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1.
为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB调控的靶基因,本研究通过TargetRNA2软件预测能与GcvB R1、R2和R3区产生作用的基因,将鼠伤寒沙门菌gcvB基因敲除株的转录组测序结果注释到KEGG数据库以及GO富集分析,并利用荧光定量PCR对预测的靶基因进行验证。TargetRNA2的预测结果显示,杂交能量最高的narY、yeaK、trpB和STM2732基因均能够和小RNA GcvB产生至少7个连续的碱基互补,narY、yeaK和trpB基因分别与鼠伤寒沙门菌无氧呼吸、脯氨酸与tRNA的识别以及色氨酸的合成相关。荧光定量PCR检测结果显示,narY、yeaK、trpB和STM2732基因在gcvB基因敲除条件下转录水平分别上调3.4、9.8、12.1和18.37倍。以上结果表明,narY、yeaK、trpB和STM2732基因受小RNA GcvB的负调控且可能为直接负调控。本研究为进一步探明小RNA GcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制以及沙门菌致病机制奠定了基础。  相似文献   

2.
为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB调控的靶基因,本研究通过TargetRNA2软件预测能与GcvB R1、R2和R3区产生作用的基因,将鼠伤寒沙门菌gcvB基因敲除株的转录组测序结果注释到KEGG数据库以及GO富集分析,并利用荧光定量PCR对预测的靶基因进行验证。TargetRNA2的预测结果显示,杂交能量最高的narY、yeaK、trpB和STM2732基因均能够和小RNA GcvB产生至少7个连续的碱基互补,narY、yeaK和trpB基因分别与鼠伤寒沙门菌无氧呼吸、脯氨酸与tRNA的识别以及色氨酸的合成相关。荧光定量PCR检测结果显示,narY、yeaK、trpB和STM2732基因在gcvB基因敲除条件下转录水平分别上调3.4、9.8、12.1和18.37倍。以上结果表明,narY、yeaK、trpB和STM2732基因受小RNA GcvB的负调控且可能为直接负调控。本研究为进一步探明小RNA GcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制以及沙门菌致病机制奠定了基础。  相似文献   

3.
sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下沙门菌的转录组分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
为探明沙门菌(Salmonella)在sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下转录组变化情况。本试验采用HiSeq测序平台对沙门菌LT2菌株及其Hfq敲除株进行高通量测序,通过DESeq2差异分析方法筛选敲除sRNA伴侣蛋白Hfq条件下的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析。结果显示,对照组和试验组分别得到12 753 534条、8 254 308条Clean Reads。通过DESeq2差异分析获得差异基因1 055个,其中表达上调基因516个,表达下调基因539个。GO功能显著性富集分析表明显著差异表达基因主要富集在钴胺素代谢过程、钴胺素生物合成过程、碳水化合物代谢过程等生物过程中。Pathway显著性富集分析表明显著差异表达基因富集到细菌趋化性、丙酸代谢和碳代谢等11个信号通路中。结果表明,本试验应用RNA-seq技术丰富了sRNA伴侣蛋白Hfq调控基因数量,筛选出20个受伴侣蛋白Hfq调控的显著差异表达基因,其中4个基因功能及编码蛋白未知,注释了差异表达基因的生物学功能及信号通路,推断Hfq在细菌对数期主要通过影响营养提供和趋化性等途径,继而影响细菌的正常生理活动,为Hfq协同sRNA的调控机理研究及sRNA靶基因的筛选奠定了基础。  相似文献   

