FUT1基因新cSNPs的鉴别及其对仔猪抗大肠杆菌F18侵染的影响

 【目的】鉴别影响中国地方猪种仔猪抗水肿与腹泻病的关键基因位点。【方法】采用比较测序法对位置候选基因a1-岩藻糖转移酶基因（FUT1）进行cSNPs搜寻、鉴别,使用PCR-SSCP在10个中、西方猪种共计539个样本中开展SNPs遗传多态性检测;采用小肠上皮细胞体外显微黏附实验在白色杜洛克×二花脸资源家系的479个F2代个体中开展大肠杆菌F18ab黏附表型测定;使用SAS软件包分析SNPs基因型与黏附表型间的相关性。【结果】在FUT1基因中鉴别到两个新的cSNPs位点（M229C/T和M714T/C）,其中M714T/C为同义突变,M229C/T引起亮氨酸转变为苯丙氨酸;遗传多态性分析表明FUT1 M229C/T等位基因频率在中国地方猪群与西方商业猪群间差异显著而在中国地方猪群间差异不显著;在白色杜洛克×二花脸资源群体中,进一步对FUT1 M229C/T位点分析其与黏附表型的相关性,结果显示FUT1 M229C/T基因型与黏附表型之间呈显著相关（P<0.05）。【结论】FUT1 M229C/T位点可能是决定中国地方猪水肿与腹泻病的变异位点,该位点在中国地方猪抗水肿与腹泻病选育中具有重要潜在的应用价值。     

利用高密度SNP对猪血糖和糖基化血清蛋白性状的全基因组关联分析

【目的】测定苏太猪和白色杜洛克×二花脸F₂资源家系240 d血糖（glucose,GLU）和糖基化血清蛋白（glycosylated serum proteins,GSP）浓度,采用全基因组关联分析定位影响GLU和GSP的染色体位点,为最终鉴别影响该性状的因果基因奠定基础,同时为人类低血糖症和糖尿病的遗传学研究提供参考。【方法】分别将435头苏太猪和760头白色杜洛克×二花脸F2资源家系F₂个体在相同条件下饲养至240日龄进行统一屠宰,收集血液后分离血清,利用全自动生化分析仪测定GLU和GSP浓度。采集猪只耳组织提取DNA并测定DNA浓度。将质检合格的DNA样品利用Illumina porcine 60K SNP芯片判定基因型。运用PLINK软件对SNP判型结果进行质控,将合格的SNP标记用于后续的关联性分析,利用广义混合线性模型及R语言GenABEL软件包进行全基因组关联分析,定位影响苏太猪和白色杜洛克×二花脸F₂资源家系240 d血清GLU和GSP含量的染色体位点。根据全基因组关联分析结果从Ensembl或NCBI网站上分析可能的位置候选基因。【结果】全基因组关联分析共检测到5个与血清GLU和GSP达染色体显著水平相关的SNP位点。其中白色杜洛克×二花脸F₂资源群体在10号染色体（SSC10）24.67Mb处定位到与血清GSP含量显著相关的SNP（ALGA0057739,P=1.58×10^-5）,解释表型变异为3.72%。苏太猪群体共检测到2个与血清GSP显著相关的SNP（ALGA0108699和DRGA0017552,P=1.45×10^-5）,解释表型变异均为3.72%。使用猪参考基因组序列（10.2版本）,无法定位到具体的染色体位置。通过人、猪比较基因组分析,这两个SNP都位于SSC8,距STPG2基因3’端约180.0-193.0 kb。将两个群体进行Meta分析,未发现新的与GSP显著相关的SNP;在1号染色体250.32Mb处（DRGA0002016,P=2.48×10^-5）和14号染色体43.97Mb处（ASGA0062984,P=1.29×10^-5）,定位到与血清GLU显著相关的SNP。通过搜寻显著相关SNP所在染色体区域内的注释基因,发现ASPM、TRPM3和KCTD10 等基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。【结论】检测到5个显著影响猪血清GLU和GSP的SNP位点。这些SNP位点所处染色体区域内的ASPM、TRPM3、STPG2和KCTD10基因是影响血清GSP和GLU的重要候选基因。     

