STATTAT5b基因多态性及其与京海黄鸡繁殖性状的相关分析

以信号转导和转录激活子5b(STAT5b)基因为候选基因,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测STAT5b基因在京海黄鸡、边鸡、尤溪麻鸡和AA鸡4个群体中的单核苷酸多态性(SNPs),并与京海黄鸡繁殖性状的相关性进行研究。结果表明,就STAT5b基因P1位点而言,在4个鸡群体中检测到6种基因型(DD、DE、DF、EE、EF、FF)。克隆测序发现,与DD基因型相比EE和FF基因型中存在2个突变(A9221G、T9401C)。就P2位点而言,在4个鸡品种中检测到3种基因型(GG、GH和HH),克隆测序发现,与GG基因型比较HH基因型有3个突变(C11159T、T11183C和T11252C)。最小二乘分析结果显示,DF基因型的京海黄鸡300日龄产蛋数显著高于EE基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05);GG基因型京海黄鸡300日龄体重显著高于GH基因型的京海黄鸡个体(P0.05),其他性状基因型间无差异(P0.05)。单倍型分析产生8种单倍型,10种单倍型组合。单倍型组合H1H3和H1H8京海黄鸡个体300日龄产蛋数最多;单倍型组合H1H7京海黄鸡个体300日龄蛋重最大;H1H1单倍型组合京海黄鸡个体300日龄体重最高。因此,推测STAT5b基因P1、P2位点对京海黄鸡繁殖性状有一定影响。     

基于DNA池重测序技术的肉兔HSFs基因多态性分析

实验旨在研究肉兔热休克因子(HSFs)基因的遗传多态性并寻找耐热性相关分子标记。基于DNA池重测序技术获得SNPs数据,筛选HSF1(SNP1～SNP3)及HSF4(SNP4)上所有的错义突变,利用直接测序法对齐卡巨型兔、齐兴肉兔、加利福尼亚兔、四川白兔以及闽西南黑兔5个肉兔品种(系)共150个个体进行基因分型。结果发现:SNP1和SNP2完全连锁,SNP3呈假阳性,SNP1、SNP2及SNP4的遗传变异处于中等水平,且在群体间分布差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01);SNP1的GG型与单倍型H3的分布与群体间耐热性能的高低一致,其中耐热性最好的四川白兔和闽西南黑兔在SNP1上为GG纯合体、优势单倍型为H3,耐热性次之的齐兴肉兔和加利福尼亚兔的优势基因型和单倍型分别为GG和H3,而耐热性最差的齐卡巨型兔则分别为GA和H2。以上结果表明,HSF1基因SNP1上的GG型及单倍型H3可能是肉兔重要的耐热分子标记。     

绵羊季节性繁殖相关基因TSHR外显子多态性研究

旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体(Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步揭示其对TSHR表达调控的影响及表型效应奠定基础。本研究采用直接测序的方法对中国蒙古系2个绵羊品种共172个个体TSHR基因的遗传变异情况进行分析。共发现了6个突变位点,独立性卡方检验发现SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4个多态位点的基因型在两个绵羊群体间的分布存在极显著差异(P0.01),其中SNP5为错义突变,其余为同义突变;对这4个位点进行连锁不平衡分析发现,SNP3和SNP4两个位点完全连锁,其余位点两两之间存在不同程度连锁关系;生物信息学分析发现不同的单倍型使TSHR基因的mRNA二级结构发生改变,SNP5使受体蛋白的二级结构发生改变。结果提示:(1)TSHR基因外显子区存在4个在两个绵羊品种中具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成H1~H6共6种单倍型,其中H1(CGCC)和H4(TTTG)分别在乌珠穆沁羊和湖羊群体中为优势单倍型,这可能与这两种绵羊不同的发情周期有关。(2)外显子区SNP5位点突变影响mRNA和蛋白质二级结构的稳定性,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1(tyrosinase related protein 1,TYRP1)基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异,以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性(SNP)检测,利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明,在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs,其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点,除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外,其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异,说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明,所有样本中共有42个单倍型,优势单倍型0000000000(245/918)、0100000001(91/918)在所有绵羊群体中均存在,除单倍型0101100000(93/918)在中国美利奴羊中没有出现,单倍型0001000001(69/918)在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外,在其他群体中均存在。连锁分析结果表明,10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明,中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异,各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式,且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

