不同PCR法对牛性别鉴定的影响研究

为建立一种有效的牛早期胚胎PCR性别鉴定方法,试验以12头已知性别的牛全血为试验材料,提取基因组DNA,分别运用常规PCR法、多重PCR法和巢式PCR法进行牛性别鉴定研究,用2对SRY(Y染色体性别决定区)引物和1对牛特异性引物扩增牛核基因组DNA进行牛性别鉴定,建立3种牛性别鉴定的PCR反应体系。结果表明,3种方法准确率均为100%,其中巢式PCR法检测灵敏度可达13pg,多重PCR法整个鉴定过程约需3h。     

朱鹮大肠杆菌分离鉴定及耐药性与喹诺酮类耐药基因分子特征分析

【目的】掌握浙江省德清县驯养朱鹮大肠杆菌的耐药性、耐药基因与分子特征,为治疗朱鹮大肠杆菌感染提供基础数据。【方法】采集该地驯养朱鹮新鲜粪便样本,采用分离培养、形态观察、生化鉴定及16S rDNA序列分析鉴定大肠杆菌;进而采用肉汤稀释法检测环丙沙星、庆大霉素、丁胺卡那等7种抗菌药对源自不同朱鹮的大肠杆菌分离株菌株的最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC);选择代表性菌株,通过PCR和测序鉴定其携带qnrS1、gyrA、gyrB等9种喹诺酮类耐药基因的情况,并分析其蛋白关键氨基酸位点突变与耐药性的关系,采用接合转移分析耐药质粒水平转移情况及其与耐药性的关系,应用卡方检验(Chi-square test)和费歇尔精确检验(Fisher exact test)分析分离株耐药表型与朱鹮年龄、耐药基因的相关性。【结果】本研究共采集了98只朱鹮的粪便,经分离鉴定均获得了大肠杆菌;源自不同朱鹮的98株大肠杆菌对喹诺酮类环丙沙星呈现高度耐药(耐药率为65.3%,64/98),对其余6种药物高度敏感(敏感率均>90%),朱鹮年龄与环丙沙星耐药性极显著...     

东北梅花鹿瘤胃微生物基因组的DNA提取

为了优化东北梅花鹿瘤胃微生物DNA的提取方法,试验将鹿麻醉后采用穿刺法采集瘤胃液,采用物理、化学相结合的方法提取瘤胃微生物DNA,筛选东北梅花鹿瘤胃微生物DNA提取的理想方法。结果表明:提取东北梅花鹿瘤胃微生物基因组DNA的最理想方法是粪便基因组DNA提取试剂盒(TIANGEN)的反复冻融法。     

不同样品中犬输血传播性病毒的PCR检测比较与基因分析

根据NCBI上输血传播性病毒(Torque-Teno virus,TTV)犬基因组序列(Cf-TTV10,GenBank登录号:AB076002)设计嵌套引物,从犬血清与粪便中鉴定出TTV。199份犬血清样品中检出阳性率为14.6%(29/199),158份犬粪便样品的检出率为12.7%(20/158),通过基因分析与鉴定确定为同一型,验证了从粪便样品和血液样品的提取检测的犬TTV阳性率基本保持一致(P>0.05),为下一步进行TTV的传染特性和分子流行病学的研究提供了基础。     

一种无外源菌DNA污染的鸡球虫卵囊的制备方法

为了获得无鸡肠道和粪便细菌DNA污染的鸡球虫卵囊,试验采用实验室制备的无微生物污染的水配制相关试剂,对柔嫩艾美耳球虫卵囊采用漂浮纯化、灭菌处理和外源菌DNA去除等方法,获得高纯度的柔嫩艾美耳球虫卵囊;提取卵囊的基因组DNA,用细菌16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增并进行序列分析,以鉴定该卵囊是否被外源菌DNA污染。结果表明:提取的柔嫩艾美耳球虫卵囊基因组DNA经PCR方法检测外源DNA呈阴性。说明用此方法制备的柔嫩艾美耳球虫卵囊无外源菌DNA污染,可用于制备高纯度的无外源菌DNA污染的鸡球虫卵囊。     

东北林蛙基因组DNA不同提取方法的比较

为了研究不同方法提取东北林蛙基因组DNA的纯度差异,试验以东北林蛙为研究对象,采用高盐浓度抽提法、苯酚/氯仿抽提法、十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB法)、十二烷基磺酸钠法(SDS法)提取基因组DNA,进行PCR验证。结果表明:4种提取方法均能获得完整的基因组DNA,可以用于PCR扩增。高盐浓度抽提法提取的DNA纯度和制得率最高,成本低,安全系数高,操作简单,能够满足提取大量DNA的需求;其他3种方法需使用有毒、有害的有机试剂且时间较长。     

