黄瓜DIR家族基因的全基因组鉴定及其表达分析

【目的】基于黄瓜基因组信息和转录组测序大数据,利用生物信息学手段,对黄瓜中DIR基因家族进行鉴定,并分析其在不同组织器官和胁迫响应过程中的表达模式,为后续深入研究黄瓜DIR基因的生物学功能奠定重要基础。【方法】基于已报道的DIR基因HMM模型文件,利用HMMER软件包的hmmsearch程序从黄瓜蛋白数据库中筛选出可能的DIR基因ID,并利用在线工具Pfam和SMART进行验证,最终确定黄瓜DIR家族基因。利用ExPASy、TBtools、GSDS、MEME、MEGA、MCScanX和Circos等工具分析黄瓜DIR基因家族成员的理化特征、染色体定位、基因结构、系统进化树和共线性。基于黄瓜在不同组织和胁迫响应下的转录组测序大数据,利用黄瓜V3版本基因组信息进行转录组分析,检索黄瓜DIR基因在不同转录组测序分析中的表达情况,利用TBtools软件绘制表达热图,分析黄瓜DIR基因在不同组织和胁迫响应过程中的表达模式。【结果】在黄瓜中鉴定到23个DIR家族基因,分布于7条染色体上,编码氨基酸个数在78—684,分子量8.70—73.82 kD;系统进化分析将黄瓜DIR基因家族划分为3个亚族,...     

胶东调水干渠多源水质协调模拟与优化

为探究南水北调-引黄济青小清河子槽输水段引黄、引江多源调水方案下水质响应变化规律，寻求现行调水能力下的最佳水质配水方案，以溶解氧、高锰酸盐指数、化学需氧量(COD)、五日生化需氧量(BOD₅)、氨氮、总氮、总磷、氟化物为研究指标，对输水期多源调水的水质优化方案进行研究。首先以调水期实测水质数据为基础，构建并率定了渠段MIKE11水动力-水质耦合模型。进而以冬青高速上游断面作为考核断面，对不同配水方案下的水质指标变化进行分析。最后通过水污染指数法对水质模拟结果进行评价并确定最优配水方案。结论如下：研究渠段总氮含量偏高，其余指标符合Ⅲ类水标准；水动力-水质耦合模型中流量效率系数Ens为0.86，决定系数R²为0.88，水质模拟结果误差在30%以内，模型模拟效果良好；随长江水对调水贡献率的不断提升，汇水后的水体中氟化物、溶解氧、高锰酸盐指数呈上升趋势，COD呈先下降后上升趋势，其余指标呈下降趋势；在多种模拟情境下，考核断面(东青高速上游断面)处化学需氧量与五日生化需氧量对该断面水污染指数(WPI)起决定性作用，当长江水供水量占总供水量49%时(17...