3857,即发生在居群间的遗传变异达到38.57%,大部分的遗传变异发生在居群内部,居群间基因流为0.7964,居群之间存在一定程度的基因交流。不同居群间遗传一致度的变化范围是0.746~0.964,平均为0.767。15个居群间的UPGMA聚类分析结果表明居群间没有完全按照地理来源进行聚类,遗传距离和地理距离矩阵之间的Mantel检验结果表明狗牙根居群间的遗传距离与地理距离之间无相关性。288份狗牙根材料之间的遗传距离为0.0173~0.5205,平均为0.3113,UPGMA聚类结果将所有材料分为3组。基于Structure软件的群体遗传结构分析结果表明,可将288份狗牙根材料分为2个亚群和一个混合型群体,与288份材料的UPGMA聚类结果基本一致,由此可判断两个亚群的遗传背景单一,混合型群体存在一定的种质基因渗透,遗传背景较为复杂。     

采用微卫星DNA标记分析我国2个地方鹅种异地保种效果

本研究以10对荧光标记微卫星引物分析了我国2个地方鹅种(狮头鹅和皖西白鹅)原产地与基因库(泰州)共4个群体的保种效果。检测判定了狮头鹅和皖西白鹅共240个个体的基因型,通过计算4个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis)分析了狮头鹅和皖西白鹅群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异,基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著差异(P0.05);He、PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(P0.05);Fis低于原产地群体,差异不显著(P0.05)。结果说明,基因库较好地保存了这2个品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,表明对我国地方鹅种采取异地小群保种的方法是可行的。     

桑树种群遗传结构变异分析

基于探讨桑属植物种群间遗传变异规律 ,采用显性分子标记RAPD技术 ,对我国桑树现行分类的 15个种、4个变种及近缘属的 4 8份供试材料进行了桑属种群的遗传结构分析。结果表明 :桑树具有丰富的遗传多样性 ,多态位点百分率为 78 95 % ;Nei′s基因多样性指数 (h)与Shannon多样性指数 (I)具有相同的群体遗传多样性评价结果 ,即种群组成差异越大 ,h与I指数越大 ,桑属种群的h指数为 0 1893,I指数为 0 30 91;桑属种群总基因流值Nm<1(0 5 2 2 0 ) ,基因分化系数Gst为 0 4 75 3;AMOVA分析表明种群内的变异百分率为 72 6 5 % ,种群内的变异大于种群间 ;UPGMA聚类结果与基因流值、基因分化系数有密切的关系