黄瓜种子大小遗传分析与QTL 定位

 以种子大小差异显著的黄瓜野生变种‘PI183967’（Cucumis sativus var. hardwickii）和栽培 品种‘新泰密刺’选系‘931’为亲本,通过6 世代混合模型分析方法,研究种子长度和宽度的遗传规律, 并利用包含160 个株系的F9 代重组自交系群体,构建SSR 分子遗传图谱,完成种子长度、宽度及百粒质 量的QTL 染色体定位。结果表明：（1）种子长度与宽度在正、反交6 世代群体中均符合C–0 遗传模型 （加性-显性-上位性多基因遗传模型）,且以多基因加性效应为主。（2）构建的永久SSR 遗传图谱,包 含149 个SSR 标记,9 个连锁群,覆盖基因组长度389.2 cM,平均标记间距为2.61 cM。（3）2012 年春季 与2013 年春季共检测到14 个与种子长度、宽度和百粒质量相关的QTL,分布在Chr.2、Chr.3、Chr.4、 Chr.5、Chr.6 染色体上,LOD 值介于2.59 ~ 9.39 之间,可解释7.4% ~ 28.3%的表型变异率,贡献率 ≥ 10.0% 的QTL 位点6 个,占QTL 总数的42.9 %,可在两年中重复检测出的QTL 位点3 个,占QTL 总数的21.5%。     

梨遗传连锁图谱的构建及部分果实性状QTL的定位

利用八月红梨和砀山酥梨杂交得到的F1代实生苗为作图群体,应用Joinmap3.0作图软件,构建了一张包含61个苹果EST-SSR标记、68个苹果SSR标记、49个梨SSR标记、1个RAPD标记和3个质量性状标记,共182个标记并分属于19个连锁群的梨遗传连锁图谱,图谱总长度为982cM,标记间平均图距5.4cM。控制果皮红色的基因RFS位于LG3连锁群上,与最近的分子标记MES93-264p的遗传距离分别为9cM。控制果锈存在的基因FR、控制萼片脱落性状的基因AS分别位于LG16连锁群和LG12连锁群上。采用区间作图法,检测到与果实可溶性固形物含量、单果质量、横径和纵径等性状连锁的QTL位点21个(LOD≥2.5),其中主效QTL位点6个(LOD≥3.5),与果实性状相关QTL位点多集中在LG7和LG11连锁群上。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱构建及3个重要农艺性状QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体,应用SSR标记构建了一张总长度为645cM的遗传连锁图谱,该图谱包含86个SSR标记,标记间平均距离为7.5cM。应用该图谱,利用复合区间作图法,对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析,结果在第5条染色体上检测到控制3个性状的QTL各1个,其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3%,控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1%,控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2%。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体，应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱，该图谱包含86个SSR标记，标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱，利用复合区间作图法，对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析，结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个，其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %，控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %，控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

油蟠桃组合遗传连锁图谱构建及糖酸性状QTL分析

以油桃和油蟠桃组合‘霞光’‘NF’杂交群体115个单株为试材,使用高效液相色谱测定亲本及各单株果实糖和有机酸含量,筛选164对SSR引物和2 304对SRAP引物组合,选择符合1︰1分离比例的标记,使用Map Manager QTX20b软件的BC1模型构建遗传图谱,并对8个符合正态分布的性状进行与标记间的回归分析以及QTL区间分析。构建的图谱经与李属SSR参考图谱比对,发现基本匹配的8个连锁群总长度为1 232.7 cM,位点间的平均遗传距离为9.34 cM,包含22个SSR标记和108个SRAP标记,以及扁平果形（S）和非酸（D）两个位点。QTL区间扫描发现,LOD≥2的QTL区间共有28个,LOD≥3的有17个,LOD≥5的有10个。风味相关的QTL分布在Group 1、2、4、5、6连锁群上。Group 1含4个QTL区间（Glu2、Sor2、Tsug4、SSC3）;Group 2含3个QTL区间（Glu4、Sor3、SSC4）;Group 4含5个QTL区间（Suc2、Glu3、Glu5、Tsug5、Taci4）;Group 1、2、4的QTL均对相应性状均表现为负加性效应;Group 5含6个QTL区间（Suc1、Suc3、Tsug3、Mal1、Taci3、Taci5、）,大多集中在非酸位点（D）附近,均表现为对糖含量的正加性效应,对酸含量的负加性效应;Group 6含9个QTL区间（Glu1、Fru1、Sor1、Tsug1、Tsug2、Taci1、Taci2、SSC1、SSC2）,所有QTL均对相应性状呈正加性效应。     