京星黄鸡白细胞介素-2基因与H/L的关联分析

本研究选用鸡白细胞介素2(interleukin-2,IL-2)基因作为影响鸡免疫性状的候选基因。以京星黄鸡为研究对象,采用直接测序方法对IL-2基因的5个SNPs位点的基因型频率和等位基因频率、单倍型及其对异噬性粒细胞/淋巴细胞(H/L)指标的影响进行了研究。结果表明,所有位点在试验群体中都处于Hardy-Weinberg平衡状态,5个SNPs位点的多态性都较低,只检测到两种基因型,且纯合基因型为优势等位基因。连锁不平衡分析表明SNP1和SNP2处于完美连锁状态,SNP3、SNP4和SNP5也处于完美连锁状态。单倍型分析结果表明,京星黄鸡试验群体中共检测到4种单倍型,其中单倍型Hap1 (TGACT)为优势单倍型。最小二乘分析结果表明,这5个SNPs位点不同基因型及单倍型组合对H/L的影响没有显著差异(P> 0.05)。这些结果提示以后的研究需要关注IL-2基因其他位置的SNP位点以及与更多免疫指标之间的关系,以更深入地了解IL-2在鸡免疫系统中的作用。     

我国部分地方鸭品种mtDNA D-loop区单倍型分析

为进一步研究鸭品种或遗传资源的遗传多样性,对22个地方鸭品种(遗传资源群体)、2个野鸭群体和2个番鸭群体,共计208个个体的mtDNA D-loop区部分DNA序列的多态性进行了检测,结果发现:单倍型多样度(Hd)为0.886±0.00033,平均核苷酸多样度(Pi)为0.02252,并且在所有群体中共发现了60种单倍型,表明我国地方鸭品种遗传多样性丰富,其中单倍型H8在2种野鸭中均有发现,为我国地方鸭品种起源判定提供了新的参考依据。     

重庆地方品种鸡母系起源研究

为了研究重庆地方品种鸡母系起源,试验采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法,测定了重庆3个地方品种鸡线粒体DNA(mtDNA)控制区的部分序列,分析了其遗传变异。结果表明:共得到591 bp的mtDNA序列,腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.88%、29.54%、14.08%、29.50%;共发现16个变异位点,约占分析位点总数的2.71%,颠换和转换之比为0.067,没有观测到插入/缺失;共检测到6种单倍型,单倍型多样性为(0.762±0.141),核苷酸多样性为(0.005 5±0.003 5);与分布在老挝、云南等地的3个红色原鸡大陆亚种(原鸡亚种、原鸡海南亚种、原鸡滇南亚种)比较,共发现35个变异位点,17种单倍型;根据NJ无根系统发生树及MJ网络图分析,共划分为4个单倍型类群,重庆3个地方品种鸡的单倍型主要分布在分支Ⅰ和Ⅳ中,说明它们很可能起源于红色原鸡的大陆亚种。     

不同鸡种mtDNA D-loop区的遗传多样性研究

为更好地保护和利用太行鸡、坝上长尾鸡和北京油鸡遗传资源,阐明其遗传多样性及分化关系,采用PCR产物直接测序法,测定了3个鸡种的138个个体mtDNA D-loop全序列。结果显示:在所测定的mtDNA D-loop序列中,共检测到70个变异位点(包括31个单一位点突变和39个简约信息位点),组成49种单倍型。群体内序列间核苷酸平均差异数为9.179,核苷酸多样性为0.0075±0.0002,平均单倍型多样性为0.960±0.006。太行鸡、坝上长尾鸡和北京油鸡的单倍型数分别为24、21和14个,均有品种特异的单倍型。邻接树显示3个鸡种与红原鸡聚为一簇,与灰原鸡分开。Network结构图显示,3个鸡群体可划分到A、B、C、E和Y共5个世系分支中。结果表明,3个地方鸡遗传多样性丰富,群体间存在明显遗传分化;太行鸡和坝上长尾鸡在一定程度上受到商品鸡血统的影响。     

