OCX-32基因内含子变异对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

[目的]探讨OCX-32基因对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应,为长顺绿壳蛋鸡的保种选育及开发利用提供参考依据.[方法]以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法筛选OCX-32基因SNP多态位点,实时荧光定量PCR检测组织表达谱,运用SPSS 19.0广义线性模型(GLM)分析SNP位点基因型或双倍型与所测定性状指标的相关性.[结果]在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个SNPs位点,分别是位于内含子1上的g.22592323G>T及内含子3上的g.22597350T>C和g.22597555G>A.卡方(χ2)检测结果发现,g.22597350T>C位点的基因型分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05,下同).连锁不平衡分析结果显示,3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H2频率最高,分别为0.523和0.345.实时荧光定量PCR检测结果显示,OCX-32基因在长顺绿壳蛋鸡12个组织中存在不同程度的表达,表达量排序为肾脏>心脏>子宫>腹脂>小肠>脾脏>肝脏>腺胃>胸肌>胰腺>肺脏>肌胃.关联分析结果显示,g.22597350T>C位点CC基因型在蛋壳强度和蛋壳重2个品质指标上显著高于CT基因型和TT基因型;双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他7种双倍型个体,蛋壳重显著高于H2H4个体.[结论]OCX-32基因内含子变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,检测到的3个SNPs位点可作为鸡蛋壳品质选择的遗传分子标记,其中突变位点g.22597350T>C的CC基因型和双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳重的关键基因型和双倍型,有利改善蛋壳品质.     

浦东白猪Nramp1基因第6内含子独特突变位点分析

Nramp1是学术界近年研究的猪重要抗病基因之一,其第6内含子作为Nramp1的分型重点片段,国内外的诸多猪种均有清晰的测序分析结果。本研究通过提取浦东白猪血液组织DNA,使用PCR技术分离和克隆Nramp1基因的第6内含子基因片段,测序后与以往文献中的其他猪种进行比较。结果发现,浦东白猪在该段基因中有3个特异的突变点普遍存在,分别是259 bp的A→G突变,331 bp的G→A突变和29 bp后1~2个T碱基的插入。这些突变的发现可以为浦东白猪的育种和Nramp1的抗病性研究提供遗传数据。     

青萝卜晚抽薹性状回交转育及FLC2第1内含子PCR扩增检测

FLC2基因作为影响成花的关键枢纽基因,在十字花科植物成花转变过程中具有重要作用。为了培育适于早春栽培的晚抽薹青萝卜新品种,在充分考虑FLC2基因对抽薹开花作用的基础上,以晚抽薹基因型白玉春萝卜为供体,通过回交转育的方法将晚抽薹性状转移到潍县青萝卜中,并在转育过程中对FLC2扩增多态性进行了研究,以探索晚抽薹植株FLC2的特征,并开发其对早春品种选育的作用。结果表明:FLC2第1内含子在晚抽薹供体中具有长约1 628 bp的插入突变,该基因型对晚抽薹作用较大,纯合的插入突变对晚抽薹作用大于杂合型。通过对该插入突变的PCR扩增可知,不同春化时期对插入突变内含子扩增的影响不同,短期春化主要影响野生型FLC2第1内含子的扩增,较长时间的春化主要影响插入突变内含子的扩增,而在抽薹开花期2种基因型的扩增基本不受影响,扩增效率高。通过改进引物,可以提高扩增效率,但不能消除春化对FLC2第1内含子扩增的影响,苗期未经春化植株不及抽薹开花期检测效果好。萝卜晚抽薹回交转育可以连续进行,每次转育只要获得杂合基因型即可传递晚抽薹性状,最后的自交后代,通过花期对插入突变内含子的PCR检测可以准确鉴定植株是否为纯合突变型晚抽薹植株,获得遗传稳定的晚抽薹基因型,从而可防止后代晚抽薹性状的分离。     