黄瓜叶面积遗传及QTL定位分析

选用2个叶面积大的黄瓜品种（D9320、D2005）和2个叶面积小的黄瓜品种（D0455、D0401）配制杂交组合，筛选叶面积差异较大的亲本组合D0401×D9320构建F2分离群体，采用加性－显性（AD）模型进行遗传分析。结果表明：黄瓜叶面积是由多基因控制的数量性状，以显性效应为主，存在一定的加性效应，狭义遗传力和广义遗传力较高。采用SSR分子标记构建遗传连锁图谱，利用复合区间法对黄瓜叶面积进行QTL定位。结果表明：CSWACC03、CSWCT05BZ和CSCTTT15a位于同一个连锁群上，连锁群总长度为68.3 cM；检测出1个与黄瓜叶面积有关的QTL，与最近标记的距离为3.6 cM，且变异贡献率为8.65 %。     

番茄长花柱性状遗传规律与QTL分析

以长花柱番茄‘J59’为材料对其长花柱性状的温度敏感性、遗传规律以及相关QTL进行分析:对两叶一心幼苗分别进行昼夜18/10℃、25/18℃和35/25℃处理,发现雌蕊长度、雄蕊长度、花柱长度和柱头外露长度无显著差异,表明‘J59’番茄不是温度敏感型长花柱材料;以长花柱番茄‘J59’和短花柱番茄‘M82’为亲本,构建了6个世代遗传分析群体P_1、P_2、F_1、BC_1P_1、BC_1P_2和F_2,结果显示长花柱性状遗传规律符合MX2-ADI-AD模型,以主基因遗传为主,BC_1P_1、BC_1P_2和F_2群体的主基因遗传率分别为65.51%、90.76%和89.10%;以F2世代为分析群体构建了遗传连锁图谱,其包含121个SSR,12个连锁群,覆盖基因组长度2108.71cM,平均标记间距为17.43cM;共检测到10个与长花柱性状相关的QTL,分布于Chr1、Chr2、Chr3、Chr4、Chr5、和Chr12,LOD值介于2.53～26.85之间,可解释1.28%～20.22%的表型变异率,其中高于10%的位点有3个,占QTL总数的30%。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

切花菊瓶插寿命的关联分析与QTL定位

为揭示切花菊瓶插寿命的数量遗传变异机制及其相关的分子标记，以80个切花菊品种和100个‘南农雪峰’ב蒙白’F1代杂交株系为材料，系统调查瓶插寿命的表型变异，并通过关联分析和连锁作图解析瓶插寿命的遗传机制。结果表明，切花菊品种的瓶插寿命为20 ~ 58 d，变异系数为17.96%；F1群体瓶插寿命在24 ~ 56 d之间，基本符合正态分布，且普遍存在超亲个体。基于混合线性模型（MLM）的关联分析检测到6个与瓶插寿命性状显著相关的标记，单个标记的表型贡献率为8.67% ~ 11.26%，其中，标记SSR131-3、SSR149-4和SSR150-5的贡献率较高，分别为10.20%、11.26%和11.14%，应为主效位点；QTL定位分析在‘南农雪峰’连锁图的X2连锁群检测到2个控制瓶插寿命性状的加性QTL（qVLX2-1、qVLX2-2），其加性效应分别为11.60和10.86 d，贡献率分别为6.34% 和3.15%。     

辣椒分子连锁遗传图谱的构建及抗疫病QTL定位

以抗疫病材料perennial和感疫病材料83-60杂交得到的F2群体144个单株为试材,利用AFLP、RAPD、SSR等分子标记,采用JoinMap3.0构建辣椒分子连锁遗传图谱,该图谱包括12个连锁群,70个标记位点,其中AFLP标记54个,RAPD标记15个,SSR标记1个,覆盖长度为429.02cM,平均图距为6.13cM,连锁群长度在4.30～85.85cM之间。对F2群体进行辣椒疫病的室内人工接种,利用Windows QTL Cartographer2.0软件进行QTL分析,在第4连锁群上检测到两个QTL,解释表型差异的贡献率分别为9.5%和16.4%。     

