丽金龟亚科(Rutelinae)部分种类16S rRNA-ND1基因序列分析

将测得的丽金龟亚科(Rutelinae)7个样本的16S rRNA-ND1基因部分序列与GenBank数据库中的11条同源序列进行比较,应用DNAStar5.0和Mega 3.1软件,分析核苷酸序列组成和遗传距离,构建分子系统发育树。结果表明:在获得的810bp序列长度中,变异位点218个,简约信息位点155个;A+T使用表现明显的偏向性(73.3%)。丽金龟亚科9个属间的遗传距离在0.054~0.152之间变动;属内种间的距离为0.021~0.064。中华弧丽金龟(Popillia quadriguttata)和日本弧丽金龟(Popillia japonica)具有十分相近的亲缘关系。以白星花金龟(Potosia brevitarsis)和太异爪犀金龟(Heteronychus lioderes)为外群重建的NJ、ME树均支持丽金龟亚科中9属16个种分为2个分支格局的结果 :原喙丽金龟属(Prodoretus)、鳞喙丽金龟属(Lepadoretus)、喙丽金龟属(Adoretus)聚为一支;弧丽金龟属(Popillia)、藜丽金龟属(Blitopertha)、发丽金龟属(Phyllopertha)、彩丽金龟属(Mimela)、塞丽金龟属(Anisoplia)分化为第二分支。其中,异丽金龟属(Anomala)的不同种优先聚集在该属分支下,证实基于分子分类与形态分类的一致性。     

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究

对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4％-67.8％)明显高于G+C含量.物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个.以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的.COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记.     

基于rDNA-ITS基因齿爪金龟属三亚属的系统发育关系研究

作者采用PCR和DNA测序方法,研究了齿爪金龟属三亚属核糖体DNA(rDNA)的第一内转录间隔区(ITS1)基因序列的特征,并以索鳃金龟属(Sophrops Fairmaire)做外群,构建了分子系统树。研究结果表明:7种金龟甲ITS-1片段序列中,T,A,G,C的含量分别为20.3%、22.9%、29.4%、27.4%,A+T的含量明显低于G+C的含量。分子系统树显示,三亚属的系统发育关系为(齿爪金龟亚属+狭肋金龟亚属)+脊头金龟亚属,齿爪金龟属三亚属间的遗传距离要远远小于与索鳃金龟属间的距离。     

利用翅的数学形态特征对8种金龟子进行分类鉴定

为探讨金龟子前翅数学形态特征用于金龟子分类及亲缘关系判别的可行性,以丽金龟科、花金龟科和鳃金龟科3个科8种金龟子为研究对象,应用BugShape 1.0软件提取金龟子右鞘翅偏心率、叶状性、球状性、似圆度、紧凑度和7个Hu不变矩等12项数学形态特征,最后进行方差分析和聚类分析。方差分析结果表明所提取的特征参数在种内无显著差异(Sig0.01),而在种间差异极显著(Sig0.01),说明形态特征参数均能用于金龟子分类鉴定。聚类分析结果表明,从数学形态学角度出发,8种金龟子亲缘关系远近为小青花金龟子与白星花金龟子,大云斑鳃金龟子与华北大黑鳃金龟子,苹毛金龟子与黑绒金龟子的亲缘关系较近,而铜绿丽金龟子与黄褐金龟子与其他种类的亲缘关系较远。     

20种溪蟹线粒体COI基因比较分析及系统发育研究

【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属（Longpotamon）代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树（BI）和最大似然树（ML）,探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%（T）、16.4%~20.2%（C）、26.8%~28.9%（A）和14.7%~17.2%（G）,呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹（Longpotamon changanense）与龙溪蟹未定种（Longpotamon sp.）的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属（Longpotamon）的小龙溪蟹（L.parvum）并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属（Sinolapotamon）、近溪蟹属（Potamiscus）和小石蟹属（Tenuilapotamon）物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。     