白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中催乳素(PRL)和催乳素受体(PRLR)基因与母猪杀婴行为和产仔数关联性研究

【目的】研究PRL、PRLR基因在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中的遗传变异及其与母猪杀婴行为和产仔数的关联性。【方法】PRL基因的g.1317TA、g.8905CT、g.9056CT位点,PRLR基因的g.1217CT、g.1283CA、g.1439GA、g.1528GA和g.1600TA位点采用SNaPshot法对资源群体所有F0、F1和288头F2母猪进行基因型判定,分别利用传递不平衡检测(TDT)和最小二乘法分析这些位点与母猪杀婴行为和产仔性状的关联性。【结果】TDT分析发现,PRL和PRLR基因所有检测SNP位点,无论基因型还是单倍型均与母猪杀婴行为无显著相关。与母猪产仔数相关性分析表明:PRLR基因5个SNP位点的基因型及单倍型与总产仔数、产活仔数、产死胎数、断奶仔猪数和断奶窝重均未达到显著相关;PRL基因的3个SNP位点与母猪的总产仔数和产活仔数达到显著相关(P0.05),单倍型ACC个体的总产仔数(P=0.0005)和产活仔数(P=0.001)极显著低于其它单倍型个体;单倍型TTT个体的产活仔数显著高于其它单倍型个体(P=0.003)。【结论】白色杜洛克×二花脸F2资源群体中,PRL、PRLR基因与母猪杀婴行为无关联性,PRL基因与母猪总产仔、产活仔数显著相关。     

猪IGF-2基因内含子3突变检测及其多态性分布

采用错配PCR-RFLP法,检测8个品种314头猪IGF-2基因内含子3的3072位点多态性及其在群体中的分布.结果表明:引入错配碱基构造出新的酶切位点,在很大程度上降低了试验成本且不影响基因型判定结果.IGF-2基因内含子3的3072位点(G→A)变异多态在猪群中分布差异极显著.国外品种猪中等位基因A的频率高于我国地方品种猪,我国地方品种猪(二花脸猪、梅山猪、五指山猪、淮猪)群体中绝大多数为GG基因型;而国外品种猪(长白猪、大约克猪、杜洛克猪)群体中GA和AA基因型频率分别为60%～70%和20%～30%.由杜洛克猪与二花脸猪、梅山猪杂交育成的苏太猪,其群体中GA基因型频率接近78%,大大超过地方品种猪.     

全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定

【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系（Trio）群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率< 90%的个体,剔除SNP位点检出率< 90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率< 0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334 等4个基因内或其上下游。基于单倍型的TDT验证分析发现两个易感单倍型框,其中与基于单点TDT验证分析有重合的仅有SSC17上CHMP4B内及下游的两个易感位点。结合疝气发生机制及TDT分析结果,推测IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的两个重要的位置功能候选基因。【结论】本研究利用基于小样本的GWAS分析和较大样本群验证分析,在SSC2和SSC17上分别鉴别1个和4个阴囊疝易感位点,在SSC17上鉴别到两个易感单倍型。易感位点附近的2个基因IQGAP2和CHMP4B可能是影响猪阴囊疝发生的位置功能候选基因,值得进一步研究。     

基于RFLP-PCR的猪肉溯源技术研究

选取杜洛克、大白猪和长白猪等3个品种共330头样品,提取基因组DNA,采用RFLP-PCR方法检测13个基因在3个猪品种群体内15个SNP位点的多态性,以期寻找到多态性信息含量丰富的SNP位点用于猪肉DNA溯源标记。结果表明:ADAMTS、DAZL、FBXO32、FUT1、MC4R、MyoG、NR4A1和PSMB基因的9个SNP位点可以用于杜洛克猪、大白猪和长白猪肉产品检测。根据9个SNP位点基因型对应的9个数字和字母组合形成的DNA条形码可以用于杜洛克猪、大白猪和长白猪肉产品溯源。     