小鼠基因内含子中CpG岛和几个转录调控元件分析

内含子在基因转录调控中的作用已多次被实验报道,然而对其参与调控的普遍性还缺乏足够的理论支持。本研究利用计算分析方法,对小鼠基因内含子中的CpG岛（CpGisland）、TATA框（TATAbox）、CAAT框（CAATbox）以及GC框（GCbox）等元件的出现频率进行分析。结果发现,分别有56.01%、57.16%、65.88%和41.86%的第一内含子具有CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框,而它们在其它内含子中的平均出现频率则分别为14.07%、45.24%、49.91%和13.19%。即使考虑到不同位置的内含子,这些元件在第一内含子中的出现频率也显著高于它们在其它任何位置内含子中的出现频率。由于CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框均与基因的转录调控有关,据此推测小鼠第一内含子在基因转录调控过程中具有潜在的重要性。本研究结果为内含子参与转录调控提供了更多的理论依据。     

藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性研究

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据CenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法.结果表明:第四内含子1169位有T→G的突变,1159位...     

牙鲆碱性磷酸酶基因调控序列的功能分析及甲状腺激素对其调节作用

为分析牙鲆碱性磷酸酶基因5'调控区和第一内含子调控序列的功能,本研究运用DNA重组技术将PCR扩增得到的牙鲆碱性磷酸酶基因的5′调控区序列、第一内含子序列及5′调控区和第一内含子串联序列分别插入启动子缺失的增强型绿色荧光蛋白表达载体pAcGFP1-1中,得到pAcGFP1-5′ALP、pAcGFP1-Intron1和pAcGFP1-AI报告基因表达载体。通过脂质体介导重组质粒转染中国仓鼠卵巢细胞(CHO)并检测荧光信号。转染后细胞状态良好,24 h后发现,在倒置荧光显微镜下均可看到不同强度的绿色荧光信号,且荧光信号随时间的延长而增强,其中转染pAcGFP1-AI后的荧光信号强度最强。以上结果表明,牙鲆碱性磷酸酶基因5′调控区和第一个内含子序列均具有启动子活性,且第一内含子与5′调控区存在协同效应,两者协同能增强基因的表达。为了解甲状腺激素T3对调控序列启动子活性的调节作用,用不同浓度的T3处理转染的CHO细胞,24 h后发现加入50、75和100 nM的T3都增强了绿色荧光蛋白的表达,而且信号强度随T3浓度的增加而增强。这表明甲状腺激素T3对牙鲆碱性磷酸酶基因调控序列的启动子活性有一定的增强作用。本研究为深入阐明牙鲆碱性磷酸酶基因转录表达的分子机制提供了实验依据。     

烤烟T-psy1基因结构及其内含子信息分析

八氢番茄红素合成酶(phytoene synthase)是调控类胡萝卜素合成和积累的关键酶之一,对烟叶质量和香气的形成起着重要作用.为获得烤烟八氢番茄红素合成酶基因的结构信息,利用GenBank数据库中烟草八氢番茄红素合成酶基因T-psy1基因cDNA序列(基因登录号为HM345582,蛋白登录号为ADK25054)信...     

茶树PCP基因内含子的克隆与序列分析

利用GenBank中公布的茶树花粉壁蛋白基因（PCP）序列设计引物,采用PCR法扩增并测定茶树花粉壁蛋白基因内含子序列。在该基因中发现一个内含子,共207bp,A＋T碱基占67．63％,G＋C碱基占32．37％。经分析发现该内含子具有类似启动子的序列存在,可能对茶树花粉壁蛋白的特异表达有调控作用。     

巴西橡胶树TCTP基因结构分析及分子标记开发

翻译控制肿瘤蛋白(translationally controlled tumour protein,TCTP)是生物体中一种普遍存在且高度保守的蛋白.作为一种多功能蛋白,TCTP在各种复杂的生命活动中发挥重要作用.本研究根据已知的HbTCTP cDNA序列设计引物,对PCR扩增产物测序获得HbTCTP基因组序列.比对HbTCTP基因组和cDNA序列发现HbTCTP由4个内含子和5个外显子组成,内含子与外显子剪接处符合GT/AG法则.根据HbTCTP序列及基因结构信息开发简单重复序列(SSR)和内含子长度多态性(ILP)标记,并在10个橡胶树品系中分析SSR和ILP标记多态性.结果表明,SSR和ILP标记在10个橡胶树品系中均出现多态性,多态性分别由SSR重复次数多少和内含子长短引起.