梨果实相关性状QTL定位分析

以‘红茄梨’（Pyrus communis L.‘Red Clapp Favorite’）和‘晚秀梨’（P. pyrifolia Nakai‘Mansoo’）杂交F₁代中已结果的81株单株为试材,利用81株单株的SSR分型数据进行连锁分析,构建了包含187个SSR标记,分布在18个连锁群上的遗传连锁图谱。图谱总长964.82 cM,标记平均间距5.16 cM,与之前利用该群体165株单株为材料构建的双亲整合图谱比较,86.59%的标记在连锁群中的排列顺序一致。利用MapQTL5.0软件,对果实表型性状进行QTL定位和分析,最终检测到与果实单果质量、纵径和横径连锁的4个QTL位点,都位于LG11,离最近分子标记的遗传距离为1.00 ~ 2.00 cM。进一步对检测出的果实大小QTL位点距离最近的标记基因型与表型比对分析,发现其符合度在72.5% ~ 82.5%。     

辣椒种内遗传图谱的构建及主要农艺性状的QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum L.）‘Perennial’、‘83-58’为亲本构建的包含128个株系的F6代重组自交系为作图群体,构建了一个包含有18个连锁群的遗传图谱。该遗传图谱共有131个标记,其中SSR标记105个,CAPS标记23个,SCAR标记1个,果实辣味（pun）和果柄着生方向（up）2个形态标记。该图谱全长633.71 cM,标记间的平均距离为4.8 cM,连锁群的长度为7.07 ~ 75.16 cM,平均长度为35.21 cM,每个连锁群上的标记数为3 ~ 17个。对群体进行10个主要农艺性状调查,利用基于完备区间作图方法（Inclusive Composite Interval Mapping）的QTL IciMapping V3.2软件（http：//www. isbreeding. net/）选择加性效应模型ICIM-ADD进行QTL定位,在重组自交系（RIL）群体中共检测到株高、伸展度、始花节位、叶长、叶宽、侧枝长度、果形、果形指数、心室数和果实横径等10个性状的20个QTL位点。     

新疆哈密瓜永久遗传图谱构建及比较分析

 新疆哈密瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. ameri ( Pang. ) Greb. 〕是我国特有的栽培甜瓜种质资源, 具有不同于网纹甜瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. cantalupa ( Pang. ) Greb. 〕的独立遗传背景。以新疆哈密瓜和网纹甜瓜为亲本构建F₂ S₆作图群体, 采用SSR标记技术获得同时具有哈密瓜和网纹甜瓜遗传背景的永久遗传图谱。图谱由22个连锁群组成, 包括201个SSR标记, 1个白粉病抗性基因标记, 覆盖基因组长度977.153 cM, 标记间的平均距离4.837 cM。本图谱中的17个连锁群与Fernandez- Silva 等构建的网纹甜瓜遗传背景图谱具有线性关系, 两张图谱共有46个相同SSR标记。     

茄子果形的QTL 定位

 以圆茄高代自交系106和长茄高代自交系113为亲本,利用其F₂群体构建了一张包括23个SSR标记和85个AFLP标记,共15个连锁群的复合遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 007.9 cM,平均图距9.3 cM,长度和密度符合定位标准。采用MapQTL4.0软件并结合MQM作图法对果形QTL进行定位分析,定位到与果形指数相关的两个QTL,位于第1和第12连锁群上,表型贡献率分别为20.8%和41.5%;与果长相关的5个QTL,位于第1、8、11、12、14连锁群上,表型贡献率分别为16.5%、36.8%、9.8%、45.0%和41.9%;与果径相关的两个QTL,位于第1和第5连锁群上,表型贡献率分别为16.2%和15.8%。果形指数、果长和果径QTL同时定位在第1连锁群上,且与AFLP标记M23E21B距离3.5 cM,表明果形性状与该标记紧密连锁。     