鹌鹑性别的分子鉴定方法研究

为快速、准确鉴定出鹌鹑胚胎或组织样品的性别,研究以CHD1基因为候选基因,设计并合成了用于朝鲜鹌鹑性别鉴定的引物,建立了两种鉴定鹌鹑性别的分子生物学方法。第一种鉴定方法是对提取的鹌鹑基因组DNA进行PCR扩增,将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,出现单一条带的个体为雄性鹌鹑;出现两条清晰条带的个体为雌性鹌鹑。第二种方法是利用荧光定量PCR进行扩增,接着进行熔解曲线分析,出现单个峰的为雄性鹌鹑;出现两个峰的为雌性鹌鹑。结果表明:这两种方法均能有效地进行鹌鹑性别的分子鉴定,其中第一种方法的结果直观可靠,可应用于鹌鹑的育种工作中;第二种方法操作简便,需要的时间短,适合实验室中大量组织样品(个体)性别的分子鉴定。     

牙釉质基因鉴定麇鹿性别

性别鉴定是调查野生种群雌雄性比的重要方法,对野生动物种群管理具有重要意义。而牙釉质(AMEL)基因在性染色体上具有较高的保守性,在鉴定动物性别方面得到了应用,本次试验采用北京麋鹿生态实验中心的15头糜鹿组织样本,其中11个来自雄性麇鹿鹿茸,4个来自雌性糜鹿静脉血液。对所取样本分别进行基因组DNA提取、AMEL基因片段PCR扩增、纯化、测序。得到了AMEL基因鉴定和实际雌雄性别个数差异不显著(P>0.05)。结果表明:雌性麋鹿产生1条322 bpX带和1条N带,雄性麋鹿则产生322 bpX带和277 bpY带以及1条N带,雄鹿(10/10)和雌鹿(4/4)性别鉴定结果分别都与实际性别符合,所以,使用鹿茸角和血液样本进行AMEL.基因扩增电泳分析可以对糜鹿性别鉴定。     

基于分子粪便学的马鹿性别鉴定方法研究

粪便DNA分析技术因其对研究对象零伤害而越来越受到研究者的青睐。本试验以粪便为研究材料,对马鹿进行性别鉴定。结果表明,该方法能够准确、快速、高效地进行马鹿性别鉴定。本研究将为其他野生动物性别鉴定提供一种更加科学的方法,从而进一步促进分子粪便学在濒危野生动物研究中的应用。     

蒙古马肠道细菌总DNA提取方法的比较

本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。     

火烈鸟性别鉴定的分子标记方法

由于火烈鸟在外观上雌雄极为相似,很难用常规方法对其性别进行鉴定。本试验首次确立了利用PCR技术对火烈鸟性别进行鉴定的分子标记方法。从火烈鸟血液中提取总基因组DNA,针对性染色体上的CHD基因和EE0.6序列,筛选了4对引物进行特异性扩增,其中3对引物组合成2个组(A/B和B/C)进行多重PCR。结果表明,3组引物都在雄性个体中扩增出1条片段,在雌性中扩增出2条片段;待测群体中雄性个体11只,雌性个体6只。经检验,利用3组引物都能准确鉴定火烈鸟性别,为该物种在分子水平上的性别鉴定奠定了基础。     

用改进的酚-氯仿法提取鱼类基因组DNA效果的分析

提取鱼类基因组DNA的研究报道并不多见,效果也各有差异。本文以泰山螭霖鱼、东平湖鲤鱼、东平湖鲫鱼为材料,采用改进的酚-氯仿法提取基因组DNA,并进行了紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳、微卫星PCR扩增等方法的鉴定。结果表明,本方法提取的基因组DNA浓度在0.9μg/μL~3.25μg/μL之间,A260/A280比值在1.79~1.87之间,电泳条带整齐明亮,适合微卫星PCR扩增,且整个操作过程使用试剂较少,简单易行。     