4.
为了挖掘雌性鸡胚性腺不对称发育中的重要长链非编码RNA(lncRNA)及其靶基因,试验以采集的胚胎孵化第9天(E9阶段)的雌性鸡胚两侧性腺为研究对象,采用转录组测序(RNA-seq)技术和生物信息学方法对雌性鸡胚左右两侧性腺进行转录组分析预测lncRNA,运用DESeq2 v1.30.1软件鉴定两侧性腺间差异表达的mRNA和lncRNA,预测差异表达lncRNA的顺式和反式靶基因,对靶基因进行GO功能注释和KEGG信号通路分析;通过实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达。结果表明:转录组分析预测出653个基因间lncRNA,467个内含子lncRNA,1 339个反义lncRNA。雌性鸡胚左右两侧性腺间有1 856个差异表达mRNA和443个差异表达lncRNA。GRIA1、DIO3、FSHR、LHX9、CYP17A1和TOX3等229个基因为差异表达lncRNA的靶基因。两侧性腺差异表达lncRNA的靶基因主要富集到了类固醇代谢过程、细胞内雌激素受体信号通路的正向调节、代谢通路等过程。实时荧光定量PCR扩增验证重要靶基因的表达结果与RNA-seq结果基本一致。说明雌性鸡胚左右两侧...  相似文献   

5.
为筛选鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB的靶基因,本研究利用TargetRNA2程序分别预测鼠伤寒沙门菌中能与GcvB R1、R2和R3功能基序完全或部分碱基互补的靶基因,结果显示,分别预测到与GcvB R1、R2和R3功能基序具有强相互作用的靶基因共16个,所有基因均能产生与匹配功能基序至少7个连续碱基互补配对(p0.05)。进一步基于同源重组技术分别构建敲除R1、R2和R3功能基序的鼠伤寒沙门菌gcvBΔR1、gcvBΔR2和gcvBΔR3菌株,并通过荧光定量PCR检测经预测靶基因在其匹配的功能基序敲除菌株、gcvB基因敲除菌株以及野生型菌株中转录水平的变化。结果显示,鼠伤寒沙门菌gcvBΔR1、gcvBΔR2和gcvBΔR3菌株分别被敲除了功能基序R1、R2和R3,且未留下冗余序列;STM1856、metF、mltC和sbp基因在gcvB基因或gcvB R1基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200%;ybbP和speG基因在gcvB基因或gcvB R2基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200%;ampH、gshA和aroF基因在gcvB基因或gcvB R3基序被敲除情况下转录水平相对野生型菌株均下调超过200%。以上结果表明,16个预测靶基因中,STM1856、metF、mltC、sbp、ybbP、speG、ampH、gshA和aroF基因在转录水平上受小RNA GcvB的正调控,其对STM1856、metF、mltC和sbp基因的调控与GcvB R1功能基序存在显著关联(p0.05);其对ybbP和speG基因的调控与GcvB R2功能基序存在显著关联(p0.05);其对ampH、gshA和aroF基因的调控与GcvB R3功能基序存在显著关联(p0.05)。本研究为进一步探究小RNA GcvB在鼠伤寒沙门菌中的调控机制提供了参考依据。  相似文献   

6.
本研究旨在探索baeSR和acrB基因缺失后对鼠伤寒沙门菌相关毒力基因表达的影响。采用RNA-Seq技术筛选鼠伤寒沙门菌体外诱导环丙沙星耐药株(CR)、acrB基因缺失株(CRΔacrB)、baeSR和acrB基因双缺失株(CRΔbaeSRΔacrB)的差异表达基因,对筛选的基因进行GO富集和KEGG通路富集分析,进一步探究差异表达基因的主要功能及涉及的生物过程,并选出7个差异显著基因进行荧光定量PCR验证。结果表明CRΔacrB与CR相比较,共筛选到1 320个差异表达基因(fold change的绝对值2,Q-value0.005),其中上调426个,下调894个;CRΔbaeSRΔacrB与CR相比较,共筛选到1 377个差异表达基因(fold change的绝对值≥2,Q-value0.005),其中上调405个,下调972个,两个比较组筛选到的毒力相关基因均主要富集在双组分系统、鞭毛组件、沙门菌感染和上皮细胞的细菌入侵等通路中。荧光定量PCR验证结果与RNA-Seq结果基本一致。本研究对baeSR和acrB基因在鼠伤寒沙门菌毒力中的作用进行了初步分析和探索,为进一步研究鼠伤寒沙门菌致病机制奠定基础。  相似文献   

