一株欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析

为调查国内猪流感病毒流行和遗传演化状况,将2013年从山东某屠宰场的采集样品接种SPF鸡胚,分离到1株病毒,通过RT-PCR鉴定和全基因测序,并运用生物软件对病毒基因组关键氨基酸位点和遗传演化关系进行分析。结果显示,分离株A/Swine/Shandong/5513/2013(H1N1)为欧亚类禽H1N1猪流感病毒,基因片段未发生重排,与中国大陆近几年分离株类似。HA蛋白受体结合位点具有结合哺乳动物气管上皮细胞特性;HA蛋白抗原位点与欧亚类禽H1N1猪流感代表株A/swine/Hong Kong/1780/2008(H1N1)仅有一处不同,Q196H;裂解位点氨基酸为PSIQSR/GL,PB2蛋白毒力关键氨基酸位点为T271和E627,分离株为典型低致病力毒株。本毒株的分离鉴定为分析中国大陆猪流感流行状况和分子特征提供了数据。     

一株猪流感病毒A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)的分离鉴定及遗传进化分析

为鉴定上海地区猪流感病毒的流行株及其分子生物学特征,本研究从上海地区养殖场采集疑似流感症状的猪咽拭子样品40份,采用套式PCR结合鸡胚分离鉴定方法,从中分离到1株H1N1亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Shanghai/01/2019(H1N1)。经全基因组测定和遗传进化分析结果显示该分离株的8个基因节段与欧亚类禽H1N1 SIV同源性最高,其PB2、PB1、PA基因节段可能来源于A/swine/Jiangsu/49/2012(H1N1)病毒,NA、NP和M基因节段可能来源于A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)病毒。该分离病毒的HA蛋白裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI,为低致病性流感病毒的分子特征。该分离株NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变,M2蛋白S~(31)N突变表明该病毒可能对金刚烷胺类药物具有一定的耐药性。PA蛋白~(224)S和PB2蛋白~(701)N突变提示该分离株对哺乳动物的适应性增强,可能导致其致病性增强,需要加强对此类SIV的监测。结合近年来的监测表明,上海地区猪群中H1N1亚型SIV持续存在,需要持续跟踪监测SIV变异趋势。本研究为防控猪流感提供实验依据。     

高通量测序一株天鹅源H5N8亚型流感病毒遗传演化分析

为研究一株天鹅源H5N8亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,本研究对2016年从山西省疾控中心送检天鹅样品中分离到的一株H5N8亚型流感病毒(A/swan/Shanxi/6/2016)的全基因组序列进行高通量测序及遗传演化分析。结果显示,分离的病毒为Clade 2.3.4.4分支高致病禽流感病毒(HPAIV);BLAST分析显示该分离株的NP基因与H3N8亚型AIV的NP基因具有较高同源性,而其它基因节段则分别与来自其它国家的H5N8亚型AIV的相应基因节段同源性较高,进一步选取与各基因节段核苷酸同源性较高的病毒株作参考序列构建其系统进化树,推测该分离株为一株重组病毒株。特殊氨基酸位点分析显示,其具有典型的禽型受体结合位点和典型的人型受体结合位点。并且M1蛋白、NS1蛋白和PB2蛋白具有H5N1亚型AIV对鼠致病性增强的分子标志,提示该株野鸟源流感病毒可能具备感染哺乳动物的能力。本研究对H5N8亚型AIV的综合防控具有一定的指导意义。     

南京市首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素基因遗传变异分析

对南京市首例甲型H1N1(2009)病毒进行细胞分离,获得一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Nanjing/1/2009。在全基因组测序的基础上,对分离株的血凝素基因(haemagglutinin,HA)的遗传特征进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Nanjing/1/2009HA蛋白的有5个氨基酸发生了突变,其中一个位于Ca抗原位点208位氨基酸(R→K),这一突变虽然还不会影响抗原性的改变,但预示了新甲型H1N1(2009)抗原漂移的启动。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1病毒的特点。与禽H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的190(E→D)和225(G→D)位点发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究对南京市早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。     

