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基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展。为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C)。该技术去掉了生物素标记的步骤,只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库。为了评价文库中的随机连接噪音的比例,我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤。研究结果显示,与当前的in situ Hi-C等方法比较,我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低,有更多的有效交互数据。将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系,我们找到了已知和新的基因组结构变异。所以,我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用。 相似文献
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8株优良大豆根瘤菌与不同地区27个大豆主栽品种的匹配性研究 总被引:2,自引:0,他引:2
大豆是我国重要的油料作物和高蛋白粮饲兼用作物,具有与根瘤菌共生固氮的能力。近十几年来,我国大豆品种更新快,导致大豆根瘤菌株与新品种匹配能力差、接种效果不明显。筛选与主栽大豆品种匹配性好、固氮效率高的广谱性优良菌株,可为针对性的施用大豆根瘤菌接种剂提供菌种资源和方案。选取本实验室前期分离保存的6个优良快生型大豆根瘤菌株和2个慢生型大豆根瘤菌株,在砂培盆栽条件下与不同地区的27个大豆主栽品种进行匹配试验。测定分析了植株地上部分生物量、高度、根瘤数量、根瘤生物量和根瘤固氮酶活指标。结果表明:不同大豆根瘤菌之间结瘤固氮能力存在极显著的差异;供试根瘤菌均能够与国内24个大豆品种结瘤,广谱性较好;植株地上部分高度、根瘤数量、根瘤生物量和根瘤固氮酶活与地上部分生物量呈显著相关;大部分接种根瘤菌后的植物生物量显著高于CK;HN01、GR3、HH29、HH103匹配性和固氮效率均不逊色于USDA110,具有在东北地区、黄淮海地区、长江流域、东南地区推广的潜能;从品种来看,中豆39、BD2、天隆1号与8株供试大豆根瘤菌的匹配接种表现出高生物量特点。此外,本文还筛选出大豆-大豆根瘤菌的表型最佳匹配组合中豆39-GR3,适合长江流域地区;同样筛选到东北地区、黄淮海地区、东南地区最佳匹配组合,分别是HN01-辽豆14、HN01-徐豆14、HN01-BD2。本文初步建立了优良根瘤菌与大豆主栽品种的匹配关系,为在田间试验中进一步筛选和应用这些优良菌株提供了材料和指导。 相似文献
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猪流行性腹泻(PED)是猪流行性腹泻病毒(PEDV)引起的一种猪的急性肠道传染病。该病主要呈现哺乳仔猪高发病率、高致死率的特点。2014年11月开始至2015年6月,河北某猪场长期暴发仔猪腹泻病,死亡率高达50%以上。通过现场调查、病理解剖、实验室病原诊断,确定该疾病主要由PEDV造成。并针对该场实际情况采用本实验室研制的PEDV新毒株弱毒疫苗与某商品灭活疫苗,以3种不同免疫方案进行免疫效果评估,综合安全性、免疫效力与生产成绩情况,结果显示两种疫苗联合使用及弱毒疫苗组免疫方案较仅使用商品灭活疫苗的灭活疫苗组有较高安全性、免疫保护效果及生产成绩。 相似文献
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奶牛乳腺炎是严重危害养牛业的常见疾病,近年来对奶牛乳腺炎的研究不断深入,关于乳腺炎天然免疫进程的研究也不断深化。核苷酸结合寡聚化结构域蛋白(NOD)是天然免疫的重要组成部分,不断有报道称NOD蛋白参与或调控了乳腺炎天然免疫进程,论文以NOD1/2为出发点从NOD家族的结构、NOD1与NOD2的异同、NOD1/2参与天然免疫进程以及NOD1/2与乳腺炎的关系等方面总结相关研究进展,为深入了解NOD1/2及其在奶牛乳腺炎中的作用,给乳腺炎相关治疗方法的优化及相关药物的研发提供参考。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(11)
根据已知人、小鼠、牛、鸡、犬和恒河猴等物种的DEAD-box解旋酶1(DEAD-box helicase 1,DDX1)基因mRNA序列设计引物,从猪肾传代细胞系(PK-15)中克隆DDX1基因编码区(CDs)序列,对该基因进行生物信息学分析、组织表达谱分析。进一步将猪DDX1基因CDs序列克隆至真核表达载体pCMV-Tag2B,构建的重组真核表达质粒转染PK-15细胞后运用Western blot和间接免疫荧光试验检测DDX1基因的真核表达。结果显示:成功克隆了猪DDX1基因的cDNA序列(GenBank登录号为KU522467),其开放读码框全长为2 223bp,编码740个氨基酸;与牛、鸡、黑猩猩、犬、人、小鼠、大鼠和恒河猴的氨基酸序列同源性分别为98.8%、93.5%、97.6%、98.8%、97.7%、97.0%、97.6%和97.8%。表达谱分析表明,猪DDX1mRNA在不同组织中的表达水平存在差异,表现为脂肪、肝脏和脾脏中高表达,而在胃、心脏和肌肉中表达较低。成功构建了猪DDX1基因真核表达质粒,经证实目的基因可以在真核细胞中特异性表达,且表达的DDX1蛋白主要定位于细胞质中,少量定位于细胞核中。结果表明:本试验克隆了猪DDX1基因的序列,分析了其在不同组织的表达规律,并构建了DDX1基因重组表达质粒,为该基因下一步的功能学研究奠定了基础。 相似文献
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肉牛运输后流行牛支原体肺炎(俗称"烂肺病")的病例一直不断,2010年6月份华中农业大学确诊4起,其中湖北3起,江西1起,牛只分别购自山东、沈阳、黑龙江.吉林那丹伯黄牛某经纪人称因为运输后发病丢了不少安徽、河南客户,已不敢远距离运牛.通疗肉牛体系团队成员报近几日内连续收到多起运输后发生呼吸道病的养殖户救诊电话,当地屠宰场频繁收到"烂肺"病牛. 相似文献