霍寿黑猪和长白猪TLR4基因第3外显子的SNP检测及其遗传差异分析

为了对安徽地方猪霍寿黑猪和引进猪种长白猪TLR4 基因进行多态性分析,采用PCR-SSCP结合PCR产物双向测序的方法研究了86头霍寿黑猪及44头长白猪2个群体共130个样本TLR4 基因外显子3部分片段的单核苷核多态性,并对检测到的突变位点进行群体遗传学分析。结果检测到1个突变C1027A,C1027A突变为错义突变。群体遗传学分析表明,该多态位点基因型的分布在霍寿黑猪和长白猪2个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。C1027A位点多态性在地方猪品种和引进品种间的差异,是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。     

用焦磷酸测序技术研究猪KIT基因的基因型

为了探讨猪KIT基因等位基因的识别及KIT基因和毛色的关系,为实现猪毛色的定向分子育种奠定基础。以皮特兰、棕色杜洛克、白色杜洛克、长白猪、大白猪、B系猪、荣昌猪、盆周山地猪共8个品种(系)98头猪为试验材料,利用焦磷酸测序技术检测了猪KIT基因第17内含子区第一核苷酸处G→A突变的比例,推测了猪在KIT基因座位上的基因型或基因型组合。结果表明,A/A+G呈现明显的品种特征:棕色杜洛克、盆周山地猪、荣昌猪、皮特兰猪KIT基因A/A+G均在20%以下,推测棕色杜洛克和盆周山地猪在KIT基因座位上的基因型为ii,荣昌猪、皮特兰在KIT基因座位上的基因型为ii、IPi和IPIP;白色杜洛克、大白猪、长白猪、B系猪KIT基因A/A+G呈现散在分布,依据理论基因型下A/A+G将其聚类。通过探讨KIT基因和毛色的关系,证实荣昌猪的全白毛色并非受传统的显性白等位基因控制。     

在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中定位猪四肢骨骨骼长度和直径QTL

 【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪四肢骨骨骼长度,股骨和肱骨的骨髓腔长度、骨髓腔直径以及股骨骨壁厚度的数量性状位点（QTL）。【方法】在白色杜洛克×二花脸资源群体中测定132头240日龄阉割公猪29类四肢骨骨骼的长度、6类四肢骨骨骼直径以及股骨和肱骨骨壁厚度、骨髓腔长度和骨髓腔直径等表型性状。选择多态信息含量丰富并覆盖猪全基因组19条染色体的183个微卫星标记,采用最小二乘区间定位法进行猪全基因组扫描,定位猪四肢骨骼各性状QTL。【结果】在39个表型性状中定位到14个基因组1%显著水平QTL,14个基因组5%显著水平QTL和47个染色体5%显著水平QTL。除SSC11没有检测到QTL外,其它各染色体都存在影响四肢骨骼QTL。【结论】定位75个影响猪四肢骨骼性状QTL,在SSC7上57～59 cM 发现影响多种骨骼生长的QTL。     

在白色杜洛克×二花脸F2资源家系中定位影响猪210日龄8个体尺性状的QTL

 【目的】通过测量猪体长、体高、管围、胸围、胸宽、胸深、腹围和腿臀围等8个体尺性状,应用全基因组扫描定位影响猪体尺性状的数量性状位点(QTL)。【方法】在210日龄,活体测量白色杜洛克×二花脸资源群体129头F2个体的上述8个体尺性状,利用分布于猪18条常染色体和X染色体上的183个微卫星标记,对这129头F2个体及其父母和祖代亲本进行基因型检测。应用基于最小二乘线性回归分析的复合区间作图法在QTL Express进行在线QTL定位分析,并通过1 000次的Permutation来确定不同显著水平的临界值。【结果】在8条染色体上共检测到19个影响猪体尺性状的QTL,其中位于4和7号染色体上的5个QTL达到基因组1%显著水平,位于2和7号染色体上的2个QTL达基因组5%显著水平,但是没有检测到影响胸深的QTL。【结论】影响猪体尺性状的QTL位点大多数分布于不同染色体区域,QTL所解释的表型方差介于5.23%—41.58%。白色杜洛克和二花脸中均存在增加表型值的有利等位基因。     

