猪流感病毒广东株分离鉴定及遗传进化分析

本研究从广东省某猪场采集37份疑似猪流感症状的猪鼻拭子样品,接种于9日龄SPF鸡胚并收集尿囊液,通过血凝试验、血凝抑制试验和RT-PCR鉴定,分离得到一株猪流感病毒,经RT-PCR分别扩增8个基因片段,进行基因测序及序列分析,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树。结果显示,分离毒株为H1N1亚型猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/2/2018（H1N1）。遗传进化分析显示,分离株8个片段的核酸序列与A/swine/Guangdong/L3/2009（H1N1）对应序列的同源性均达99%以上,与经典型H1N1亚型猪流感病毒处于同一分支。分离毒株HA的裂解位点为PSIQSR↓GL,符合低致病性流感病毒分子特征。HA基因受体位点为190D、225G和226Q,表明本毒株既可以结合SAα-2,6-Gal型人类流感病毒SA受体,也有结合SAα-2,3-Gal型禽类流感病毒SA受体的可能,在28、40、104、304、498、557位氨基酸处有6个潜在糖基化位点;NA蛋白在50、58、63、68、98、146、235位氨基酸处有6个潜在糖基化位点,NA蛋白氨基酸序列活性中心位点为119E、199D、223I、275H、293R、295N,氨基酸分析位点未出现突变,表明本分离株对神经氨酸酶抑制剂类药物的敏感性较高,但在M2蛋白中,31位氨基酸由敏感型的（S）突变为抗药的（N）,提示可能对金刚烷胺类药物产生耐药性。开展猪流感病毒分离鉴定与遗传进化分析将为广东地区的猪流感流行和变异情况提供重要信息。     

H3N2亚型猪流感病毒重庆株的分离、鉴定、基因组测定及序列分析

从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析。采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化。采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察。运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析。结果表明,获得1株猪流感病毒,经血凝、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3。基因组序列比较分析显示,SIV CQ3 8个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV。然而NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95%、89%和90%;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征。此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异。最后,系统进化树分析显示NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变。     

H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析

对3株H1N2亚型猪流感病毒(SIV):Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素(HA)、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因进行克隆和序列分析.结果显示:3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91.3%～98.0%、98.4%～98.8%、97.4%～98.3%、98.8%～99.8%和98.1%～98.4%.遗传进化分析显示:分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV具有较近的亲缘关系;在HA、NP、M和NS基因进化树中,3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群,在NA基因进化树中,3株分离毒株则位于人流感病毒群.HA和NA基因推导氮基酸序列分别与代表毒株古典H1N1 SIV A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1)和人H3N2流感病毒A/Buenos Aires/4459/96(H3N2)比较分析显示:HA(95.4%～96.1%)和NA(96.6%～97.2%)具有较高的氨基酸同源性;糖基化位点、抗原位点和受体结合位点(HA)处氨基酸存在一定的差异,这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究.     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

1株欧亚类禽猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

【目的】了解广东地区猪流感病毒(Swine influenza virus, SIV)的流行情况并探究其分子生物学特征。【方法】采集广东某猪场疑似猪流感病毒感染猪的鼻拭子和肺脏组织样品进行病毒分离鉴定、遗传进化和关键氨基酸位点分析。【结果】样品经实时荧光定量RT-PCR检测为猪流感病毒核酸阳性;在红细胞凝集试验中,该病毒对鸡红细胞有凝集作用,血凝效价为1∶128;8个基因片段序列结果经BLAST比对和进化树分析显示,HA、NA基因属于欧亚类禽猪流感病毒(H1N1)分支,PA、PB1、PB2、NP和M基因属pdm/09分支,NS基因属于北美三源重组分支,因此,本试验分离株属于G4基因型欧亚类禽猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/CJM2/2022(H1N1)。关键氨基酸位点分析显示,分离株HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR/GL,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。HA基因在受体结合位点处的190、225、226位氨基酸分别为D、E、Q,表明其既具有结合人型唾液酸受体的潜能又具有结合禽型唾液酸受体的潜能。NA基因关键氨基酸残基均未发生突变,提示分离株对奥司他韦和扎那...     

