家兔UCP1 第3外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据,选择UCP1基因设计1对引物扩增其第3外显子及第2内含子部分序列,采用DNA池PCR反应,直接测序法快速检测比利时兔、新西兰兔和加利福尼亚兔3个兔品种UCP基因多态性.结果在新西兰兔中发现1个多态性位点(T387C),多态位点对UCP1基因的RNA结构产生影响,其最小自由能由-917.51 kJ/mol变为-927.12 kJ/mol,而其他2个品种没有检测到该突变.     

贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余3个指标均差异不显著（p〉0.05）;贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余指标均差异不显著（p〉0.05）。研究结果提示：STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。     

贵州白山羊和黔北麻羊TFAM 基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响.     

混合菌种发酵制备槐树叶饲料工艺研究

为探究混合菌种最佳发酵工艺,以制备优良动物饲料。试验选取纤维素酶产生菌——地衣芽孢杆菌D50对槐树叶中纤维素进行降解,再添加乳酸菌进行二次发酵。通过单因素试验确定混合菌种发酵工艺和发酵培养基以及最优发酵方式。结果表明:乳酸菌可利用一次发酵后的剩余营养物质进行二次发酵,最佳发酵方式是灭菌后接种乳酸菌以棉塞封口,三角瓶在培养箱静置培养,乳酸菌二次发酵最佳接种量为10%,乳酸菌二次发酵时间为24 h,发酵后pH为5.65,乳酸含量最大为2.93%,两次发酵总时间72 h。     

兔解偶联蛋白1基因第2外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据。本试验选取新西兰兔和加利福尼亚兔分别构建各自的DNA池,对解偶联蛋白1(uncouplingprotein 1,UCP1)基因的第2外显子及第1内含子部分序列进行扩增,扩增产物进行双向测序,利用BLAST和DNAStar分析并确定其SNP。结果分析,在新西兰兔中发现6个SNPs:T135C、C232T、T332C、C360T、T550C和A560G,其中T135C和C232T为同义突变,T332C、C360T、T550C、A560G 4个突变位点位于内含子区。利用RNA在线预测软件预测UCP1基因RNA二级结构最小自由能由-917.51 kJ/mol变为-866.10 kJ/mol,说明SNPs对UCP1基因的RNA二级结构产生影响。     

威宁绵羊和贵州半细毛羊FecB 基因SNP 分析

利用威宁绵羊和贵州半细毛羊构建DNA池,设计11对引物扩增其Fec B基因外显子和部分内含子的序列,对纯化后的PCR产物双向测序,分析确定多态性位点。然后利用生物信息学软件分析SNPs位点对Fec B基因RNA二级结构、Fec B蛋白结构的影响。结果显示,在扩增的Fec B基因中筛选到10个SNPs,其中exon5-A39G、exon9-C37A、exon11-C87A、intron2-A62G、intron4-A1023G、intron10-G24A突变为威宁绵羊和贵州半细毛羊中所共有,而exon9-A8G和intron1-G243A突变为威宁绵羊所特有,intron3-G177A和exon8-T86C突变为贵州半细毛羊所特有。上述的SNPs中,exon5-A39G和exon9-A8G为错义突变,exon5-A39G突变导致编码的异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val),exon9-A8G突变导致编码的天冬酰胺(Asn)变为天冬氨酸(Asp);exon9-C37A和exon11-C87A多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变。     

牛SOCS5基因5'调控区多态性研究

[目的]筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响.[方法]选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多态性,然后用生物信息学软件预测序列核心启动子区和CpG岛,分析SNP位点对转录因子结合位点影响.[结果]牛SOCS基因5调控区和第1外显子区存在3个SNP位点,分别为:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T与SNP数据库中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C为新发现SNP位点.生物信息学软件预测得到SOCS5基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生;SNP位点对转录因子结合位点有显著影响,但对核心启动子范围和起始位点无明显影响,不在甲基化水平上影响SOCS5基因表达水平.[结论]牛SOCS5基因5'调控区存在3个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点.     

贵州本地山羊STAT5A基因第10外显子SNP研究

利用黔北麻羊、贵州黑山羊和贵州白山羊构建DNA池,设计1对引物扩增其STAT5A基因第10外显子及部分内含子序列。PCR产物纯化后进行双向测序。DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构、STAT5A蛋白二级及三级结构的影响。结果表明:在扩增的STAT5A基因中筛选到3个SNPs:C-32A、G+71A和G+158A,其中G+71A为错义突变,导致编码的丙氨酸(Ala)变为苏氨酸(Thr);C-32A和G+158A均在内含子区,不参与氨基酸编码。SNPs位点对STAT5A基因RNA二级结构和STAT5A蛋白结构均有一定影响。     

贵州本地山羊POLRMT 基因启动子区 SNP 的生物信息学分析

为给贵州本地山羊肉质品质选育工作提供更好的科学依据,以贵州白山羊、贵州黑山羊及黔北麻羊为 试验对象,探究肉质相关基因POLRMT 启动子区SNP 位点对肉质品质的影响。通过构建DNA 池筛选出SNP 位点, 并采用多种生物信息学软件预测核心启动子范围、CpG 岛及转录因子。结果表明,POLRMT 基因启动子区存在2 个 SNP 位点,分别为T-81A、T-289C。POLRMT 基因核心启动子范围发生改变,SNP 位点导致部分转录因子结合位点消 失,MethPrimer预测到CpG 岛增加1 个。