江苏省番茄黄化曲叶病毒病(TYLCD)的发生与诊断初报

番茄(Lycopersicon esculentum Mill.)是江苏省主要蔬菜作物,常年栽培面积在4.78×104 hm2以上,在蔬菜周年供应中占有重要地位.番茄花叶病毒病(Tomato mosaic virus,ToMV)和黄瓜花叶病毒病(Cucumber mosaic virus,CMV)一直是番茄生产中的主要病毒病.     

水稻条纹病毒在玉米和水稻上流行差异分析

为了明确水稻条纹病毒(RSV)在水稻和玉米上发生程度差异明显的原因,从一个侧面了解RSV流行本质,2004年在洪泽进行田间试验。采用黄盘诱集、盘扑、盘刮、肉眼计数等方法比较武育粳3号和掖单13上灰飞虱侵入和消长动态,结果表明两者均只有一个成虫侵入高峰,单位面积迁入虫量前者是后者的3.6倍,单株平均虫量相近。Dot-ELISA法测定灰飞虱带毒率为40%,成虫迁移扩散高峰期22d内两者接毒量约为每天百株137头带毒虫。武育粳3号有二代若虫发生,掖单13则无。逐日调查发病进程,结果显示水稻发病率为60%,玉米为0。室内抗性鉴定,掖单13对RSV的抗性比武育粳3号高4个级别。综合以上结果,寄主品种抗性决定了RSV在水稻和玉米上流行状况,二代若虫重复侵染是RSV在水稻上重发的另一主要原因。     

基于基因组序列分析的烟草轻绿花叶病毒江苏辣椒分离物侵染性克隆构建

【目的】烟草花叶病毒属（Tobamovirus）是危害辣椒、烟草等茄科作物的主要病毒之一,严重影响蔬菜作物的种植和生产。本研究旨在探明侵染江苏省南京市辣椒的烟草轻绿花叶病毒（tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）分离物（TMGMV-JS）的基因组结构特征、系统进化关系及其致病性,为TMGMV的防控提供科学依据。【方法】从江苏省南京市采集的辣椒病样,提取总RNA,利用TMGMV特异检测引物确认阳性后,设计病毒特异性全长引物扩增TMGMV-JS全基因序列,通过同源重组的方法克隆至pCB301植物表达载体上,获得TMGMV-JS分离物基因组序列和全长cDNA侵染性克隆。BLAST分析TMGMV-JS分离物与已报道分离物的同源性,利用MEGA7软件的邻接法进行系统进化分析。将侵染性克隆通过农杆菌浸润本氏烟和辣椒,经RT-PCR和Western blot检测验证侵染效果,测定TMGMV-JS分离物的致病性。【结果】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV全长序列为6 356 nt,编码4个功能蛋白,分别为126K复制相关蛋白、183K复制酶、运动蛋白MP和外壳蛋白C...     

本氏烟组蛋白H4与番茄斑驳花叶病毒外壳蛋白互作调控病毒侵染

以番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus, ToMMV)外壳蛋白(Coat protein, CP)为研究对象,通过荧光素酶互补技术(Luciferase complementation imaging assay, LCI)研究ToMMV CP与本氏烟组蛋白H4在植物体内的互作情况。亚细胞共定位结果显示,ToMMV CP定位于细胞核和细胞质中,组蛋白H4定位于细胞核中,两者共定位于细胞核中。双分子荧光互补(BiFC)试验结果表明,ToMMV CP与组蛋白H4的互作位置主要在细胞核中。上述2种试验结果证明,烟草花叶病毒CP与本氏烟组蛋白H4在植物体内存在互作。采用病毒诱导的基因沉默(Virus-induced gene silencing, VIGS)技术沉默本氏烟烟草中的H4基因,对沉默H4基因的植株接种ToMMV,接种后第4 d,通过实时荧光定量PCR检测方法检测系统叶的病毒含量,发现病毒含量显著低于对照组,结果表明H4基因的沉默会影响ToMMV在植株中的复制,组蛋白H4可能是ToMMV侵染植株的本氏烟感病因子。病毒编码的CP可能与寄主组蛋白H4在细...     

江苏朱槿上分离到的木尔坦棉花曲叶病毒基因组结构特征分析

 2012年5月,江苏南京朱槿上出现一种新的病毒病害,病株表现明显的叶片上卷、叶脉肿大、叶背伴有耳突、植株矮缩等症状。根据其症状及介体发生状况,对其伴随的病毒种类进行研究,结果发现采集的46份典型症状样品体内均可以检测到粉虱传双生病毒,对其基因组DNA-A组分克隆测序后发现其全长2 736 bp,编码6个ORF,BLAST分析显示该病毒与木尔坦棉花曲叶病毒同源性最高(99.9%),是木尔坦棉花曲叶病毒的一个分离物。病样中同时还检测到伴随DNAβ卫星分子,测序结果显示该卫星全长1 346 bp,编码1个ORF,BLAST及聚类分析结果显示该β卫星与木尔坦棉花曲叶病毒β卫星同源性最高(99.7%),为木尔坦棉花曲叶病毒β卫星的一个分离物。这是木尔坦棉花曲叶病毒首次在长江流域的报道。     

