用于枸杞品种鉴定的多重EST-SSR标记的建立

针对近年来宁夏枸杞(Lycium barbarum L.)栽培面积急速增长,从而导致枸杞的栽培品种混杂、退化等问题,本研究运用EST-SSR分子标记技术,开发可用于鉴定宁夏地区七个宁夏枸杞栽培品种的SSR分子标记。结果表明,10对引物能够准确、高效的鉴定宁夏枸杞的七个栽培品种。基于多重引物PCR理论,将这10对引物分成四组,在面对大批量鉴定的情况下,能够大幅减少鉴定的时间成本和经济成本。运用UPGMA聚类分析,绘制宁夏枸杞七个栽培品种的聚类图。结果表明,"宁杞1号"和"宁杞9号"亲缘关系较近,在同一分支上;其它五个品种在另一分支上,其中"宁杞4号"与"宁杞5号"亲缘关系较近。本研究为未来绘制宁夏枸杞的遗传图谱和开发适用于宁夏枸杞的高通用性的SSR标记提供理论基础。     

SRAP和SSR标记对马铃薯遗传多样性的差异分析

掌握宁夏地区主要马铃薯品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系为马铃薯育种提供理论依据。利用SSR和SRAP 2种分子标记对47份马铃薯种质材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记结果进行比较。12对多态性SRAP标记共检测到180个多态性位点,平均每对引物检测到15个多态性位点,每个SRAP位点的PIC值为0.2~0.43,平均值为0.34;47份马铃薯种质资源遗传相似性系数为0.57~0.83。15对多态性SSR标记检测到80条多态性位点,平均每对引物检测到 5.3个多态性位点,每个SSR位点的PIC值为0.37~0.72,平均值为0.51;马铃薯种质材料遗传相似性系数为0.60~0.97。根据系谱资料分析发现,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。宁夏地区主要的马铃薯品种遗传相似度较低,亲缘关系较远。     

基于苎麻转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发

为加快苎麻分子遗传学研究和分子标记辅助育种,本研究利用转录组测序技术开发苎麻EST-SSR标记,筛选到48 547条Unigene,覆盖31 Mb的片段长度,对所筛选到的Unigene进行SSR分析后,利用Primer 3.0批量设计引物,随机挑选1 214对EST-SSR引物对表型性状差异较大的8份苎麻种质资源进行PCR扩增及聚丙烯酰胺电泳检测,以期得到可利用的EST-SSR标记。结果发现,在48 547条Unigene中含有SSR的共有13 770条,共有19 964个SSR位点,平均每2.43条EST发现一个SSR、每1.55 kb含有1个SSR。在19 964个SSR位点中,主要为单、二核苷酸,占总数的83.6%,三核苷酸重复单元占14.98%,其余核苷酸重复单元占比共为1.42%;去掉单核苷酸重复单元,共设计3 579对SSR引物,从中随机选择1 214对EST-SSR引物对8份苎麻种质进行SSR引物筛选及多态性分析。1 214对引物中有216对引物表现出良好的多态性,占总引物的17.79%;扩增条带数为2～5;Shannon指数为0.233 8～1.461 5;PIC值为0.110 3～0.700 9。通过遗传相似性分析,上述8份种质遗传相似性系数为0.669 0～0.859 5,在相似系数为0.72处可将8份种质分为3类。本研究开发的EST-SSR引物可为苎麻及其近源物种遗传多样性分析,遗传图谱构建及分子标记辅助育种等研究提供帮助。     

基于SSR标记的38份欧洲报春种质资源遗传多样性分析

为加快欧洲报春育种进程,本研究以‘庆典’、‘丹诺雅’、‘丹诺雅XL’、‘丹妮莎’、‘普利罗曼’以及上海源怡种苗股份有限公司自主育种的‘春晖’系列共38个欧报春品种为材料,利用24对SSR引物通过毛细管电泳检测法进行了欧洲报春遗传多样性和遗传关系分析。供试的24对SSR引物中11对引物稳定性和多态性较好,可用于遗传多样性和聚类分析。多态性信息指数为0.360 3～0.953 3,平均值为0.814 9。38个欧洲报春品种分别来源于6个不同品系,6个品系遗传距离都维持在较高水平,其中‘丹妮莎’和‘普利罗曼’间的遗传距离最小,上海源怡种苗股份有限公司自主育种的‘春晖’系列与‘庆典’的遗传距离最大,且‘春晖’系列与其余5个品系的遗传距离均大于0.5。通过STRUCTURE分析发现6个群体中存在5个基因库,且不同品系、不同花色的品种在基因库组成比例存在较大差异。本研究初步通过已有SSR标记开展欧洲报春遗传多样性分析,筛选出的标记可用于不同品系遗传距离的分析,但在不同品种DNA指纹图谱构建中还存在一定欠缺。后续将通过多种途径开展欧洲报春SSR标记的开发,以推进欧洲报春的育种进程以及新品种鉴定工作。     