4株H3N2亚型猪源流感病毒HA基因的序列测定与特性分析

从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004.根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因序列,设计1对引物,运用RT-PCR方法扩增四株病毒的HA基因,并进行测序和分析.同源性分析和遗传进化分析表明本实验的4株H3N2亚型SIV HA基因核苷酸序列同源性为99.8%～99.9%,在遗传进化树中均位于同一分支上.与参考毒株的比较分析表明,4个毒株与WHO推荐的2001-2004年北半球H3N2亚型流感疫苗株A/Moscow/10/99 HA基因的核苷酸序列同源性最高为99.4%～99.5%,4个毒株与A/Moscow/10/99 HA基因在遗传进化树中位于同一个小分支上.氨基酸序列比较发现,4个毒株HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为PEKQTR↓G,4个毒株推导的氨基酸序列中均有11个糖基化位点,4个毒株HA蛋白226位受体结合位点(RBS)处氨基酸均为异亮氨酸(Ⅰ).4个毒株HA基因的氨基酸序列、受体结合位点以及糖基化位点均与A/Moscow/10/99相应的氨基酸序列一致.本试验的4株H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因属于以A/Moscow/10/99为代表的近代类人H3N2亚型流感病毒,在一定程度上揭示了广东省H3N2亚型猪流感病毒HA基因进化与流行情况.     

猪流感病毒H1N1亚型济南株HA、NA、NP基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H1N1亚型HA、NA、NP基因序列,分别设计扩增HA、NA、NP基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒(SIV)H1N1济南株(SW/SD/JT/07)HA、NA、NP基因,分别将RT-PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果显示,SW/SD/JT/07(H1N1)HA基因长为1 701bp,编码566个氨基酸;HA蛋白切割位点为IPSIQSR↓G,属于非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,其中有6个在HA1蛋白上,有2个在HA2蛋白上,与个别参考毒株糖基化位点个数不同;HA蛋白上的受体结合位点与多数参考毒株一致。SW/SD/JT/07(H1N1)NA基因长为1 410bp,编码469个氨基酸;NA基因颈部未发现氨基酸缺失现象;NA蛋白的头部有5个可能的抗原位点Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分别由5个区段组成,在340、346、366位分别为P、I、N,其余参考毒株在相应位置的氨基酸分别为S、V、S;NA蛋白共有8个糖基化位点,与个别参考毒株的糖基化个数不同。SW/SD/JT/07(H1N1)NP基因长为1 565bp,编码498个氨基酸,根据HA、NA、NP基...     

猪流感病毒分离株的特性及致病性

为了解猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)分离株A/Sw/SH/1/2007(H1N2)的特性,对毒株的抗原位点、受体位点、潜在糖基化位点进行比较分析,并进行雏鸡、小鼠致病性试验.结果表明,A/Sw/SH/1/2007与北美经典株A/Sw/Tennes/1455/1977(H1N1) HA抗原位点最接近,HA1蛋白4个抗原位点中只有Ca位点有2个氨基酸改变,发生抗原变异,Sa、Cb抗原位点均只有1个氨基酸发生改变,不影响其抗原性;受体位点高度保守,只有183位发生改变;A/Sw/SH 1/2007有6个潜在的糖基化位点,在276位丢失了1个潜在的糖基化位点,但同时在274位出现了1个新的糖基化位点.NA蛋白抗原位点序列与广西分离株A/Sw Guangxi/13/2006(H1N2)同源性最高,除401位氨基酸发生G→R改变外,其余抗原位点均保守.耐药性分析显示,该病毒对金刚烷胺、扎那米韦药物均敏感.致病性试验结果表明,A/Sw/SH/1/2007对雏鸡无致病性,ICPI为0;肌注小鼠2周内死亡100％,滴鼻小鼠死亡80％,存活小鼠血凝效价为27,而与经典H1N1亚型SIV毒株只有较低的交叉凝集,HI为2 3.4～3.6.     

两株H9N2亚型猪流感病毒全基因进化分析

用RT-PCR方法扩增了H9N2亚型猪流感病毒河南株(Swine/Henar/Y1/09)和H9N2亚型猪流感病毒上海株(Swine/Shanghai/Y1/09)的8个基因片段,进行测序分析.结果表明,这两株猪流感病毒HA基因长度均为1701 bp,编码566个氨基酸,HA切割位点序列均为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;这两个毒株的HA蛋白均有8个潜在的糖基化住点.两个分离株的NA基因长度为1401 bp,编码467个氨基酸,这两个毒株均在茎区63、64、65位发生氨基酸缺失.两株猪流感病毒HA基因的同源性为96.6％,NA基因的同源性为98.6％.两株毒株的8个基因片段系统发生树分析表明它们均为重组体,与2008年上海地区健康鸡群中分离的H9N2亚型毒株(Ck/Shanghai/Y 1/2008)8个基因片段均分别属于同一个基因群.     

