贵州4个山羊群体mtDNACytb基因多态性研究

为了从核酸水平上分析贵州4个山羊群体线粒体DNA细胞色素b基因(mtDNACytb)的遗传多样性及亲缘关系,对贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及贵州小香羊4个山羊群体,共计55个个体mtDNACytb基因片段进行测序分析和比较。结果表明:55条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现11个变异位点,观察到10种单倍型;4个山羊群体中单倍型多样性为0.442~0.889,核苷酸多样度为0.00145~0.0025。贵州山羊的遗传多样性处于中等水平;贵州山羊可分为两大类群,即贵州黑山羊和贵州麻羊2个群体为一类;贵州白山羊和贵州小香羊2个群体为另一类。     

西南地区5个山羊遗传新资源的遗传多样性和亲缘关系分析

为研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及这5个山羊遗传新资源与其他羊种的亲缘关系,研究扩增了山羊的mtDNA D-loop序列并测序,对序列进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区5个新的山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊,渝东黑山羊平均多态位点和遗传多样性在5个羊种中最低。从亲缘关系来看,酉州乌羊和渝东黑山羊与板角山羊亲缘关系近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。研究认为,渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯。     

新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究

为了研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及其与其他羊种的亲缘关系,试验利用设计的引物对山羊的mtDNA D-loop序列进行了PCR扩增和测序,对序列数据进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区新批准的5个山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊;从亲缘关系来看,渝东黑山羊与板角山羊和南江黄羊亲缘关系较近,酉州乌羊与板角山羊亲缘关系最近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。说明渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯;新批准的5个山羊遗传资源的遗传距离和亲缘关系与其所处的地理位置存在密切关系。     

贵州地方山羊品种遗传背景的微卫星分析

用15个牛微卫星位点,以波尔山羊为对照,研究了4个贵州地方山羊品种(贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊、榕江小香羊)的遗传背景。结果:可分析的多态位点6个(BM1258、D1S104、ILSTS030、INRA063、INRABERN192、RM088),占40%(6/15),反应了牛微卫星位点与山羊有较高同源性;贵州地方山羊品种比波尔山羊具有较高的遗传多样性,高低顺序是贵州白山羊>贵州黑山羊>黔北麻羊>榕江小香羊>波尔山羊;群体遗传分化大,群体变异主要存在于品种内,而品种间的变异较小;贵州白山羊与贵州黑山羊遗传距离最近,其次是榕江小香羊、黔北麻羊,与波尔山羊遗传距离最远,这与它们的地理分布及品种形成相符。     

成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性研究

采用SDS-PAGE研究成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性,并以金堂黑山羊、乐至黑山羊、自贡黑山羊、藏山羊作对照进行比较分析。结果表明:成都麻羊与对照山羊乳MUC1的多态性丰富,成都麻羊有7种基因型、5个等位基因优势基因为C、D、E,金堂黑山羊7种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,乐至黑山羊6种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,自贡黑山羊5种基因型、5个等位基因优势基因为A、C、D,藏山羊3种基因型、3个等位基因优势基因为C、D。乳MUC1的基因型、等位基因的分布品种间有差异;根据乳MUC1等位基因频率对供试山羊品种进行聚类分析,成都麻羊与金堂黑山羊的遗传距离最小(D=0.2507)先聚为一类,再依次与乐至黑山羊(D=0.2831)、自贡黑山羊(D=0.3721)、藏山羊(D=0.4752)聚为一大类,结果较好的反映了成都麻羊与对照山羊品种间的亲缘关系。     

用5个微卫星标记分析四川7个地方山羊品种的遗传关系

选用5个微卫星标记对四川7个地方山羊品种(类群)进行了遗传关系分析。结果表明:5个微卫星标记检测到的等位基因数从1～7个不等,平均多态信息含量为0.537～0.716,其中ILSTS004、ILSTS030、McM038和OarFCB011这4个基因座位为高度多态性基因座,CSSM004为中度多态基因座,都能较好地用于山羊群体间的遗传多样性分析。7个山羊群体的平均多态信息含量为0.601～0.696,群体平均杂合度为0.530～0.655,群体间的遗传分化系数为0.1167,表明7个地方山羊群体的遗传多样性较为丰富。群体间的Nei氏遗传距离为0.0822～0.7240,以Nei氏遗传距离为基础构建的系统聚类树表明,藏山羊、建昌黑山羊、成都麻羊和北川白山羊聚为一大类,第2类为乐至黑山羊和金堂黑山羊,最后简阳大耳羊单独成一类。     