西瓜果实总糖含量QTL分析

【目的】为了探讨西瓜果实中总糖含量的遗传规律并找到与总糖含量相关的QTL位点,【方法】以高糖品系‘花园母本’为母本,低糖品系‘LSW-177’为父本,配制杂交组合,构建含有180个单株的F2代群体,分别测量成熟西瓜果实中心和边缘部分果糖、蔗糖和葡萄糖含量,并将3者之和相加作为总糖含量进行遗传图谱构建及QTL分析。【结果】构建的遗传连锁图谱共包含45个SSR标记,分属于13个连锁群,覆盖基因组长度为547.3 cM,标记间平均距离为12.44 cM,检测到与中心和边缘总糖含量相关的QTL位点各一个,均为加性遗传效应,贡献率分别为6.56%、7.90%,分布在第3、12连锁群上,LOD值分别为3.1、3.29,找到与中心和边缘总糖含量紧密连锁的标记4个(MU8184-3、MCPI-12、TJ116、MU8558-3),该研究结果为进一步开展西瓜糖含量相关基因定位和克隆研究提供理论依据。【结论】西瓜果实总糖含量为数量性状遗传,由多基因共同控制,中心部分总糖含量QTL位点表现为正向加性效应,边缘部分总糖含量QTL位点表现为负向加性效应。     

成熟黄瓜果皮红色性状的遗传分析及其基因定位

 以黄瓜（Cucumis sativus L.）成熟瓜红色果皮自交系‘NCG127’（P₁）和成熟瓜黄色果皮自交系‘9930’（P₂）为试验材料构建F₂遗传群体,对成熟瓜红色果皮R基因进行遗传分析和基因定位研究。结果表明,黄瓜成熟瓜红色果皮性状由显性单基因控制,红色对黄色为显性。以256株F₂分离群体为试材,应用群体分离分析（BSA）法筛选得到与R基因连锁的20个多态性SSR标记,构建了R基因的分子标记连锁图谱,将R基因定位到黄瓜4号染色体上,物理距离为213.4 kb的区段内,两侧翼标记为UW019319和UW019203,与R遗传距离分别为0.8 cM和0.7 cM。生物信息学分析表明,该区段存在30个预测候选基因。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_(2:3)家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_(2:3)家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_(2:3)家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。     

辣椒种内遗传图谱的构建及主要农艺性状的QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum L.）‘Perennial’、‘83-58’为亲本构建的包含128个株系的F6代重组自交系为作图群体,构建了一个包含有18个连锁群的遗传图谱。该遗传图谱共有131个标记,其中SSR标记105个,CAPS标记23个,SCAR标记1个,果实辣味（pun）和果柄着生方向（up）2个形态标记。该图谱全长633.71 cM,标记间的平均距离为4.8 cM,连锁群的长度为7.07 ~ 75.16 cM,平均长度为35.21 cM,每个连锁群上的标记数为3 ~ 17个。对群体进行10个主要农艺性状调查,利用基于完备区间作图方法（Inclusive Composite Interval Mapping）的QTL IciMapping V3.2软件（http：//www. isbreeding. net/）选择加性效应模型ICIM-ADD进行QTL定位,在重组自交系（RIL）群体中共检测到株高、伸展度、始花节位、叶长、叶宽、侧枝长度、果形、果形指数、心室数和果实横径等10个性状的20个QTL位点。     

辣椒种间（Capsicum annuum × C. frutescens）遗传图谱的构建与分析

 以一年生辣椒（Capsicum annuum）B9431 为母本（P1）,中国野生灌木辣椒（C. frutescens） H108 为父本（P2）进行种间杂交,得到包含180 个单株的F2 作图群体,利用SRAP、SSR、ISSR 标记和 形态标记构建辣椒遗传图谱。该图谱共包含14 个连锁群,涉及264 个SRAP 标记、32 个SSR 标记和2 个ISSR 标记,控制软肉落果性状的S 基因定位于LG8。图谱总长1 023.45 cM,标记间平均图距3.42 cM。 每个连锁群的标记数在2 ~ 44 个之间,连锁群的长度在13.84 ~ 129.93 cM 范围内,平均图距在2.38 ~ 12.90 cM 之间。以SSR 标记为锚定标记,将该图谱与Minamiyama 等构建的图谱进行了初步对应。     