一株欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析

为调查国内猪流感病毒流行和遗传演化状况,将2013年从山东某屠宰场的采集样品接种SPF鸡胚,分离到1株病毒,通过RT-PCR鉴定和全基因测序,并运用生物软件对病毒基因组关键氨基酸位点和遗传演化关系进行分析。结果显示,分离株A/Swine/Shandong/5513/2013(H1N1)为欧亚类禽H1N1猪流感病毒,基因片段未发生重排,与中国大陆近几年分离株类似。HA蛋白受体结合位点具有结合哺乳动物气管上皮细胞特性;HA蛋白抗原位点与欧亚类禽H1N1猪流感代表株A/swine/Hong Kong/1780/2008(H1N1)仅有一处不同,Q196H;裂解位点氨基酸为PSIQSR/GL,PB2蛋白毒力关键氨基酸位点为T271和E627,分离株为典型低致病力毒株。本毒株的分离鉴定为分析中国大陆猪流感流行状况和分子特征提供了数据。     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。     

一株类禽型H1N1猪流感病毒的进化分析与分子特征

2017年12月,上海市一养殖场饲养的猪出现咳嗽、呼吸困难、发热及迅速转归等病症。将猪鼻拭子接种鸡胚进行病毒分离,对血凝试验阳性样品在SPF鸡胚上进一步纯化、增殖,分离到1株猪流感病毒(A/swine/Shanghai/1205/2017)。采用RT-PCR对分离毒株进行全基因组扩增测序,利用DNAstar软件,对测序基因片段进行整个阅读框的核苷酸序列同源性比对分析,并用MEGA6绘制遗传进化树并分析氨基酸位点。结果显示:分离毒株为H1N1亚型,其8个基因片段均属于类禽型H1N1进化分支,没有出现不同基因型流感病毒片段之间的重组;分离株HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓G,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。本毒株的分离鉴定为分析我国大陆地区的猪流感流行状况和分子特征提供了参考。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的遗传演化分析及在雪貂体内复制和飞沫传播能力评估

本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋...     

猪源新型甲型H1N1流感病毒的分离鉴定及遗传进化特点

本研究旨在了解猪源新型甲型H1N1流感病毒山东分离株的遗传进化特点。对山东地区出现的疑似H1N1流感病死猪进行病料采样,然后进行病毒的分离鉴定,并对分离病毒株(A/swine/Shandong/07/2011)的HA、NA、PB2、PB1、PA、NP、NS和M基因进行遗传进化分析。结果显示,该株病毒8个片段的核酸序列与A/H1N1(2009)对应序列的相似性都大于99%,并且该毒株HA蛋白的裂解位点和优先识别唾液酸α-2,6受体的位点与A/H1N1(2009)也高度一致,分别为PSIQSR↓GLFGAI和190D、225D。但是,与A/H1N1(2009)毒株的HA蛋白相比,受体结合位点处出现了重要的突变(Q226R)。该研究结果为进一步研究猪源新型甲型H1N1流感病毒的分子进化提供了重要信息。     

2012~2015年H9N2亚型AIV分离株HA基因的克隆及序列分析

为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。     

鸭源流感病毒分离株表面蛋白基因的克隆及序列分析

从湖南分离得到一株H5N1亚型禽流感病毒(AIV),首先设计合成两对HA和NA基因特异性引物,采用两步法RT-PCR,对鸭流感病毒株 A/Duck/HunanWugang/2/2004(H5N1)(简称DK/HNWG/2/04)的表面蛋白基因进行序列测定,并与国内外已经发表的H5N1亚型毒株表面蛋白基因进行序列分析和比较.结果表明,HA和NA基因全长分别约为1.7 kb和1.4 kb,分离株与14个参考毒株HA基因的同源性为95.9%～98.0%,NA基因的同源性为87.0%～98.4%.根据HA基因核苷酸序列推导HA裂解位点氨基酸,发现分离株的裂解位点包含多个碱性氨基酸,符合高致病性禽流感的特征.     

3株H9N2亚型禽流感病毒HA基因变异分析

对近10年来在同一地区分离到的3株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增和序列分析,探讨H9N2亚型流感病毒变异情况.3个毒株的HA基因全长1 683bp,编码560个氨基酸;其裂解位点均为R-S-S-R,属于低致病力毒株;推导的HA基因氨基酸序列均含7个相同的潜在糖基化位点,受体结合位点为禽源性流感病毒特异性序列,左侧臂氨基酸均为NGQQG,右侧臂均为GTSKA.3个分离株与参考株核苷酸与氨基酸同源率均较高,仅有一些非关键位点突变.它们均属欧亚种系,与A/Duck/Hong Kong/Y280/97代表株亲源关系较近.研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异.     

