应用形态学与RAPD标记对朝天椒遗传多样性的分析

为阐明朝天椒种质资源的遗传基础,结合运用形态标记与RAPD标记对7份朝天椒种质资源的遗传多样性进行分析。结果表明,形态标记以10.25的遗传距离将7个朝天椒辣椒种质材料分成了5类,RAPD分子标记以15的遗传距离将供试辣椒种质分成4类,扩增片段的多态性比例为24.4%,扩增多态性位点多,材料间遗传相似系数变幅不明显,对于亲缘关系较近的品种,从分子水平和传统形态学方法进行聚类分析的结果相似。     

晒烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性分析

以吉林省常见的23份晒烟和2份烤烟为试材,利用形态学标记和SSR分子标记两种方法进行遗传距离的研究,并将所得的遗传距离进行相关性分析。结果表明,晒烟材料的形态学欧氏距离在1.11~8.29之间,欧氏距离较小,说明各晒烟品种间遗传基础狭窄。通过SSR标记法,得到各晒烟材料间的遗传背景较相似,遗传相似系数为0.51~0.98,相似性较大,说明亲缘关系较近。两种方法的聚类分析结果基本一致。利用SPSS软件对形态学欧氏距离与SSR遗传相似系数进行了相关性分析,结果呈极显著负相关,相关系数为r=-0.383。由此可见,分子标记能反映烟草品种间的遗传变异,通过这种简便快捷的标记方法,能够提高烟草育种效率。     

用SSR标记揭示部分烤烟种质资源的遗传差异

【目的】利用SSR分子标记技术,分析59份烤烟种质的遗传差异。【方法】利用分布于烟草基因组21条连锁群上的56对SSR引物,揭示59份烤烟种质的遗传差异。【结果】共检测到241个多态性位点数,每对引物可检测到的多态性位点数为1~9个,平均为4.3个;引物的多态信息含量(PIC)为0.532~0.931,平均为0.793;中国烤烟种质间平均遗传距离最大为0.239;中国地方品种间的平均遗传距离最大为0.289。59份烤烟种质间的遗传距离变化范围为0.029~0.419,平均遗传距离为0.214。聚类分析表明,在L_1(GD=0.13)处可将59份烤烟种质划分为1个大类群、2个小类群和1个由单一烤烟种质形成的独立个类;在L_2(GD=0.09)处可将54份烤烟种质进一步划分为2个大类群、3个小类群和9个由单一烤烟种质形成的独立个类。【结果】59份烤烟种质资源间遗传差异相对较小,中国种质间的遗传差异均大于美国和津巴布韦种质间的遗传差异;地方品种间的遗传差异大于选育品种间的遗传差异。     

基于ISSR分子标记的广西香蕉种质资源遗传多样性分析

[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究.     

利用ISSR标记分析烟草种质的遗传多样性

 【目的】分析烟草种质的遗传多样性水平，揭示不同烟草类型间的遗传关系，为充分发掘、利用种质提供依据。【方法】对包括不同烟草类型的119份种质进行了ISSR分析，估算其遗传相似系数，利用UPGMA法作聚类图。【结果】利用21个ISSR引物共扩增出672条带，全部为多态性带，其中116条为普通烟草特有带。普通烟草种质间的遗传相似系数变化范围为0.779～0.945，其中烤烟种质间遗传相似系数变化范围在0.812～0.933之间；不同烟草类型基本可聚为相应的亚类或小类，引进烤烟品种与国内品种并未聚为各自类别。普通烟草与其它烟草种间遗传相似系数较小；普通烟草与其假定祖先种N.sylvestris聚为一类，同为碧冬烟草亚属花烟草组的N.longiflora和N.plumbaginifolia聚为一类，聚类结果与种间遗传分化吻合。【结论】中国现有烤烟种质遗传多样性水平较低；为拓宽烤烟育成品种的遗传基础，应充分发掘野生烟草的遗传潜力。     

