安徽两个地方鸡品种遗传多样性的微卫星DNA分析

利用29个微卫星DNA标记对两个安徽地方鸡品种进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化.在29个微卫星位点共检测到210个等位基因,每个位点的等位基因数从2到21不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6214和0.59.淮南麻黄鸡和皖南三黄鸡29个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.55和6.38,平均基因杂合度为0.6194和0.6442,群体分化系数为4.8%,两个鸡品种间的Reynolds遗传距离和Nm分别为0.0513和4.7500.两个安徽地方鸡品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

13个地方鸡品种6个微卫星座位遗传多样性分析

选择多态性较好的6个微卫星标记,检测徐海鸡、东乡绿壳鸡、文昌鸡、茶花鸡、寿光鸡、藏鸡、鹿苑鸡、北京油鸡、淮南麻黄鸡、怀乡鸡、边鸡、尤溪麻鸡和固始鸡13个地方鸡品种的遗传多样性。根据检测结果计算各等位基因频率、群体平均杂合度(h)、多态信息含量(PIC)、群体间Nei氏标准遗传距离(DS)和遗传距离(DA)。结果表明:6个微卫星位点共有83个等位基因,且多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系分析;13个地方鸡品种杂合度均较高,大小为0.746 4~0.870 0;13个地方鸡品种的DA与DS遗传距离一致,但DA比DS距离大,利用UPGMA法对DA和DS的聚类结果相同,13个地方鸡品种被聚为2类,东乡绿壳鸡、茶花鸡、寿光鸡、怀乡鸡、淮南麻黄鸡、边鸡、文昌鸡、鹿苑鸡、北京油鸡和固始鸡聚为一类,徐海鸡、藏鸡和尤溪麻鸡聚为一类。这与鸡品种的分化与选育历史相一致,UPGMA聚类图能较正确地反映13个地方鸡品种之间的亲缘关系。     

利用微卫星标记分析福建4个中华蜜蜂群体的遗传多样性

利用6对微卫星DNA标记对福建省4个中华蜜蜂群体进行遗传多样性分析,评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化.结果表明:共检测到50个等位基因,每个位点的等位基因数从2到19不等,所分析位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.6088和0.5629.4个中华蜜蜂群体6个微卫星位点平均有效等位基因数为8.333,平均基因杂合度分别为0.5608、0.4798、0.5738和0.6010,群体分化率为11.3%,4个群体间的基因流动值较大.4个中华蜜蜂群体均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性.     

苏禽黄鸡微卫星DNA指纹分析

利用经过筛选的20个微卫星标记对苏禽黄鸡各代次7个群体进行微卫星指纹检测。结果表明：20个微卫星标记在7个鸡群体中检测到的等位基因数平均为8．9个，平均基因杂合度为0．5824～0．7681，平均多态信息含量为0．4982～0．7064，7个鸡群体之间的遗传距离为0．1249～0．6014。7个鸡群体微卫星指纹分析结果基本与7个鸡群体实际的亲缘关系以及生产性能相吻合。并探讨了鸡种微卫星DNA指纹在鸡种的亲缘关系鉴定、监测各配套品系的选育效果和预测杂种优势等方面应用的可行性。     

江苏省意大利蜂与中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

6个罗非鱼群体的遗传多样性及遗传关系研究

【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

利用微卫星标记分析皖南山区中华蜜蜂遗传多样性

利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。     

应用两类遗传标记方法分析湖羊和同羊的遗传多样性

随机抽取湖羊 6 3只、同羊 6 5只分别进行 14个结构基因座和 7个微卫星标记的遗传检测 ,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度 (H)、多态信息含量 (PIC)及群体有效等位基因数 (Ne)。结果表明 :由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的 ,且在两群体中变化趋势一致。提示 :结构基因座和微卫星标记是绵羊群体遗传多样性研究的可靠遗传标记 ,而微卫星标记揭示更为丰富的遗传变异 ;两绵羊群体在结构基因座和微卫星DNA两个层次上具相当的遗传多样性 ;微卫星标记可有效用于近缘群体间的遗传分析。     

福建黄牛的遗传多态性及分类

用8个微卫星标记对福建黄牛的等位基因频率、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)和有效等位基因数(E)等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究.结果表明:(1)8个微卫星标记在所检测的福建黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7.2个等位基因(3-11);8个微卫星标记的PIC平均为0.6471(0.3942-0.8062),各群体的PIC差异不显著;全部群体的H为0.2930;各群体的E平均为3.37(3.03-3.84).这显示黄牛群体的等位基因频率、PIC、H和E等指标有较好的一致性,说明福建黄牛品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性.(2)根据Ne i氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析的结果显示,4个群体间的遗传变异不大.福建黄牛地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;遗传距离及聚类分析结果表明,这些群体黄牛属于同一个地方品种.     