山羊生长分化因子9基因FecTT突变检测

本研究采用PCR-RFLP方法检测生长分化因子9(growth differentiation factor 9, GDF9)基因FecTT突变在济宁青山羊、贵州白山羊、大足黑山羊、陕南白山羊、古蔺马羊、马头山羊、波尔山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、文登奶山羊、板角山羊、金堂黑山羊、关中奶山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、辽宁绒山羊、内蒙古绒山羊等17个山羊品种中的分布。结果表明,在17个山羊品种中都未检测到FecTT突变,提示,GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上17个山羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

武陵山区山羊传染性胸膜肺炎流行病学调查

通过临床调查、病理剖检和血清学检查等方法,对武陵山区山羊传染性胸膜肺炎的流行情况进行了研究。结果表明,在被检的1982只山羊中,以Y-98为标准抗原,用HIMA实验检测结果,22只呈阳性反应,阳性反应率为1.1%;用PG3为标准抗原,用HIMA实验检测结果,105只呈阳性反应,阳性反应率为5.3%。调查的武陵山区5个山羊品种,结果显示,波尔山羊阳性感染率最低,为5.8%,其次是南疆黄羊,阳性感染率为7.7%,本地白山羊8.1%,成都麻羊为8.4%,黑山羊为8.8%;根据山羊年龄调查,结果显示,在5月龄以前,阳性感染率的顺序依次是:波尔山羊<南疆黄羊<黑山羊<马头山羊<成都麻羊;12月龄以前,阳性感染率的顺序依次是:波尔山羊<南疆黄羊<成都麻羊<马头山羊<黑山羊;成年羊阳性感染率的顺序依次是:波尔山羊<成都麻羊<南疆黄羊<马头山羊<黑山羊。     

长江中下游以及东南沿海的7个山羊群体的遗传多样性分析

利用23个微卫星标记对宜昌白山羊、马头山羊、湘东黑山羊、福清山羊、戴云山羊、黄淮山羊、长江三角洲白山羊等7个山羊群体进行了遗传多样性检测,结果显示:23个基因座中21个座位在所有群体中都具有多态性,基因座BM0203在各个群体中分别为纯合基因座,但存在群体间变异,基因座BM6444在湘东黑山羊、宜昌白山羊群体中为单态,但在其他群体都存在多个等位基因。总群体基因杂合度为0.819 0,7个群体PIC平均值在0.630 5~0.691 9之间。根据Nei氏遗传距离用UPGMA方法对7个群体进行亲缘关系聚类,马头山羊和湘东黑山羊首先聚为一类,福清山羊、戴云山羊、长江三角洲白山羊、黄淮山羊再和前者依次聚类,最后,宜昌白山羊和它们整个聚为一类。     

自贡黑山羊GoLA-DRB3基因遗传多态性的研究

采用PCR-RFLP技术分析并比较自贡黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊和成都麻羊GoLA-DRB3基因区域第二外显子的遗传多态性,其特异性扩增产物经TaqⅠ、Pst Ⅰ和HaeⅢ限制性内切酶酶切,结果GoLA-DRB3基因的第二外显子的第122、154、168、220、241位碱基均为多态.自贡黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的9个等位基因;金堂黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的10个等位基因;乐至黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的7个等位基因;成都麻羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的8个等位基因.聚类表明,金堂黑山羊和成都麻羊的亲缘关系最近,在D=0.282处首先聚为一类,两者再与乐至黑山羊在D=0.351处聚为一类;最后自贡黑山羊与前3个山羊品种在D=0.498处聚为一类.     

利用mtDNA细胞色素b分析贵州山羊的系统发育

试验选取贵州山羊4个群体(共55只),设计引物对其mtDNA细胞色素b基因片段进行测序,测序结果与GenBank报道的8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因进行比对分析。结果发现,在55只贵州山羊中有11个变异位点,其中转换10次,T/G颠换1次;10种单倍型中有7种单倍型为1个群体独享,3种单倍型为多个群体共享。4个山羊类群间存在较近的亲缘关系,既是独立的类群,其间也存在基因交流,其中贵州黑山羊和贵州麻羊的亲缘关系最近,与贵州白山羊的亲缘关系次之,与贵州小香羊的亲缘关系最远。从山羊品种间遗传距离构建的邻接树可见,贵州4个山羊类群均起源于镰刀状角羊骨羊。     

Genetic Diversity of Mitochondrial DNA D-loop Sequences in Huili Black Goat

To explore the genetic diversity and origin for genetic resource protection of Huili Black goat, the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop was investigated. mtDNA D-loop sequences of 41 goats were analyzed by PCR, sequencing techniques, and biological information and the phylogenetic trees were constructed. The mtDNA sequences of the Huili Black goat ranged from 1211 to 1213 bp, and 2 sequences were 1211 bp, 29 sequences 1212 bp, and 10 sequences 1213 bp. The content of A+T (60.1%) was higher than one of G+C (39.9%). There were 9 haplotypes, and the haplotype diversity was 0.842+0.00368. The nucleotide diversity was 0.01542+0.00034. The phylogenetic analysis showed that Huili Black goat was distributed in a branch, and were closed to Jianchang Black goat, Chengdu Ma goat, Jintang Black goat, Guizhou White goat, Guizhou Black goat, but they were less related to Capra falconeri. Huili Black goats had rather abundant genetic diversity, and were greatly affected by other goat breeds in history.     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

