硒化壳聚糖对种公鸡组织硒含量、硒酶活性及其基因表达的影响

本试验旨在比较研究硒化壳聚糖(SC)和亚硒酸钠(SS)对海兰褐种公鸡组织硒沉积量,硫氧还蛋白还原酶(TrxR)、Ⅰ型脱碘酶(IDⅠ)活性及TrxR2、IDⅠ基因表达的影响。选取280只20周龄海兰褐种公鸡,随机分为7个处理,每个处理4个重复,每个重复10只鸡。将SC和SS分别以0.4、0.8和1.2 mg/kg 3个硒水平添加到海兰褐种公鸡基础饲粮中,对照组饲喂基础饲粮,进行为期35 d饲养试验。结果表明:1)不同的硒源和硒添加水平对种公鸡生长性能影响不显著(P>0.05)。2)在睾丸中,1.2 mg/kg SS添加组硒含量显著高于对照组(P<0.05),1.2 mg/kg SC添加组硒含量极显著高于对照组(P<0.01);在肾脏中,0.8 mg/kg SS、1.2 mg/kg SS以及1.2 mg/kg SC添加组硒含量均显著高于对照组(P<0.05)。3)饲粮中添加0.4 mg/kg SS极显著提高了种公鸡睾丸TrxR活性(P<0.01),添加0.4 mg/kg SC显著了提高种公鸡睾丸TrxR活性(P<0.05),但只有添加0.4 mg/kg SC才能极显著提高肾脏IDⅠ活性(P<0.01)。4)0.4 mg/kg SC添加组睾丸TrxR2基因mRNA相对表达水平最高,但各组均差异不显著(P>0.05);随着硒添加水平的升高,在SS添加组,睾丸TrxR2基因mRNA相对表达水平呈现先升高后下降的趋势,而在SC添加组,睾丸TrxR2基因mRNA相对表达水平呈现先升高后下降再升高的趋势。与对照组比较,0.4 mg/kg SS添加组肾脏IDⅠ基因mRNA相对表达水平显著降低(P<0.05)。由此可知,SC对海兰褐种公鸡组织硒沉积,TrxR、IDⅠ活性以及TrxR2、IDⅠ基因表达有较大影响;建议添加低水平(0.4 mg/kg)SC。     

基于RNA-seq数据筛选鸡睾丸附睾间差异表达基因及其功能分析

本文旨在通过对种公鸡睾丸和附睾进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出2种组织中的差异表达基因并分析其生物学功能,探究睾丸和附睾在鸡精子发生和成熟过程中的作用.本研究共以8只公鸡的睾丸和附睾组织为对象,采用RNA-seq技术分析2种组织中的基因表达情况,筛选出差异表达基因并对差异表达基因进行GO和KEGG通路富集分析.结...     

饲粮硒对种公鸡睾丸中硒含量和硒蛋白酶基因mRNA表达的影响

本试验旨在研究饲粮硒对海兰褐种公鸡睾丸中硒含量和硒蛋白酶基因mRNA表达的影响.选取224只48周龄海兰褐种公鸡,随机分为7个处理,每个处理4个重复,每个重复8只.将亚硒酸钠(SS)和酵母硒(SY)2种硒源分别以3个硒水平(0.2、0.5和0.8 mg/kg)添加到海兰褐种公鸡基础饲粮中,对照组饲喂基础饲粮,进行为期3...     

