Marc145细胞源EDC3基因的克隆及其生物信息学分析 |
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引用本文: | 李昌红,温贵兰,张升波,陈绍品,林汉卿,徐丽,管国丹,汪德生,嵇辛勤,文明,周碧君,程振涛.Marc145细胞源EDC3基因的克隆及其生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2018(8). |
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作者姓名: | 李昌红 温贵兰 张升波 陈绍品 林汉卿 徐丽 管国丹 汪德生 嵇辛勤 文明 周碧君 程振涛 |
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作者单位: | 贵州大学动物科学学院;贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室 |
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摘 要: | 为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测。结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1 527bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5%~99.2%之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2%;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3%~99.6%之间,与原鸡的同源性仅为88.8%。系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类。蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38%和47.35%,二级结构与三级结构预测结果相符。该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域。本试验结果可为Marc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考。
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