Marc145细胞源EDC3基因的克隆及其生物信息学分析

为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1 527bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5%~99.2%之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2%;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3%~99.6%之间,与原鸡的同源性仅为88.8%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类。蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38%和47.35%,二级结构与三级结构预测结果相符。该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域。本试验结果可为Marc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考。     

Marc145细胞源EDC3基因的克隆及其生物信息学分析

为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1 527 bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5%~99.2%之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2%;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3%~99.6%之间,与原鸡的同源性仅为88.8%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类。蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38%和47.35%,二级结构与三级结构预测结果相符。该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域。本试验结果可为Marc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考。     

鸡卡氏杆菌GZ2017株的分离与16 S rRNA序列分析

对贵州省某白羽蛋鸡养殖场患病鸡进行临床和实验室诊断,以期明确病因,有效控制感染。通过病理剖检观察、分离培养、染色镜检、生化试验和16SrRNA序列分析等方法对分离菌株进行鉴定。结果显示,该分离菌的培养特性、菌体形态特征、生理生化特征均与文献报道的卡氏杆菌相同。药敏试验结果表明,该分离菌株对米诺环素和万古霉素极度敏感,对多西环素和头孢哌酮高度敏感。16SrRNA序列分析结果显示,该分离菌与鸡卡氏杆菌(Gallibacterium anatis)同源性最高,在98.6%~99.2%之间,遗传进化树结果表明分离菌与Gallibacterium属的细菌同属于一个分支,与日本分离菌株在同一小分支上,属于鸡卡氏杆菌。本试验成功分离到1株鸡卡氏杆菌,并将其命名为GZ2017,试验结果为鸡卡氏杆菌病的治疗与防控提供理论依据。     

贵州某鸡场大肠杆菌与葡萄球菌混合感染病原的分离鉴定

为探明贵州某鸡场患病鸡的细菌感染种类、耐药性及致病性等情况,本试验对送检的4只病鸡进行细菌分离培养,并对分离所得的细菌进行革兰氏染色镜检、生化试验、药敏试验、16S rDNA分子序列及动物感染试验等分析。结果显示,成功分离到了2株菌落形态不一的菌株,分别为革兰氏阴性杆菌与阳性球菌,根据分离地点和时间将其分别命名为GZHX2016-1及GZHX2016-2。GZHX2016-1为大肠杆菌,具有多重耐药性;GZHX2016-2为模仿葡萄球菌,血浆凝固酶阴性,对多种常用抗生素耐药。GZHX2016-1的16S rDNA与大肠杆菌（GenBank登录号：CP007442.1、CP014667、KT156725.1等）同源性达99.5%,GZHX2016-2与葡萄球菌（GenBank登录号：HM140412.1、AM944030.1、KM877513.1等）同源性达97.9%。GZHX2016-1与GZHX2016-2对小鼠都有致病性,GZHX2016-1的最小致死量为1.12×10⁸ CFU,GZHX2016-2为3.20×10⁷ CFU。综上所述,本试验成功从送检鸡中分离出1株致病性大肠杆菌和1株致病性血浆凝固酶阴性模仿葡萄球菌,该鸡场鸡群存在大肠杆菌与葡萄球菌混合感染的情况,且该鸡场感染细菌对多种抗生素耐药,应采取有效措施控制细菌在鸡群中的污染并限制抗生素在养鸡过程中的使用,以减少细菌耐药性的产生,保障鸡肉及鸡肉制品的食品安全。     

从江香猪EDC3基因的克隆及其在不同组织中表达的分析

为获得从江香猪源m RNA脱帽增强因子3 (EDC3)基因编码区序列,并分析其在从江香猪器官组织和淋巴组织中的表达情况,本研究利用套式PCR扩增获得EDC3全基因序列,对其进行测序分析;同时建立荧光定量PCR(qPCR)方法,分析EDC3在组织中的表达情况。结果显示,从江香猪源EDC3基因全长1 404 bp,编码468 aa。不同物种间EDC3基因核苷酸序列和推导氨基酸序列具有较高的保守性,该蛋白中存在丰富的磷酸化位点,空间结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。q PCR结果显示,EDC3基因在从江香猪不同器官组织及淋巴组织中均有分布且有不同程度的表达,在淋巴组织表达量最高,肺脏中表达量最低。综上,本研究首次克隆出猪源EDC3基因,且与预测野猪EDC3基因编码区序列相比缺失123 bp,在第100、473、819、1252位出现了单个碱基置换;其在不同组织中广泛分布。研究结果为进一步探究哺乳动物源EDC3的作用机制奠定基础。     