24份枸杞种质资源SSR遗传多样性分析

枸杞是药食同源的植物,具有重要的药用价值和经济价值,枸杞遗传背景复杂,对其种质资源遗传变异和种质资源的遗传背的研究还不充分。本研究对24个枸杞种质资源采用SSR分子标记进行了遗传多样性。在17对SSR引物上共检测到96个条带,其中有59条多态性条带,多态性条带比率为61.5%。每个SSR位点的PIC值为0.37~0.60,平均值为0.45。NTSYS类平均法聚类结果显示,24份枸杞供试品种遗传相似性系数介于0.263?0.954之间,在相似系数0.56处被分为9大类群。这将为进一步开展枸杞种质资源评价、新品种选育和合理利用提供科学院依据。     

基于SSR和SRAP标记的苦瓜品种鉴定及亲缘关系分析

本研究应用SSR和SRAP 2种标记对11个苦瓜品种进行鉴定和亲缘关系分析。结果发现,应用筛选的8对SSR引物共扩增条带860条,多态性条带占68.0%,10对SRAP引物共扩增条带961条,多态性条带占79.4%。SSR标记检测到品种间遗传相似系数介于0.344~0.779,平均值为0.652;SRAP标记检测到品种间遗传相似系数介于0.373~0.700,平均值为0.625。聚类分结果发现,在遗传相似系数为0.54和0.52时,SSR和SRAP 2种标记都可以将11个品种分为相同的两组。每对SSR和SRAP引物能平均区分3.1和3.7个品种。最少用3对SSR引物或3对SRAP引物组合就可成功区分11个苦瓜品种。研究结果表明,SSR和SRAP标记均可高效地被用于苦瓜的品种鉴定和亲缘关系分析。     

ET-ISJ标记的开发及陆地棉遗传图谱构建

根据植物结构基因外显子拼接位点的保守序列,设计扩增外显子的ET-ISJ (exon targeted intron-exon splice junction)标记引物。利用1 280对ET-ISJ引物组合,在陆地棉品种渝棉1号和T586中,筛选获得69对多态性引物组合,占引物组合的5.4%。用多态性ET-ISJ引物组合检测(渝棉1号×T586)F_2:7重组近交系群体,得到70个位点。以70个ET-ISJ标记位点与523个SSR、59个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图谱包括59个连锁群和673个位点(68个ET-ISJ、510个SSR、58个IT-ISJ、29个SRAP和8个形态标记)。连锁图覆盖3 216.7 cM,占棉花基因组的72.3%,标记间平均长度为4.8 cM。68个ET-ISJ标记分布于20条染色体。研究表明ET-ISJ标记多态性较高、稳定性好,可有效用于棉花与其他植物遗传连锁图谱构建。     

中国辽西地区谷子品种遗传多样性的SSR分析

为研究中国辽西地区谷子品种的遗传差异,本研究利用28对SSR标记对辽西地区8个推广面积较大的优质高产谷子品种(包括7个谷子育成品种和1个农家品种)进行遗传多样性分析。研究结果表明:有14对SSR引物共检测出43个等位变异,平均每对引物检出的等位变异数为3.07,14个位点的平均多态信息量(PIC)为0.485;遗传相似性(GS)的变化范围为0.071 4~0.857 1,平均值为0.601 9。聚类分析发现8个品种可分为两大类,农家种与育成品种朝谷14聚为一类,其他6个育成品种聚为另外一类。SSR标记的指纹图谱表明运用4对引物可将8份地方谷子品种成功区分开。本研究结果可为辽西地区谷子品种的亲本选配和遗传改良提供理论依据。     

应用SSR和ISSR标记分析栽培香稻品种的遗传多样性

本研究利用24对SSR引物和36个ISSR引物,分析33份来源于亚洲10个国家的香稻品种的遗传多样性。分别获得93条和181条多态性片段,每个SSR座位可检测3～8个等位基因,平均为4．23个;每个ISSR引物可检测3～8个多态性位点,平均为5．03个。根据SSR和ISSR标记计算的品种间遗传相似系数分别在0．294～0．884之间和0．595～0．867之间。聚类分析表明,利用两种标记所得的聚类结果基本上一致,与品种所处的3种气候类型变化基本相符。进一步证实SSR和ISSR标记是研究水稻种质资源分类有效的工具。     

