马生长激素(GH)基因的PCR-SSCP研究

选取4个蒙古马地方品种、1个国内培育品种和1个国外引人品种共281匹马，采用PCR—SSCP技术，检测了GH基因5’侧翼区、第1内含子、第2外显子和第5外显子4个位点的遗传多态性。结果显示：仅第5外显子出现多态性，表现出AA、BB和AB3种基因型，其余位点未检测到多态。群体遗传学分析结果表明：除纯血马外，其余品种都是等位基因A为优势基因；Hardy-Weinberg平衡检验显示，乌审马、乌珠穆沁马、巴尔虎马处于平衡状态，锡尼河马、三河马、纯血马处于非平衡状态；各品种马的多态信息含量均为中度多态（0．25〈PIC〈0．5）。本研究为今后马的分子育种奠定一定基础。     

小尾寒羊高繁殖力候选基因RARG的研究

以视黄酸受体γ（retinoic acid receptor-gamma，RARG）基因为候选基因，采用PCR—SSCP技术分析了RARG基因在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊、湖羊）以及低繁殖力绵羊品种（特克塞尔、多赛特、萨福克）中的单核苷酸多态性，同时研究这个基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：RARG基因引物1扩增片段在5个绵羊品种中存在PCR—SSCP多态性，AA基因型只出现在湖羊中，AB和BB基因型均出现在5个绵羊品种中；BB基因型小尾寒羊平均产羔数比AB基因型多0．41只，但差异不显著（P〉0．05）。RARG基因引物2扩增片段在5个绵羊品种中存在PCR—SSCP多态性，CC和CD基因型均出现在5个绵羊品种中，5个绵羊品种中都没有检测到DD基因型；CC基因型小尾寒羊平均产羔数比CD基因型多0．55只（P〈0．05）。     

利用微卫星标记对蒙古马和纯血马遗传多样性的研究

通过13个微卫星座位对蒙古马和纯血马两大品种的60匹马进行了遗传检测。用8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR扩增产物，并用银染法显色。通过软件计算了各微卫星座位的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和杂合度(H)。结果13个座位中UCDEQ440变异最大，TKY16变异最小；纯血马的Ne、PIC和H的平均值均稍高于蒙古马；总群体的平均遗传分化系数是0．0429。这些研究将为今后我国培育优良品种马提供思路。     

湟中马血清酯酶多态性的研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法对青海省湟中县９１匹马血清酯酶的多态性进行了研究。结果发现：①湟中马的血清酯酶受ＥＳ＾Ｆ，ＥＳ＾Ｉ，ＥＳ＾Ｓ和ＥＳ＾Ｏ４个等位基因的控制，其基因频率分别为０．４４５０，０．５３３０，０．０１１０和０．０１１０；②在被检湟中马的ＥＳ位点上共发现ＥＳ Ｆ，ＥＳ ＦＩ，ＥＳ Ｉ，ＥＳ ＩＳ和ＥＳ Ｏ五种表型，以ＥＳ ＦＩ为优势表型（４７．２５％）；③ＥＳ等位基因频率无性别差异；④     

马DRD4基因部分序列克隆和PCR-RFLP分析

克隆了马DRD4基因完整第1内含子及部分第1、2外显子序列,并用StuⅠ限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种6个类型共270匹马的DRD4基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果经StuⅠ内切酶消化表现出多态,由3种共显性等位基因控制,出现了6种基因型;经Hardy-Weinberg平衡检验,乌审马（WS）、巴而虎马（BH）和乌珠穆沁马（WZ）（P〉0.05）达到平衡,而其余均未达到平衡（P〈0.05）。     

中外11个猪种H-FABP基因PCR-RFLP的研究

本文利用PCR—RFLP技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、香猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的心脏脂肪酸结合蛋白基因5′—端上游区(HinfI—RFLP)和第二内含子内(HinfI—RFLP、HaeⅢ—RFLP)的遗传变异进行了研究。研究表明：(1)在5′—端上游区的：HinfI—RFLP位点上，所有的品种都有变异，但沂蒙黑猪和大白猪只有两种基因型(HH、Hh)；(2)在第二内含子内的HinfI—RFLP位点上，二花脸只有BB基因型，而其它品种都表现出多态性；(3)在第二内含子内的HaeⅢ—RFLP位点上，只在五指山猪、香猪和大白猪中发现有多态性存在，等位基因D的频率分别为0．86，0．98和0．68，其余8个猪种均表现为DD型。     