科技动态

饲粮硒可增强种公鸡抗氧化功能为研究饲粮硒对种公鸡睾丸中硒含量和硒蛋白酶基因mRNA表达的影响,北京农科院的研究人员将亚硒酸钠(SS)和酵母硒(SY)2种硒源分别以3个硒水平,添加到海兰褐种公鸡基础饲粮中,对照组饲喂基础饲粮,进行为期35d的饲养试验。结果表明:①饲粮添加SS和SY均能显著提高种公鸡睾丸中硒含量,且添加     

不同氧浓度下猪睾丸间质细胞转录组分析

【目的】研究不同氧浓度下猪睾丸间质细胞表达谱差异,筛选缺氧导致猪睾丸间质细胞损伤的关键基因。【方法】将猪睾丸间质细胞分为缺氧组(1%氧气,H24组)、正常组(15.75%氧气,N24组),每组3个重复,在相应条件下分别处理24 h,用CCK8法检测细胞存活率;利用转录组测序技术筛选出缺氧组和正常组睾丸间质细胞中的差异表达基因,利用DESeq 2.0软件进行差异表达基因分析,并对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与氧含量相关的调控基因。【结果】缺氧刺激24 h后,与正常组相比,缺氧组猪睾丸间质细胞存活率极显著降低(P<0.01);转录组测序共获得1 654个差异表达基因,其中1 242个基因上调,412个基因下调。GO功能富集分析发现,共获得富集条目8条,其中生物过程1条,分子功能7条;KEGG通路富集分析发现,共获得10个显著富集的信号通路,包括HIF-1信号通路、JAK-STAT信号通路和糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。通过GO功能和KEGG通路富集分析共获得6个与缺氧应激相关的基因,分别为信号传导及转录激活蛋白5(signal transd...     

黄芪多糖对种公鸡不同组织miR-16表达的影响及其功能预测分析

本试验研究黄芪多糖(APS)对种公鸡不同组织中miR-16表达的影响,结合miR-16预测靶基因的GO和KEGG功能富集性分析,旨在探讨APS对不同组织功能的潜在调控作用。选取1日龄科宝500父母代肉种鸡64只,随机分为对照组和APS组,每组4个重复,每个重复8只鸡。对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,APS组在基础饲粮中添加10 g/kg APS,试验期40周。结果表明:1)相比于对照组,APS组可以提高种公鸡的采精量和有效精子数,降低精子畸形率,但差异不显著(P0.05)。2)miR-16具有组织差异性,APS可显著或极显著上调肝脏、脾脏、十二指肠黏膜、回肠黏膜miR-16的表达(P0.05或P0.01),显著降低睾丸miR-16的表达(P0.05)。3)对miR-16预测靶基因进行GO富集分析,表明预测靶基因在跨膜运输、泛素依赖的蛋白质降解、胞内蛋白运输、糖酵解等物质代谢相关生物过程显著或极显著富集(P0.05或P0.01)。KEGG富集分析表明,miR-16靶基因在黏着斑、胰岛素信号通路、糖酵解/糖异生等与机体物质代谢、细胞增殖分化相关通路显著富集(P0.05),在Toll样受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等免疫相关通路也有富集。由此可见,APS上调种公鸡脾脏、肝脏、十二指肠黏膜、回肠黏膜组织的miR-16表达,下调睾丸miR-16表达;miR-16预测靶基因与物质代谢、免疫调控密切相关。APS通过调控种公鸡不同组织miR-16表达,影响机体物质代谢和免疫调控功能。     

不同硒源及水平对蛋用种公鸡肝脏中硒含量、抗氧化性及基因表达的影响

本试验旨在研究和比较不同硒源及水平对蛋用种公鸡肝脏中硒含量、抗氧化性、硒酶活性及谷胱甘肽过氧化物酶4(GPx4)基因mRNA表达水平的影响。试验采用单因子试验设计,选取196只150日龄海兰褐蛋用种公鸡,随机分为7个处理,每个处理4个重复,每个重复7只。对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂分别在基础饲粮中添加0.4、0.8和1.2 mg/kg硒化壳聚糖(SC)和亚硒酸钠(SS)2种硒源的试验饲粮。试验期35 d。结果表明:1)2种硒源及水平对生长性能无显著影响(P>0.05)。2)饲粮添加SS和SC均能显著增加血浆和肝脏的硒含量(P<0.05);且随着饲粮添加硒水平的增加而机体硒含量增加。3)SC组能显著提高谷胱甘肽过氧化物酶、总超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性(P<0.05),显著降低丙二醛含量(P<0.05)。4)SS组和SC组均能提高各试验组的硫氧还蛋白还原酶和Ⅰ型脱碘酶活性(P<0.05);且SC组显著高于SS组(P<0.05)。5)硒添加水平为0.8 mg/kg时,SC组的GPx4基因mRNA相对表达水平与对照组相比显著升高(P<0.05)。综上所述,不同硒源及添加水平均可影响蛋用种公鸡肝脏中硒含量、抗氧化性、硒酶活性及GPx4基因mRNA表达水平,其中有机硒优于无机硒。     