基于cpSSR标记的山药种质资源DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用叶绿体SSR(cpSSR)分子标记对从国内外引进的64份山药种质资源进行遗传多样性分析,构建DNA指纹图谱,旨在为山药品种亲本选择,山药种质创新及品种改良提供依据。结果显示:从21对cpSSR引物中筛选出10对扩增稳定、多态性高的引物,在64份山药种质材料中扩增出69个条带,多态性条带59个,多态性比率高达85.51%,平均观测等位基因数(Na)为2,平均有效等位基因数(Ne)为1.569 3(1.231 1~1.916 0),平均Shannon信息指数为0.560 6(0.329 0~0.671 1),平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.378 1(0.184 8~0.478 1),表明64份山药种质资源具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,遗传相似系数变幅为 0.55~0.93,在相似系数为 0.63时,可将64份山药种质资源分为4类,结果表明,基于cpSSR 分子标记的山药种质资源的分类在种间具有较好的区分能力,但是cpSSR 分类表现出较大的地理分布的相关性,而与形态特征关系不密切。选用较少的引物区分较多的品种为原则,采用2对引物成功构建供试种质的DNA指纹图谱,为山药种质资源鉴定和品种选育亲本的选择提供理论依据。     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

利用ISSR和RAPD标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】对来源于不同国家和地区的51份红麻栽培种、野生种和近缘种进行遗传分析,构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用ISSR和RAPD标记对不同类型的51份红麻种质资源进行分析,计算其遗传相似系数,利用UPGMA法作聚类图,建立分子身份证。【结果】19个ISSR标记共产生113条条带,其中101条为多态性带,多态性比率(PPB)为89.38%;20个RAPD标记共产生118条条带,其中112条为多态性带,多态性比率(PPB)为94.92%。品种间多态性丰富,结合特征带、特异谱带类型和不同引物组合3种分析方法,可有效建立51份红麻种质资源的特异分子身份证。【结论】材料间遗传多样性较高,有较远的遗传距离和较宽的遗传基础,ISSR和RAPD标记技术可有效用于建立红麻种质资源分子身份证。     

基于ISSR标记的韭菜种质资源遗传多样性初探

为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。     

湖南柚种质资源的遗传多样性和亲缘关系

采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。     

新疆籽用西瓜ISSR反应体系的建立及其遗传多样性研究

【目的】研究籽用西瓜遗传多样性,对籽用西瓜品种进行遗传多样性和聚类分析,为杂种选育提供一定的理论依据。【方法】以60份籽用西瓜种质资源为材料,对ISSR引物UBC801~UBC900进行筛选。【结果】筛选出多态性较好的ISSR引物10条。利用10条ISSR引物扩增60份籽用西瓜种质资源,共获得44个等位变异,每对引物检测到的等位变异数的变幅为3~7个,平均等位变异数4.4个。其中多态性条带为24条,10条ISSR引物的多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.042 3~0.674 0,平均为0.358 2,遗传相似系数的变异范围为0.318~0.992,平均为0.779。利用UPGMA法进行聚类分析,新疆籽用西瓜分为6大组,第一组为材料47(40036),第二组为材料8(新籽瓜8号),第三组为材料10(红秀2号)、11(普通红大片)、12(新籽瓜4号)、13(紫荆红)、14(40002)、15(40004)、16(40008),第四组为材料7(新籽瓜1号),第五组为材料52(40045),其余的都归类为第六组。【结论】ISSR对籽用西瓜种质资源遗传多样性和亲缘关系确定相比其他分子标记更有优势,更为全面的基因组DNA信息,品种间较丰富的遗传多样性信息。利用ISSR标记分析60份籽用西瓜遗传多样性,参试材料来源、籽色、大小不同,亲缘关系差异较大,新疆籽用西瓜种质资源遗传多样性丰富。     