兔早期胚胎PCR性别鉴定体系的建立

根据兔SRY基因序列设计两对引物作为兔雄性特异性引物,根据兔APP基因序列设计1对引物作为内标引物,分别建立了兔早期胚胎性别鉴定的双重PCR和巢式PCR反应体系,在不同浓度的基因组DNA和兔早期胚胎上进行性别鉴定应用,同时,对兔SRY巢式PCR引物特异性进行了分析。结果表明,多重PCR扩增兔基因组DNA可以准确判定其性别,扩增灵敏度为100pg基因组DNA;多重PCR鉴定24枚兔32细胞桑椹胚性别,只能对整胚成功鉴定。巢式PCR,公兔基因组DNA扩增出282bp的SRY基因片段,母兔没有扩增产物,扩增灵敏度为10pg;对24枚兔32细胞桑椹胚性别鉴定结果表明,巢式PCR可以对少至4个胚胎细胞进行准确鉴定,同一胚胎结果符合率为100%(24/24)。SRY引物只对兔雄性基因组DNA特异,而其他动物(人、牛、绵羊、小鼠)雄性DNA及兔的冲卵液,均无PCR产物。     

用PCR扩增兔SRY基因的研究

用家兔外周血提取基因组DNA,根据欧洲家兔SRY基因的cDNA序列中开放性阅读框部分设计引物,采用PCR技术对基因组DNA进行了SRY基因检测。结果显示,SRY基因(+)是雄性决定基因,这对于幼兔的性别鉴定、性别选择及在胚胎时期诊断性连锁疾病有重要意义。     

牛早期胚胎的性别鉴定PCR技术的研究

根据牛SRY(Y-染色体性别决定基因)基因序列自行设计合成3对常规PCR引物作为牛性别鉴定特异性引物,对15头公牛、20头母牛的样品进行检测.结果表明,第2对引物可清晰扩增出公牛基因组DNA750 bp左右条带,而母牛基因组DNA无此扩增条带,证明这条引物可以应用于牛的早期胚胎性别鉴定研究与应用.     

用改进的酚-氯仿法提取鱼类基因组DNA效果的分析

提取鱼类基因组DNA的研究报道并不多见，效果也各有差异。本文以泰山螭霖鱼、东平湖鲤鱼、东平湖鲫鱼为材料，采用改进的酚-氯仿法提取基因组DNA，并进行了紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳、微卫星PCR扩增等方法的鉴定。结果表明，本方法提取的基因组DNA浓度在0．9μg／μL～3．25μg／μL之间，A260／A280比值在1．79～1．87之间，电泳条带整齐明亮，适合微卫星PCR扩增，且整个操作过程使用试剂较少，简单易行。     

hiTAIL-PCR技术鉴定转基因猪整合位点的研究

采用高效热不对称交互式PCR(hiTAIL-PCR)的方法,取转基因克隆猪血液,提取基因组作为模板,扩增目的片段,将扩增获得的特异性产物,连接到PGEM-T载体上,送测序公司测序.测序结果与载体序列经比对后,获得侧翼序列.将获得的侧翼序列提交GenBank与猪的基因组数据库比对确定了在基因组上的位置.结果表明目标序列整合到猪的15号染色体的基因组克隆(nw_00188566P4)中.该方法可以有效、快捷的鉴定外源基因在基因组中的整合的具体位置,具有良好的应用前景.     

成年朱鹮性别的简易鉴定

本试验通过对已知性别的44只成年朱鹮喙的长度和高度的测量,运用统计学原理分析,得出雄性朱鹮口裂到喙尖的直线距离为16.67±1.29 cm,喙1/2处高度为1.47±0.17 cm;雌性朱鹮则为14.57±0.88 cm和1.29±0.15 cm。采用分别测量喙长和喙高的方法综合判定成年朱鹮的性别,其准确率可达90%以上。     

朱鹮全基因组序列图谱绘制完成

4月15日,西安交通大学和华大基因在西安交通大学科学馆召开新闻发布会,宣布朱鹮全基因组序列图谱绘制完成。这是继家鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后,世界上完成的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱,其对于挽救和保护朱鹮和注释生命现象具有重要科学价值和战略意义。     

牙釉质基因巢式扩增鉴定牛早期胚胎性别的研究

根据牙釉质基因在牛X染色体和Y染色体上存在的差异设计巢式引物,对牛静脉血基因组DNA样本以及10枚牛早期胚胎DNA样本进行巢式扩增和电泳分析,以鉴定性别。结果表明:利用此方法能够对牛10 pg量血液基因组DNA进行扩增鉴定性别,雌性产生1条片段长度为311 bp的源于X染色体的条带,雄性产生1条源于X染色体的条带(311 bp)和1条片段长度为251 bp的源于Y染色体的条带,对10枚胚胎进行鉴定,6枚为雄性,4枚为雌性。说明牙釉质基因巢式PCR扩增鉴定牛早期胚胎性别方法可靠,准确性和敏感性较高。