成熟黄瓜果皮红色性状的遗传分析及其基因定位

 以黄瓜（Cucumis sativus L.）成熟瓜红色果皮自交系‘NCG127’（P₁）和成熟瓜黄色果皮自交系‘9930’（P₂）为试验材料构建F₂遗传群体,对成熟瓜红色果皮R基因进行遗传分析和基因定位研究。结果表明,黄瓜成熟瓜红色果皮性状由显性单基因控制,红色对黄色为显性。以256株F₂分离群体为试材,应用群体分离分析（BSA）法筛选得到与R基因连锁的20个多态性SSR标记,构建了R基因的分子标记连锁图谱,将R基因定位到黄瓜4号染色体上,物理距离为213.4 kb的区段内,两侧翼标记为UW019319和UW019203,与R遗传距离分别为0.8 cM和0.7 cM。生物信息学分析表明,该区段存在30个预测候选基因。     

甜瓜果实相关性状QTL 分析

以WI998（厚皮网纹、纯雌株甜瓜品系）为母本,以3-2-2（薄皮、雌雄异花同株甜瓜品系）
为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有124 个F_6：7 家系的重组自交系群体,构建遗传连锁图谱。在608
对SSR 引物中筛选出亲本间有多态性的引物150 对,多态率为24.67%;该图谱包含17 个连锁群,覆盖基
因组长度为1 246.67 cM,标记间的平均距离为9.59 cM。应用复合区间作图法对甜瓜单果质量（Fw）、果
实硬度（Ff）、果实长度（Fl）、果形指数（Fsi）及果肉厚度（Ft）等性状进行QTL 分析,共检测到15 个
QTL,分别分布在第1、4、5、6、8、10、13、14、15、17 连锁群上,其中8 个QTL 贡献率超过10%,
位于第13 连锁群的QTL Ff13.2 贡献率最大, 为26.45%。标记ECM87 与Fsi8.2 位于同一位点, 标记
CM33 与Fsi15.1 紧密连锁,遗传距离为0.6 cM。     

辣椒种间（Capsicum annuum × C. frutescens）遗传图谱的构建与分析

 以一年生辣椒（Capsicum annuum）B9431 为母本（P1）,中国野生灌木辣椒（C. frutescens） H108 为父本（P2）进行种间杂交,得到包含180 个单株的F2 作图群体,利用SRAP、SSR、ISSR 标记和 形态标记构建辣椒遗传图谱。该图谱共包含14 个连锁群,涉及264 个SRAP 标记、32 个SSR 标记和2 个ISSR 标记,控制软肉落果性状的S 基因定位于LG8。图谱总长1 023.45 cM,标记间平均图距3.42 cM。 每个连锁群的标记数在2 ~ 44 个之间,连锁群的长度在13.84 ~ 129.93 cM 范围内,平均图距在2.38 ~ 12.90 cM 之间。以SSR 标记为锚定标记,将该图谱与Minamiyama 等构建的图谱进行了初步对应。     

利用重组自交系群体构建番茄AFLP 遗传连锁图谱

 以普通栽培番茄（Solanum lycopersicum）99165-30为母本,野生多毛番茄（Solanum habrochaites）LA1777为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有80个F_5︰6家系的重组自交系分离群体,利用荧光AFLP分子标记技术构建番茄分子遗传连锁图谱。AFLP标记采用MseⅠ和EcoRⅠ两种内切酶及荧光标记（IRD-700或IRD-800）的E + 3和非荧光标记的M + 3引物组合进行选择性扩增,扩增结果经95 ℃预变性后在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳2.5 h,运用LICOR 公司的NEN Global Edition IR² DNA Analyzer（Model 5200 LI-COR Biosciences,Lincoln,NE）荧光扫描检测DNA多态性。对RILs群体中产生分离的274个AFLP标记运用JoinMap 3.0软件分析,得到一张番茄分子遗传连锁图谱,图谱总长度为662 cM,共包括18个主要连锁群,125个多态性分子标记。每条连锁群上的标记数在3 ~ 22个之间,连锁群的长度在14.0 ~ 58.0 cM的范围内,平均图距在 2.27 ~ 13.3 cM。总平均距离5.3 cM,本研究中构建的番茄永久遗传图谱,为番茄分子辅助育种及重要农艺性状的定位奠定了基础。     