基于SRAP分子标记的油梨种质资源遗传多样性分析

【目的】基于SRAP分子标记分析油梨种质资源的遗传多样性,为油梨种质资源新品种选育及创新利用提供理论依据。【方法】以50份油梨种质为材料,从184对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰且多态性较好的引物组合,利用其对油梨种质材料进行PCR扩增,基于扩增结果,利用PopGene 1.32计算遗传多样性指数;利用NTSYS 2.1的UPGMA （非加权组平均法）计算遗传相似系数,并进行聚类分析。【结果】从184对SRAP引物组合中筛选出17对扩增条带清晰且多态性较好的引物,利用该17对引物对50份供试油梨种质材料进行PCR扩增,共扩增出322条条带,其中多态性条带有206个,平均每条引物扩增出12.12条,多态比率为63.75%。50份油梨种质材料的观测等位基因数（N_a）为1.0844~1.4034,平均为1.2493;有效等位基因数（N_e）为1.0067~1.6028,平均为1.3390;Nei’s遗传多样性指数（H）为0.0642~0.1466,平均为0.1439;Shannon’s信息指数（I）为0.0634~0.1759,平均为0.1308。大岭2号与油梨种质4号的遗传一致度最高（0.9237）,遗传相似系数最大（0.92）,同时二者之间的遗传距离最小（0.1365）,表明大岭2号与油梨种质4号种质间的亲缘关系最近。油梨种质5号与Fuerte间的遗传一致度相对最小（0.3765）,且二者间的遗传距离最大（0.8253）,说明油梨种质5号和Fuerte的亲缘关系相对最远。在遗传相似系数0.48处,50份油梨种质被分为四大类群,海南白沙油梨种质集中在第Ⅲ类群,海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质在第Ⅰ、Ⅱ和Ⅳ类群中均有分布,表明海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性均较丰富。【结论】海南儋州、广东湛江及广西南宁油梨种质的遗传多样性相对较丰富,可为油梨亲本选配和育种等方面的创新利用提供材料基础。     

基于SRAP分子标记的51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析

【目的】利用SRAP分子标记对51份西瓜抗、感病毒病种质资源遗传多样性分析,为加速西瓜抗病毒病新品种的选育进程提供理论参考。【方法】利用筛选出的多态性引物对51份抗、感病毒病西瓜种质进行多态性扩增,利用NTsys-pc 2.1e中的非加权组平均法（UPGMA）计算获得遗传相似系数,利用PopGene Version 3.2计算不同类型西瓜的遗传多样性参数。【结果】从500对SRAP引物组合中筛选出18对扩增条带清晰稳定且多态性较高的引物,共扩增出402条清晰可辨的条带,其中多态性条带271条;平均每对引物可扩增出稳定清晰的条带22.33条,其中多态性条带15.06条,平均多态性比率达67.41%。观测等位基因数（Na）为1.6766、有效等位基因数（Ne）为1.3033、Nei’s基因多样性指数（H）为0.1878、Shannon’s信息指数（I）为0.2931,除感病毒型西瓜种质的Na高于抗病毒型西瓜种质外,感病毒型西瓜种质的其他遗传多样性指数均低于抗病毒型西瓜种质,表明抗病毒型西瓜种质的遗传多样性较感病毒型西瓜种质丰富。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的遗传一致度为0.8924,遗传距离为0.1138。供试西瓜种质的遗传相似系数为0.62~0.95。在遗传相似系数0.78处,可将51份供试西瓜种质划分为四大类群,抗病毒型西瓜种质分布在Ⅰ和Ⅱ类群中,感病型种质均集中在第Ⅲ、Ⅳ类群中,野生西瓜种质与其他西瓜种质的亲缘关系最远。遗传相似系数矩阵和UPGMA聚类矩阵之间的相关性明显（r=0.914）,可准确地体现供试西瓜种质之间的遗传关系。【结论】筛选出的SRAP引物组合具有较好的品种鉴别能力,可用于西瓜种质的遗传多样性分析。抗病毒型与感病毒型西瓜种质的亲缘关系较近,遗传多样性丰富度不高,应加大发掘优良抗病种质资源力度,以拓宽西瓜的遗传基础。     

应用SRAP标记研究木薯种质资源的遗传多样性

采用31对SRAP引物对80份木薯种质,包括本所从南美、泰国和非洲引进的76份木薯种质,以及华南系列的4个木薯品种,进行遗传多样性分析,获得207个扩增位点,其中多态性位点201个,平均多态性水平为97.1%,每对引物检测等位基因3～11个,平均为6.7个,扩增产物的片段大小范围在250～1 750 bp之间。根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.635为阈值,将80个木薯品系分为4类群,分别包含38,6,33和3个品系。群体的基因杂合度为0.3 201,遗传多样性指数为0.4 766;群体内的平均多样性指数为0.2762,遗传分化系数为0.2181,基因流系数为1.7 921。实验结果表明,引进的国外资源丰富了我国木薯种质库,拓宽了中国木薯遗传育种的物质基础。     

