猪Nramp1基因内含子6的SNP多态性分析

本研究以大白猪、长白猪和杜洛克猪为研究对象,通过构建DNA混合池并利用PCR产物直接测序的方法,对Nramp1基因内含子6的SNP多态性进行分析。结果发现,3个猪种在Nramp1基因内含子6中均有4个SNP位点,分别为C~(111)A、C~(225)T、G~(296)T和T~(297)G。基因频率估算结果表明,等位基因C、C、G和T分别是4个SNP位点的优势等位基因。本研究结果可为猪免疫疾病研究和抗病分子育种提供理论基础。     

不同猪种TGFβ-RⅠ基因单核苷酸多态性分析

研究通过对猪TGFβ-RⅠ基因多态性与产仔数的关系的分析,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以期加快猪育种进程。本研究以大白猪和长白猪(共计329头)为实验材料,采用PCR-SSCP技术,共设计5对引物,对猪TGFβ-RⅠ基因的第7内含子的全序列进行多态性分析,发现2个多态性位点。经测序分析,在引物1的56bp处和引物4的148bp处均发现突变,分别为G→T和A→G。同时在不同猪群,利用最小二乘法对这2个突变位点的基因型进行组合构成的基因型与产仔数的相关性进行分析。结果表明:在大白猪中,2胎及以上的总产仔数(TNB)的AACC基因型组合显著高于AACD和ABCD(P<0.05);在所有胎次的TNB的AACC基因型组合显著高于ABCD(P<0.05),也高于AACD。     

民猪磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)基因部分片段的克隆与分析

试验采用比较基因组学结合克隆测序的方法首次获得了民猪的磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9,10,12内含子序列,并对测序结果进行了比对。结果表明:磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因的第9内含子存在2个点突变(120 G→C和185 C→G),后者造成NlaⅢ酶切位点的缺失;第10内含子存在1个点突变(129 T→C),该点突变造成AceⅠ酶切位点的缺失;第12内含子处没有发现突变位点。     

牛类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1(IGF-Ⅰ)基因5′侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态.结果表明在IGF-Ⅰ基因的5′侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有3种基因型AA型、AB型、BB型.对第2外显子的多态片段测序分析表明在35 bp处有碱基A→G的突变,248 bp处有碱基C→T的突变,256 bp处有碱基A→G的突变;35 bp、248 bp的碱基突变都是无义突变,而256 bp处碱基A→G的突变为有义突变,使谷氨酸变为甘氨酸.     

牛类胰岛素生长因子IGF-I基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1（IGF-I）基因5’侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态。结果表明在IGF-I基因的5’侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态；在第2外显子中发现PCR-SSCP多态，有3种基因型AA型、AB型、BB型。对第2外显子的多态片段测序分析表明；在35bp处有碱基A→G的突变，248bp处有碱基C→T的突变，256bp处有碱基A→G的突变；35bp、248bp的碱基突变都是无义突变，而256bp处碱基A→G的突变为有义突变，使谷氨酸变为甘氨酸。     

藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性研究

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据CenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法.结果表明:第四内含子1169位有T→G的突变,1159位...     

民猪HB-EGF基因第4内含子的克隆与分析

为了研究民猪肝素结合EGF样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor,HB-EGF)第4内含子的序列及其突变位点,试验采用PCR鉴定及基因克隆测序的方法对民猪HB-EGF基因第4内含子序列进行克隆与分析。结果表明:在民猪的HB-EGF基因第4内含子序列中共发现3个点突变,即第27个碱基处插入1个T,78A→78G,101T→101C;第27个碱基处插入的T造成了NlaⅢ酶切位点的改变。     

鸡生长激素基因内含子4新等位基因的序列分析

试验以粤黄鸡矮脚黄系等不同肉鸡、蛋鸡品种（系）作为试验材料，对新发现的生长激素基因内含子4等位基因的PCR产物作纯化测序，研究多态性产生的机理及碱基变异情况。结果发现cGH内含子4长约1170bp，内含子4的A、B、C、D等位基因长分别为1170bp、1164bp、1168bp，它们之间存在不同程度的碱基差异，而第580碱基的突变（A→G）和第688碱基的突变（A→G）分别产生了MspⅠ酶切位点，是多态性形成的根本原因。“PCR产物双带”的形成是由于cGH基因内含子4其中一条链上第420－470位碱基全部缺失，不同等位基因间存在碱基缺失、插入和替换，测序结果与酶切后电泳结果相吻合。     