中国黄牛mtDNA 16S rRNA基因遗传多样性与系统进化分析

采用PCR和DNA测序技术和生物信息学方法,测定分析了10个中国黄牛品种(群体)和2个外来牛品种共131个体的mtDNA 16SrRNA基因全序列的遗传变异,并分析了品种(群体)间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,在12个群体131条16SrRNA基因序列中,共发现了78个变异位点,形成了40种单倍型,揭示了中国黄牛群体具有丰富的遗传多样性。总群体的平均单倍型多样性指数(Hd)为0.857±0.024,平均核苷酸多样性指数(Pi)为0.00582,Kimura双参数品种间遗传距离范围为0.001~0.009,10个中国黄牛品种(群体)核苷酸多样度高于2个外来牛品种。基于Kimura-2-parameter距离采用NJ法构建了10个中国黄牛品种(群体)分子系统树,111个体聚为2簇,即分别与瘤牛和普通牛聚在一起,说明中国黄牛存在两个母系起源,主要起源于瘤牛和普通牛。其中草原红牛和蒙古牛起源于普通牛,恩施牛主要起源于瘤牛,但是对于亲缘关系复杂的中原地区黄牛而言,瘤牛和普通牛对它们的影响力大小因品种而异。这些结果为我国黄牛的种质资源保护、杂交育种和品种改良奠定了分子遗传学基础。     

绵羊MSTN基因内含子2和外显子3部分序列的SNP检测和单倍型分析

本研究采用PCR和直接测序的方法对我国9个地方绵羊品种和1个引入品种共计60个个体进行了MSTN基因内含子2和外显子3的SNP检测和单倍型分析。结果表明:在已测序的60个个体中共发现15个SNPs(A1937C、T1942G、C1956T、A1972C、A1990G、A2008C、A2011G、C2019T、A2025C、A2027C、T2085G、T2173C、C2198T、C2210T和C2213T),它们全部存在于内含子2。同时检测到12种单倍型,其中单倍型Ⅰ(CGTCGCGTCCGCTTT)和单倍型Ⅷ(ATCAAAACAATTCCC)是2种主要的单倍型(频率分别为12.25%和77.80%)。单倍型Ⅷ广泛分布于10个受试绵羊品种中,而肉用型品种、肉脂兼用型品种和肉毛兼用型品种的所有个体均属此种单倍型且为纯合子,推测单倍型Ⅷ可能与绵羊的产肉性能有关。     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1，TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异，以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测，利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明，在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs，其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点，除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外，其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异，说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明，所有样本中共有42个单倍型，优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在，除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现，单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外，在其他群体中均存在。连锁分析结果表明，10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明，中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异，各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式，且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

利用mtDNA细胞色素b分析贵州山羊的系统发育

试验选取贵州山羊4个群体(共55只),设计引物对其mtDNA细胞色素b基因片段进行测序,测序结果与GenBank报道的8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因进行比对分析。结果发现,在55只贵州山羊中有11个变异位点,其中转换10次,T/G颠换1次;10种单倍型中有7种单倍型为1个群体独享,3种单倍型为多个群体共享。4个山羊类群间存在较近的亲缘关系,既是独立的类群,其间也存在基因交流,其中贵州黑山羊和贵州麻羊的亲缘关系最近,与贵州白山羊的亲缘关系次之,与贵州小香羊的亲缘关系最远。从山羊品种间遗传距离构建的邻接树可见,贵州4个山羊类群均起源于镰刀状角羊骨羊。     

贵州地方鸡种的遗传变异研究

为了研究贵州地方鸡种的遗传多样性与系统进化,试验通过PCR直接测序的方法,测定了6个贵州地方鸡种的90个个体线粒体DNA控制区部分序列,并进行了序列分析。结果表明,DNA控制区序列长度为780 bp,A、G、C、T 4种核苷酸的平均比例分别为26.14%、13.38%、25.98%、34.50%;共发现40个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的5.13%;共确定30个单倍型,6个群体内单倍型变异度总体为0.914,变化范围为0.506～0.976。6个群体间表现出显著的遗传分化和较高水平的群体遗传多态性。     

焦磷酸测序鉴别猪线粒体细胞色素b基因单倍型

为了鉴别猪线粒体细胞色素 b(cytochrom e B,cyt b)基因单倍型 ,选择 9个不同品种共 4 15头猪作为试验材料 ,采用实时 DNA测序新方法焦磷酸测序 ,分析了 cyt b单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism s,SNPs)。分析结果显示 3种不同单倍型 E、A1和 A2。除 1头临高猪属于单倍型 A2外 ,其他 6个中国地方品种猪均属于单倍型A1;瑞典长白猪和大白猪存在单倍型 E和 A1,而皮特兰猪存在单倍型 E和 A2。此外 ,基于焦磷酸测序 ,在通城猪中发现了 1个新的 SNP位点。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。     

7个地方鸡种的分子评估

成熟的基因扩增及测序技术,结合比较发达的网络与信息技术,给我们提供了以DNA为基础的系统分类方法.一种新的DNA分类方法--DNA条形编码(DNA Barcoding)技术应运而生.本研究以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase Ⅰ,CD Ⅰ)基因的特定序列作为DNA条形码,对我国7个地方鸡种进行分子评估.研究结果表明:选择的这段CO Ⅰ基因序列有22个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有;6个鸡种有其特异位点,这些特异单倍型和特异位点作为DNA条形码可以对其进行分子评估,并可以作为辅助各品种鉴定的依据.7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.017～0.389.7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题.     

狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析

旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269GT、g.295CT、g.325TG、g.518GA、g.608CA和g.846GA),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这6个位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型Ⅰ(H1:GCTGCG)和单倍型Ⅱ(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型Ⅱ(H2)分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。     

中国6个地方鸡品种的母系起源

通过对线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的测序和比对,探讨了中国6个地方鸡品种的母系起源。结果表明,文昌鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡分别有5、5、5、6和7种单倍型,琅琊鸡只有3种单倍型;6个地方鸡品种聚为3个分支：分支A是1个主要分支,共有17种单倍型,有寿光鸡（10只）、鲁西斗鸡（9只）、文昌鸡（5只）、莱芜黑鸡（6只）、济宁百日鸡（6只）和琅琊鸡（2只）,分别占所分析各地方鸡品种个体数的100%、90%、84%、75%、60%和20%,与分布于老挝、云南红原鸡的3个大陆亚种（G.g.gallus、G.g.jabouile和G.g.spadi-ceus）关系较近;分支B中包含8只琅琊鸡（80%）和1只济宁百日鸡（10%）;分支C中有1只鲁西斗鸡（10%）、1只文昌鸡（16.7%）、2只莱芜黑鸡（25%）和3只济宁百日鸡（30%）;分支B和C分别与来自红原鸡G.g.gallus亚种H19单倍型和H32、H33单倍型聚在一起。推测这6个地方鸡品种分别来自云南、老挝和越南附近地区的红原鸡大陆亚种。基因流是上述品种群体间遗传分化的主要因素。错配分布和Fu＇sFs检验表明,分布于山东的5个地方鸡品种未发生群体扩张。     

乌蒙凤鸡FGF23基因多态位点筛查与生物信息学分析

研究旨在挖掘成纤维生长因子23(fibroblast growth factors,FGF23)基因的单核苷酸多态(SNP)位点,为进一步研究该基因遗传变异奠定基础。试验以乌蒙凤鸡为研究对象,采用PCR产物直接测序法对FGF23基因进行SNP位点筛查,并进行遗传特性、连锁不平衡、单倍型、双倍型和生物信息学分析。结果显示,仅在乌蒙凤鸡FGF23基因启动子区域检测到3个中度多态的SNPs位点,分别为:g.73424341 CA、g.73424417 AG和g.73424701 TA,每个SNP位点均产生3种基因型。χ~2检验结果发现,仅g.73424417 AG突变位点的基因型分布极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。连锁不平衡、单倍型和双倍型分析结果显示,3个SNPs位点中仅g.73424417 AG和g.73424701 TA位点间存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,双倍型H1H2频率最高,其次为H3H4,频率最低的为H2H2。生物信息学分析发现,FGF23基因的核心启动子区域很可能在-400～-300 bp处,本研究发现的3个SNPs位点不在核心启动子区;突变前g.73423055～g.73425055区域总转录因子数为293个,突变后为300个。g.73424341 CA位点突变前后转录因子不变,均为ICSBP;g.73424417 AG位点突变使转录因子由GR转变为C/EBPalp;g.73424701 TA位点突变前后均没有转录因子。推测SNP位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。     

基于线粒体Cytb基因全序列的东流水牛群体遗传结构分析

[目的]分析安徽东流水牛群体遗传结构,为今后开展地方水牛品种研究提供依据。[方法]利用测序技术对31头东流水牛细胞色素b基因(Cytb)进行序列测定和分析,[结果]发现Cytb基因全长1 140bp,共检测到17个多态位点,构成9种单倍型,单倍型多样度为(0.544±0.107),核苷酸多样度为(0.00112±0.00091)。同时发现东流水牛Cytb基因具有两种终止密码子AGA和AGG。[结论]东流水牛遗传多样性丰富,且起源于2个母系。