海南原鸡PDCD10的克隆、表达及其蛋白的生物信息学分析

通过克隆、表达海南原鸡程序性细胞死亡分子10(Programmed cell death10,PDCD10)基因,对其蛋白进行生物信息学分析。采用RT-PCR方法克隆得到海南原鸡PDCD10基因CDS区,将扩增产物与原核表达载体pET42a连接,构建pET42a-PDCD10重组质粒,经IPTG诱导表达后,进行SDS-PAGE和Western blot分析;运用生物信息学软件对所获得基因的核苷酸序列进行分析,并预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。克隆获得了PDCD10639bp的CDS区核苷酸序列,融合蛋白分子量约为57ku,生物信息学分析发现,PDCD10CDS区包括1个639bp的开放读码框,编码212个氨基酸。该蛋白不含信号肽,无跨膜区,二级结构中存在大量α-螺旋。研究结果为进一步开展海南原鸡PDCD10的功能研究奠定了坚实的基础。     

五指山小型猪APEX1基因cDNA的克隆及生物信息学分析

[目的]对五指山小型猪脱嘌呤嘧啶核酸内切酶cDNA进行克隆和生物信息学分析。[方法]以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法,克隆得到APEX1基因全长cDNA,并运用生物信息学软件对该基因核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质及二级结构等进行分析和预测。[结果]生物信息学分析表明,该cDNA全长1392bp,5′非翻译区长132bp,3′非翻译区长303bp,含有一个957bp的完整开放阅读框,编码318个氨基酸。该蛋白的分子量为35kD,等电点为8.05。比对分析表明,五指山小型猪APEX1基因的核酸序列及其氨基酸序列与人、小鼠、黑猩猩等哺乳动物具有较高的相似性。[结论]成功克隆了五指山小型猪A-PEX1基因cDNA,为进一步研究APEX1在动物体内的作用机制奠定了基础。