斑点叉尾鮰源致病性维氏气单胞菌的分离与生物学特性鉴定

为鉴定一起致斑点叉尾鮰突然发病死亡的病原，本研究从发病斑点叉尾鮰中分离到1株致病菌GZTL2017，通过临床解剖观察、细菌分离培养、革兰氏染色镜检、动物回归试验、生化试验、16S rDNA序列分析、部分毒力基因检测和药敏试验进行鉴定。临床解剖观察结果显示，患病斑点叉尾鮰呈现体表溃疡、鳍根部出血、烂腮、肠管充血等症状；分离菌在培养基中呈现表面湿润凸起、边缘光滑半透明、形态均一的乳白色菌落；革兰氏染色镜检显示，分离菌为单个或成双存在、两端钝圆的短直阴性杆菌；动物回归试验显示，该分离菌有较强的致病性；生化试验结果显示，分离菌具有运动性，且氧化酶、V-P、赖氨酸脱氢酶等反应阳性，精氨酸双水解酶、硫化氢等反应阴性；16S rDNA基因序列系统进化树显示，该菌与维氏气单胞菌聚为一支，同源性均>99%；毒力基因检测结果显示，该菌能检出气溶素基因（Aer）、黏附素基因（Aha）、外膜蛋白基因（OmpA）3种毒力基因；药敏试验结果显示，该菌对氟苯尼考、强力霉素、氧氟沙星等14种药物敏感；对诺氟沙星、新霉素、万古霉素等7种药物中度敏感；对麦迪霉素、苯唑西林、头孢拉定等8种药物耐药，且对氟苯尼考、强力霉素的药物最小抑菌浓度分别为1和2 μg/mL。本试验成功分离到1株维氏气单胞菌，为斑点叉尾鮰维氏气单胞菌病防治提供参考依据。     

从江香猪γ干扰素基因克隆与序列分析

试验旨在研究从江香猪γ干扰素(interferon gamma,IFN-γ)基因克隆与序列分析。试验提取贵州从江香猪肝脏组织总RNA,反转录生成cDNA,采用2对特异性引物进行巢式PCR扩增从江香猪IFN-γ(CJ-poIFN-γ)基因编码区,将其克隆至pUCm-T载体上,获得重组质粒pUCm-CJpoIFN-γ,并测序鉴定;利用NCBI、SOPMA、SignalP-4.1等在线服务器软件、DNAStar软件对CJ-poIFN-γ进行序列分析。结果表明,CJ-poIFN-γ基因编码区长501bp,编码166个氨基酸;核苷酸序列比对结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪、荣昌猪、印度猪、长白猪、内江猪同源性为99.4%~100.0%;进化树分析结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪亲缘关系较近;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白不存在跨膜结构,为分泌蛋白,前23个氨基酸为信号肽序列;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白二级结构主要以α-螺旋(50.60%)和无规则卷曲(33.14%)为主,B细胞表位主要位于62-65、84-87、113-115、144-156和162-166位氨基酸。试验结果为进一步研究IFN-γ的生物活性、加快从江香猪品种资源的有效利用奠定基础。     

鸡源巴氏杆菌GZ-TZ2017株的分离及其16S rRNA序列分析

为了探明贵州某肉鸡养殖场突发疾病病因,试验通过解剖、细菌分离、染色镜检、药敏试验、生化试验、16S rRNA的PCR扩增及序列分析等方法对病原进行分析。结果表明:从病鸡内脏中分离得到1株革兰氏阴性、两极浓染的球杆菌,将其命名为GZ-TZ2017;该菌株的培养特性、菌体形态、生化试验特征均与已报道的巴氏杆菌相似;GZ-TZ2017菌株对米诺环素、氧氟沙星和诺氟沙星等抗生素较为敏感,对头孢拉啶、苯唑西林、卡那霉素、青霉素等抗生素耐药;16S rRNA PCR扩增得到大小为1 400 bp左右的目的片段,分离菌GZ-TZ2017与各地分离的多杀性巴氏杆菌的同源性极高,均在99.0%以上;GZ-TZ2017与多杀性巴氏杆菌属细菌属于一个分支,和重庆分离株PM-LK(GenBank登录号为KX579746)、安徽滁州分离株CZ-6(GenBank登录号为KY673151)在同一小分支上,属于禽巴氏杆菌。说明该肉鸡场鸡群感染了禽巴氏杆菌。     

从江香猪γ干扰素基因克隆与序列分析

试验旨在研究从江香猪γ干扰素（interferon gamma,IFN-γ）基因克隆与序列分析。试验提取贵州从江香猪肝脏组织总RNA,反转录生成cDNA,采用2对特异性引物进行巢式PCR扩增从江香猪IFN-γ（CJ-poIFN-γ）基因编码区,将其克隆至pUCm-T载体上,获得重组质粒pUCm-CJpoIFN-γ,并测序鉴定;利用NCBI、SOPMA、SignalP-4.1等在线服务器软件、DNAStar软件对CJ-poIFN-γ进行序列分析。结果表明,CJ-poIFN-γ基因编码区长501 bp,编码166个氨基酸;核苷酸序列比对结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪、荣昌猪、印度猪、长白猪、内江猪同源性为99.4%~100.0%;进化树分析结果显示,CJ-poIFN-γ与梅山猪、剑白猪、藏猪、成华猪亲缘关系较近;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白不存在跨膜结构,为分泌蛋白,前23个氨基酸为信号肽序列;CJ-poIFN-γ基因编码蛋白二级结构主要以α-螺旋（50.60%）和无规则卷曲（33.14%）为主,B细胞表位主要位于62-65、84-87、113-115、144-156和162-166位氨基酸。试验结果为进一步研究IFN-γ的生物活性、加快从江香猪品种资源的有效利用奠定基础。