7.
【目的】 分析不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探究lncRNA与绵羊尾部脂肪沉积机制的关系,为揭示绵羊尾脂沉积机制提供理论依据。【方法】 选择新疆地方绵羊巴什拜羊(肥尾型)和野生盘羊×巴什拜羊杂交二代(小尾型)作为研究对象,采集2个群体尾部脂肪组织,利用转录组测序技术筛选差异表达lncRNA并预测靶基因,对其进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用实时荧光定量PCR技术验证转录组测序的表达结果。【结果】 通过差异表达分析共筛选出728个差异表达lncRNAs,其中270个表达下调,458个表达上调;通过差异表达lncRNA靶基因的GO功能和KEGG通路富集分析,筛选到634个靶基因参与疾病、免疫、蛋白修饰、细胞代谢等相关功能分类,共涉及76条信号通路,部分lncRNA介导的靶基因SCD、GPAM、THRSP、FASN等与绵羊尾部脂肪沉积相关。实时荧光定量PCR与转录组测序结果趋势相同。【结论】 lncRNA在绵羊脂尾进化中对尾部脂肪沉积具有重要的调控作用,为从lncRNA的角度分析绵羊脂肪沉积提供了理论依据。  相似文献   

8.
旨在探索体外成熟前后猪卵母细胞miRNAs表达谱,并筛选参与调控Npm2基因表达的miRNAs。本试验回收屠宰场猪卵巢,收集GV期卵母细胞,经体外成熟培养后获得MⅡ期卵母细胞,分别提取约130个GV期和MⅡ期卵母细胞总RNA进行Illumina HiSeqTM 2500测序,获取miRNA测序数据,每个处理重复3次,筛选差异表达microRNAs并进行靶基因GO和KEGG聚类分析。结果表明,本研究成功构建了GV期和MⅡ期猪卵母细胞miRNAs表达谱,GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs有95个,具有相似表达模式的miRNA聚为一类,对95个差异表达miRNAs进行靶基因预测,共得到3 967个靶基因,经GO和KEGG富集分析表明,这些靶基因被富集于5 194个GO条目和212个信号通路,其中参与卵母细胞减数分裂成熟的信号通路有2个。在差异表达miRNAs中筛选到5个与Npm2基因相关的miRNAs。采用qRT-PCR对其中2个miRNAs进行验证,证实其表达趋势与测序结果一致。本研究筛选了GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs,推测差异表达的miRNAs可能通过代谢、卵母细胞减数分裂相关通路、孕激素介导的卵母细胞成熟通路等途径在卵母细胞体外成熟过程中发挥作用,并筛选出调控Npm2基因表达的miRNAs,研究结果可为进一步阐明miRNA对Npm2基因的调控及其在卵母细胞成熟过程中的作用提供依据。  相似文献   

9.
研究旨在分析鸡感染肠炎沙门菌后长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱,了解lncRNA在肠炎沙门菌感染过程中发挥的作用。通过提取脾脏组织总RNA进行高通量测序,利用生物信息学方法进行比较分析。根据差异显著的lncRNAs与mRNAs之间的位置关系预测lncRNAs顺式调控的邻近基因,并对邻近基因进行GO富集和KEGG分析,预测lncRNA的功能。结果显示:在肠炎沙门菌感染过程中共鉴定到2 911个lncRNAs,差异表达分析后共筛选到117个差异表达的lnc RNAs(DE-lncRNA),随机抽取7个差异表达的lncRNAs进行实时荧光定量验证,在所有差异表达的lnc RNAs中有5个(4.27%)在差异表达mRNA附近被转录,lnc RNATCONS_00375517被预测与多个防御素家族基因DE-m RNAs之间可能存在顺式调控作用。结果提示lncRNA可能参与调控鸡抗沙门菌的免疫反应。  相似文献   