民猪HB-EGF基因第4内含子的克隆与分析

为了研究民猪肝素结合EGF样生长因子(heparin-binding EGF-like growth factor,HB-ECF)第4内含子的序列及其突变位点,试验采用PCR鉴定及基因克隆测序的方法对民猪HB-EGF基因第4内合子序列进行克隆与分析.结果表明:在民猪的HB-EGF基因第4内含子序列中共发现3个点突变,即第27个碱基处插入1个T,78A→78G,101T→101C;第27个碱基处插入的T造成了NlaⅢ酶切位点的改变.     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

6个品种猪Cstb基因的PCR—RELP分析

Cstb基因在人类中已经得到全序列，共5873bp，含有3个外显子、2个内含子，3个外显子的长度分别为66，102，129bp。在猪上的研究还不是很全面，只测得了第2内含子和第3外显子，有待于更深入的研究。在猪Cstb基因第3外显子区内第19个碱基处，检测TapI多态性位点，突变为G→A，是一个错意突变，导致天冬氨酸→天冬酰胺。     

7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析

本研究利用PCR SSCP技术,以7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MyoG、MyoD和Myf5基因序列设计了17对引物,对此三基因的外显子进行了SNPs检测。检测结果:MyoG和MyoD两个基因均未检测到多态;在Myf5基因的3个外显子上都检测到了多态:第1外显子上有1个点突变G→C;第2外显子上有3个点突变C→A、A→G、G→A;第3外显子上,3387bp处有1个碱基A缺失,3417bp处有3个碱基T缺失,3443bp处有1个点突变T→C。Myf5基因的高度多态性,说明7个猪种含有丰富的遗传变异信息,具有很高的选择潜力。     

蛋鸭热休克蛋白90基因多态性及其与产蛋性能的关联性分析

本研究旨在搜寻热休克蛋白90(HSP90)基因的突变位点,分析蛋鸭抗热应激分子育种潜在的遗传标记。以缙云麻鸭为研究对象,用PCR方法扩增HSP90基因部分片段,采用直接测序方法检测该片段的单核苷酸多态性,并用最小二乘法分析其与夏季笼养蛋鸭产蛋性能的关联性。结果表明:在蛋鸭HSP90基因644 bp处发现一段长为321 bp的内含子序列,并在内含子序列中发现3个突变位点,其中36 bp处T→C突变形成TT和CT基因型,2种基因型个体间的平均产蛋量无显著差异(P>0.05);149 bp处A→G突变形成AA、AG和GG 3种基因型,GG基因型个体的平均产蛋量显著高于AA型和AG型个体(P<0.05);276 bp处T→G突变形成TG、TT和GG 3种基因型,各基因型个体间的平均产蛋量无显著差异(P<0.05)。结果提示,HSP90基因可能是影响夏季蛋鸭产蛋性能的一个主要候选基因。     

藏猪天然抗性相关巨噬细胞蛋白基因克隆及变异研究

采用克隆及测序相结合的方法,研究了藏猪、甘肃黑猪、大白猪、约克夏猪和杜洛克五个猪种天然抗性相关巨噬细胞蛋白(natural resistance associated macrophage protein,NRAMP1)基因全序及其结构和变异。分析表明,猪NRAMP1基因全长12779bp,其中包含14个内含子、15外显子,编码区全长1614bp,编码538个氨基酸。5'端非编码区存在2个核苷酸突变,3'端非编码区存在有10个核苷酸突变和1个碱基缺失,14个内含子存在11个变异位点。外显子有18个碱基突变,仅有4个有义突变位点(T2551G、A2552T、C4881A、T12113C),分别导致四个氨基酸(100(V→G)、100(V→G)、137(P→T)、471(L→P))的改变,有可能引起NRAMP1基因编码所蛋白质的跨膜结构域、三级结构或更高级结构以及其空间排列发生变化,导致藏猪和其他猪种抗病性存在差异,为揭示猪NRAMP1基因抗病性的分子机理奠定了理论基础。     

