标准化生产牦牛不同肌肉组织中矿物质元素含量研究

为研究标准化生产牦牛不同肌肉组织中矿物质元素含量差异,选取年龄和体重相近的麦洼牦牛和金川牦牛各15头,标准化饲养100 d后进行屠宰,采集背最长肌和股二头肌样品测定Ca、P、Mg、K、Na、Fe、Zn、Cu、Mn、Cr等矿物质元素的含量,测定总Hg、总As、Pb、Cd等重金属的含量.结果表明:除个别元素外,标准化生产出栏的牦牛股二头肌中矿物元素含量普遍高于背最长肌;在2种牦牛肌肉中仅检测到Pb,且其含量远低于限定值.这说明经标准化生产出栏的牦牛肉富含各种矿物质元素且无重金属污染,是一种值得推广的优质肉类.     

浅析1份川西高原牦牛肌肉的成分特征

目的 调查阿坝藏族羌族自治州标准化养殖出栏牦牛肉质指标含量特征及安全性。方法 试验在牦牛产区随机抽检了1份牦牛肌肉样本相关指标，并进行了分析。结果 样品EAA/TAA值为46.63%,EAA/NEAA值为87.37%;酸油酸含量为36.80%,不饱和脂肪酸相对含量为46.14%;样品中As、Pb、Cd、Cr含量低于限定值，未检出重金属Hg和各类药物残留。结论 抽查的牦牛肉营养价值高且未受有害物质污染。     

三江牛屠宰性状的主成分分析

为探究三江牛屠宰性状之间的相关性,研究选取了年龄相同的三江牛17头进行屠宰,测定了12个屠宰性能指标,并进行主成分分析。结果表明：三江牛公牛各屠宰性能指标均高于母牛,其中肝重、脾重、胃重、肾重差异不显著(P＞0.05),其余指标差异显著(P＜0.01);主成分分析确定了2个主成分,累积贡献率达82.43%;第一主成分可代表三江牛屠宰重量总体情况,第二主成分可代表内脏重量情况。     

三江黄牛全基因组数据分析

【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ensemb1、DAVID、dbSNP数据库对SNPs和indels进行注释。【结果】全基因组重测序分析共计得到77.8 Gb序列数据,测序深度为25.32×,覆盖率为99.31%。测序得到778 403 444个reads和77 840 344 400个碱基,比对到参考基因组(UMD 3.1)的reads为673 670 505,碱基为67 341 451 555,匹配率分别为86.55%和86.51%,成对比对上的reads数为635 242 898(81.61%),成对比对上的碱基数为63 512636 924(81.59%);共确定了20 477 130个SNPs位点和1 355 308个indels,其中2 147 988个SNPs(2.4%)和90 180个indels(6.7%)是新发现的。总SNPs中,鉴定出纯合SNPs989 686(4.83%),杂合SNPs19 487 444(95.17%),纯合/杂合SNP比为1:19.7。转换数为14 800 438个,颠换为6 680 058个,转换/颠换(TS/TV)为2.215。剪切位点突变SNP727个,开始密码子变非开始密码子SNP117个,提前终止密码子的SNP 530个,终止密码子变非终止密码子SNP88个。检测到非同义突变数为57 621,同义突变为83 797,非同义/同义比率为0.69。检测到非同义SNPs分布在9 017个基因上,其中发现567个基因与已报道的重要经济性状相符,肉质、抗病、产奶、生长性状、生殖等相关基因的数量分别为471、77、21、10、8个,其中包括功能相重叠的基因;indels数据中,缺失数量为693 180(51.15%),插入数量为662 148(48.85%),纯合indels数量为161 198(11.89%),杂合indels数量1 194 110(88.11%),大部分的变异都位于基因间隔区和内含子区;三江黄牛全基因组杂合度(H)、核苷酸多样性(Pi)及theta W分别为7.6×10~(-3)、0.0 039、0.0 040,说明其遗传多样性较为丰富。三江黄牛群体Tajima'D为-0.06 832,推测可能由于群体内存在不平衡选择所致。【结论】本研究为进一步分析与经济性状相关的遗传学机制和保护三江黄牛品种遗传多样性提供了基因组数据支持。     

微波消解ICP-OES法测定阿坝州藏鸡鸡肉中的常微量元素

采用微波消解-电感耦合等离子体发射光谱法(ICP—OES)测定阿坝州藏鸡鸡肉中的9种常微量元素。测定结果表明,阿坝州三个藏鸡品系中含有丰富的常微量元素,富含人体必需的Fe、Na、Si等常量元素和Mn、Cu等微量元素,其中P、Mg、Na、Fe、Zn 5种元素的的含量均较高。该方法简单、快速、可靠、灵敏度高,且多元素可同时测定,能满足实际样品分析要求。分析结果可为阿坝州藏鸡的开发利用研究提供科学数据参考。     