10.
细菌非编码小RNA(sRNA)是原核生物中新发现的基因表达调控因子,可在转录后水平调节基因的表达。沙门菌是sRNA研究的模式菌,研究者利用生物信息学预测技术、全基因组分析技术和高通量RNA测序技术,至少发现70余种沙门菌sRNA。它们通过感应温度,pH值,渗透压或氧分压等环境信号,利用碱基互补方式与靶标mRNA结合,调控靶标mRNA的翻译、降解或稳定性。通常一种sRNA有多个靶基因或靶位点,可调节多种基因的表达,在沙门菌营养物质代谢、外膜蛋白合成、群体感应和毒力表达等诸多生命过程中发挥重要的调控作用。  相似文献   

11.
从患病鲟体内分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特性鉴定、16SrRNA基因序列分析及系统进化树构建等方法对分离菌种属进行确定,采用纸片扩散法对分离菌进行药物敏感性分析。结果显示:分离菌为革兰阴性杆菌;可分解葡萄糖和木糖,氧化酶和鸟氨酸脱羧酶试验阳性;16SrRNA基因测序分析与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)同源性大于99%,在系统发育树上与荧光假单胞菌聚为一枝;药敏结果显示,分离菌对氧氟沙星、多西环素、复方新诺明等敏感,对氟苯尼考、卡那霉素、阿莫西林等耐药;人工感染试验结果显示,该菌对小鼠有致病力。本研究为贵州地区鲟细菌性疾病预防及合理用药提供依据。  相似文献   

12.
试验旨在探明从江香猪β-干扰素(interferon-beta,IFN-β)基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上,获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β,并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析;将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明,从江香猪IFN-β基因编码区长为561bp,编码186个氨基酸;该蛋白为分泌性蛋白,前21个氨基酸为信号肽序列;二级结构主要以α-螺旋(77.42%)和无规则卷曲(17.74%)为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%~100.0%,与禽的同源性最低(35.2%);从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%,但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%,存在E43Q、K73R和C161R3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,条带大小约为24ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。  相似文献   

13.
试验旨在对贵州省某养鱼场发病杂交鲟体内分离的优势菌株进行鉴定、致病力探究及耐药性分析。本试验通过革兰染色、生化鉴定、细菌16S rDNA基因分析、动物回归试验、药敏试验、部分毒力基因检测与耐药基因检测。结果显示:分离菌为革兰阴性短杆菌,细菌16S rDNA扩增测序与比对,得大小为1 477 bp的片段,其片段基因序列与GenBank中的维氏气单胞菌序列相似度达99.00%,药敏试验显示:分离菌对环丙沙星、氟苯尼考、头孢哌酮等药物敏感,对四环素、磺胺异唑、苯唑西林药物出现耐药,耐药基因检测显示:分离菌含有耐磺胺基因(Sul1,sul2)、Ⅰ类整合子(Intl1)3种耐药基因,毒力基因检测显示:分离菌含有气溶素(Aer)和粘附素(Aha)两种毒力基因。综合本试验结果,分离菌为维氏气单胞菌(A.veronii),含有毒力基因,并对环丙沙星、氟苯尼考、头孢哌酮等药物敏感。本试验对贵州地区鲟发病流行的病因做出准确诊断,为该地区细菌性鱼病预防与合理用药提供依据。  相似文献   