沙子岭猪睾丸组织发育过程中差异表达基因的筛选及注释

本研究采用RNA-seq技术对60(DS)、90(DN)、120(DT)、150(DF)日龄沙子岭猪睾丸组织进行转录测序，筛选差异表达基因并进行功能注释，从而为进一步研究猪睾丸组织发育和精子生成的分子调控机制奠定理论基础。结果表明，各文库获得的序列数量共计1 095 135 628条，164.26 GB，其中比对至猪参考基因组的序列比例为73.07%～75.64%，共有25 491条转录本，对应21 606个基因；DN VS. DS组的差异表达基因数量为1 606个，其中1 216个上调基因显著富集于40条GO项，390个下调基因显著富集于166条GO项；DT VS. DN组的差异表达基因数量为180个，其中97个下调基因显著富集于37条GO项；DF VS.DT组的差异表达基因数量为438个，其中243个下调基因显著富集于22条GO项。说明沙子岭猪睾丸组织发育过程中基因表达存在明显差异，尤其是60日龄至90日龄期间，这些差异表达基因可为进一步研究沙子岭猪睾丸组织发育和精子生成的分子机制提供参考依据。     

基于高通量转录组测序的红花籽油对肥育猪肝脏差异表达基因的影响

18头肥育猪按饲粮均分为2组,添加红花籽油组和不添加油脂组(对照组)。试验期60d结束,全部屠宰,分别采集肝脏组织样品,进行高通量转录组测序,找出2处理组间的差异表达基因和差异代谢通路。利用Illumina HiSeqTM2500高通量RNA-seq测序技术对2组肥育猪肝脏RNA测序,使用TopHat2软件将测序得到的reads序列与猪(Sscrofa10.2)参考基因组序列比对,找出差异表达基因,在Nr、GO和KEGG数据库中进行功能注释、富集分析和聚类分析。结果显示,红花籽油组和对照组肝脏中差异表达基因共有1 114个,与对照组相比,红花籽油组表达上调的基因有579个,下调的基因有535个。GO功能分类注释到细胞组成、生物学过程和分子功能数据库中的差异表达基因分别有902,903,857个。注释到KEGG通路中差异表达基因414个,显著富集通路4个(P0.05)。     

热应激下公兔睾丸组织形态和精液转录组分析

旨在深入了解公兔在热应激环境中睾丸组织形态改变及相应基因谱，对揭示热应激下公兔精液质量下降的机理具有重要意义。本研究选取了6只具有相同饲养水平，体况和体重相近的8月龄新西兰种公兔，通过建立热应激模型得到热应激组(8月份，HS)和未热应激组(5月份，NHS)各3只，分别采集2组公兔的睾丸和精液。通过HE染色，比较不同条件下睾丸组织结构的差异，并利用Illumina Hiseq高通量测序技术对精子进行转录组测序分析，通过生物信息学方法对2组样本间的差异表达基因进行GO、KEGG富集分析，并通过RT-qPCR方法验证转录组测序数据。公兔睾丸组织切片结果显示，与NHS组相比，HS组的睾丸中央出现明显的空泡化和撕裂，生精上皮较薄，受损情况显著，精子细胞数量下降。进一步以■和P<0.05为阈值，共筛选出与精子热应激响应相关的差异表达基因1 676个，包括ATP5MC1、MDH2、ALDH7A1、GAPDHS、PRPS1等，其中上调基因894个，下调基因782个。GO分析结果显示，差异表达基因富集在应激反应、蛋白质代谢过程、催化活性等相关条目上，KEGG结果显示，差异表达基因富集到MAPK、P...     