猪黑素皮质素受体4基因的单倍型检测与分析

黑素皮质素受体4（melanocortin 4receptor,MC4R）是G蛋白耦联受体超家族的一个成员,在人和许多动物的体重、能量稳态和采食量的调控中发挥重要作用。现采用直接克隆测序的方法对23头长白猪、25头大白猪、19头民猪和7头野猪的MC4R基因进行了测序与分型。共检测到SNP位点72个,其中发生频率在2次以上的SNP位点有6个,有3个为错义突变,引起了多肽链氨基酸的替代;6个SNP位点共组成了14种单倍型,其中H1、H3、H5、H6、H7、H9、H11和H14为首次发现的单倍型。     

基于CYB5A 基因的广东小耳花猪群体遗传背景检测…

广东小耳花猪是广东省饲养量最大的地方猪品种,农户自繁自养过程中可能混入外来猪种血缘,实际生产中主要通过表型进行评估和选育。CYB5A基因启动子中的突变位点可以鉴定中外猪种遗传背景,因此可通过分子方法检测广东小耳花猪群体中是否混有外来猪种血缘。采用PCR扩增CYB5A基因启动子并进行单向直接测序,将得到的基因序列进行对比以鉴定变异位点。结果显示,32头种猪和36头后备母猪中均有1头为杂合子AB型,A等位基因频率分别为0.0152和0.0139,其余种猪和后备母猪均为中国猪种纯合子BB型。经卡方检验,种猪和后备母猪群体在检测位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),表明外来猪种该位点在广东小耳花猪群体内没有受到人工选择。该AB型种母猪毛色表型正常,与纯种广东小耳花猪BB型公猪配种生出6头毛色异常仔猪,其中2头为杂合子AB型。该种母猪与杜洛克公猪配种后生出红毛仔猪,该杂交后代的表型也验证其混有外来猪血缘,表明分子鉴定的准确性。研究结果表明,广东小耳花猪群体的血统基本纯正,只有极少数个体混有外来猪种血缘,通过表型选择与分子辅助育种相结合的方法可以准确、快速地提纯该地方品种。     

猪DECR1基因SNPs筛选及其多态性分析

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测...     

催乳素受体基因(PRLR)与产仔数关系的研究

采用PCR-SSCP方法,分析了东北民猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪共313头个体PRLR基因位点的多态性与产仔性能的关系,同时分析了这4个群体是否为平衡群体。结果表明:除东北民猪外,大白猪、长白猪和杜洛克氏猪均处于遗传基础极度不平衡状态;多态性检测共检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC、BC,推测PRLR位点的不同基因型对产仔性能的影响是:AA>AC>AB>CC。     

利用全基因组高通量SNP标记定位二花脸×沙子岭家系中的断奶体重QTL

 【目的】利用二花脸×沙子岭家系定位影响仔猪45日龄断奶体重的数量性状位点（quantitative trait loci,QTL）并搜寻QTL区间内与表型相关的位置候选基因,为最终鉴别因果基因奠定前期工作基础。【方法】构建二花脸×沙子岭猪F2资源家系,利用Illumina porcine 60k DNA芯片判定F2个体的基因型,对45日龄断奶体重表型进行全基因组连锁分析,定位影响二花脸×沙子岭家系F2家系仔猪45日龄断奶体重的QTL。在Ensemble（EMBL-EBI）和NCBI（National Center for Biotechnology Information）网站基因组数据库中搜寻相应的位置候选基因。【结果】在猪的2号染色体（sus scrofa chromosome 2,SSC2）上定位到了1个5%基因组水平显著的QTL,在猪的5号染色体（sus scrofa chromosome 5,SSC5）和猪的14号染色体（sus scrofa chromosome 14,SSC14）上分别定位到了1个1%基因组水平显著的QTL。在上述3个QTL区域内搜寻到了5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因,分别是SSC2上的CYP2R1、COPB1、PDE3B基因和SSC5上的NOP2、GDF3基因。【结论】本研究将影响二花脸×沙子岭家系仔猪45日龄断奶体重的QTL定位于SSC2、SSC5和SSC14,并揭示出5个与仔猪45日龄断奶体重相关的候选基因。     