桃分子连锁图谱的构建

为建立桃的高质量遗传图谱,进一步研究桃的遗传标记,获得与桃农艺性状紧密连锁的分子标记以及更多更可靠的数量性状标记(QTLs)打下基础并提供保障,以油桃品种秦光2号和曙光的91株正交F1代为试材,用Join-Map3.0软件的CP作图模型构建了桃的AFLP分子标记遗传连锁图谱。该图谱覆盖桃基因组1034cM,共计122个AFLP标记和2个质量性状标记(核黏离性状Ff和果肉颜色性状Yy)定位于11个连锁群上,连锁群的平均长度为94cM,每个连锁群包含2～23个标记,标记间平均距离为8.34cM。     

利用SSR标记技术构建黄瓜遗传连锁图谱

利用抗黄瓜花叶病毒病(CMV)的黄瓜材料F-3和感CMV的黄瓜材料HZL04-1为亲本,构建包含190个F2后代的遗传作图群体。结果表明:采用SSR、EST-SSR和SCAR 3种分子标记技术对该群体进行遗传连锁分析,获得1个包含170个SSR标记,6个EST-SSR标记,3个SCAR标记的黄瓜遗传连锁图谱,该图谱涉及7个连锁群,总长度为862.886 cM,平均图距为4.79 cM。该图谱的构建为黄瓜抗CMV的QTL定位奠定了基础,并确定了连锁群与染色体之间的对应关系。     

应用RAPD、SRAP及AFLP标记构建荔枝高密度复合遗传图谱

以荔枝（Litchi chinensis Sonn.）特迟熟品种‘马贵荔’为母本,特早熟品种‘焦核三月红’为父本,杂交获得F1群体,利用该群体的76个单株为作图群体,连同两个亲本,进行了RAPD、SRAP和AFLP分子标记分析,并运用Joinmap3.0进行连锁分析,分别构建了‘马贵荔’和‘焦核三月红’的分子遗传图谱,其中‘马贵荔’的遗传图谱为20个连锁群,包含238个标记位点,覆盖总图距1 096.59 cM,位点间平均遗传距离为4.61 cM;焦核三月红的遗传图谱为19个连锁群,包含239个标记位点,覆盖总图距881.36 cM,位点间平均遗传距离为3.69 cM。     

黄瓜分子遗传图谱的构建

 利用黄瓜( Cucumis sativus L. ) 欧洲温室生态型栽培种高代自交系‘欧洲八号’和华北露地生态型品种‘秋棚’杂交获得的140 份重组自交系, 采用AFLP、SSR、RAPD 分子标记进行遗传分析, 构建了包含9 个连锁组群, 由234 个标记组成的连锁图谱, 其中包括141 个AFLP 标记、4个SSR 标记和89个RAPD 标记, 覆盖基因组727.5 cM , 平均图距3.1 cM。     

利用多种分子标记构建龙眼高密度分子遗传图谱

 以龙眼特优质品种‘凤梨朵’为母本, 大果型主栽品种‘大乌圆’为父本, 杂交创建了‘凤梨朵’ ב大乌圆’F₁群体。从该杂种群体中随机选用94个单株作为作图群体, 连同两个亲本品种, 进行了RAPD、ISSR、SRAP和AFLP分子标记分析, 并运用JoinMap3.0进行连锁分析, 分别构建了‘凤梨朵’和‘大乌圆’的分子遗传图谱, 其中, ‘凤梨朵’的遗传图谱为21个连锁群, 包含183个标记位点,覆盖总图距965.1 cM, 位点间平均遗传距离为5.84 cM; ‘大乌圆’的遗传图谱为22个连锁群, 包含251个标记位点, 覆盖总图距1 064.8 cM, 位点间平均遗传距离为4.65 cM。这是龙眼上首次报道的高密度分子遗传图谱, 为后续的基因定位及辅助选择奠定了良好的基础。     