共轭亚油酸影响边鸡胸肌脂类代谢的相关差异基因的筛选

旨在通过转录组测序技术筛选出共轭亚油酸(conjugated linoleic acids,CLA)影响边鸡胸肌脂类代谢的相关基因,为日粮中CLA调控边鸡脂类代谢的作用机制提供理论依据。本试验选取90日龄健康边鸡180只,随机分为5组,每组3个重复,每组日粮中分别添加不同比例的CLA 0%(对照组)、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%,预饲期1周,正饲期6周。饲养试验结束后采集胸肌组织进行转录组测序,使用DESeq2软件对测序数据进行差异表达分析,对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,筛选出与胸肌脂类代谢相关的差异表达基因,利用qPCR对差异表达基因进行验证。通过转录组测序数据分析,共筛选出1 229个差异表达基因,其中594个基因上调,635个基因下调。随机选取9个差异表达基因进行qPCR验证,其相对表达量变化趋势与测序结果一致。GO功能分析发现,差异表达基因主要集中在生物学过程中的细胞过程、单一生物过程、生物调节和代谢过程。KEGG通路富集分析发现,各试验组中差异表达基因显著富集在不同的信号通路中,主要富集在ECM-受体相互作用、黏着斑、吞噬体、细胞凋亡、肌动蛋白细胞骨架调节和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中。通过GO和KEGG功能注释分析,共筛选出MCAT、APOA1、PTGDS、ALDH3A2、PLTP、FABP3、FOXO1、UCP3和FABP4等18个主要的参与脂类代谢相关的差异表达基因,可能在调控边鸡胸肌脂类代谢中发挥重要的作用。本研究通过转录组测序筛选出CLA影响边鸡胸肌脂类代谢过程中的主要调控基因,发现了日粮中CLA影响差异表达基因作用的主要生物学过程和信号通路,为今后研究CLA影响边鸡胸肌脂类代谢的分子作用机制奠定了基础。     

大豆异黄酮对香猪睾丸形态及精子发生标志基因表达的影响

为研究大豆异黄酮(soybean isoflavones,SI)对香猪睾丸形态及精子发生标志基因表达的影响,选择40头健康的28日龄雄性香猪,随机分成4组,每组10个重复,每个重复1头猪。1、2、3和4组分别在基础饲粮中添加0、125、250和500 mg/kg SI,饲喂60 d后从各组分别随机选取5头屠宰,采取睾丸样品,分析睾丸的组织形态及E型钙粘连蛋白1(Cdh1)、联会复合体蛋白3(SCP3)、过渡蛋白1(Tnp1)和波形蛋白(Vim)基因的表达。结果表明:各添加水平的SI均造成了睾丸曲细精管中空泡的形成,减少了管腔中成熟精子的数量;饲粮添加SI极显著降低了睾丸组织Cdh1、SCP3和Tnp1基因的表达量(P<0.01);添加250 mg/kg的SI显著降低了睾丸组织Vim基因的表达量(P<0.05)。由此可知,饲粮添加125、250、500 mg/kg的SI对香猪睾丸形态有明显损伤,抑制了精子发生标志基因的表达;250 mg/kg SI显著抑制猪睾丸支持细胞标志基因表达。     

