梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

浙江开化县茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

收集了浙江省开化县的不同茶树种质资源,利用SSR标记对资源的遗传多样性及个体间的遗传关系进行评估,筛选适于分子鉴别的核心标记组合,并分析样本的亲缘关系。研究结果显示：（1）14个SSR标记在供试样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为3~6个,平均等位基因数为4.14个,平均有效等位位点数为2.927个;（2）14个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,基于复合位点分析,成功筛选出10个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测本试验的36份种质资源,其PE-1和PE-3分别超过0.99,PE-2超过0.95;（3）基于UPGMA构建进化树,将36份样本分为3个类群,并通过亲缘分析初步推测样本组中5个组合可能存在亲子关系。研究表明开化的茶树种质资源具有区别于现有育成品种的遗传背景,遗传多样性丰富。     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

基于SSR标记的55份清远野生茶树种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

遗传多样性分析是开展茶树种质资源聚类、茶树品种筛选和产品开发的重要基础，利用SSR分子标记技术从DNA水平首次对清远全市8个县（市、区）的55份本土野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析评估。16对SSR引物共扩增出189个等位基因，每对引物为3～20个，平均11.812 5个；多态信息含量（PIC）在0.305 5～0.904 2之间，平均值为0.698 7；观测杂合度（Ho）在0.056 6～0.836 4之间，平均值为0.539 1；期望杂合度（He）在0.091 8～0.919 5之间，平均值为0.723 8;Shannon多样性指数（I）在0.221 8～2.635 6之间，平均值为1.796 8；按遗传距离0.53为阈值可将参试的55份资源分为7个类群。研究认为清远野生茶树资源间的遗传差异较大、遗传基础较宽，具有比较丰富的遗传多样性。     

基于SSR标记评价江西赣东北茶树遗传多样性

遗传多样性评价是茶树种质资源鉴定和新品种选育的重要内容.本研究采用筛选的9对SSR引物对17份江西赣东北茶树种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:9对SSR标记在17个品种中共检测到32个等位基因,平均每个标记3.56个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.54和1.07,参试品种的Nei's遗传距离(D)在0.14～0.78;当D=0.19时,可将17个茶树品种聚为4类,江西赣东北茶树种质资源遗传多样性丰富.本研究结果为江西省茶树优良地方品种的开发利用提供参考.     

石斛兰亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记分析石斛兰品种遗传多样性及亲缘关系,为合理利用石斛兰种质资源、培育观赏价值高的石斛兰新品种提供依据.从22对SSR引物中筛选获得11对多态性引物,对28个市场流行石斛兰品种的基因组DNA进行扩增.共获得158条多态性位点,平均每个引物产生14个多态性条位点.材料间遗传相似系数变化范围为0.04～0.85,根据SSR标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数0.295处将28份石斛兰种质分为5类.结果表明,石斛兰品种具有丰富的遗传多样性,遗传基础较宽;SSR标记技术很好地从分子水平上揭示石斛兰品种的遗传背景、亲缘关系.     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

基于SSR标记的海南栽培槟榔遗传多样性分析

槟榔是海南重要的热带特色经济作物,具有很高的药用价值,被列为“四大南药”之首。但其基础研究落后,缺乏对种质资源的系统研究,遗传多样性尚不明确。利用SSR分子标记技术对海南岛58份栽培槟榔资源进行遗传多样性分析,旨在明确槟榔栽培种的亲缘关系,为槟榔杂交育种、功能基因的挖掘提供理论依据。结果表明：从500对SSR引物中筛选出32对多态性好、条带清晰的引物,在58份种质资源中共检测到79个等位基因,每个SSR位点2~5个,平均2.4688个,其中有效等位变异占观测等位变异的58.92%。各引物PIC值变幅为0.0169~0.5969,平均值为0.2254,Shannon信息指数（I）为0.0496~1.2552,平均值为0.4496;Nei’s遗传多样性指数（Nei）变幅为0.0171~0.6492,平均值为0.2596,说明所选SSR引物在供试样品中检测等位基因遗传多样性偏低。利用UPGMA构建58份栽培槟榔的遗传聚类树状图,第V组材料遗传多样性最丰富,其他分组群体遗传多样性较低,聚类结果说明海南栽培槟榔品种无明显的区域划分,表明海南槟榔不同地区间的种苗交流频繁,总体遗传多样性水平较低,该研究为槟榔遗传育种亲本选择提供依据,也为今后引进种质增补差异资源提供参考。     

山西省西伯利亚远志种质资源的ISSR分析

应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有     

川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构

利用自主开发的EST-SSR标记分析了四川（川）和重庆（渝）的90份地方茶树品种资源的遗传多样性和群体结构。84对EST-SSR引物在供试样本中共扩增出275个等位位点,平均每对引物可鉴定3.3个等位位点,平均位点杂合度为0.33。90份地方品种的平均基因多样性（H）和多态性信息含量（PIC）分别为0.462、0.407。比较分析表明,重庆地方茶树品种的遗传多样性略高于四川,川、渝南部（Lat.相似文献   

SCoT标记分析陕西茶树资源的遗传多样性

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条SCo T引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究。结果表明,SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4~17个等位位点,平均为11个,38条SCo T引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率(PPB)为96.62%。每个SCo T位点的遗传多态性信息含量在0.56~0.99之间,平均为0.90。供试材料的遗传相似系数集中在0.59~0.71之间。研究表明,SCo T标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于SCo T标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高。     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