马生长激素基因多态性与体尺指标之间的关联性分析

为研究广西德保矮马、百色马和新疆伊犁马的生长激素(GH)基因多态性与体尺指标之间的相关性,本实验利用PCR-SSCP技术分析3个品种277匹马GH基因5′侧翼区、第3外显子、第4外显子、第5外显子的遗传多态性。结果表明:只有GH基因第5外显子出现多态性,表现为AA、BB和AB 3种基因型,其他片段未发现多态性。群体遗传学分析表明,等位基因A和B的基因频率相等;Hardy-Weinberg平衡检验显示,3个品种马均处于非平衡状态;它们的多态信息含量均为中度多态。统计分析表明,GH基因第5外显子的基因型与3个品种马体尺指标之间无显著相关性。     

乌骨鸡和珍珠鸡BF2与β微球蛋白(β2m)基因克隆及品种多态性分析

克隆了乌骨鸡（BF2＊SI）和珍珠鸡（BF2＊NM）群主要组织相容性复合体I（MHC class I）和β微球蛋白（β2m）基因，分析了其分子特征与等位基因多态性。BF2＊SI相互问氨基酸同源率为75．5％～93．9％，保留了人HLA-A2与抗原多肽结合的7个关键性氨基酸。BF2＊NM相互问氨基酸同源率为81．1％～98．5％，保留了人HLA-A2与抗原多肽结合的6个关键性氨基酸。BF2＊SI在α1和α2区（抗原多肽结合区，PBD）有24个高置换率位点，置换率最高的为69位和9位。BF2＊NM在PBD区共有6个高置换率位点。BF2＊SI PBD发生氨基酸置换的位点数大于来航鸡BF2，BF2＊NM PBD区氨基酸置换的位点数和置换率则远远小于来航鸡BF2。根据同源率，将BF2＊SI α1区分为4类，α2区分为3类，α3区分为3类，并由此聚类为5个系谱（A-E）。将BF2＊NM α1区分为3类，α2区分为3类，α3区分为1类，并由此聚类为3个系谱（A～C）。比较发现BF2＊03SI、BF2＊04SI和BF2＊05NM的α1区与抗马立克氏病的BF2＊2I同源率最高（分别为86．4％、86．4％和87．5％）；BF2＊05SI和BF2＊05NM的α2区与BF2＊2I同源率最高（均为93．4％）。另外，根据成熟肽区的氨基酸序列可将乌骨、珍珠鸡β2m分为两类，第一类和来航鸡β2m（M84767）氨基酸序列完全相同，第二类与第一类相比，氨基酸序列相互间同源率为85．7％。结果揭示了各类鸡的MHCI和β2m基因具有品种分子特征。     

马泰勒虫不同PCR检测方法的比较

为寻求一种快速、有效的马泰勒虫PCR检测方法，用Bec-UF2、Equi-R；EMA-1F、EMA-1R两对引物对56份马血液样本中马泰勒虫的核蛋白体基因和表面蛋白基因进行了常规PCR方法检测，用EMA-5、EMA-6；EMA-7、EMA-8两对引物对56份马血液样本中马泰勒虫的表面蛋白基因进行了PCR和套式PCR方法检测。结果显示，以Bec-UF2、Equi-R为引物的PCR方法的阳性检出率为57．1％（32／56），以EMA-5、EMA-6；EMA-7、EMA-8为引物的套式PCR方法的阳性检出率为51．8％（29／56），以EMA-1F、EMA-1R为引物的PCR方法的阳性检出率为17．9％（10／56）。结果表明，以Bec-UF2、Equi-R为引物的常规PCR方法为检测马泰勒虫的最佳方法。     

