表型组学在水稻研究中的应用

水稻作为重要粮食作物,其重要农艺性状的功能基因组研究是植物生物学研究的热点。植物基因型、表型和环境三者构成了遗传学研究的铁三角。随着高通量测序技术的快速发展,基因型的研究更加简单快速。然而表型研究严重滞后于基因型研究。目前传统的表型信息的获取存在所需劳动量巨大、成本高,所获取表型数据受人工主观因素影响大等诸多难题。高通量表型组学可无损、高通量、精准获取表型信息,对解决以上难题具有关键作用。本文对表型组学在水稻中的研究应用情况进行整理,为今后水稻基因组学和表型组学等多学科相结合的现代研究手段提供理论支撑。     

牦牛瘤胃微生物抗生素抗性基因对3种外源性刺激因子的响应

通过给牦牛投喂硫酸头孢喹肟(CEF)、盐酸二氟沙星(DIF)和黄曲霉毒素B1(AFB1),并进行瘤胃微生物宏基因组测序,旨在揭示这3种外源性刺激因子对抗生素抗性基因(ARGs)种类、抗性类型、抗性机制等的影响,对于深入研究微生物抗性组特征和抗性机制具有重要价值。选取15头牦牛,随机分5组。Cef组和Dif组分别根据说明书推荐剂量按体重计算、灌服CEF 1 mg·kg^-1和DIF 1 mL·kg^-1;E1组和E2组分别按采食量投喂AFB120、60μg·kg^-1;C组为对照组。处理7 d后,采集瘤胃液,提取DNA,Illumina HiSeq测序,对reads counts进行标准化得到TPM值,并进行方差分析。结果显示,对照组共获得132种ARGs,分属30种抗性类型,其中,四环素类tetQ和tetW基因丰度较高;Cef组tetW基因丰度增加(P<0.05),Dif组tetQ丰度增加(P<0.05);Cef组四环素类和头孢菌素类抗性基因丰度增加(P<0.05),Dif组四环素类和氨基香豆素类抗性基因丰度增加(P<0.05),E1组氨基香豆素和青霉烯类抗性基因丰度增加(P<0.05),E2组青霉烯类、头孢菌素类等9类抗性基因丰度均增多(P<0.05);Dif组Erm基因23S核糖体RNA甲基转移酶丰度增加(P<0.05),E2组中ATP结合盒超家族等3种抗性机制相关基因的丰度增加(P<0.05);3种因子均显著增加四环素类ARGs宿主的种类。结论:瘤胃是蕴含丰富ARGs的储藏库,其中,四环素类抗生素抗性基因tetQ和tetW是主要的ARGs。不仅CEF和DIF使部分ARGs的种类、抗性类型以及耐药机制相关酶等的丰度升高,增加瘤胃微生物的耐药性,而且AFB1也具有类似作用,且高剂量AFB1对抗性类型的影响范围较抗生素大。这3种因子还导致携带四环素类ARGs宿主微生物的种类数量增加,从而强化横向转移机制,加快ARGs传播,增强微生物对四环素类的耐药性。     

西班牙:桃树中发现抗白粉病基因

来自西班牙农业基因组学研究中心(CRAG)和农业食品研究与技术所(IRTA)的研究人员在桃树中发现了抗白粉病基因。白粉病为真菌性病害,病原菌为白粉病菌(Podosphaera pannosa)。由于防治白粉病需要使用杀菌剂,既给生产者造成经济损失,也对环境造成显著影响。该研究还提供了新的分子工具来开发和鉴定具有抗白粉病基因的桃树品种,从而减少在生产过程中喷洒杀虫剂。     

王慧军首席到威县河北宏博牧业调研

<正>2014年6月29日,河北省渤海粮仓建设工程首席专家、河北省农林科学院王慧军院长就农牧结合问题到威县河北宏博牧业公司调研。威县项目区技术负责人李俊兰、谷子所所长程汝宏及项目办人员陪同调研。王慧军院长一行首先听取了宏博牧业饲料部总经理有关企业集团化、集约化以及产业链自控发展模式的介绍,并参     

许宏伟真柏小品创作

2014年5月16日-18日，第二届长三角盆景精品展在上海植物园隆重举行。上海市盆景赏石协会代表许宏伟作了现场创作表演。     

乳酸菌代谢研究进展

乳酸菌代谢研究已进入一个新的时代，本文主要阐述目前乳酸菌在糖代谢、柠檬酸代谢及蛋白质代谢等方面的研究，以及基于下一代测序技术的基因组学、比较基因组学和宏基因组学等技术手段在乳酸菌代谢研究中的应用，旨在为现代乳酸菌代谢研究提供理论支持。     

基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒

建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。     

我国科学家揭示猪适应不同温度环境的分子机制

中国是世界第一养猪大国,拥有全球最丰富的地方猪种资源。经过近万年的自然选择和人工选育,中国地方猪种具有极佳的适应性,可适应中国南北方不同的生态环境。然而,导致这种环境适应性的分子机理却不为人知。日前,江西农业大学联合深圳华大科技、美国加州大学伯克利分校的学者,在猪环境适应性研究上取得重要进展,相关成果发布在《自然遗传》上。研究人员进一步采用群体基因组学研究     

从空间尺度论述陆生野生动物生境选择研究进展

指出了生境是动物生存和繁衍的重要场所,生境的质量及其可利用程度是决定动物种群生死存亡的关键因素。因此,研究动物的生境利用特点成为生物保护学研究的热点。综述了不同空间尺度上陆生野生动物生境选择研究的概况,以期对今后开展生境利用研究工作时在方法的选取方面提供借鉴和指导。