微生物进化树构建方法

进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一,可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系,从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究,阐述了进化树的原理,梳理了相关的理论,同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件及其功能,详细地介绍了微生物进化树的构建方法,以期为更便捷地开展后续研究提供参考。     

我国部分地区ＮＤＶ的分子流行病学研究

本研究根据新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ基因编码区１－３７４位核苷酸序列计算其遗传距离并给出了ＮＤＶ的系统发育进化树，将６８株ＮＤＶ分为９个基因型（３０株为国内分离株），其中Ⅰ－Ⅵ是早已存在的老基因型，Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型，特别是Ⅸ为我国特有的基因型（Ｆ４８ＥＯ、Ｍ３、ＨＬＪ－３、ＨeB-1P和ＮＭ－５）。１９９７－１９９９年我国云南、广西、甘肃、陕西、新疆等地分离的ＹＮ－１Ｐ、ＧＸ－３、Ｈ１、Ｈ２、Ｐ１、ＧＸ－１、ＧＸ－２、ＧＳ－３、ＳＨＸ－２、ＳＨＸ－３、ＳＨＸ－６、ＳＨＸ－７、ＸＪ－２和１９９１年分离的ＨuB-1均属于Ⅶ基因型，该基因型的病毒是９０年以来引起新城疫发生的主要病原。根据遗传距离和分离年代可将此基因型进一步划分为５个基因亚型，分别是Ⅶa、Ⅶb、Ⅶc、Ⅶd和Ⅶe。此外ＨuN-1/98、HLJ-4/95和ＨeH-1P属一个老的基因Ⅵ，１９７９－１９８５年分离自青海的ＱＨ－１、ＱＨ－２、ＱＨ－４属于一个新的基因型－Ⅷ型。可见在我国新城疫的流行是极其复杂的，既有老基因型的危害（Ⅰ－Ⅵ），又有新基因型（Ⅶ）的流行，更有我国独特Ⅷ和Ⅸ基因潜伏。     

我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因的遗传变异分析

参考Genbank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PKRSV）ATCC VR-2332的ORF5基因序列，设计并合成了一对引物．对来自福建、浙江、山东等地的PRRSV分离毒株进行RT-PCR扩增．获得约748bp的DNA片断，将其分别克隆入pMD18-T载体中，并进行测序。应用DNAStar软件分析所测序列，并与ATCCVR-2332、CH-1a、MLV、Lv等毒株的ORF5序列进行比较，结果表明：SHDl与F114、MLV、ATCCVR-2332同源性高达98．5％，与CH-1a同源性为91．0％，与其它毒株同源性为86．6％~88．4％；F114与MLV、ATCCVR-2332同源性为99．3％～99．7％．其余分离毒株在遗传关系上和CH-1a又分为明显的两个群．显示近年来各地PRRSV分离毒株与cH-1a株的遗传差异越来越大。     

我国葡萄主栽区卷叶病相关病毒种类的检测分析

田间调查200个葡萄品种,结果82个品种表现葡萄卷叶病症状,其中欧亚种群表现葡萄卷叶病症状的品种最多,发病率最高,发病症状最重;欧美杂种发病率和严重度均比欧亚种群低;未发现美洲种群的品种表现葡萄卷叶病症状.从58株表现卷叶病的葡萄上采集休眠枝条进行卷叶病毒ELISA和RT-PCR检测,葡萄卷叶病毒-1,2,3,4,5和...     

Infections Investigation of ALV and REV in Guangxi Local Poultry Breeds and Sequence Analysis of gp85 Gene of ALV Isolates

In order to investigate the infection status of avian leukosis virus (ALV) and avian reticuloendotheliosis virus (REV) in the major local breeds of Qinzhou,Guangxi,totally 953 samples of egg white,cloaca swab and serum of Ma duck,Shitou goose,Tiejiao-Ma chicken,turkey and pigeon were collected from the representing flocks and detected by the commercial ELISA kits.ALV was isolated for the ALV p27 positive samples by culturing on DF-1 cells,and gp85 gene was sequenced.The results showed that the detections of ALV were negative in the samples except those of Tiejiao-Ma chicken,while REV antibody was found positive in Ma duck,Tiejiao-Ma chicken and turkey.The nucleotide sequences of gp85 gene of two isolates shared 94.5% identity with each other,and shared 86.9% to 94.9% with reference strains.The amino acid sequences of gp85 gene of two isolates shared 91.5% identity with each other,and shared 84.0% to 91.6% with reference strains.There were many variable sites in the hyper variable region hr1 and hr2,and the vr2 and vr3 variable regions were relatively conservative.Phylogenetic tree analysis showed that the two isolates shared the highest homology with SCAU11-XG strain.     