亚洲黑熊主要组织相容性复合体DQA及DRB基因外显子2多态性分析

试验旨在分析亚洲黑熊主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC) DQA和DRB基因外显子2多态性。采用PCR扩增和克隆测序等方法对来自云南地区的40只亚洲黑熊DNA样本进行研究。结果发现,在40只亚洲黑熊样本中检测出了9个DQA外显子2等位基因和13个DRB外显子2等位基因,和大熊猫相比,亚洲黑熊在DQA和DRB基因外显子2位点上有较高的多态性。通过对推导出的氨基酸序列抗原结合位点的同义替换和非同义替换的比较,证明了DQA和DRB位点的平衡选择作用。     

普氏野马与两种新疆地方品种马的ELA-DRA*exon2的多态性分析

为了解普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2的多态性以及等位基因频率分布。本研究采用PCR-SSCP技术对普氏野马、哈萨克马与焉耆马的ELA-DRA*exon2进行分型,并对不同等位基因进行核苷酸与氨基酸分析。结果显示:127匹马中共出现7种基因型,3种纯合子分别记为AA、BB、CC;4种杂合子分别记为AB、AC、BC、AD。AA基因型为哈萨克马与焉耆马的优势基因型,普氏野马以CC基因型为主。经χ2检验后,3种类型马的等位基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态。PIC值与He值分析表明,3种类型马均属于中度多态,且普氏野马的PIC值与He值比哈萨克马与焉耆马低。     

Analysis of ELA-DQB exon 2 polymorphism in Argentine Creole horses by PCR-RFLP and PCR-SSCP

The second exon of equine leucocyte antigen (ELA)-DQB genes was amplified from genomic DNA of 32 Argentine Creole horses by PCR. Amplified DNA was analysed by PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) and PCR-single-strand conformation polymorphism (SSCP). The PCR-RFLP analysis revealed two HaeIII patterns, four RsaI patterns, five MspI patterns and two HinfI patterns. EcoRI showed no variation in the analysed sample. Additional patterns that did not account for known exon 2 DNA sequences were observed, suggesting the existence of novel ELA-DQB alleles. PCR-SSCP analysis exhibited seven different band patterns, and the number of bands per animal ranged from four to nine. Both methods indicated that at least two DQB genes are present. The presence of more than two alleles in each animal showed that the primers employed in this work are not specific for a unique DQB locus. The improvement of this PCR-RFLP method should provide a simple and rapid technique for an accurate definition of ELA-DQB typing in horses.     

The Polymorphisms of Chinese Merino Sheep eNOS Gene exon8 and its Association with Brucellosis Susceptibility

The association of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 polymorphisms with brucellosis susceptibility was studied in this research.The sequences of human and Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 were aligned by the bioinformatics methods,and the polymorphisms of human eNOS gene in the NCBI SNP database were statistically analyzed.The polymorphisms of 101 Chinese Merino sheep negative samples and 61 Chinese Merino sheep positive samples were detected by PCR-SSCP method,and then the PCR products of different alleles were sequenced,aiming to determine exon8's polymorphism loci,and the allele frequency and genotype frequency of SNP loci were statistically analyzed.A novel SNP locus (ss974768653:A142G) was detected at the 142 bp of eNOS gene exon8,and the locus had no difference in allele frequency and each genotype between negative and positive groups (P >0.05).There might be no correlation between the A142G polymorphism locus of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 and brucellosis susceptibility.     

中国美利奴羊eNOS基因exon8多态性及其与布鲁氏菌病易感性相关性分析

本试验旨在研究内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因exon8多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对人和中国美利奴羊eNOS基因exon8序列进行比对,并对NCBI SNP数据库上人eNOS基因exon8多态性进行了统计分析。通过PCR-SSCP对101只中国美利奴羊阴性样本和61只中国美利奴羊阳性样本eNOS基因exon8的多态性进行检测,然后对不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因exon8多态性位点,并对SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析。在eNOS基因exon8序列142 bp处检测到一个新的SNP位点(ss974768653:A142G),该位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著差异性(P >0.05)。eNOS基因exon8 A142G多态性位点与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性可能无相关性。     