14.
本试验旨在研究过瘤胃蛋氨酸(RPMet)对黔北麻羊生长性能、养分表观消化率、血浆生化指标及瘤胃发酵的影响。选择18只体况良好、体重[(27.08±2.92)kg]和年龄相近的黔北麻羊,随机分为3组,每组6个重复,每个重复1只羊。对照组饲喂基础饲粮,Ⅰ、Ⅱ组在基础饲粮中每只羊分别添加5、10g/d的RPMet。预试期14d,正试期7d。结果表明:1)各组山羊生长性能指标差异不显著(P>0.05)。2)Ⅱ组粗蛋白质表观消化率显著高于对照组(P<0.05),各组其他养分表观消化率差异不显著(P>0.05)。3)各组血浆生化指标差异不显著(P>0.05)。4)各组瘤胃pH及挥发性脂肪酸浓度差异不显著(P>0.05)。由此可见,在现有饲养标准的基础上,饲粮中添加10g/dRPMet可提高黔北麻羊粗蛋白质表观消化率,且不影响生长性能、血浆生化指标及瘤胃发酵。  相似文献   

15.
猪LYRM1基因对脂肪沉积的影响研究   总被引:1,自引:1,他引:0  
旨在探究LYRM 1对脂肪沉积的影响。本研究采用qRT-PCR法检测LYRM1基因在10月龄白洗猪不同组织中的表达水平;PCR扩增白洗猪LYRM1基因的CDS区,构建pEGFP-N3-LYRM1重组质粒,利用脂质体转染法转染pEGFP-N3-LYRM1重组质粒进入白洗猪皮下脂肪前体细胞,通过检测细胞培养基中三酰甘油浓度,利用血清饥饿法和MTT法检测细胞凋亡水平;qRT-PCR检测LYRM1、PPARγ、ATGL、FAS基因的mRNA表达水平。结果显示,LYRM1基因在白洗猪脂肪组织中表达量最高;成功转染pEGFP-N3-LYRM1重组质粒进入白洗猪皮下脂肪前体细胞,转染试验组培养基中三酰甘油浓度大于空白对照组,试验组与空白对照组的细胞凋亡速率一致,未见显著差异;试验组LYRM1、PPARγ、ATGL、FAS基因的mRNA表达量极显著高于对照组(P<0.01)。综上表明,LYRM1基因超表达可提高三酰甘油的浓度,促进脂肪沉积,提高脂肪沉积相关基因mRNA的表达水平,间接提高脂肪沉积水平。因此认为,LYRM1基因可作为探究影响脂肪沉积的候选基因,为研究脂肪沉积机制提供理论基础。  相似文献   

16.
旨在利用GST pull-down技术验证新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基质(matrix,M)蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外的相互作用。根据NDV ZJ1株M基因和鸡importinβ1基因序列设计引物,通过PCR扩增获得NDV M基因和鸡importinβ1基因,将其分别定向插入到原核表达载体pGEX-6p-1和pET-32a(+)构建重组原核表达载体pGEX-6p-M、pET-32a-importinβ1,然后转化至大肠杆菌BL21(DE3)后进行IPTG诱导表达,SDSPAGE检测重组蛋白的表达情况,并对包涵体重组蛋白进行变性和复性处理。然后以GST-M重组蛋白为诱饵蛋白,His-importinβ1重组蛋白为猎物蛋白,利用GST pull-down技术验证M蛋白与importinβ1蛋白的相互作用。结果表明,成功构建了重组原核表达载体pGEX-6p-M和pET-32a-importinβ1,将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)获得了正确表达。SDS-PAGE电泳检测显示GST-M重组蛋白主要以包涵体形式存在,而His-importinβ1重组蛋白以可溶性和包涵体两种形式存在。利用蛋白重折叠试剂盒获得了有活性的GST-M重组蛋白,将其作为诱饵蛋白,可以捕获并检测到His-importinβ1重组蛋白,但是GST标签蛋白不能结合His-importinβ1重组蛋白。利用GST pull-down技术证实了NDV M蛋白与鸡importinβ1蛋白在体外具有直接的相互作用,这为深入研究importinβ1蛋白在NDV M蛋白细胞核定位的分子机制以及在NDV复制和致病中的作用奠定了基础。  相似文献   

