三江黄牛全基因组数据分析

【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ensemb1、DAVID、dbSNP数据库对SNPs和indels进行注释。【结果】全基因组重测序分析共计得到77.8 Gb序列数据,测序深度为25.32×,覆盖率为99.31%。测序得到778 403 444个reads和77 840 344 400个碱基,比对到参考基因组(UMD 3.1)的reads为673 670 505,碱基为67 341 451 555,匹配率分别为86.55%和86.51%,成对比对上的reads数为635 242 898(81.61%),成对比对上的碱基数为63 512636 924(81.59%);共确定了20 477 130个SNPs位点和1 355 308个indels,其中2 147 988个SNPs(2.4%)和90 180个indels(6.7%)是新发现的。总SNPs中,鉴定出纯合SNPs989 686(4.83%),杂合SNPs19 487 444(95.17%),纯合/杂合SNP比为1:19.7。转换数为14 800 438个,颠换为6 680 058个,转换/颠换(TS/TV)为2.215。剪切位点突变SNP727个,开始密码子变非开始密码子SNP117个,提前终止密码子的SNP 530个,终止密码子变非终止密码子SNP88个。检测到非同义突变数为57 621,同义突变为83 797,非同义/同义比率为0.69。检测到非同义SNPs分布在9 017个基因上,其中发现567个基因与已报道的重要经济性状相符,肉质、抗病、产奶、生长性状、生殖等相关基因的数量分别为471、77、21、10、8个,其中包括功能相重叠的基因;indels数据中,缺失数量为693 180(51.15%),插入数量为662 148(48.85%),纯合indels数量为161 198(11.89%),杂合indels数量1 194 110(88.11%),大部分的变异都位于基因间隔区和内含子区;三江黄牛全基因组杂合度(H)、核苷酸多样性(Pi)及theta W分别为7.6×10~(-3)、0.0 039、0.0 040,说明其遗传多样性较为丰富。三江黄牛群体Tajima'D为-0.06 832,推测可能由于群体内存在不平衡选择所致。【结论】本研究为进一步分析与经济性状相关的遗传学机制和保护三江黄牛品种遗传多样性提供了基因组数据支持。     

三江牛屠宰性状的主成分分析

为探究三江牛屠宰性状之间的相关性,研究选取了年龄相同的三江牛17头进行屠宰,测定了12个屠宰性能指标,并进行主成分分析。结果表明：三江牛公牛各屠宰性能指标均高于母牛,其中肝重、脾重、胃重、肾重差异不显著(P＞0.05),其余指标差异显著(P＜0.01);主成分分析确定了2个主成分,累积贡献率达82.43%;第一主成分可代表三江牛屠宰重量总体情况,第二主成分可代表内脏重量情况。     

酉阳县农民专业合作社现状及发展思路

介绍重庆市酉阳县农民专业合作社发展的现状和取得的成效,分析其存在的问题,提出加强组织领导和部门协作等4条建议。     

一款减轻生猪应激的智能物流运输车设计

针对生猪在长途贩运过程中会发生的物理性应激等症状,我们设计了一款监控和降低应激反应的智能化物流运输车。该运输车集成了液压升降平台,视频监控系统和北斗卫星定位系统等,并根据实际情况合理划分了运输装载空间。设计了滑动门与折叠机构等,极大地减轻了装卸与运输过程中生猪的应激反应,同时使运输空间具备易清洗消毒、更环保的特点;车内安装的驾驶前台显示器与车厢摄像头等监控设备,使司机能对车内生猪运输情况进行实时监控并及时采取措施;北斗卫星定位系统能对物流运输过程进行及时定位与追踪,使买卖双方能根据物流平台或APP直观地查询到运输车的实际地点和位置。该智能化运输车不仅改善了生猪福利,而且保证了运输过程中的环保与方便快捷,大大提高了生猪运输车的智能化程度。     

要想尽快富养殖革胡子鲶是条路

四川省丰都县名山镇居民彭玉福．将原建的兔种场进行改造．于1986年6-7月投资2000元．修建成大小养鱼池4口．共671平方米．同年6月3日从广西引进寸片革胡子鲶鱼种11000尾．经过140天的饲养．共捕成鱼1741公斤．收入现金8706元．除去鱼种费、饲料费、人工费及其它杂用开支外．获纯利5287．5元。其中有一口鱼池．面积146平方米．     