Search for Polymorphism in Exon 2 of the Equine Leptin Gene

The aim of the current research was to investigate the possible occurrence of a single nucleotide polymorphism (SNP) in exon 2 of the equine leptin gene in obese mares determined to be hyperleptinemic. Three experiments were conducted: one to determine the prevalence of hyperleptinemic horses in the resident herd; another to complete the sequencing of exon 2 and flanking introns of the equine leptin gene, which had been partially sequenced by others; and a third to compare the exon 2 sequences of obese, hyperleptinemic mares with those of obese mares not displaying hyperleptinemia. In experiment 1, jugular blood was collected from 31 mares, and they were categorized by age, body condition score (BCS), and average plasma leptin concentrations. Mean BCS was correlated (P < .001) with leptin concentrations; age was not. Five obese, hyperleptinemic and five obese, nonhyperleptinemic mares were selected to study the possibility of polymorphism in exon 2. First, in experiment 2, forward and reverse primers were designed from the Bos taurus leptin gene (GenBank Accession # U50365) to identify and subsequently clone the equine leptin gene to provide material for sequencing. The multiple copies of genomic DNA were then used for sequencing of exon 2 and the flanking introns. Comparative genomics was used to further identify and characterize regulatory elements in the 5' and 3' flanking regions of the leptin gene. In experiment 3, DNA from the five mares of each type (previously selected in experiment 1) was extracted, and exon 2 was sequenced and analyzed for possible SNP. The sequences of exon 2 for the 10 mares were identical; thus, no polymorphism was present. It was concluded that approximately one third of obese, pasture-maintained mares and geldings in the resident herd display hyperleptinemia relative to other horses of similar body condition, but this condition was not associated with the occurrence of SNP in exon 2 of the leptin gene.     

汶上芦花鸡催乳素基因外显子2的遗传变异及其与繁殖性状的相关性分析

本研究以汶上芦花鸡为研究对象,利用PCR-SSCP技术对催乳素（prolactin,PRL）基因外显子2进行SNP检测和测序分析,并对该基因与汶上芦花鸡繁殖性状的相关性进行了分析。结果表明,PRL基因外显子2存在1个多态性位点,该位点由于在3838 bp发生C→T的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型,并导致氨基酸发生改变,由亮氨酸变为苯丙氨酸。BB基因型和等位基因B的频率最高;3种基因型（AA、AB和BB）在开产日龄、开产蛋重、开产体重、300日龄体重、300日龄蛋重的繁殖性状指标上均未达到差异显著性水平（P>0.05）。表明PRL基因外显子2多态性与汶上芦花鸡繁殖性状无明显相关性。     

杂种奶牛POU1Fl、GHR、GHRH-R和CSN1S2基因部分序列PCR-SSCP多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对荷斯坦公牛冻精改良的93头杂种奶牛的脑垂体转录因子-1（POU1Fl）基因第6外显子、生长激素受体（GHR）基因第10外显子、生长激素释放激素受体（GHRH-R）基因第2外显子和酪蛋白(CSN1S2) 基因第18外显子进行了多态性研究。结果表明,在检测的4个基因位点中,只有POU1Fl基因第6外显子存在2种基因型,AB、BB基因型频率及A、B基因频率分别为0.0323、0.9677和0.0162、0.9838,未发现AA型个体。该群体在此位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,基因杂合度和多态信息含量分别为0.0318和0.0313。测序显示,与普通黄牛POU1Fl基因序列Y15995相比,A等位基因在POU1F1基因第6外显子的第209个碱基处发生了G→C的碱基颠换,导致Thr/Arg替代,其多态的成因及效应需进一步研究。     

玉树马血清酯酶的多态性

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法对211匹玉树马血清酯酶的多态性进行了研究。结果表明：（1）被检玉树马血清酯酶的多态性受ES^F,ES^I和ES^S3个等位的基因控制，以ES^I为优势等位基因（0.500）；（2）血清酯酶基因座的基因杂合度为0.5520，群体间基因分化系数很小（ 0.33%）。     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。