| 黄瓜DIR家族基因的全基因组鉴定及其表达分析 |
| |
| 引用本文： | 张开京,何帅帅,贾利,胡玉超,杨德坤,陆晓民,张其安,严从生.黄瓜DIR家族基因的全基因组鉴定及其表达分析[J].中国农业科学,2023,56(4):711-728. |
| |
| 作者姓名： | 张开京 何帅帅 贾利 胡玉超 杨德坤 陆晓民 张其安 严从生 |
| |
| 作者单位： | 1安徽科技学院农学院，安徽凤阳 2331002安徽省农业科学院园艺研究所/农业农村部园艺作物种质创制与利用重点实验室（部省共建）/园艺作物种质创制及生理生态安徽省重点实验室，合肥 230031 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(32002061); 国家级大学生创新创业训练计划项目(202010879108); 安徽省蔬菜产业技术体系专项经费资助项目(皖农科函（2021）711号); 安徽省农业科学院青年英才经费资助项目(QNYC-201906); 安徽科技学院人才引进项目(NXYJ202103) |
| |
| 摘 要： | 【目的】基于黄瓜基因组信息和转录组测序大数据，利用生物信息学手段，对黄瓜中DIR基因家族进行鉴定，并分析其在不同组织器官和胁迫响应过程中的表达模式，为后续深入研究黄瓜DIR基因的生物学功能奠定重要基础。【方法】基于已报道的DIR基因HMM模型文件，利用HMMER软件包的hmmsearch程序从黄瓜蛋白数据库中筛选出可能的DIR基因ID，并利用在线工具Pfam和SMART进行验证，最终确定黄瓜DIR家族基因。利用ExPASy、TBtools、GSDS、MEME、MEGA、MCScanX和Circos等工具分析黄瓜DIR基因家族成员的理化特征、染色体定位、基因结构、系统进化树和共线性。基于黄瓜在不同组织和胁迫响应下的转录组测序大数据，利用黄瓜V3版本基因组信息进行转录组分析，检索黄瓜DIR基因在不同转录组测序分析中的表达情况，利用TBtools软件绘制表达热图，分析黄瓜DIR基因在不同组织和胁迫响应过程中的表达模式。【结果】在黄瓜中鉴定到23个DIR家族基因，分布于7条染色体上，编码氨基酸个数在78—684，分子量8.70—73.82 kD；系统进化分析将黄瓜DIR基因家族划分为3个亚族，...
|
| 关 键 词： | 黄瓜 DIR 基因家族 生物信息学 表达分析 |
| 收稿时间： | 2022-04-13 |
Genome-Wide Identification and Expression Analysis of DIR Gene Family in Cucumber |
| |
| ZHANG KaiJing,HE ShuaiShuai,JIA Li,HU YuChao,YANG DeKun,LU XiaoMin,ZHANG QiAn,YAN CongSheng.Genome-Wide Identification and Expression Analysis of DIR Gene Family in Cucumber[J].Scientia Agricultura Sinica,2023,56(4):711-728. |
| |
| Authors: | ZHANG KaiJing HE ShuaiShuai JIA Li HU YuChao YANG DeKun LU XiaoMin ZHANG QiAn YAN CongSheng |
| |
| Institution: | 1College of Agriculture, Anhui Science and Technology University, Fengyang 233100, Anhui2Institute of Horticulture, Anhui Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Horticultural Crop Germplasm Innovation and Utilization (Co-construction by Ministry and Province)/Key Laboratory of Genetic Improvement and Ecophysiology of Horticultural Crop, Anhui Province, Hefei 230031 |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | cucumber DIR gene family bioinformatics expression analysis |
|
| 点击此处可从《中国农业科学》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国农业科学》下载免费的PDF全文 |