基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。     

山东省无棣县农田金龟子种类调查及发生规律研究

调查了山东省无棣县农田金龟子的种类及其发生规律。结果表明,2003~2007年,在无棣县共查到金龟子10种,分别隶属鳃金龟科、丽金龟科和犀金龟科,以华北大黑鳃金龟、铜绿丽金龟、黑绒金龟为优势种,中华弧丽金龟为大豆田优势种。并分析了各种作物金龟子的分布密度,详述了主要金龟子的生活史及其为害期,提出了防治策略。     

枣粮间作田金龟子发生规律的初步研究

调查了山东省无棣县枣粮间作田金龟子的种类及其发生规律。结果表明,2009～2011年,在无棣县共查到10种金龟子,分别隶属于鳃金龟科、丽金龟科和犀金龟科,以华北大黑鳃金龟、铜绿丽金龟、黑绒金龟为优势种,中华弧丽金龟为枣树间作大豆田的优势种。并分析了枣树间作各种作物金龟子的分布密度,详述了主要金龟子的生活史及其危害期,提出了防治策略。     

基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

试验测定了雉科4属7种的81条COI序列,获得片段长度为690 bp,并从Genbank、BOLD中获取21属46种的相应序列,进行了序列和系统发生分析。通过计算属间遗传距离,并以中华秋沙鸭(Mergus squamatus)、马来闭壳龟(Cuora amboinensis)为外群,用NJ法、ME法和ML法对雉科46种鸟类构建系统发育树,来探讨雉科内存在争议属的分类问题。结果表明:血雉与鹑类关系更近;雪鸡属与石鸡属关系很近;山鹑属始终与鹌鹑属聚在一起;勺鸡属与雉鹑属相邻而自成一个支;原鸡属与竹鸡属和鹧鸪属始终聚在一起;山鹧鸪属最先分化出来,在整个雉科类群的基部。     

长江下游4属6种鳞科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析

采用PCR扩增获得了长江下游鲿科(Bagridae)4个属6个种类的线粒体16S rDNA序列片段。序列长度介于920 bp与933 bp之间,A+T含量明显高于C+G含量。共有939个比对位点,其中190个为变异位点;52个为简约信息位点。以大鳞脂鲤(Chalceus macrolepidotus)为外群,采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)分析鲿科4属6种鱼类的系统发生关系。结果表明,16S rDNA序列可以作为鲿科属间系统发育分析的有效分子标记。聚类结果显示,鲿科鱼类构成一个单系类群,其中鳠属(Mystus)较特化,黄颡鱼属(Pelteobagrus)次之,而拟鲿属(Pseud-obagrus)与鮠属(Leiocassis)的亲缘关系最近。     

21种大眼蟹线粒体COI基因比较及系统进化分析

【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法（ML）和最大简约法（MP）分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9% T、18.9%~27.2% C、25.3%~29.7% A及16.6%~19.0% G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明,日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近,而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】 21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点,可考虑作为物种鉴定的分子标记;但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限,在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足,部分种类间的亲缘关系可信度较低,因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。     

南海常见7种石斑鱼的DNA条码构建与亲缘关系分析

利用特异性聚合酶链式反应（PCR）技术扩增获取了南海海域常见的7种石斑鱼———鲑点石斑鱼（Epinephelus fario）、青石斑鱼（E.awoara）、黑边石斑鱼（E.fasciatus）、赤点石斑鱼（E.akaara）、七带石斑鱼（E.septemfasciatus）、斜带石斑鱼（E.coioides）、棕点石斑鱼（E.fuscoguttatus）———线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列。测定序列的比较分析结果显示：①该研究获取的COI基因部分序列能将7个物种分别开来,可以作为DNA条码;②线粒体DNA COI基因及核DNA的RAG1基因部分序列分别构建的系统发生树较为一致,结果都支持7种石斑鱼分为3支：青石斑鱼和斜带石斑鱼为第1支;鲑点石斑鱼、黑边石斑鱼、赤点石斑鱼和棕点石斑鱼为第2支;七带石斑鱼为第3支。研究表明,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在石斑鱼属内的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性。     