三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因遗传多态性分析

为开展三江黄牛遗传多态性分析,利用DNA池直接测序法对三江黄牛DKK1、DKK4和MyoG基因全序列进行遗传多态性分析。结果表明:三江黄牛DKK1基因存在A1051G、G1152T2个突变位点,均存在3种基因型,处于中度多态(0.25PIC0.50),符合Hardy-Weinberg平衡。DKK4基因检测发现C1949T和C1749T突变位点,位点C1949T存在3种基因型,位点C1749T发现2种基因型,均符合Hardy-Weinberg平衡,其中C1949T处于中度多态(0.25PIC0.50),遗传变异较大,C1749T为低度多态(PIC0.25);MyoG基因未发现多态位点,为三江黄牛经济性状的遗传改良提供理论依据。     

基于SWOT模型的三江牛品牌建设现状及对策研究

在三江牛产业现状研究的基础上,利用SWOT模型阐述了三江牛品牌建设的优势、劣势、机会和威胁,并提出相应的对策,为相关企业、地方政府在区域品牌建设上提出建议,以优化三江牛产区的品牌形象建设,提升三江牛品牌竞争力.     

四川地区发酵床养猪的利弊分析

发酵床养猪是一项新型养殖技术,其方法是将锯末屑、粉碎的秸秆、稻壳、微生物添加剂和米糠等辅助发酵剂按一定比例混合均匀形成垫料铺在猪舍发酵池内,将猪只直接放在发酵床上饲养,其粪尿排泄在垫料上,不清扫、不冲洗床舍内粪尿,不向舍外排放粪污,通过发酵床的微生物发酵作用将粪尿进行降解、消化,不浪费水资源,     

小麦品质相关分析和聚类分析

为了提高小麦的品质,确定小麦品种的优良品质性状,进而选育出更为优质的小麦品种。本研究以35个小麦品种为试材,对蛋白质含量、降落值、湿面筋含量等8个品质性状进行相关分析和聚类分析。相关分析结果表明：降落值与蛋白质,湿面筋与蛋白质,降落值与湿面筋,稳定性与降落值,弱化度与吸水率呈极显著相关;稳定性与蛋白质,弱化度与降落值呈显著负相关。聚类分析结果表明：供试35个小麦品种在遗传距离3水平上可聚为4个大类。类群Ⅰ为‘中涡18’;‘远育17’、‘太麦2号’、‘乐麦Z0708’、‘淮师0812’和‘良源508’聚为类群Ⅱ：‘荃麦102099’、‘HS44’和‘安1211’聚为类群Ⅲ：类群Ⅳ共有26个小麦品种,其中包括保‘丰1269’、‘华成870’、‘皖科101547’、‘民得利2号’、‘龙麦一号’、‘鉴20651’、‘亳麦0610’、‘金丹6166’、‘安农1203’、‘保丰2018’、‘JM-1’、‘王家坝1110’、‘安农大0622’、‘GR123’、‘安1243’、‘绿雨9号’、‘皖麦4308’、‘阜0652’、‘皖麦52’、‘蜀鑫麦318’、‘宿11037’、‘豪麦56’、‘阜100’、‘中麦1023’、‘诺丰568’和‘奥特麦1号’。通过本次实验,为选育优质小麦品种和杂交组配提供了理论依据。     

家兔TAS1R2基因与生长发育性状的关联性分析

TAS1R2基因是味觉受体I型家族的第2个成员。本试验采集新西兰兔共417个样本,采用PCR产物直接测序法检测了家兔TAS1R2基因上的单核苷酸多态性(SNPs),分析不同基因型与日龄重的遗传效应。研究结果如下:家兔TAS1R2基因exon 6的c.1581 G>A突变基因型AA极显著影响40日龄、56日龄和84日龄家兔的体重以及35~84日龄的平均日增重(P<0.01),可考虑将TAS1R2基因作为家兔生产性状的候选基因,以期为家兔生长性状标记辅助选择提供理论依据。