15份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’(雄1-2,雄1-3)、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。     

利用SSR标记分析17个亚麻品种的遗传关系

本研究利用90对SSR引物对17个亚麻品种（品系）进行了遗传相似性的分析。SSR标记简便高效,特异性强,但目前在亚麻上的应用还比较少,本研究选择均匀分布在亚麻不同染色体上的90对SSR标记进行分析。结果表明：所有参试SSR引物均扩增出清晰稳定的多态性条带,在17个参试亚麻品种间共检测出170个不同的扩增条带。17个亚麻品种分成5个大群体,遗传距离最大的品种是‘9801-1-17’和‘阿卡塔’。第二组和第五组都只有一个品种,分别是‘A29’和‘9801-1-17’,它们与其他的品种间亲缘关系均较远。本研究表明SSR技术在亚麻遗传育种中有很大的应用前景,准确高效。遗传距离较远的几个品种可用于杂交育种和各种农艺性状的进一步遗传分析。     

小麦区试品系DUS测试的分子标记

为了确定测试小麦(Triticum aestivum L.)区试品系特异性、一致性、稳定性(DUS)的分子标记,采用156个来自我国不同麦区的品种对SSR、EST-SSR和AFLP-SCAR标记的1334对引物进行筛选,根据在染色体上分布均匀、多态性信息指数较高、带型清晰、不同等位变异的带型易于区分及PCR产物稳定的原则,筛选出105对小麦品种DUS测试的分子标记引物,包括63对SSR引物、21对EST-SSR引物和21对AFLP-SCAR引物,可以检测122个位点的754个等位变异,平均每条染色体上被检测位点5.8个,平均每个位点包含7.2个等位变异。根据DUS测试的需求、引物的染色体分布、PIC值大小和带型特点,将105对引物分为21对核心引物、29对一级备用引物和55对二级备用引物。核心引物分辨力较高,可以完成约80%品系的特异性检测,约95%品系的种子纯度检测和约60%品系的一致性、稳定性检测;备用引物用于确定品系DNA位点纯合率和相似品种(品系)之间的遗传相似系数,以判断DNA指纹相同或相似的品种(品系)之间的相似性和特异性,评价核心标记中具有非纯位点的品系的DNA位点纯合度,同时完成核心引物未能完成的少数品系的种子纯度检测。通过在2006-2007、2007-2008、2008-2009年度对464个冬小麦区试品系DUS测试中的应用,证明105对引物具有很好的代表性和实用性,可以完成90%以上参试品系的DUS检测。     

SSR结合SRAP标记分析油菜菌核病抗性资源遗传多样性

为了更准确、有效地揭示油菜资源遗传多样性,探索SSR和SRAP 2种分子标记在油菜菌核病抗性资源遗传多样性分析中的应用,采用40对SSR核心引物及陕西理工学院生物学院分子与遗传实验室筛选出的40对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对陕西省汉中市农科所经过连续3年牙签茎秆接种试验结合多年的田间抗性表现筛选出的43份菌核病抗性较好的油菜材料进行遗传多样性分析,并对2种分子标记揭示的多态性条带数、多态性信息含量(PIC)进行比较。结果表明:2种标记共检测出634个条带,SRAP标记检测的多态性条带数(335)较SSR(287)高,而SSR引物的平均多态性信息含量(PIC)值较SRAP引物高,分别是0.76和0.69。在遗传相似系数0.67处,43份油菜材料被分为Ⅲ类,白菜型油菜(丰油10号白菜型选系)可较好地与甘蓝型油菜区分。主成分分析(Principal component analysis,PCA)、群体结构分析与聚类分析结果相似,说明SSR与SRAP标记结合能准确有效的反映油菜材料的亲缘关系。供试43份油菜材料遗传相似系数分布在0.65~0.81,表明遗传相似性较高,亲缘关系较近。因此,应进一步加强抗源筛选及引进,对现有材料进行遗传改良,拓宽其遗传背景,从而为抗菌核病油菜品种选育奠定基础。     

四川省2005-2006年区试小麦品种(系)的SSR遗传多样性

为明确四川近年来普通小麦的遗传差异情况,本研究采用微卫星分子标记(SSR)对四川省2005～2006年参加区试的66个小麦品系进行了遗传多样性研究,用18对扩增谱带稳定的SSR引物,共检测到106个等位位点,每对引物等位位点数为2～13个,平均5.89个.SSR引物的PIC介于0.22～0.91之间,平均多态性信息0.498.聚类分析表明,品种间遗传相似系数(GS)变异范围为0.390～0.834,平均值为0.608,品种间遗传相似性变幅较大,表明这次小麦区试品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.根据品种间遗传相似系数聚类,66份材料被聚成五类.     