41份黄椒种质资源表型及SRAP遗传多样性分析

【目的】对41份黄椒种质资源进行遗传多样性分析,为福建省筛选出抗性好、品质优的特色黄椒种质资源,也为后续优良黄椒品种选育的亲本选配提供参考。【方法】以41份黄椒种质为材料,对12个数量性状和10个描述性性状进行观测分析,并通过SRAP分子标记的扩增结果进行遗传多样性分析。基于表型测定数据和SRAP扩增结果进行聚类分析。【结果】12个数量性状的变异系数为14.20%~39.98%,平均为26.61%,其中,叶柄长、果长、单果重和单株果数的变异系数较大,均大于25.00%,说明这些性状存在丰富的变异,具有较好的遗传改良基础。10个描述性性状的多样性指数为0.1985~1.0791,平均为0.5061,以花青甙显色程度最高,以节间茸毛、生长势和植株形态的多样性指数较低。基于表型测定数据的聚类分析结果显示,可将41份黄椒种质材料分成四大类,第Ⅰ类群包括11份种质材料,第Ⅱ类群包括14份种质材料,第Ⅲ类群包括5份种质材料,第Ⅳ类群包括13份种质材料,整体来说,性状相似的种质资源聚为一类。利用14对SRAP引物组合共扩增出117条条带,其中有90条多态性条带,多态性比率达76.92%。基于SRAP分子标记的聚类分析结果显示,材料间相似系数变化范围在0.80~1.00之间,在遗传相似系数为0.85处,41份黄椒种质材料被分为六大类群,第Ⅰ和Ⅵ群组均仅含1份种质材料,第Ⅱ群组包括4份种质材料,第Ⅲ群组包括29份种质材料,第Ⅳ和Ⅴ群组均有3份种质材料,来源地相同的种质聚为一类。可见,基于SRAP分子标记的聚类结果比基于表型的聚类结果更倾向于亲缘关系的远近。【结论】黄椒种质资源具有丰富的遗传多样性。利用SRAP分子标记辅助黄椒新品种选育,筛选出亲缘关系较远的综合性状优良纯合材料,可有效解决辣椒育种中亲本选择效率低、育种进程慢等问题。     

利用ISSR分子标记分析44份红麻种质资源的遗传多样性

1材料与方法1．1材料征集并选取红麻材料44份,分别来自11个国家和地区,其中包括野生种及半野生种12份,栽培品种32份．品种来源及类型见表1。     

15个酿酒葡萄品种的分子身份证构建

为了更好的保护并促进优异葡萄种质资源的有效区分和合理利用,利用SSR标记技术对酿酒葡萄品种(系)材料中选取的15份特异性资源进行亲缘关系的分析、分类、种质识别。从44对SSR引物中筛选出15对用于供试葡萄种质的SSR扩增,共扩增出74条带,其中多态性条带71条,多态性百分率为95.9%。根据SSR扩增结果,分析表明15份葡萄材料遗传距离的变异范围为0~1.092 4。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.63处,可将15份供试材料分为2个类群,准确地检测出基因型之间的遗传背景与遗传关系。通过多态性谱带的有序编码转换,构建了15个葡萄品种的分子身份证系统,结果表明,利用SSR标记进行酿酒葡萄种质资源的鉴定和保护是可行的。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

红掌种质资源表型性状的遗传多样性研究

[目的]研究红掌种质资源的遗传多样性,为红掌的种质创新和杂交育种提供依据。[方法]利用形态学标记对46个红掌种质资源的36个形态学性状进行研究。[结果]46个红掌品种的遗传多样性丰富,遗传变异系数为0.24~0.36,遗传多样性指数为0.343 8~2.111 9。其中,佛焰苞长的变异系数最大,为0.36;佛焰苞颜色遗传多样性指数最大,为2.111 9。UPGMA聚类分析表明,这46个红掌品种可划分为4大类,包括3个较小的类群和1个较大的类群。[结论]该研究中应用的一些形态学标记对于红掌品种鉴定、遗传多样性分析和杂交育种具有重要的应用价值。