基于转录组学研究日粮添加尿素对育肥湖羊肝组织氨代谢的影响

旨在通过转录组学方法探究日粮添加不同水平尿素对育肥湖羊肝组织氨代谢及相关代谢通路的影响。试验选择42只3月龄体重(24.3±1.7)kg的育肥公湖羊，随机分为3个处理组，即在饲喂基础日粮的基础上分别添加0(U0组)、10(U10组)和30 g·kg^-1(U30组)的尿素。试验预饲期1周，正试期10周。试验结束时每组随机选取6只羊进行屠宰取样，采集肝组织样品测定氨态氮和尿素氮浓度，提取肝组织RNA进行转录组学测序，基于|fold change|>2且P<0.05的筛选标准得到差异表达基因，并针对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果发现，日粮添加尿素提高了肝组织氨态氮浓度，其中U10组氨态氮浓度较U0组显著升高(P<0.05)。与U0和U10组相比，U30组肝组织尿素氮浓度显著升高(P<0.05)。转录组学测序技术结果显示，各组间两两比较获得546个差异表达基因(DEGs),其中与U0组相比，U10组和U30组分别各有85个上调基因以及95和108个下调基因；与U10组相比，U30组中有58个上调基因和115个下调基因。GO功能...     

高、低剩余采食量肉牛下丘脑组织中差异表达基因分析

为了分析高、低剩余采食量(residual feed intake, RFI)相关肉牛下丘脑组织中的基因表达图谱,探讨差异表达基因与牛RFI表型变异间的关系,试验选择高剩余采食量(HRFI)、低剩余采食量(LRFI)秦川牛各3头,分为HRFI组和LRFI组,采集下丘脑组织样本,从中提取总RNA进行转录组测序,筛选出RFI相关差异表达基因,对这些基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,并利用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质相互作用网络图,最后随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果表明：HRFI组和LRFI组中均存在1 538个差异表达基因,包括AGRP、PMCH等与采食相关的基因,GH1、MTNR1A和RYR2等与代谢相关的基因,此外差异基因主要富集于钙信号通路、cAMP信号通路和昼夜节律等通路中。通过蛋白质相互作用网络筛选出3个核心子网络和7个核心基因。实时荧光定量PCR验证结果与转录组测序结果一致。说明下丘脑组织中AGRP、PMCH、GH1、MTNR1A和RYR2等差异表达基因及钙信号通路、cAMP信号通路和昼夜节律等多条通路可能参与调控肉牛RFI。     

福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织比较转录组分析

试验旨在从分子遗传学角度探讨戴云山羊夏季维持较高繁殖力的遗传机制,从中发掘有用的遗传变异信息。利用转录组测序方法对福清山羊和戴云山羊夏季发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用基因本体(gene ontology,GO)、蛋白相邻类的聚簇(cluster of orthologous groups of proteins,COG)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库对筛选的差异表基因进行功能注释,并进行差异表达基因聚类分析,通过实时荧光定量PCR验证测序结果。结果显示,福清山羊和戴云山羊发情期卵巢的DEGs共357个,其中上调基因221个,下调基因136个。357个DEGs中的287个基因能够被GO数据库注释,78个DEGs能够被COG数据库注释,219个DEGs能够被KEGG数据库注释。KEGG数据库注释结果显示,这些差异基因显著富集的信号通路为蛋白消化吸收(protein digestion and absorption)、吞噬体(phagosome)、肺结核(tuberculosis)、胞外基质受体互作(ECM-receptor interaction)、金黄色葡萄球菌感染(Staphylococcus aureus infection)、同种异体移植物排斥(allograft rejection)等通路。经实时荧光定量PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。本试验利用高通量测序获得大量山羊卵巢转录组信息,有助于从分子水平对山羊卵巢进行深入研究。     