西瓜遗传图谱的构建及果形指数QTL 分析

以圆球形西瓜品系花园母本为母本,椭圆形西瓜品系LSW-177 为父本,配制杂交组合,构
建由180 个单株组成的F2 群体,测量成熟西瓜的果实纵径、果实横径,并且通过果实的纵径与横径的比
值得到果形指数,进行遗传图谱的构建及相关性状QTL 分析。构建的连锁遗传图谱共含有45 个SSR 标
记,分属13 个连锁群。覆盖基因组长度为547.3 cM,标记间平均距离为12.44 cM,检测到与果形指数
密切相关的QTL 1 个,并在遗传连锁图谱中将之命名为Fsi3.1,位于第三连锁群,位于标记MCPI-12 和
CMN05_69 之间,贡献率为2.8%,加性效应负值,对减小果形指数表现为增效加性效应。     

利用辣椒种间F2和F2:3两个群体进行其主要农艺性状QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum）材料‘V06C1720’为母本,灌木辣椒（C. frutescens）材料‘H101’为父本,建立包含180个单株的种间F2作图群体,应用SSR和SRAP标记技术构建了共278个标记位点的17个连锁群遗传图谱,图谱全长1 282.10 cM,标记平均间距为4.61 cM。利用QTLNetwork 2.0软件和 F2、F2:3表型数据,对辣椒15个主要农艺性状进行了QTL分析,在第1、2、3、4、6、7、10、12、13、14、15和16连锁群上共检测到48个加性QTL和11对上位性QTL,可分别解释5.18% ~ 40.33%和4.09% ~ 13.56%的表型变异。变异率大于10.00%的主效加性QTL有33个,占总数的68.75%;来自灌木辣椒‘H101’的增效等位加性QTL位点有29个,占总数的60.42%。株高、主茎高、果长、果径、单果质量、果形和果实辣味等7个性状的9个加性QTL在两个群体中同时被检出,这些在不同环境及不同遗传背景下能够稳定存在的QTL可为辣椒农艺性状分子标记辅助选择育种、QTL精细定位及克隆提供有价值的参考。     

甜瓜果实相关性状QTL 分析

以WI998（厚皮网纹、纯雌株甜瓜品系）为母本,以3-2-2（薄皮、雌雄异花同株甜瓜品系）
为父本进行杂交,通过单粒传得到了含有124 个F_6：7 家系的重组自交系群体,构建遗传连锁图谱。在608
对SSR 引物中筛选出亲本间有多态性的引物150 对,多态率为24.67%;该图谱包含17 个连锁群,覆盖基
因组长度为1 246.67 cM,标记间的平均距离为9.59 cM。应用复合区间作图法对甜瓜单果质量（Fw）、果
实硬度（Ff）、果实长度（Fl）、果形指数（Fsi）及果肉厚度（Ft）等性状进行QTL 分析,共检测到15 个
QTL,分别分布在第1、4、5、6、8、10、13、14、15、17 连锁群上,其中8 个QTL 贡献率超过10%,
位于第13 连锁群的QTL Ff13.2 贡献率最大, 为26.45%。标记ECM87 与Fsi8.2 位于同一位点, 标记
CM33 与Fsi15.1 紧密连锁,遗传距离为0.6 cM。     

大白菜耐热性QTL定位与分析

 应用352个标记位点的大白菜AFLP和RAPD图谱，采用复合区间作图的方法对控制大白菜耐热性的数量性状基因位点(QTL)进行定位和遗传效应研究。用苗期热害指数进行耐热性表型鉴定，共检测到5个耐热性Q几位点，分布于3个连锁群上。ht-1、ht-3和ht-5表现为增效加性效应，ht-2和舡4表现为减效加性效应。ht一2对大白菜耐热性的遗传贡献率最大，其次是ht-5。发现了与5个 I8紧密连锁的侧连分子标记，它们与Q几间的距离为0．1 2．4 cM。这为大白菜耐热性分子标记辅助选择提供了理论基础。关键词：中图分类号：     

番茄果实有机酸总含量的QTL分析

以番茄高酸品种"12680"为母本,低酸品种"12574"为父本,配制杂交组合,构建含有260个单株的F2代群体为试材,采用酸碱滴定法测量果实的总酸含量,并进行遗传图谱构建及QTL分析,研究番茄果实中有机酸含量的遗传规律并找到与有机酸含量相关的QTL位点。结果表明:在256对AFLP引物和185对SSR引物中获得多态性良好的AFLP引物24对,SSR引物17对;构建连锁图谱,该图谱包括6个连锁群,共42个标记,覆盖基因组长度1 358.93cM,检测LOD值大于2.5的标记2个,贡献率分别为20.27%、10.98%,均分布在第2连锁群上。其中Ta1为负向加性效应,Ta2为正向加性效应。