6个品种猪Cstb基因的PCR-RFLP分析

Cstb基因在人类中已经得到全序列,共5873bp,含有3个外显子、2个内含子,3个外显子的长度分别为66,102,129bp。在猪上的研究还不是很全面,只测得了第2内含子和第3外显子,有待于更深入的研究。在猪Cstb基因第3外显子区内第19个碱基处,检测TapⅠ多态性位点,突变为G→A,是一个错意突     

迪庆藏猪Nramp1基因第二内含子和第二外显子多态性位点遗传分析

以迪庆藏猪为研究对象,通过测序技术对Nramp1基因内含子2和外显子2进行多态性位点遗传分析。结果发现:迪庆藏猪在Nramp1基因内含子2上存在6个SNP位点,在外显子2上存在1个SNP;各SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量和杂合度均小于0.5。通过该研究了解了迪庆藏猪Nramp1基因的变异情况及群体遗传特征,为下一步开展抗病毒基因的遗传育种奠定了理论基础。     

猪干扰素-γ基因单核苷酸多态性分析

干扰素-γ（interferon-gamma,IFN-γ）在调节机体免疫应答及抵抗病毒感染等方面有着重要的作用。为探索IFN-γ基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对包括军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481个个体的IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行分析。结果在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4上各发现了一个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。各个突变位点的多态信息含量均小于0.25,呈低度多态,说明猪IFN-γ基因较保守。     

绵羊催乳素受体基因外显子10的多态性分析

将催乳素受体(prolactin receptor, PRLR)基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,对其外显子10设计2对引物, 采用PCR SSCP 技术检测其在常年发情的湖羊及季节性发情的中国美利奴羊、罗米丽羊和罗米丽×中国美利奴（新疆军垦型）中的单核苷酸多态性。结果表明,引物P1、P2 的扩增片段均有多态性。与已知序列相比,P1扩增片段的AB型在第53 bp处出现A→G突变、在81 bp处出现G→A突变, BB型在该片段第53 bp处发生A→G的突变;对于P2扩增片段, CC、DD、CE和EF型均在第89 bp处发生C→T的突变,导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu),DD型还在146 bp处出现了C→G的突变,此突变导致氨基酸由丙氨酸变为甘氨酸(Ala→Gly);CE型在该片段第132 bp处发生G→A的突变,未导致氨基酸的改变;EF型还在第132 bp处和第167 bp处分别发生了G→A、C→T突变,第167 bp处的突变导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu)。通过卡方独立性检验结果发现,4种绵羊在P1、P2引物扩增片段上各基因型的构成与品种间有极显著差异(P<0.01),说明PRLR基因对绵羊的繁殖性状有一定的影响。     

猪干扰素-γ基因多态性及与部分免疫指标关联性分析

为研究干扰素-γ(Interferon-gamma,IFN-γ)基因作为猪抗病育种中一种分子标记的可能性,采用PCR-SSCP及测序方法对军牧1号白猪、杜洛克猪、约克夏猪3个品种共481头个体IFN-γ基因全序列的单核苷酸多态性进行了检测,结果发现在猪IFN-γ基因的内含子1、内含子3、外显子4内各发现1个突变位点,分别为T825C、T2730C、G5301A。除在约克夏猪中没有检测到G5301A突变外,各遗传群体内T825C、T2730C、G5301A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。用最小二乘法分析了各个突变位点基因型与部分免疫指标的相关性,结果表明,T825C位点3种基因型间IgG含量AB型显著高于AA型和BB型(0.01P0.05);T2730C位点IgM含量CC型显著高于CD型和DD型(0.01P0.05);G5301A位点IgG含量EE型显著高于EF型(0.01P0.05)。     

猪TYR基因外显子1的克隆测序及序列分析

本研究对荣昌猪和内江猪的TYR基因外显子1进行了克隆测序及序列分析，结果发现3个新的突变位点：319C→T，537C的插入，551A→G。部分突变序列已被GenBank收录，登录号为：AY236997。将突变序列翻译成氨基酸序列后发现，319C→T和551A→G是同义交变。537C的插入是移码突变，其是否会对猪的毛色造成影响，还有待进一步研究。