猪源新型甲型H1N1流感病毒的分离鉴定及遗传进化特点

本研究旨在了解猪源新型甲型H1N1流感病毒山东分离株的遗传进化特点。对山东地区出现的疑似H1N1流感病死猪进行病料采样,然后进行病毒的分离鉴定,并对分离病毒株(A/swine/Shandong/07/2011)的HA、NA、PB2、PB1、PA、NP、NS和M基因进行遗传进化分析。结果显示,该株病毒8个片段的核酸序列与A/H1N1(2009)对应序列的相似性都大于99%,并且该毒株HA蛋白的裂解位点和优先识别唾液酸α-2,6受体的位点与A/H1N1(2009)也高度一致,分别为PSIQSR↓GLFGAI和190D、225D。但是,与A/H1N1(2009)毒株的HA蛋白相比,受体结合位点处出现了重要的突变(Q226R)。该研究结果为进一步研究猪源新型甲型H1N1流感病毒的分子进化提供了重要信息。     

一株pH1N1/2009猪流感病毒的进化分析与生物学特性研究

为了解SIV A/swine/Liaoning/5/2014(H1N1)分离株的生物学特性与遗传进化关系,本研究对该分离株的全基因序列进行测定,并对其进行小鼠致病性实验。基因组序列分析表明:该病毒的8个基因节段均来自A型H1N1流感病毒。HA蛋白裂解位点为~(325)PSIQSRG~(331),属于低致病性流感病毒的分子特征,其HA基因与A/Xia Men/SWL1280/2013(H1N1)的相似性达到98.9%。对动物致病性试验结果显示:该病毒可以感染哺乳动物模型BALB/c小鼠,但仅能够在鼠的肺脏和鼻甲骨粘膜上皮细胞中复制,病毒滴度分别为5.5 log_(10)EID_(50)/m L和3.3 log_(10)EID_(50)/mL,该病毒株对小鼠的生长具有抑制作用,可以导致感染后7 d内小鼠体质量下降15.2%,随后逐渐恢复,但始终低于正常对照小鼠,呈现一定的致病性。本研究为该病毒已在我国动物群体内流行提供了新的证据。     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的遗传演化分析及在雪貂体内复制和飞沫传播能力评估

本实验室于2016年在天津分离到一株猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Tianjin/312/2016(H1N1)(简称为TJ312株)。为了解该株病毒的生物学特性及遗传演化特征,本研究对经PCR分段扩增该病毒全基因组并测序,采用SeqMan软件拼接成全基因组序列经BLAST比对,得到与该SIV各基因节段序列同源性最高的病毒株,采用mafft分析其各基因节段编码氨基酸序列的分子特征,利用MEGA5.1软件分别构建该病毒8个基因节段的进化树。结果显示,SIV TJ312株各基因节段与2016年分离自天津的H1N1 SIV相应各基因节段的同源性在99%～100%。进化树结果显示该病毒株HA、NA和M基因均来自欧亚类禽H1N1 (EA H1N1) SIV谱系;PB2、PB1、PA和NP基因来自2009/H1N1流感病毒谱系;NS基因来自北美三重配H1N2 SIV谱系。蛋白分子特征分析结果显示,HA蛋白碱性氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓G,符合低致病性流感病毒分子特征;受体结合位点符合人源唾液酸受体(α-2,6唾液酸受体)的分子特性;NA蛋白aa275为H、aa295为N,且该蛋...     

一例输入型H6N1亚型禽流感的检测分析

为确认进口食品中的禽流感病毒(AIV)携带状况,对从台湾地区进口的冻鸡食品进行了禽流感带毒情况检测,并对病毒进行了分离、全基因组测序和致病性试验。序列分析结果显示:分离的AIV为H6N1亚型病毒,与台湾本地流行的毒株同源性最高;分离株的HA裂解位点基序为PQIATR/G,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;HA蛋白受体结合位点处第186、190、226和228位氨基酸残基分别为脯氨酸(P)、缬氨酸(V)、谷氨酰胺(Q)、丝氨酸(S),具有结合人样流感病毒受体的分子特征。SPF鸡试验结果显示,分离株的静脉致病指数(IVPI)为0,为低致病性AIV。Balb/c小鼠感染性结果显示:分离株可在小鼠下呼吸道和肺脏中复制;高剂量感染可使小鼠体重发生轻微变化,但未表现明显临床症状。检测结果表明,该H6N1亚型毒株虽然目前致病力较弱,但有突变为高致病性毒株风险,对人类和家禽存在潜在威胁。     