4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究

测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树（NJ树）,在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性.     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离（0.042~0.072）小于鲱科内属间遗传距离（0.065~0.106）。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

基于COⅠ基因我国鹦嘴鱼属鱼类分子系统分类关系

为探讨鹦嘴鱼属（Scarus）鱼类分子系统分类关系，本研究对采集的16种鹦嘴鱼类COⅠ基因部分序列进行PCR扩增和测序，结合GenBank下载的2种绿鹦嘴鱼属COⅠ基因序列共同分析，利用MEGA7.0软件计算遗传距离，采用最大似然法和邻接法构建分子系统进化树．结果显示：18种鹦嘴鱼大致形成3个分支，其中青鲸鹦嘴鱼属（Cetoscarus）单独形成一支，位于进化树基部；鹦嘴鱼属进化地位较高，位于进化树顶部；绿鹦嘴鱼属（Chlorurus）进化地位介于两者之间．驼背绿鹦嘴鱼（Chlorurus gibbus）及污色绿鹦嘴鱼（Chlorurus sordidus）没有与鹦嘴鱼属聚为一支，而是与绿鹦嘴鱼属聚在一起，支持两者归为绿鹦嘴鱼属的分类观点．许氏鹦嘴鱼（Scarus schlegeli）与棕吻鹦嘴鱼（Scarus psittacus）亲缘关系十分接近，但两者COⅠ遗传距离差异为0.085，大于0.020的种间遗传距离差异临界值，两者应该是不同的物种. 截尾鹦嘴鱼（Scarus rivulatus）与黑斑鹦嘴鱼（Scarus globiceps） COⅠ遗传距离为0.017，小于0.020的临界值.但两者形态存在较大差异，排除同种异名可能性，有可能两者存在自然杂交或基因渗透．     

甘肃省白龙江林区金龟总科昆虫区系研究

研究白龙江林区金龟总科的昆虫区系分布,是对该地区进行昆虫区划的重要依据。在白龙江林区内按不同海拔、林型定点采集金龟总科昆虫标本1 000余号,经鉴定,共有157种,隶属于9科,59属。该区系属的组成为:只属于古北界成分的占10.53%;只属于东洋界成分的占20.34%,二者共有种类占71.93%。该林区科的区系分布结果为,锹甲科中属于东洋界的种类占60.0%,古北、东洋界共有种类占40.0%;金龟科中古北界种类占41.67%,东洋界种类占33.33%,古北、东洋界共有种类占25.0%;花金龟科中古北界种类占16.67%,东洋界种类占37.5%,古北、东洋界共有种类占45.83%;丽金龟科中古北界种类占22.22%,东洋界和古北、东洋界共有种类各占38.89%;鳃金龟科中古北界种类占26.32%,东洋界种类占8.77%,古北、东洋界共有种类占64.91%。综合分析上述结果可知,白龙江林区金龟总科属、科的区系分布特点为:东洋界成分相对较多,古北界成分最少,以古北、东洋界共有成分为主。     

烟粉虱不同地理种群的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

 烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一种世界性的重要害虫并具有多种生物型。本文利用mtDNA COI基因片段对国内外12个地理种群烟粉虱的生物型进行了鉴定并对其来源进行了分析。序列比较和系统发育分析结果表明，采自北京海淀、河南郑州、山东枣庄、江苏南京、上海闵行、海南海口等地的烟粉虱与来自美国California州、Texas州、Arizona州以及以色列的B型烟粉虱的同源性达到99.8%～100%，由此可见目前在中国广大地区暴发成灾的烟粉虱生物型为B型；而采自云南省昆明地区一品红寄主植物上的烟粉虱与来自摩洛哥和西班牙的Q型烟粉虱具有极高的同源性，该烟粉虱生物型为Q型，这也是首次报道Q型烟粉虱入侵中国。