我国狍子源鞭虫的分子鉴定与进化分析

为鉴定我国黑龙江省分离的狍子源鞭虫的种类及确定其在鞭虫中的分类地位,本研究首先对鞭虫进行形态学特征观察,并利用PCR方法扩增该鞭虫r DNA ITS序列,经测序分析结果表明,r DNA ITS序列全长为1 371 bp,其中ITS1、5.8S及ITS2大小分别为800 bp、163 bp及408 bp,与之前报道的狍子源鞭虫同源性达99.8%。将其与NCBI数据库中相应鞭虫ITS序列进行比对分析,并将r DNA ITS序列作为基因标记构建鞭虫属系统发生树,结果显示本研究所分离的狍子源鞭虫与其他不同宿主的无色鞭虫均处于同一个分支,因此可鉴定本研究分离的我国狍子源鞭虫为无色鞭虫。本研究为国内首次对狍子源鞭虫进行分子鉴定及系统进化分析,为草食动物的鞭虫病分子鉴别诊断和鞭虫系统进化分析研究提供依据。     

犬体内类圆线虫的分子鉴定

为了鉴定来自斗牛犬体内的类圆线虫种类,试验提取了虫体的总DNA,对核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)部分序列进行扩增、克隆、同源性分析及构建系统进化树。结果表明:rDNA ITS序列全长为580 bp,其中ITS1序列长度为216 bp;得到的cox1序列长度为961 bp;ITS1和cox1序列均与粪类圆线虫同源性最高,分别为99.5%和99.8%;基于ITS1和cox1序列与Gen Bank中相关线虫进行遗传进化分析,类圆属线虫处在一个大的进化分支上,亲缘关系最近。说明采自病犬体内的线虫为粪类圆线虫。     

3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析

本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析

为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp~453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。     

桑属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对桑属的 9个种 3个变种共 13份桑种质和构属构树的ITS序列进行了测定。结果表明 :桑属植物ITS1长度平均约为 189bp;桑属 5 8SrRNA为 15 2bp ;ITS2长度平均为 2 12bp ;桑属植物ITS序列G +C含量为 6 0 %左右。用DNASTAR软件构建了桑属植物ITS序列的系统发育树 ,并探讨了参试桑种质的亲缘关系。     

两株水牛伊氏锥虫内转录间隔区基因序列的测定与系统进化关系

为研究从水牛分离到的伊氏锥虫广西株和湖北株的分类学地位,对2株伊氏锥虫的核糖体基因内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)基因进行了克隆和测序分析.用CLUSTALXl.83软件多重比对分析了序列差异,应用MEGA4.0软件绘制系统进化树.结果表明,这2株水牛伊氏锥虫的ITS1-5.8S-ITS2 rRNA基因扩增产物分别为1 102 bp和1 095 bp,序列存在多态性,其中广西株的ITS-1序列长为340 bp,ITS-2序列长为582 bp,湖北株的ITS-1序列长为339bp,ITS-2序列长为587 bp.系统进化分析显示,这2株伊氏锥虫分布在同一大枝的不同亚群中.     

卡拉干斯齿线虫的形态及ITS和COⅠ序列分析

利用光学显微镜和PCR扩增技术,对采自河南省马肠道内的卡拉干斯齿线虫(Skrjabinodentus caragandicus)进行形态学观察和分子序列测定。结果表明,卡拉干斯齿线虫中等大小,口囊壁呈"S"状,前端极度膨大,厚度10μm~12μm,后端稍薄,约4μm~6μm,外叶冠由8个长而宽的小叶组成,内叶冠由16个~18个短而宽的小叶组成,食道漏斗发达;雄虫生殖锥长337μm,引器长245μm;所测核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)及5.8S片段长度为853bp,其中ITS1长369bp,ITS2长331bp,ITS1区的GC含量(47.2%)明显高于ITS2区(40.7%);线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因长度为393bp,A、T、G、C碱基含量分别为25.2%、42.7%、21.4%、10.7%。卡拉干斯齿线虫在河南省属首次报道,为河南省新记录种。     

陕西绵羊源蛔虫的鉴定

为了鉴定分离自陕西咸阳地区绵羊小肠内的蛔虫,本试验对其雌雄虫的形态学指标进行了观察和测定,并提取其基因组DNA,对其内转录间隔区(internal transcribedspacer,ITS)进行了分析。结果显示,形态学符合羊蛔虫的基本特征;雌雄虫的ITS序列长度分别为881,883bp,陕西绵羊源蛔虫与猪蛔虫(GenBank登录号:AB571302)的ITS1序列差异(0.4%)小于绵羊源蛔虫种内差异(0.9%),ITS2在种内和种间均无差异;基于ITS1和ITS2序列构建的遗传进化树显示,绵羊源蛔虫与猪蛔虫、人蛔虫聚于一支。结果表明,绵羊源蛔虫与猪蛔虫可能是同一个种。     

猪Tob1基因内含子的克隆和序列分析

为了获取Tob1基因完整的基因组信息,试验通过生物信息学检索比较分析,设计引物,克隆获得猪Tob1基因的内含子序列。结果表明:猪Tob1基因包含2个外显子和1个内含子,外显子和内含子的剪接符合GT-AG规则,其中两个外显子的碱基序列长度分别为260 bp、1 182 bp,内含子序列长度为1 912 bp,其中A、C、G、T四种碱基分别占23.9%、21.3%、26.7%、28.1%,A+T(52.0%)的含量高于G+C(48.0%)的含量。     