不同鸡种胚胎腿肌差异表达mRNA和lncRNA的筛选及其竞争性调控网络的构建

旨在筛选藏鸡和大恒肉鸡胚胎期骨骼肌差异表达的mRNA和lncRNA,并构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,为进一步探讨两个鸡品种骨骼肌生长发育速度的差异机制奠定基础。随机选取已孵化18 d的藏鸡和大恒肉鸡胚胎各3个,采集胚胎腿肌组织进行转录组测序。筛选两个品种中差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并对lncRNA的靶标miRNA以及靶向mRNA的miRNA进行预测,筛选与肌肉发育相关的mRNA和lncRNA构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性调控网络,最后利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对测序结果进行验证。结果显示,共有106个mRNAs在两个品种中差异表达,其中上调表达mRNAs 48个,下调表达mRNAs 58个。差异表达lncRNAs共有28个,其中10个上调,18个下调。差异表达mRNA的GO富集结果显示,骨骼肌细胞分化条目被显著富集,KEGG富集分析中脂质代谢通路被显著富集。lncRNA靶基因的KEGG富集结果显示,在10个显著富集通路中,有基因显著富集于类固醇生物合成和脂肪酸生物合成等与脂质代谢相关的信号通路。筛选与骨骼肌发育相关的差异表达mRNAs和lncRNAs构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,qRT-PCR结果显示其表达趋势与转录组测序结果一致,证实测序数据准确可靠。本研究筛选出藏鸡和大恒肉鸡胚胎期差异表达的mRNA和lncRNA,并构建了骨骼肌发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,为揭示不同鸡品种中骨骼肌生长发育的差异性提供理论依据。     

阿坝州藏鸡体重、体尺与屠宰性能指标的主成分分析

为了研究阿坝州藏鸡体重、体尺和屠宰性能之间的内在相关性,选取了180只32周龄的阿坝藏鸡对体重、体尺和屠宰性状等12个指标进行了测定。结果表明:阿坝藏公鸡的体重、体尺和屠宰性能各项指标均显著高于母鸡(P0.01)。公鸡的胸宽和胸深变异系数分别为19.51%和18.53%,母鸡的胸宽和胸深变异系数分别为21.59%和19.74%,表明阿坝藏鸡体尺仍具有较大选育潜力。相关分析结果表明,公鸡和母鸡体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重和腿肌重之间均存在显著正相关(r0.75,P0.01)。由主成分分析结果可知,藏公鸡选择出了三个主成分,累积贡献率达78.817%,其中体重、体斜长、龙骨长、胸深和胫长对主成分贡献率较大;藏母鸡也选出了三个主成分,累积贡献率达75.268%,其中体重、体斜长、龙骨长、胫长和胫围对主成分贡献率较大,提示今后对藏鸡体型性状的选育至少应包括以上指标。     

外源注射miR-499-5p对肉鸡腓肠肌转录组的影响

旨在探讨外源注射miR-499-5p对肉鸡腓肠肌肌纤维直径及基因表达的影响，完善miR-499-5p对肉鸡骨骼肌发育的分子调控机制。本研究选用14日龄健康大恒肉鸡公鸡16只，随机分为2组，每组8个重复，均正常饲喂日粮，分别在腓肠肌部位肌肉注射agomiR-NC（对照组，5 nmol）和agomiR-miR-499-5p（注射组，5 nmol），为保证试验效果，每3 d注射1次，共注射6次。注射完成后将16只肉鸡屠宰，采集腓肠肌组织进行肌纤维直径测定和转录组学（RNA-seq）分析。结果显示，注射miR-499-5p可导致肉鸡腓肠肌肌纤维直径显著减小（P<0.05）。转录组测序结果显示，注射组和对照组分别获得308 263 164和316 696 152条clean reads，与鸡参考基因组的比对率分别为90.29%和89.57%。与对照组相比，注射组共有差异表达基因18个，其中上调基因12个，下调基因6个（P<0.05）。其中差异表达最大的两个基因分别是原癌基因FOS（fos proto oncogene，FOS）和早期生长应答蛋白基因（EGR1）。GO富集分析发现，差异表达基因显著富集于跨膜受体蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路、转录调控、脂质合成和骨骼肌再生等过程。KEGG富集分析结果显示，差异表达基因显著富集于丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路和Wnt信号通路。利用生物信息学软件预测到miR-499-5p的靶基因共78个，GO富集分析发现，靶基因也显著富集于丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调控和转录因子活性等过程。本研究表明，注射miR-499-5p可改变肉鸡腓肠肌肌纤维直径从而影响肌纤维特性，差异表达基因中的FOS、EGR1、CYR61和WNT7A基因可能在miR-499-5p的作用下通过上述通路参与了脂肪沉积和肌肉发育的调控。     

三江黄牛Y染色体ZFY基因遗传多样性研究

三江黄牛原产于四川省阿坝藏族羌族自治州汶川县,具有躯干较长、役用性能良好、适应性强、肉质好等特点,是经长期人工选育的优良地方黄牛品种,为遗传资源宝贵基因库。试验对三江黄牛Y染色体特异ZFY基因作遗传多态性分析,发掘三江黄牛遗传起源。结果表明,ZFY基因第11外显子长度为1 090 bp,T、A、C、G平均含量分别为24.2%、34.2%、20.7%、20.9%,存在碱基偏好性;发现22个突变位点,18个转换,4个颠换,其核苷酸多样性(Pi)为0.007 61,检出16种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.993,说明三江黄牛群体ZFY基因遗传多样性较丰富;系统进化和遗传距离分析表明,三江黄牛优先和大额牛、瘤牛、野牛聚为一类,研究为濒危三江黄牛品种保种、选育及来源提供依据。