H1N1亚型猪流感病毒A/Swine/GD/2/12基因特征分析

2012年从广东省某猪场的疑似流感猪群采集鼻拭子样品,接种鸡胚并收集尿囊液,通过血凝、血凝抑制和RT-PCR,鉴定出1株H1N1亚型猪流感病毒,命名为A/Swine/GD/2/12。RT-PCR扩增得到全基因8个片段,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树,发现本毒株可能是H1N1亚型重组株,其8个片段与我国猪源和北美地区1985—1992年间的猪源、禽源(A/turkey/IA/1992)和人源(A/Maryland/12/1991)流感毒株在同一个大分支上,其中与我国猪源参考株同源性在95.8%以上,与北美地区的H1N1参考株同源性在94%以上。HA受体位点分析表明,本毒株既具备结合Saα2,6Gal型人类流感病毒SA受体的特点,也有结合Saα2,3Gal型禽类流感病毒SA受体的可能。提示本毒株可能是由北美地区猪源、禽源和人源的H1N1亚型流感病毒重排形成的。HA蛋白裂解位点分析、NS和PB2蛋白位点分析表明,本毒株具备低致病性毒株的特点。小鼠致病性试验进一步证实本毒株能够引起小鼠运动减少、食欲欠佳、体重减轻等表现,但不会引起咳嗽和死亡等严重反应。     

Morphologic heterogeneity of a strain of swine influenza virus (A/swine/Wisconsin/1/68, Hsw1N1) propagated at different temperatures.

Strain A/swine/Wisconsin/1/68 (WI/68) swine influenza virus (SIV) was propagated in embryonating chicken eggs at 33, 35, or 37 C. The SIV harvested from eggs incubated at 33 C invariably had higher hemagglutination (HA) and egg infectivity titers than did SIV propagated in eggs at the 2 higher temperatures. When SIV inoculum propagated at 33 C was inoculated into separate groups of eggs and incubated at 33, 35, and 37 C, the SIV harvested from inoculum incubated at the 2 higher temperatures had significantly lower infectivity and HA titers than did that propagated at 33 C. By electron microscopy (EM), viral particles of Wi/68 were of various sizes and shapes regardless of the temperature used to propagate the virus. However, in contrast to what was seen in SIV harvested from innoculum incubated at 33 C incubation, pleomorphic shapes and particles with surface abnormalities were much more frequent in SIV harvested from inoculums kept at the 2 higher temperatures. Approximately one-third of the particles from 35 and 37 C incubation either were spikeless or were relatively deficient in surface spikes.     

Pandemic A/H1N1/2009 influenza virus in swine, Cameroon, 2010

Although swine origin A/H1N1/2009 influenza virus (hereafter "pH1N1″) has been detected in swine in 20 countries, there has been no published surveillance of the virus in African livestock. The objective of this study was to assess the circulation of influenza A viruses, including pH1N1 in swine in Cameroon, Central Africa. We collected 108 nasal swabs and 98 sera samples from domestic pigs randomly sampled at 11 herds in villages and farms in Cameroon. pH1N1 was isolated from two swine sampled in northern Cameroon in January 2010. Sera from 28% of these herds were positive for influenza A by competitive ELISA and 92.6% of these swine showed cross reactivity with pandemic A/H1N1/2009 influenza virus isolated from humans. These results provide the first evidence of this virus in the animal population in Africa. In light of the significant role of swine in the ecology of influenza viruses, our results call for greater monitoring and study in Central Africa.     

H5N1亚型猪流感病毒A／Swine／Fujian／1／01感染性克隆构建及其对小鼠致病性研究

2001年从福建某猪场分离到1株H5N1亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Fujian/1/01(SW/FJ/1/01).SW/FJ/1/01对小鼠具有强致病性,致死率为100%,为进一步研究SW/FJ/1/01对BALB/c小鼠致病性的分子基础,本研究构建了SW/FJ/1/01的8个节段重组质粒构成的反向基因操作系统,成功拯救了病毒(R-SW/FJ/1/01).R-SW/FJ/1/01和野生型SW/FJ/1/01对BALB/c小鼠致病性没有差别.SW/FJ/1/01反向基因操作系统的建立为进一步阐明H5N1亚型SIV对哺乳动物模型BALB/c小鼠的致病机制等方面的研究奠定了基础.     