酵母硒对滩羊的生物安全性评价:生长性能、血液常规参数、硒蛋白基因表达以及富集规律

本试验旨在研究饲粮酵母硒添加水平对滩羊生长性能、血液常规参数、硒蛋白基因表达以及组织器官硒含量的影响,进而评价酵母硒对滩羊的生物安全性,揭示硒在滩羊体内的生物富集规律。选取体重[(32±2) kg]相近、健康状况良好的滩羊公羔64只,随机分为4组,每组16个重复,每个重复1只羊。试验选用玉米-豆粕型基础饲粮,硒含量为0.16 mg/kg,各组分别在基础饲粮中添加28.94、105.46、258.51、564.60 mg/kg酵母硒,使饲粮硒含量分别为0.25(Ⅰ组)、0.50(Ⅱ组)、1.00(Ⅲ组)、2.00 mg/kg(Ⅳ组)。预试期10 d,正试期60 d。结果表明:1)饲粮酵母硒添加水平对滩羊生长性能无显著影响(P0.05)。2)与Ⅰ组相比,Ⅲ组滩羊血液平均红细胞体积、嗜酸性粒细胞计数显著升高(P0.05)。与Ⅱ组相比,Ⅳ组滩羊血液红细胞分布宽度标准差显著降低(P0.05)。3)与Ⅰ组相比,Ⅲ组滩羊肝脏谷胱甘肽过氧化物酶1(GPX1)、谷胱甘肽过氧化物酶3(GPX3)的mRNA相对表达量呈二次极显著升高(P0.01)。与Ⅰ组相比,Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ组滩羊肝脏硫氧还原白还原酶1(TXNRD1)的mRNA相对表达量呈二次极显著下降(P0.01),甲状腺激素脱碘酶1(DIO1)的mRNA相对表达量呈线性显著下降(P0.05)。各组之间滩羊肌肉硒蛋白mRNA相对表达量均无显著差异(P0.05)。4)Ⅳ组滩羊血清硒含量极显著高于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组(P0.01)。随着饲粮酵母硒添加水平的提高,滩羊背肌、肝脏、肾脏、肺脏、心脏、胰腺、十二指肠硒含量呈二次极显著增加(P0.01),脾脏、睾丸硒含量呈线性极显著增加(P0.01)。综上所述,以酵母硒为补充硒源,饲粮硒含量在0.25～2.00 mg/kg时对滩羊生长性能、血液常规参数、硒蛋白基因表达以及组织器官硒含量均无不良影响;饲粮硒含量达2.00 mg/kg时饲喂滩羊是安全的。滩羊血清及组织器官硒富集量随着饲粮酵母硒添加水平的提高而增加。     

不同水平亚硒酸钠对公鸡睾丸组织中Cdc25A基因表达的影响

通过在公鸡日粮中添加不同水平亚硒酸钠,研究硒对公鸡睾丸组织中细胞周期基因Cdc25A表达的影响,进而为硒调控精子发生周期和生精细胞凋亡的机理提供参考依据。选取80只体重接近、健康无疾病的海兰白成年公鸡,随机分成4组,每组20只,分别在日粮中添加0、0.5、1.0和2.0 mg/kg的亚硒酸钠,试验结束时,采集睾丸备用。采用qRT-PCR 检测硒对公鸡睾丸组织中 Cdc25A 基因的表达差异。结果表明,0.5 mg/kg组Cdc25A表达量显著高于其他处理组,且各组之间差异显著（P<0.05）。由此可见,日粮中硒的最适添加量为0.5 mg/kg,此时,Cdc25A mRNA表达量最高,高硒（超过0.5 mg/kg）则会抑制该基因的表达。     

基于高通量测序的梅花鹿卵巢衰老的转录组分析

【目的】获取青年梅花鹿和老年梅花鹿卵巢组织的转录组信息,为深入研究梅花鹿卵巢衰老的潜在机制提供依据。【方法】以4岁龄青年梅花鹿和10岁龄老年梅花鹿卵巢作为试验样本,对样本进行石蜡切片、苏木精-伊红染色和卵泡计数;用Trizol法提取卵巢样本RNA构建转录组文库,应用Illumina HiSeq^TM2000测序平台测序,对测序结果进行差异表达基因、GO功能、KEGG通路和蛋白互作网络分析,并挑选部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。通过RIPA裂解液提取卵巢样本蛋白并对组蛋白H3赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)蛋白在青年和老年梅花鹿中的表达情况进行Western blotting检测。【结果】组织学分析结果表明,老年梅花鹿的卵巢卵泡数显著低于青年梅花鹿(P<0.05),而闭锁卵泡数极显著高于青年梅花鹿(P<0.01)。转录组学分析结果表明,老年和青年梅花鹿卵巢间共有1 477个差异表达基因,其中表达上调基因503个,表达下调基因974个。GO功能和KEGG通路富集结果表明,免疫系统过程、转录、DNA损伤修复、炎症反应、凋亡等生物事件与卵巢衰老有关...     