猪鞭形鞭虫病的诊治报告

猪鞭形鞭虫（Trichuris trichura Linnaeus）属于鞭虫目、鞭虫科、鞭虫属中寄生于猪盲肠、结肠内的一种鞭状寄生虫。它与猪鞭虫（又称猪毛首线虫）同属于鞭虫属,肉眼形态上两者极为相似,易混淆,但仔细观察,两者在细微形态结构、宿主寄生部位、     

猪毛尾线虫的检测及其ITS序列分析

毛尾线虫俗称鞭虫,为肠道常见寄生线虫,可感染人和多种动物。2015年11月,江西某猪场育肥猪出现腹泻症状,粪便带黏液和血液,部分病猪死亡;剖检发现猪肠道内充满了线状虫体;依据发病猪症状和虫体、虫卵的分析,初步确定该病为猪毛尾线虫病。采用通用引物扩增分离线虫的基因组内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS),结果显示分离虫体的ITS序列与猪毛尾线虫ITS序列的核苷酸同源性高达99.8%,从基因水平进一步证实了该病原为猪毛尾线虫;系统进化分析表明其与18条来自不同地区毛尾线虫的ITS序列相似性均93.5%,其中,与湖南益阳地区的猪毛尾线虫(AM993005)亲缘关系最近。试验结果为建立猪毛尾线虫的分子生物学诊断方法奠定了基础。     

ITS序列在橄榄地方品种资源鉴定中的应用

为了探讨更精确有效地鉴定橄榄品种资源及其遗传多样性的分子技术，利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明，橄榄ITS区序列总长度为629-634bp，长度变异仅为5bp，其中ITS1区为232-237bp，ITS2区为234-239bp，5.8SrDNA均为165bp，且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少，仅有17变异位点占总碱基数的5.93%，简约信息位点7个占总碱基数1.51%，单一信息位点10个占总碱基数的2.16%，并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此，利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点，为部分品种(系)的鉴定依据，但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有的橄榄品种资源。     

南充云雾山野生白桑 育2号 新疆白桑ITS序列及系统位置

研究了南充云雾山野生白桑、育2号、新疆白桑ITS序列长度、G+C%、变异位点和系统位置。ITS序列长度均为576bp,G+C百分含量分别为59.55%,59.55%,59.72%,南充云雾山野生白桑、育2号45位为A、505位、560位T;新疆白桑45位A、505位G、560位T。系统位置均在BranchesⅡ,与剑持、瑞穗桑同一分支。白桑ITS序列没有地理迁移的变化,是较早分化的物种。育2号、新疆白桑与剑持、瑞穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽培。ITS序列信息位点有限,在分析桑属的系统学时,需要另找片段,或与其它片段联合分析。     

鸬鹚鲁道夫对盲囊线虫PCR扩增与序列分析

应用PCR方法以保守引物NC5和NC2扩增从南京地区鸬鹚肌胃分离的线虫rDNA的第一及第二内转录间隔(ITS-1、ITS-2)序列。将扩增产物直接进行测序,并与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A(Coutracaecum rudolphiiA)、鲁道夫对盲囊线虫B(C.rudolphiiB)、北方对盲囊线虫(C.septentrionale)ITS-1与ITS-2序列进行比较。结果显示,从鸬鹚肌胃分离的2个线虫样本的ITS序列完全相同,其中ITS-1的长度为452bp,ITS-2的长度为268bp,与GenBankTM公布的鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和北方对盲囊线虫ITS序列的相似性分别为96.53%、99.59%与91.94%。来自鸬鹚线虫rDNA的ITS序列与鲁道夫对盲囊线虫B相似性最高。由此可以证实该鸬鹚肌胃的线虫为鲁道夫对盲囊线虫B型。     

甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列的起源及遗传多样性分析

为了研究甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列起源与遗传多样性,利用文献报道的1对引物对蕨麻猪mtDNA D-环序列进行PCR扩增及测序,对所得数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示,135头蕨麻猪mtDNA D-环序列表现出3种长度变异,其中4个序列长度为1 199 bp,3个序列长度是1 319 bp,127个序列长度为1 219 bp.对127个长度为1 219 bp的序列进行分析,发现83个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在卡加曼蕨麻猪最高,而在夏河蕨麻猪为最低.系统发育树和网络关系分析均将83个单倍型分为2个分支,说明蕨麻猪具有2个母系起源.与其他猪种mtDNA D-环序列比较,蕨麻猪与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据.     

猪圆环病毒2型广西流行株序列比较分析

参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计引物,通过反向PCR技术,从广西部分市区疑似"高热病"病猪的组织中,扩增9株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析.结果表明,9个PCV-2分离株基因组全长为1 767 bp或1 768 bp.同源性比较发现,9个分离株之间的核苷酸同源性为94.6%～99.9%,与GenBank上已发表的国外分离株比较,同源性为94.4%～100%;9个分离株ORF2之间的核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为93.7%～99.4%和93.6%～99.1%;系统发育树显示,其中7个分离株与法国株、新西兰株关系较近,与美国株和加拿大株关系较远;另外2个分离株与澳大利亚株、美国株亲缘关系较近.     

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。