17.
本试验旨在研究杜仲皮水提物对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)生长和肌肉品质、质构特性的影响。选取体质健康、平均体重(145.56±4.12) g的虹鳟450尾,随机分为5个组,每组3个重复,每个重复30尾。各组分别在基础饲料中添加浓度为0(对照组)、0.5%、1.0%、2.0%和4.0%的杜仲皮水提物。试验期为10周。结果表明:1)各组之间终末体重、增重率、成活率、特定生长率均无显著差异(P>0.05)。2)各组间肌肉pH45 min、pH24 h均无显著差异(P>0.05)。对照组肌肉pH下降率最高,且显著高于2.0%和4.0%组(P<0.05),0.5%和1.0%组显著高于4.0%组(P<0.05)。3)各组间肌肉离心失水率、冷冻渗出率均无显著差异(P>0.05),1.0%组肌肉滴水损失显著高于其他各组(P<0.05)。4) 4.0%组肌肉弹力和弹性显著高于对照组(P<0.05),4.0%组肌肉胶着性和咀嚼性显著高于1.0%组(P<0.05),4.0%组肌肉内聚性显著高于1.0%、2.0%和对照组(P<0.05)。5) 1.0%和4.0%组肌肉肌纤维直径显著低于对照组(P<0.05)。肌肉肌纤维密度随着杜仲皮水提物浓度的增加而增大,0.5%、1.0%、2.0%和4.0%组之间肌纤维密度无显著差异(P>0.05),但均显著高于对照组(P<0.05)。综合以上各项指标,建议饲料中添加浓度为4.0%杜仲皮水提物以改善虹鳟肌肉品质。  相似文献   

18.
为了解贵州省是否存在内源性禽白血病病毒(ALV)感染情况,试验选取无明显ALV症状的送检病料,采用RTPCR方法对ALV进行扩增。结果:扩增出1条744 bp左右的目的条带。对扩增产物进行测序和基因序列分析,同源性分析结果表明:序列与E亚型ALV中的ev-1、ev-3株同源性最高(99.5%),与J亚型ALV中的HPRS-103株同源性较低(42%)。系统进化树中该序列与内源性ALV中的ev-1、ev-3株属同1个分支,亲缘关系最近,说明其属于内源性ALV。  相似文献   

19.
本试验通过在饲粮中添加不同水平的辣木梗粉,研究其对1~28日龄蛋雏鸭生长、免疫及抗氧化功能的影响,以探讨辣木梗粉的适宜添加量。试验选取健康、体重相近的1日龄三穗蛋雏鸭135只,随机分为3组(Ⅰ~Ⅲ组),每组3个重复,每个重复15只试鸭。采用基础饲粮加辣木梗粉进行饲喂,Ⅰ组(对照组)饲喂基础饲粮,Ⅱ、Ⅲ组在基础饲粮中添加20 g/kg和40 g/kg辣木梗粉,试验期4周。结果表明:20 g/kg辣木梗粉添加组的平均日采食量(ADFI)分别比空白对照组和40 g/kg辣木梗粉添加组显著提高8.6%和9.8%(P <0.05);20 g/kg和40 g/kg g辣木梗粉添加组的平均日增重(ADG)分别比空白对照组显著提高11.8%和18.3%(P <0.05);40 g/kg辣木梗粉添加组的料重比(F/G)分别比空白对照组和20 g/kg辣木梗粉添加组显著降低16.2%和14.1%(P <0.05);20 g/kg和40 g/kg辣木梗粉添加组血清白蛋白(ALB)含量比对照组分别显著提高39.1%和49.5%(P <0.05);20 g/kg辣木梗粉添加组的免疫蛋白M(IgM)含量比空白对照组显著提高了1.6%(P <0.05);20 g/kg辣木梗粉添加组的血清丙二醛(MDA)含量比空白对照组显著减少33.16%(P <0.05)。综上,在基础饲粮中添加适量的辣木梗粉可提高1~28日龄蛋雏鸭的免疫及抗氧化功能,对辣木梗粉在蛋雏鸭的应用上提供了参考依据。  相似文献   

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