运用微卫星技术分析中国地方鸡品种的亲缘关系

利用7个微卫星标记对12个地方鸡品种的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。结果表明：鹿苑鸡平均基因杂合度最高，为0．5929，遗传多样性最丰富；茶花鸡平均基因杂合度最低，为0．3514。各地方鸡品种模糊聚类结果显示：乌骨鸡与斗鸡先聚在一起，然后依次与狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、油鸡、鹿苑鸡5个兼用型地方鸡品种聚为一类；茶花鸡与藏鸡先聚在一起，然后与仙居鸡、白耳鸡2个蛋用型鸡品种聚为另一类；固始鸡自成一类。     

中国地方鸡种资源不同保种方法的分子检测

采用13对高度多态的微卫星标记对我国7个受国家重点保护的地方鸡种的原地保护和异地保存两种活体保种方法的保种效果进行了检测，计算了各品种的遗传杂合度和多态信息含量，比较了各品种在不同保种方法之间的遗传参数。结果表明：7个品种在两种保种方法中都有高度多态性，但异地保存的品种的多态性较原地保护的品种的多态性要多；虽然两种方法的保种效果较好，但是原地保护和异地保存之间在同一品种内的遗传变异并不相同。     

中国地方鸡种资源不同保种方法的分子检测*

 采用13对高度多态的微卫星标记对我国7个受国家重点保护的地方鸡种的原地保护和异地保存两种活体保种方法的保种效果进行了检测,计算了各品种的遗传杂合度和多态信息含量,比较了各品种在不同保种方法之间的遗传参数。结果表明:7个品种在两种保种方法中都有高度多态性,但异地保存的品种的多态性较原地保护的品种的多态性要多;虽然两种方法的保种效果较好,但是原地保护和异地保存之间在同一品种内的遗传变异并不相同。     

地方鸡种微卫星DNA指纹图谱建立与遗传多样性研究*

 利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测，构建了各个品种的微卫星DNA指纹图谱，通过计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离，并用类平均法进行聚类分析，分析了所研究鸡种的遗传关系。研究结果表明：20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因，平均为9.2个,基因频率分布在0.013～0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824～0.7432之间。其中藏鸡最高，白耳鸡最低。20个微卫星座位的平均多态信息含量在0.5238～0.7023之间，均大于0.5，表现为高度多态性；19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的，从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

武定鸡群体遗传变异的微卫星标记分析*

 武定鸡是一个能适应高寒和冷凉气候的地方鸡种,以其肥育性能好,沉积脂肪能力强,肉质鲜嫩等特性而著称。为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,筛选了分别位于家鸡22条染色体上的25对微卫星引物,对武定鸡53个个体进行了检测分析。共检测到107个等位基因片段,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.28,该鸡群体平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.6957,0.6382。所得结果表明:武定鸡群体内存在较为丰富的遗传变异,具有较高的选择潜力。     

我国重点保护地方鸡品种资源的遗传变异

应用30个高度多态的微卫星标记对我国重点保护的15个地方鸡品种资源的遗传变异进行了研究，计算了各群体的遗传参数，并用类平均法进行聚类分析。结果表明：平均杂合度最高的是吐鲁番鸡，0．634；杂合度最低的是河南斗鸡，0．554。15个地方鸡品种的杂合度都较高，反映了这些品种的多种多型；对遗传距离DS的计算表明15个品种的遗传距离较远，分化时间较长；UPGMA的聚类分析将15个品种聚为3类，即：Ⅰ类为浦东鸡、茶花鸡、西双版纳斗鸡、漳州斗鸡、大骨鸡、丝羽乌骨鸡、仙居鸡、白耳黄鸡、北京油鸡、河南斗鸡、狼山鸡和吐鲁番斗鸡，Ⅱ类为清远麻鸡和鲁西斗鸡，第Ⅲ类只有藏鸡。通过微卫星标记对这些重点保护地方鸡品种资源遗传变异的分析说明了这些地方品种的遗传多样性极其丰富，各具特色，各保种场(区)应促进资源优势向经济优势转化。     

中国部分家鸭和野鸭遗传多样性及亲缘关系的微卫星分析

利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。     

应用微卫星标记分析云南、西藏4个地方特色鸡种的遗传多样性

利用18对微卫星引物测定云南省、西藏自治区4个地方特色鸡种(‘藏鸡’、‘勐腊茶花鸡'、‘贡山土鸡'、‘武定鸡’)的遗传多样性,对等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数进行了统计分析,并依据Nei氏DA遗传距离,采用NJ法和UPGMA法构建了系统聚类树.结果表明:18个微卫星座...     

Genetic diversity and population structure of indigenous chicken breeds in South China

A total of 587 individuals from 12 indigenous chicken breeds from South China and two commercial breeds were genotyped for 26 microsatellites to investigate the genetic diversity and population structure. All microsatellites were found to be polymorphic. The number of alleles per locus ranged from 5 to 36, with an average of 12.10 ± 7.00 (SE). All breeds, except White Recessive Rock, had high allelic polymorphism (>0.5). Higher genetic diversity was revealed in the indigenous chicken breeds rather than in the commercial breeds. Potential introgression from the commercial breeds into the indigenous chickens was also detected. The population structure of these indigenous chicken breeds could be explained by their geographical distribution, which suggested the presence of independent history of breed formation. Data generated in this study will provide valuable information to the conservation for indigenous chicken breeds in future.     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在6个鸡群体中的多态信息含量为高度多态,还有6个微卫星位点为中度多态,这些位点均可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析中;在6个品种中,武定鸡杂合度最低,为0.602 3,腾冲雪鸡杂合度最高,为0.668 9,杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算结果表明,体型较小的茶花鸡与其他大中型鸡品种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡和武定鸡聚为一类;腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡聚为一类;茶花鸡独自为一类,这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。