枳漆酶基因家族鉴定及其响应盐胁迫的表达分析

漆酶(LAC)是植物木质素生物合成中催化木质素单体聚合的关键酶，在调控植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要作用。对枳漆酶基因家族进行鉴定和分析，并探究其在盐胁迫下的表达模式，可为进一步研究枳漆酶基因功能提供重要的参考信息。采用生物信息学手段鉴定枳漆酶基因家族成员，对其家族成员的理化性质、基因结构、系统进化关系、启动子顺式作用元件等进行分析，并通过qRT-PCR方法分析其盐胁迫表达模式。结果表明，枳基因组中共有20个LAC基因家族成员，其中18个分布在5条已知染色体上，2个分布在未知染色体上，被预测定位到细胞膜和细胞核中；共有6～14个外显子，5～13个内含子，9～11个motif;系统进化树分析结果显示，20个枳LAC基因家族成员与17个拟南芥LAC基因家族成员共分成7个亚组，20个枳LAC基因家族成员分布在其中的6组；20个枳LAC基因家族成员与拟南芥LAC基因间存在19对共线性关系；启动子区域含有24种顺式作用元件，其中厌氧诱导元件、干旱响应元件和茉莉酸甲酯响应元件数量最多；16个枳LAC基因在盐胁迫下显著上调表达，推测枳漆酶基因参与了盐胁迫响应。     

生物进化研究中遗传距离一词的勘正

在生物进化研究中,通常以根据遗传距离绘制的进化树来表示物种和品系间的亲缘关系。其中"遗传距离"一词,在概念上是错误的,"遗传"是静态词,是生物进化某个时期的特性,是可以遗传的,而"进化"则是动态的,是遗传、变异和选择三种因素的综合作用过程,生物进化与时间密切相关,而与空间距离无关。作者发现,在计算遗传距离(K)的公式中,把p和q理解为p数和q数,则公式无法计算,如将其理解为P率和Q率,则所得数值是个百分率。因此,建议将"遗传距离"一词改为进化率(K率),并根据计算的规律性,制定了变异率在10%以内时K率的变化表,可根据变异率和Q率用查表法迅速查出K率。     

一株高雄山虫草的分子鉴定

[目的]利用生物信息学方法初步探讨虫草属日本拟青霉的分类地位。[方法]提取日本拟青霉的基因组,并利用通用引物ITSL和ITS4采用PCR技术扩增rDNA18S-28S ITS序列。采用Clustalx1.83和MEGA5软件构建系统发育树,生物信息学比较分析确定其分类地位。[结果]PCR扩增产物为603 bp。将日本拟青霉重新命名为雪花高雄山虫草(Cordyceps takaomontana strain JLsnow)。将虫草重新分类,并对该类群及其特征进行了描述。[结论]从分子水平上说明日本拟青霉与其他虫草之间的差异,该研究为虫草属真菌的分类提供新思路。     

番鸭呼肠孤病毒S基因组的克隆与序列分析

对番鸭呼肠孤病毒S12和S14毒株S基因组（S1-4）中σA、σB、σNS和σC蛋白基因进行了克隆和测序。序列分析表明：鸭呼肠孤病毒（DRV）与禽呼肠孤病毒（ARV）的σA和σNS基因的核苷酸同源性分别为76．0％～77．1％和78．4％～79．6％，氨基酸同源性分别为89．5％～91．2％和91.6％～92．7％；而具有诱导群特异性和型特异性中和抗体的σB和σC基因的核苷酸同源性分别为60．3％～64．4%和2．7%～9．9％，氨基酸同源性分别为61．4％～62．0％和22．6％～26．7％；DRV和ARV抗原性存在差异。而DRVS12／S14与法国89026株σA、σB、σNS和σC基因的核苷酸同源性分别为90．0％、93．6％、87．9％～88．0％和93．1%，氨基酸同源性分别为97．1%、94．3%、95．7%～95．9%和93．7％。进化树分析表明，DRV与ARV形成不同的分支，DRV是正呼肠孤病毒属中不同于ARV的一种新的呼肠孤病毒。