H1N2亚型猪流感病毒A／Swine／Guangdong／1／06分离鉴定和对猪致病性研究

2006年5月从广东某大型猪场采集具有流感症状保育猪鼻拭子共98份,无菌常规处理猪鼻拭子后接种MDCK细胞,分离到4株流感病毒.用血凝抑制和PCR方法鉴定均为H1N2亚型.挑选其中一株A/Swine/Guangdong/1/06(H1N2),进行全基因组测序,并与GenBank中相关序列进行比较.核苷酸同源性分析表明:A/Swine/Guangdong/1/06(HIN2)与A/Swine/Guangxi/13/06不同基因之间同源性为96.6%～98.1%.以106EID50的剂量,将H1N2病毒鼻腔感染35日龄仔猪,结果表明H1N2亚型流感病毒可以感染猪上呼吸道.但不表现临床症状.本研究结果对于揭示H1N2亚型猪流感流行规律和病毒的致病机理具有一定的意义.     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。     

欧亚类禽H1N1与古典H1N1亚型猪流感病毒NA基因遗传进化分析

本研究对2011年分离自吉林省猪群的3株流感病毒进行了遗传进化分析。结果表明欧亚类禽H1N1猪流感病毒和古典H1N1猪流感病毒在吉林省猪群中共同流行,因此加强猪流感流行病学调查具有重要意义。     

规模化猪场H1亚型猪流感油乳剂灭活疫苗免疫的抗体变化动态

猪流感(Swine influenza,SI)是由正粘病毒科A型流感病毒引起的一种猪的急性、热性、高度接触性呼吸道传染病,临床上以高热、精神沉郁、食欲下降、呼吸困难为特点,可导致猪只生产性能下降,料肉比上升,增重减缓。猪流感常导致猪繁殖与呼吸障碍综合征、传染性胸膜肺炎、猪链球菌等     

人源H3N2亚型猪流感病毒A／Swine／Guangdong／1／2005的分离鉴定及全基因遗传演化分析

2005年从广东桌猪场采集疑似流感病猪的病料(气管和肺脏)样品共40份,通过MDCK细胞培养分离到6株A型流感病毒,经过血凝抑制和PCR扩增方法鉴定均为H3N2亚型.挑选其中一个代表株A/swine/Guangdong/1/05(H3N2)(SwGD1/05)进行全基因组测序并与GenBank中相关序列比较,结果发现SwGD1/05的8个基因分别与人流感病毒相关基因氨基酸同源性高达98.5%～99.4%;SwGDI/05的8个基因进化树中分别位于北美和欧洲人流感病毒进化谱系位置;由此推测SwGD1/05可能来源于北美或欧洲人源流感病毒株.这一结果为阐明猪作为流感病毒传播的中间宿主作用提供了的理论支持,本研究具有重要的人类公共卫生意义.     

Experimental dual infection of pigs with an H1N1 swine influenza virus (A/Sw/Hok/2/81) and Mycoplasma hyopneumoniae

Dual infection of pigs with swine influenza virus (SIV) and Mycoplasma hyopneumoniae was carried out to compare the clinical and pathological effects of dual infection in caesarian derived and colostrums deprived (CDCD) pigs, with that of a single infection with M. hyopneumoniae. In Experiment 1, 40-day-old CDCD pigs were inoculated only with SIV (A/Sw/Hok/2/81, H1N1). The virus was isolated from nasal swabs for 5-6 days. None of these pigs showed clinical signs of infection throughout the experimental period. These results suggested that this strain can infect pigs but is only slightly pathogenic when it is inoculated singly to a CDCD pig. In Experiment 2, 60-day-old CDCD pigs were inoculated with M. hyopneumoniae and then were inoculated with SIV (A/Sw/Hok/2/81) at 1 week (MHYO-7d-SIV-7d group) or 3 weeks (MHYO-21d-SIV-7d group) after M. hyopneumoniae inoculation. Macroscopically, dark red-to-purple lung lesions were observed in all of pigs at 14 or 28 days post-inoculation. Percentages of dark red-to-purple lung lesions in dual infection groups (MHYO-7d-SIV-7d group: 18.7 +/- 4.2%, MHYO-21d-SIV-7d group: 23.0 +/- 8.0%) were significantly (P < 0.05) increased compared to those of each control group in which pigs were inoculated only with M. hyopneumoniae (MHYO-14d group: 4.7 +/- 2.9%, MHYO-28 group: 3.3 +/- 2.4%). Microscopically, bronchial epithelial lesions (epithelial disruption, degeneration, hyperplasia and formation of microabscess) were frequently observed in dark red-to-purple lung lesions of only the dual infection groups. These results demonstrate that the lung lesion of pigs inoculated with M. hyopneumoniae and SIV is more severe than that of pigs inoculated only with M. hyopneumoniae.