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果子蔓凤梨Actin基因的克隆与序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
持家基因Actin常被用作定量、半定量PCR试验的内参,以确定目标基因的相对表达量。基于前期从全长cDNA文库中获得Actin基因的EST单克隆,进行Primer Walking测序,获得一个Actin基因的全长cDNA序列,序列长1625bp,ORF为1131bp,可编码377个蛋白氨基酸,命名为Goactin1(GenBank登录号:HQ184438)。蛋白质理论分子质量为41.7kD,等电点pI为5.31,包含一个Actin superfamily保守区,二级结构主要由随机卷曲、Alpha螺旋、延伸链和Beta转角组成。此外以2BTF A链为基础建立起了Goactin1蛋白的三级结构图。系统进化树分析表明Goactin1蛋白与马铃薯、棉花、烟草、短柄草、拟南芥等的Actin蛋白聚为一类,它们的亲缘关系最近。 相似文献
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丽穗凤梨ISSR遗传多样性分析与指纹图谱构建 总被引:6,自引:1,他引:5
【目的】探讨丽穗凤梨品种遗传多样性和亲缘关系,并建立其分子指纹图谱,为今后丽穗凤梨杂交育种和品种鉴定提供依据。【方法】利用ISSR分子标记技术研究41个丽穗凤梨品种的遗传多样性水平,并构建DNA指纹图谱。【结果】12条ISSR引物共扩增出132个清晰可辩位点,其中多态性位点125个,多态位点百分率达94.70%。41个丽穗凤梨品种平均有效等位基因数为1.5311,平均 Nei’s 基因多样性指数为0.3101,平均 Shannon信息指数为0.4668,品种间的相似系数介于0.3561~0.9394之间;基于ISSR分子标记数据建立的UPGMA亲缘关系聚类图,41个丽穗凤梨品种在相似系数0.601处被划分为两大类群;同时利用4条多态性ISSR引物构建了41个丽穗凤梨品种的分子指纹图谱。【结论】供试41个丽穗凤梨品种遗传多样性丰富,其亲缘关系与叶片横纹的有无具有一定的相关性。ISSR分子标记技术可以有效地用于丽穗凤梨品种资源评价和指纹图谱构建。 相似文献
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擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析 总被引:2,自引:0,他引:2
管家基因GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)常被用作定量、半定量PCR试验的内参,以确定目标基因的相对表达量。基于前期从全长cDNA文库中获得GAPDH基因的EST单克隆,进行Primer Walking测序,获得一个GAPDH的全长cDNA序列,序列长1 790 bp,编码421个蛋白氨基酸,命名为GoGAPDH1。采用Blast,ExPASy,ProtParam,SPOMA,Find Conserved Domains(NCBI),ClustalX, MEGA等生物信息学软件对cDNA 序列、氨基酸序列、保守区、亲缘关系等特征进行分析。结果表明,GoGAPDH1与玉米的细胞质GAPDH基因源性最高,为82%。初步推断GoGAPDH1可能是一个胞质型GAPDH。 相似文献
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