宣和猪FGF14基因多态性及其对生长性状的影响

为了探讨宣和猪FGF14基因外显子4的多态性及其对猪群生长性状的影响,通过PCR产物直接测序对366头宣和猪FGF14基因外显子4区域的SNP位点进行检测,结合宣和猪的生长性状记录,分析了单个位点基因型及两个位点单倍型组合对7个生长性状的影响.结果表明:在宣和猪外显子4上检测到T493A和A589G这两个紧密连锁的位点...     

文昌鸡白麻羽性状与 SLC45A2 多态性关系

【目的】研究文昌鸡白麻羽性状的遗传规律,鉴定与白麻羽性状相关的基因变异,为文昌鸡白麻羽群体的利用以及白麻羽性状的分子标记辅助选择提供参考。【方法】利用正反交试验探索白麻羽性状的遗传规律;根据白麻羽性状的特点结合前人研究结果,选取SLC45A2基因为候选基因,利用重测序的方法筛选外显子区域内的变异;并重点验证外显子区域的错义突变和无义突变与白麻羽性状的关系。【结果】黄麻羽个体与白麻羽个体正反交试验结果表明,白麻羽性状相对于黄麻羽呈伴性隐性遗传。试验以白麻羽和黄麻个体为DNA模板,扩增了SLC45A2上的7个外显子区域,结果共筛选到5个SNP,其中3个位于外显子上,2个为错义突变(c.a74g和c.g1154c),1个为同义突变(c.c561t)。以文昌鸡白麻羽群体的文昌鸡和非白麻羽性状的文昌鸡、霸王山鸡、清远麻鸡、杏花鸡、红色原鸡为材料,验证上述错义突变,结果显示c.g1154c位点与白麻羽性状完全连锁。【结论】白麻羽性状呈现伴性隐性遗传,c.g1154c可能是白麻羽性状的致因突变。     

猪脂联素基因启动子克隆及多态性研究

[目的]为脂联素基因作为脂肪沉积候选基因的研究提供依据。[方法]通过猪BAC文库筛选及primer—walking的测序方法获得脂联素基因的启动子序列,采用PCR—RFLP技术对蓝塘猪、大花白猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个品种共290头猪的脂联素基因启动子区的多态性进行了分析。[结果l脂联素基因的5’侧翼区-1010bp（G／A）的SNP位点,本地猪种中GG基N型频率明显高于外来猪种;-394bp（T／C）的SNP位点,本地猪种基因型分布较为丰富,而在外来猪种申却没有检测到CC基因型,且外来猪中T等位基因频率较高。[结论]脂联素基因上游-1010bp（G／A）的SNP位点突变可能会引起该基因转录水平的改变,而-394bp（T／C）的SNP位点与基因转录水平及与脂肪沉积可能无关．     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

豫西黑猪线粒体COXI基因的扩增和系统发生分析

豫西黑猪作为一个极具发展潜力的地方品种,其种质资源面临着基因混杂的风险。通过对豫西黑猪的线粒体COXI基因进行PCR扩增、测序,并与其他22种不同猪种的COXI基因进行序列比对,采用最大似然法(ML法)和邻接法(NJ法)建立系统发育树,探究其与其他猪种之间的遗传变异及种系发育关系。结果表明,23个猪种该基因序列保守位点和变异位点分别占总位点的96.5%和3.5%,不同猪种间线粒体COXI基因的相似度均在96.5%以上。豫西黑猪线粒体COXI基因表现出明显A、T碱基偏好性。系统发育树和遗传距离结果显示,豫西黑猪种内遗传距离较近,并且与杜洛克猪的遗传距离较近,说明豫西黑猪与杜洛克猪之间存在基因混杂情况。