梨AFLP标记遗传图谱构建及果实相关性状的QTL定位

以‘八月红’ב砀山酥梨’的97株F1群体为试材,利用AFLP技术构建梨（2n=34）的分子遗传连锁图谱,共获得17个连锁群,包含209个标记位点,覆盖基因组1506.3cM,平均图距为7.21cM;用区间作图法进行梨果实可溶性固形物、单果质量、果实纵径、果实横径和纵横径比等5个性状的QTL定位,其中在LG1连锁群上定...     

桃分子连锁图的构建与分析

 以‘大久保’与‘兴津油桃’杂交的F2代109 株群体为试材, 采用AFLP、RAPD、SSR 分子标记进行遗传分析。筛选扩增稳定、多态性丰富的36 对AFL P 引物、3 对SSR 引物、2 对RAPD 引物进行群体分离分析, 获得分离标记136 个, 卡方检验27 个标记偏离孟德尔分离比例。应用Mapmaker 分析软件将符合孟德尔遗传分离比例的标记构建了包含11 个连锁群的连锁图谱, 每个连锁群包含3～21 个标记, 平均为8.73 个标记。该图谱覆盖基因组1061.8 cM , 11 个连锁群的平均长度为96.5 cM , 标记间平均图距为11.0 cM , 与果实毛/ 油桃( G/ g) 、白/ 黄肉( Y/ y) 连锁的RAPD 标记、非酸/ 酸(D/ d) 性状连锁的AFLP标记分别定位在第3 、7 、9 连锁群上。     

甜樱桃遗传图谱的构建及果皮红色性状QTL分析

 以甜樱桃（Prunus avium L.）黄红皮品种‘雷尼’为母本,红皮品种‘8-100’为父本杂交获得的90株F1代群体为试材,利用RAPD、ISSR和SSR分子标记进行遗传分析,构建了含8个连锁群共50个分子标记（30条RAPD、15条ISSR、5对SSR标记）的遗传图谱,全长634.67 cM,标记间的平均距离12.69 cM。用基于混合线性模型的QTL Network 2.0软件分析其果皮红色性状的QTL以及基因与环境的互作,发现了两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL分布在Chr1和Chr7染色体上,两个加性效应的遗传贡献率（H2）分别为32.28%和47.52%,1对上位效应的遗传贡献率（H2AA）为37.87%,加性和上位性的效应位点与环境互作均为0。研究结果表明樱桃果皮红色性状的遗传受两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL的影响。     

二倍体马铃薯分子连锁图谱的构建

利用二倍体马铃薯亲本08675-21与09901-01及其125份杂交一代无性系进行AFLP分析, 按亲本来源构建与24条染色体对应的AFLP分子连锁图谱, 母本图谱含有75个标记, 覆盖基因组全长512cM, 平均图距为6.83 cM; 父本图谱含有95个标记, 覆盖基因组全长578 cM, 平均图距为6.08 cM。     

大白菜永久高密度分子遗传图谱的构建

 以大白菜高抗TuMV白心株系91-112和高感TuMV桔红心株系T12-19为亲本建立的小孢子培养DH系作为图谱构建群体, 构建了包含10 个连锁群、406 个标记位点的分子连锁图谱, 图谱总长度826.3 cM, 标记间的平均图距为2.0 cM, 连锁群数目和染色体数相等。每个连锁群上的标记数在7～111个之间, 连锁群的长度在26.4～156.1 cM的范围内, 平均图距在1.0～3.8 cM之间。该连锁图谱包括246个AFLP标记、135个RAPD标记、11个SSR标记和12个同工酶标记、1个SCAR标记和1个形态标记。