罗田八个主栽板栗品种的SSR鉴别

湖北省罗田县是中国著名的板栗(Castanea mollissima BL.)之乡,栽培的板栗品种多,这些品种仅依据形态特征难于准确区分。本研究以该地8个主栽板栗品种为研究对象,分别以嫩叶、老叶及树皮为材料提取DNA,然后进行SSR标记分析,以建立品种的分子标记识别卡及鉴别体系。结果表明,嫩叶、老叶及树皮三种材料提取的DNA均可用于SSR实验;13对SSR引物对8个品种共扩增出了115条带,其中,多态性条带98条,多态性带百分率85.22%;建立了各品种的SSR标记识别卡;两两品种间的遗传相似系数在0.47～0.82之间;构建了基于遗传相似系数的品种遗传关系聚类图,在遗传相似系数0.47处,可将这8个品种分为2组;依据SSR分子标记,13对引物中,有3对引物可以单独将8个品种完全区分开,用引物S13的SSR标记编制了8个板栗品种的鉴别检索表。研究结果为这些品种的推广应用及进一步遗传育种提供了科学依据。     

贵州省2007～2009年度区试小麦品系的SSR分析

采用微卫星分子标记(SSR)对贵州省2007～2009年参加区域试验的20个小麦品种(系)的遗传多样性进行了研究.结果表明,12对引物共检测到46个等位位点,每对引物等住位点数在2～7之间,平均为3.83个.聚类分析表明,品种间遗传距离(D)变异范围为0.116～0.526,平均值为0.321,SSR标记能将全部材料区分开来,20个小麦品系可分为5类.本研究表明,采用核心引物进行不同小麦新品种的遗传多样性分析,对小麦新品种的特异性检测和品种保护是一种有效的手段.     

甘肃省主栽马铃薯品种的SSR遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术,对42份甘肃省主栽的马铃薯品种进行了遗传多样性分析。研究表明,从206对SSR引物中筛选出11对多态性高、谱带清晰的引物,共扩增出124个等位位点,其中112个为多态性位点,多态性比率为89.5%。每对SSR引物扩增的多态性位点数为4~16个,平均10.2个;经NTsys 2.10聚类分析,在遗传相似系数0.611 8处,所有参试材料分为4个类群,显示甘肃省主栽马铃薯品种之间的遗传相似性较高,遗传基础较狭窄。     

陆地棉品种SSR标记的多态性及用于杂交种纯度检测的研究

:用 48对 SSR引物对 30个棉花栽培品种和4个高优势杂交种的亲本进行了多态性筛选 ,结果只有 2 7对引物检测到了多态性。应用SSR3442、SSR2 4 95、SSR3347和 SSR1 2 31标记 ,区分了湘杂 2号、皖杂 40、中棉所 2 8、南抗 3号的F1杂种和它们的亲本以及其它栽培品种 ;这些标记可分别用于这些杂交种的分子鉴定和种子纯度的检测     

GenBank数据库中黄麻EST-SSR标记的开发及其通用性评价

本研究从GenBank公共数据库中下载黄麻表达序列标签838条,利用SSRPrimer软件对其进行SSR位点查找,利用Primer 3.0软件设计66对SSR引物,通过琼脂糖凝胶研究这些SSR引物的PCR扩增特点,以检测其多态性。结果表明,66对SSR引物在黄麻属6个不同类型材料的扩增中,42 (63.6%)对引物至少在2个材料之间存在多态性。(AT)n重复基元和(GC-)n丰富的三核苷酸重复基元多态性较高,可作为黄麻SSR标记引物设计的首选。黄麻EST-SSR标记开发效率较高,不仅可以丰富黄麻分子标记的数量,而且为剖析黄麻重要性状的遗传机制奠定基础,这对于黄麻的遗传基础研究具有重要应用价值。     

花菜类杂交种纯度鉴定SSR核心引物筛选

采用SSR分子标记方法对70份青花菜及花椰菜杂交种进行DNA指纹分析，根据多态性和杂合率2个指标，确定一套适于花菜杂交种纯度鉴定的SSR核心引物。结果表明，BoGMS0624、OI11G11 和 BoGMS0941等3个SSR 标记的多态性和杂合率较高，利用这3个引物进行鉴定，共有68个品种(占97%)为杂合带型，可作为花菜品种纯度检测的核心引物；此外本研究还筛选出 11个品种的纯度鉴定特异引物，可以满足快速检测的需求。