辽宁省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性分析

以30份2007年辽宁省的野生大豆种质资源为材料,利用40对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:18对SSR引物扩增出129个等位变异,平均每个位点等位变异7.22个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.1753~2.1234,平均为1.7285。中部平原半湿润区内的种质数、平均等位变异数和遗传多样性指数最高,其次为东部山地湿润区,西部丘陵半干旱区内分布种质数最少,其平均等位变异数和遗传多样性指数均最低。中部平原半湿润区和东部山地湿润区之间的遗传相似性最高(0.6496),遗传距离最近(0.4314),而西北部平原低丘半湿润区和西部丘陵半干旱区之间的遗传相似性最低(0.4326),遗传距离最远(0.8379)。聚类结果看到SSR分子标记的结果与品种的地理来源没有明显的相关性。     

柱花草种质遗传多样性的SSR和SRAP分析

应用SSR和SRAP标记,对20份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从113对SSR引物中筛选出41对多态性较好的引物,共扩增出229个位点,多态性比率达76.86%,平均每个引物扩增多态性位点4.29个。从224对SRAP引物中筛选出25对多态性较好的引物,共扩增出359个位点,平均每个引物扩增多态性10.72个,多态性比率达74.65%。综合SSR和SRAP两种标记对20份材料计算出的遗传相似系数(GS)为0.65~0.90,表明柱花草种质遗传多样性比较丰富;通过UPGMA聚类分析,把这20份材料聚为3个类群,其中类群Ⅰ又分为4个亚类。     

19个亚洲国家大麦种质材料的遗传多样性分析

为了解大麦种质材料的遗传多样性,并为合理选择育种亲本及保护与利用大麦种质资源材料提供依据,采用21对SSR荧光标记引物对来自19个亚洲国家的175份大麦种质材料进行遗传多样性分析,筛选出的19对SSR引物共检测到134个等位变异,平均每对引物检测到7.05个等位变异,其中SSR17位点对亚洲大麦基因组DNA变异检测最有效,其多态性信息含量指数(PIC)和标记指数MI均最高,分别为0.9和10.77;基于SSR数据,对19个亚洲国家175份大麦材料进行UPGMA聚类分析,结果聚为三组:组群Ⅰ共包含19个国家的161个品种;组群Ⅱ共包含4个国家的12个品种;组群Ⅲ只包括来自土库曼斯坦的2个品种。根据按国家划分的19个群体的遗传一致度数据,聚类分析可以分为3组群(其中组群1可分为4个亚组),主坐标分析可分为3个组群和7个亚组。本研究表明,聚类法和主坐标分析法结果基本吻合,均表明亚洲大麦种质资源存在丰富的变异,但主坐标分析法更精细。     

西藏野生油菜遗传多样性分析

利用10对AFLP引物及13对SSR引物,分析了43份来自西藏地区部分野生类型油菜种质的遗传多样性。10对AFLP引物共得到276条清晰的谱带,其中多态性带214条,多态性位点比率为77.5%,平均每对AFLP引物得到21.4条多态性带。13对SSR引物共扩增出57条带,其中多态性带51条,多态性位点比率为89.5%。通过对西藏野生类型油菜资源的遗传距离以及聚类分析,可将西藏野生类油菜分为两大类群,分别为白菜型和芥菜型野生油菜种质资源;两种分子标记适合揭示西藏野生油菜的遗传多样性,西藏野生类型油菜种质资源的遗传多样性非常丰富。这些结果有利于对西藏野生油菜的进一步鉴定和归类,从而利用其丰富的遗传资源,培育优良的油菜新品种。     

中俄大豆种质遗传多样性分析

种质资源的扩增、改良和创新是解决大豆遗传基础狭窄的主要途径.利用SSR分子标记技术对来自俄罗斯和黑龙江省的82份野生大豆和东北四省区的39份栽培大豆材料进行遗传多样性分析,为种质资源利用和创新提供分子依据.在所合成的45对SSR引物中,12对引物扩增结果表现出良好的多态性,多态性位点共检测到50个等位基因,每个位点2～7个,平均4.17个,平均多态性信息量为0.595.聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.734处,野生大豆和栽培大豆被明显的分开,与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致,为野生大豆和栽培大豆分为两个种提供了分子水平上的依据.野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.2595和0.1895,表明野生大豆的遗传多样性比栽培大豆丰富.因此,可以利用俄罗斯和东北地区的野生大豆特有等位变异来扩大东北栽培大豆遗传多样性,进而拓宽东北大豆遗传基础.     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、 品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR 搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。 基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主 导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核 苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个 SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物 表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12 个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实用性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及 其相关近缘物种的遗传变异。     

基于转录组测序的油梨 EST-SSR 引物开发

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。     

中国东北野生大豆SSR遗传多样性及亲缘关系分析

利用60对SSR引物对东北52份野生大豆资源进行遗传多样性分析.结果表明:①其中40对SSR引物扩增出408个等位变异,平均每个位点等位变异10.2个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.2203～2.6392,平均为2.0560,东北野生大豆具有较丰富的遗传变异;②41～43.N×124～126.E区的野生...