Study on the Expression Profiles of A-FABP Gene in 5 Goat Breeds

In order to understand the regularities of A-FABP gene expression in Guizhou native goats,and to establish the theoretical basis of molecular marker assisted selection for meat quality traits,β-actin gene was used as control,expression levels of A-FABP gene in livers,kidneys,hearts,lungs,longissimus muscle,semimembranosus muscle and subcutaneous fat of Qiandongnan small Xiang goat,Guizhou White goat,Guizhou Black goat,Qianbei Ma goat and Nanjiang Yellow goat were detected by Real-time fluorescence quantitative PCR.The results showed that A-FABP gene was expressed in all 7 tissues of 5 goat breeds,and the expression levels of A-FABP gene mRNA were all high in subcutaneous fat of 5 goat breeds;In subcutaneous fat,which was the main tissue of A-FABP gene expression in Guizhou native goats,and in longissimus muscle and semimembranosus muscle,which were directly associated with meat production property,A-FABP gene mRNA levels were all high in Qiandongnan small Xiang goat.The results suggested that the tissue distribution patterns of A-FABP gene mRNA in Guizhou native goat breeds were similar to each other.The excellent meat quality of Qiandongnan small Xiang goat might be related with the high expression levels of A-FABP gene mRNA in it's subcutaneous fat,longissimus muscle and semimembranosus muscle.     

5种山羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白基因的表达谱研究

为弄清贵州地方山羊脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(adipocyte fatty acid-binding protein,A-FABP)基因mRNA的表达规律,奠定肉质性状分子标记辅助选择的理论基础,试验以β-actin基因为内参,应用实时荧光定量PCR技术检测黔东南小香羊、贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和南江黄羊共5个山羊品种心脏、肝脏、肺脏、肾脏、背最长肌、半膜肌及皮下脂肪7个组织器官中A-FABP基因的表达.结果表明,5个山羊品种7个组织中都有A-FABP基因表达,且5个品种中皮下脂肪A-FABP基因的表达水平都较高;在贵州地方山羊A-FABP基因表达的最主要组织--皮下脂肪,以及在与产肉性能直接相关的组织--背最长肌和半膜肌中,黔东南小香羊A-FABP基因mRNA水平都较高.结果提示,贵州地方山羊A-FABP基因mRNA的组织分布模式相似,黔东南小香羊的优良肉质特性或许与其皮下脂肪、背最长肌和半膜肌中A-FABP基因的高表达有关.     

促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与山羊产羔数的相关性分析

本研究采用候选基因法对与繁殖性能有关的遗传标记进行筛选,旨在为山羊高产仔数的标记辅助选择提供确切的遗传依据。参考牛的促性腺激素释放激素受体(Gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计4对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测GnRHR基因在波尔山羊以及我国西南地区9个地方山羊品种中的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),同时在川东白山羊、古蔺马羊和贵州白山羊3个群体中研究该基因多态性与山羊产仔数之间的相关性。结果显示,4对引物中只有引物P1扩增片段检测出多态性。对于P1的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到AA、GG和AG 3种基因型,测序分析表明GG与AA型相比有一处单碱基突变(154G→A)。AA基因型个体在3个群体中产羔数最小二乘均值都显著高于GG和AG基因型个体(P<0.05),GA基因型个体在古蔺马羊中的产羔数显著高于GG型个体(P<0.05),而在其它2个品种中差异不显著(P>0.05)。本研究结果初步表明山羊GnRHR基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

四川5个山(绵)羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究参阅文献挑选 80个随机引物 ,从中筛选出 3 0个重复性好的引物 ,对四川黑山羊、南江黄羊、北川白山羊、成都麻羊 4个山羊品种和藏绵羊进行RAPD分析 ,并进一步对 1 3只南江黄羊个体 ,1 8只黑山羊个体的基因组DNA进行PCR扩增。用Nei氏公式计算品种间的遗传距离 ,用UPGMA法构建树状聚类图。结果表明 :黑山羊与南江黄羊的遗传距离最小 ,亲缘关系较近 ;藏绵羊与各品种间的遗传距离都很大 ,亲缘关系远 ;RAPD技术可作为一种有效的分子标记用于山羊品种之间遗传亲缘关系的分析