山东地区10株H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因的遗传演化分析

为了解2016年山东地区H9N2亚型禽流感病毒的变异情况,选取分离鉴定的10株H9N2亚型禽流感病毒分离毒株,分别对其HA和NA基因进行序列测定和分子特性分析,并应用Mega 5.0软件绘制相应的基因氨基酸进化树,进行遗传进化分析。结果表明:10株H9N2分离毒的HA裂解位点氨基酸均为RSSR/GLF,具有典型低致病性AIV HA基因的特征;其第226位氨基酸均为亮氨酸(L),因此具有结合人流感受体的分子特性。同时这10株病毒的NA基因颈部均有9个核苷酸的缺失,且NA的潜在糖基化位点均不超过8个。进化树分析表明,2016年山东地区H9N2流行毒株HA和NA基因均属A/Chicken/Beijing/1/1994亚群,并且同属于近几年在中国鸡群中流行的G57分支。     

四株分离自同一猪场的H3N2亚型猪流感病毒的进化分析

猪作为流感病毒异源毒株间发生基因重组的"混合容器",其呼吸道上皮细胞上同时存在着能够感染人(SAα-2,6-Gal)和禽(SAα-2,3-Gal)两种流感病毒的受体,具备产生新型流感病毒的潜力。在我们的前期研究中,连续两年(2013年和2014年)从南宁地区某个规模化养猪场当中分离获得了2株新型甲型流感病毒重配的H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza viruses,SIVs)。为了解SIVs在同一地方的遗传进化规律,我们在2018年至2019年间对该猪场进行了持续的监测,并于2019年再次成功分离获得了2株H3N2亚型的三源重组毒株,命名为A/swine/Guangxi/JG13/2019(简称JG13/2019)和A/swine/Guangxi/JG20/2019(简称JG20/2019)。遗传进化分析表明其基因重配形式与2013年分离株A/swine/Guangxi/JGB4/2013(简称JGB4/2013)和2014年分离株A/swine/Guangxi/JG1/2014(简称JG1/2014)相同,表面基因HA和NA来源于类人H3N2谱系,内部基因NP、M、PA、PB1和PB2来源于2009年甲型H1N1大流感谱系(pdm/09H1N1),NS基因来源于古典型H1N1谱系。此外,新分离株JG13/2019和JG20/2019同早期分离株JGB4/2013和JG1/2014 HA和NA基因的核苷酸相似性分别为95.3%～97.4%和93.9%～97.0%,内部基因(NP、M、PA、PB1和PB2)的核苷酸相似性为96.2%～98.1%,NS基因的核苷酸相似性为97.1%～97.6%。通过分析比较这些年代不同毒株之间的关键氨基酸位点差异,结果发现JG20/2019和JG13/2019的HA蛋白仍旧保持了与人型受体结合的分子特征(190D、226I和228S),却也出现了V223I或P227S的新变化,JG13/2019的PA蛋白(R356K)和PB2蛋白(I588T)也与之前的毒株有所不同。这些位点上的氨基酸改变是否影响到病毒的致病能力、复制能力以及跨种间传播能力,有待今后进一步研究。历经6年,携带有pdm/09 H1N1多种内部基因片段(PB2、PB1、PA、M、NP)和类人表面基因(HA和NA)的H3N2亚型SIVs依旧在同一个猪场的猪群中流行,虽然其关键的功能区域出现了基因突变,但是仍然保持着能够感染人的受体结合特性。因此,加强对SIVs流行情况的监测,将为今后防控人类流感大暴发提供预警。     

猪流感病毒分离株A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)分子特性研究

采用套式PCR检测方法,结合鸡胚分离鉴定,从20份患呼吸道疾病猪的鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒。经亚型鉴定及全基因组序列分析,证实该分离株为H1N1流感病毒,命名为A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)。遗传进化分析表明该分离株与类禽猪流感病毒(Avian-Like H1N1)相似性最高。蛋白序列分析发现,该分离株具有低致病性流感病毒特征,即其HA蛋白的裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI。此外,该基因中有7个潜在的糖基化位点,受体结合位点为108(Y)、148~152(GVTAA)、167(W)、197(H)、204~212(DQQ SLYQNA)和238~243(RDQEGR);其中225~228EQAG显示该分离株具有结合SAα2,6Gal受体的能力,证明该分离株具有感染哺乳动物的能力。同时PB2蛋白的627E、701N及NS蛋白的92D位点均证明了该分离株的低致病性和感染哺乳动物的能力。