不同地理种群灰飞虱基于Co Ⅱ基因的系统发育分析

对9个灰飞虱地理种群的Co Ⅱ(Cytochrome oxidase Ⅱ基因进行克隆测序,并提交GenBank(EU728817～EU728826)。序列分析结果显示:不同灰飞虱地理种群的Co Ⅱ基因同源性非常高(99%以上),且无明显的种群差异;而灰飞虱和白背飞虱的Co Ⅱ基因的同源性相对较低(约80%),表现出了种间差异,表明Co Ⅱ基因可能不适合用于研究灰飞虱地理种群的划分,同时也说明Co Ⅱ基因较适合用于亲缘关系较近的种间系统发育研究。     

番茄褪绿病毒的进化动态与适应性进化特征

【目的】番茄褪绿病毒（tomato chlorosis virus,ToCV）是长线形病毒科（Closteroviridae）毛形病毒属（Crinivirus）成员,现已成为我国番茄和其他蔬菜作物上最为常见的病毒之一。研究旨在查明ToCV的进化历史,尤其是该病毒何时何地传入我国,并阐明其适应性进化机制。【方法】根据ToCV外壳蛋白（coat protein,CP）基因两侧保守区设计1对特异性引物,对随机抽取的13个ToCV分离物进行扩增克隆,将测序获得的新序列与GenBank下载的含有采样时间和地理信息的序列合并得到103条ToCV CP基因序列,采用日期随机化检验（date-randomization test,DRT）检测数据集中的时间信号,并应用贝叶斯谱系动力学框架重建该病毒的进化动态。同时,应用系统发育与性状关联分析（phylogeny-trait association analysis）评估地理因素对ToCV适应性进化的影响。【结果】13 个ToCV分离物均成功扩增出预期大小（约800 bp）的特异性片段,核苷酸序列与已报道的ToCV不同分离物CP 基因序列一致性均在98%以上;基于聚类排列的日期随机化检验结果显示,通过实际采样时间和日期随机化的数据集分别推断获得的替代速率在95%置信区间之间没有存在重叠,表明本研究的数据集具有足够的时间信号,可以用于后续的贝叶斯分子定年（Bayesian molecular dating）分析。贝叶斯系统发育分析显示ToCV的最近共祖时间（the most recent common ancestor）为1920年（95%置信区间：1849—1976）,该病毒约于2005年左右从美国引入中国。该病毒的CP基因替代速率约为1.12×10 ^-3替代/位点/年（95%置信区间：6.08×10 ^-4—1.73×10 ^-3）,与动物RNA病毒的相当,表明ToCV正处于快速进化之中。此外,系统发育分析与性状关联分析结果显示ToCV分离物与其来源地区的关联系数（association index）、简约分值（parsimony score）和最大单系分支（maximum monophyletic clade）统计检验均呈极显著水平（P<0.01）,表明地理因素与ToCV适应性进化之间存在很强的关联性。【结论】ToCV正处于快速进化动态,该病毒的适应性进化主要受地理因素所驱动。研究结果将有助于增加对ToCV流行病学的认识,可为制定有效的防控策略提供依据。     

苏南五地(市)主要蔬菜作物的病毒种类、区域分布和发生趋势

 苏南地处我国东南沿海长江三角州中心。为明确该地蔬菜作物病毒病种类和发生趋势,采用分子生物学核酸检测的方法,对2018年5月至2019年12月,采自江苏南京、无锡、镇江、苏州和常州主要蔬菜作物的232份疑似病毒病样品进行检测鉴定,共检出12种病毒。其中,南京检出7种病毒,无锡检出4种,镇江检出2种,苏州检出6种,常州检出7种。茄科蔬菜中检出11种病毒,葫芦科蔬菜中检出9种,豆科蔬菜中检出7种,以辣椒轻斑驳病毒(pepper mild mottle virus, PMMoV)、番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus, ToCV)、番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV)、番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)和辣椒脉黄化病毒(pepper vein yellow virus, PeVYV)检出率最高。鉴定的南方番茄病毒(southern tomato virus, STV)、烟草扭脉病毒(tobacco vein distorting virus, TVDV)、烟草轻型绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus, TMGMV)和PeVYV在江苏省属首次报道。检测发现,苏南五地(市)蔬菜作物中普遍存在多种病毒复合侵染现象,有的多达5种病毒复合侵染,PMMoV与其他病毒的复合侵染出现频率高且分布范围较广。研究结果有助于了解苏南五地(市)蔬菜作物主要病毒病的种类、分布和发生趋势,为病害防控提供科学依据。     

青海省BYDV株系鉴定及BYDV-GAV燕麦分离物基因组序列的测定与分析

大麦黄矮病毒（Barley yellow dwarf virus,BYDV）所引起的麦类作物黄矮病是世界范围内的一个重要病害,对麦类作物生产影响巨大。近年来,该病害在青海省内不断发生流行,为明确该病害在青海省内的主要流行株系,采集90份来自6个地区（青海省西宁市、海西州、海南州、海东市、玉树州、黄南州）的小麦、燕麦、青稞田间病样,利用RT-PCR、基因克隆、序列拼接等技术进行相关试验及分析。结果表明,BYDV-GAV为青海省BYDV的主要流行株系。对青海省BYDV-GAV燕麦分离物进行全基因组克隆与序列分析,发现本试验所获得的BYDV-GAV燕麦分离物与BYDV-GAV中国分离物聚类到一个组内,序列同源性达96.85%～98.08%,说明该燕麦分离物为中国BYDV-GAV的一个分离物。本研究明确了青海省BYDV的流行株系,并获得了燕麦BYDV-GAV全基因组序列,可为后期该病害的防治提供一定的理论支持。