鸡lncRNA-MSTRG.15568.9及其预测靶基因的表达

试验旨在了解在鸡睾丸中高表达的1个长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及其预测靶基因的时空表达规律,研究二者在鸡弱精子症中的调控作用。根据弱精子症和正常北京油鸡公鸡睾丸转录组测序筛选到的1个高表达的lncRNA(MSTRG.15568.9),采用顺式(cis)作用模式预测其潜在靶基因SPAG4(sperm-associated antigen 4),进一步采用实时荧光定量PCR方法进行表达量分析。分别选择3只0、5、20、30、45、60周龄正常北京油鸡公鸡,检测MSTRG.15568.9与SPAG4基因在不同周龄公鸡睾丸中的表达量差异;选择30周龄3只正常公鸡,采集睾丸、肝脏和脾脏等8个部位组织样品,检测MSTRG.15568.9与SPAG4基因在不同组织间的表达规律;选择45周龄弱精子症公鸡和正常公鸡各3只,对比MSTRG.15568.9与SPAG4基因在睾丸的表达量差异。结果显示,MSTRG.15568.9与SPAG4存在明显的时空表达差异,且二者表达趋势基本一致。在不同周龄的鸡睾丸组织中,MSTRG.15568.9和SPAG4的表达趋势相近,MSTRG.15568.9在20周龄的表达量显著高于0、5、30、45、60周龄(P0.05),0和5周龄表达量显著低于20、30、45和60周龄(P0.05);SPAG4在45周龄表达量最高,其次是20周龄(P0.05)。MSTRG.15568.9和SPAG4在睾丸和肝脏中的表达量均显著高于脾脏、肾脏等组织(P0.05);在正常睾丸组织中的表达量均显著高于弱精子症睾丸组织(P0.05)。综上所述,MSTRG.15568.9与SPAG4基因具有较明显的组织表达特异性,且MSTRG.15568.9可能调控SPAG4基因的表达,参与精子发生与精子活力调控;但其具体作用机制需要进一步探索。本研究可为鉴定与鸡弱精子症调节机制相关的功能基因提供参考。     

不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析

本研究旨在探究不同生长时期梅花鹿鹿茸的转录组差异,丰富梅花鹿鹿茸转录组信息。选取5个生长时期(10、20、28、44、66d)的梅花鹿鹿茸组织作为试验样品,利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析。结果,经过测序、转录本拼接获得了375 657条contigs,平均长度为688bp,329 946个unigenes,平均长度为534bp。通过比对Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等7大数据库,90.07%unigenes得到了成功注释。其中39 674个(12.02%)基因成功注释到GO数据库,在level 2水平上共分为41个类别;17 732个(5.37%)基因成功注释到将KOG的26个类别中。对5个生长时期的鹿茸转录本文库进行比较分析,共发现了509个差异基因,其中407个差异表达基因成功注释到GO数据库中,主要为信号转导、氧化还原、转录调节、蛋白酶降解等生物学过程。其中转录调节基因PER1、EGR1的表达随着鹿茸的生长而增加,而GAS1则相反,随着鹿茸的生长而降低,推测PER1、EGR1、GAS1等转录因子在鹿茸生长过程中可能起着重要的调节作用。本研究利用高通量测序技术对不同生长时期的梅花鹿鹿茸组织进行了转录组测序和分析,筛选到了梅花鹿鹿茸在不同生长时期下的差异表达基因,并获得了差异表达基因的功能。