基于芯片数据和整合分析研究奶牛乳房炎的关键通路

奶牛乳房炎是奶牛的常见病和多发病之一,给奶牛业带来巨大的经济损失,严重制约着奶牛业的发展。为了进一步了解乳房炎的调控机理,对已发表的5套大肠杆菌感染奶牛乳腺上皮细胞的表达谱芯片数据统一进行预处理,并整合大肠杆菌感染1、6、24 h的基因富集分析,以期得到更可靠的影响奶牛乳房炎的关键基因和通路。结果发现,感染1、6和24 h数据集的分析结果中共同下调通路分别为9、30和17个,分析结果确定了一些奶牛乳房炎相关的通路及基因,为进一步揭示其调控机理提供参考。     

缺氧诱导因子在血管生成中的研究进展

目前已发现的缺氧诱导因子(HIFs)有3个,即HIF-1、HIF-2和HIF-3.它们广泛存在于人和哺乳动物的细胞内.HIFs由对氧敏感的功能性亚基(α亚基)和构建性表达的结构亚基(β亚基)组成,它们调节的目标基因的表达涉及血管生成、红血球生成、能量代谢、细胞增殖和凋亡等生物学过程.介绍了近年来HIFs及其在血管生成中的研究进展,以便对HIFs进行更深入、广泛的研究.     

新杨绿壳蛋鸡和白来航鸡快慢羽品系产蛋性能比较

本试验就新杨绿壳蛋鸡、白来航鸡快羽和慢羽品系的部分产蛋性能进行比较研究。结果表明:白来航鸡快羽品系的25~45周龄总产蛋数、49周龄蛋重、母鸡体重和蛋壳颜色均显著高于新杨绿壳蛋鸡(P0.01),且优于白来航慢羽品系的同类性状;25~45周龄总产蛋数与49周龄蛋重、母鸡体重和蛋壳颜色呈极显著正相关(P0.01);49周龄蛋重与体重和蛋壳颜色呈极显著正相关(P0.01);49周龄母鸡体重和蛋壳颜色呈极显著正相关(P0.01)。总体来看,白来航鸡快羽和慢羽品系的性状变异系数小于新杨绿壳蛋鸡,其变异系数均小于10%。新杨绿壳蛋鸡的性状变异系数稳定性差,平均变异系数超过10%,仅蛋重和蛋壳颜色的变异系数略低于10%,这说明在规模化生产时,新杨绿壳蛋鸡的选育还有待加强,从而使产蛋性状更加稳定。     

Mariner转座子简介

转座子是自然发生的 ,能够从一个位点转移到另一个位点的遗传因子 ,它存在于染色体 DNA上。转座子的基本成分是一个基因 ,该基因编码转座作用所需要的酶—转座酶 ,以及供转座酶识别的侧翼序列。自主的因子编码转座酶的功能拷贝 ,拥有介导转座的识别序列。非自主的因子通常含有转座酶的变异拷贝 ,却又保留识别序列 ,因此 ,其它来源的转座酶能够移动非自主因子。转座子被频繁用作基因突变的手段 ,转座子标签在基因克隆中极其有效 ,是通过变异表型和特定的转座子的相关来克隆基因的 ,转座子插入到特定的基因 ,或插入到由转座子切除引起的缺失…     

VEGFA,HIF1A和EPAS1基因多态性与猪繁殖性状的相关研究(英文)

在梅山猪保种群和法系大白猪群体中采用直接测序法和PCR-RFLP法对基因VEGFA、HIF1A和EPAS1进行了基因多态位点的寻找及多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数等繁殖性状进行了相关分析。在所获得的基因VEGFA的扩增片段中共检测到17个多态位点,其中有4个位点可进行PCR-RFLP检测,分别为BstH2I-RFLP,PspEI-RFLP,Eco32I-RFLP和BcnI-RFLP,而在HIF1A和EPAS1扩增片段中未获得可进行PCR-RFLP检测的多态位点。在2个实验猪群中对VEGFA基因的4个多态位点进行基因型及等位基因频率分析,结果表明:VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI 3个多态位点在梅山猪群体中A等位基因占优势,BcnI多态位点在梅山猪群体中B等位基因占优势,而在法系大白猪群体中VEGFA基因的BstH2I、Eco32I、PspEI和BcnI 4个多态位点的相关基因型和等位基因分布极不均衡。BstH2I和PspEI多态位点相关的A等位基因频率在法系大白猪群体中为0,而Eco32I和BcnI多态位点相关的A、B等位基因频率在法系大白猪群体中不到1%。单倍体型推断结果表明VEGFA基因4个多态位点在梅山猪群体中共存在10种单倍体型,而在法系大白猪群体中只存在2种单倍体型BBBA和BBAB,且只有一个个体的单倍体型是BBAB。通过性状关联分析,发现梅山猪群体中VEGFA基因单倍体型BBBA对初产总仔数影响显著(P0.05);单倍体型BABA对经产总仔数和经产活仔数影响显著(P0.05);单倍体型BBAA对初生窝重影响显著(P0.05)。使用辐射杂种克隆板将基因VEGFA定位于SSC7q11-12;基因HIF1A定位于SSC1;基因EPAS1定位于SSC3q11-14。而所获得的基因HIF1A和EPAS1的扩增片段无PCR-RFLP可识别的SNP位点。研究结果表明猪VEGFA基因具有成为影响猪繁殖性状分子遗传标记的潜力。     

基于基因组测序数据的梅山猪保种现状分析

梅山猪是我国太湖流域优良地方品种之一,以繁殖力高和肉质鲜美闻名于世。为探究这一珍贵遗传资源的保种现状,本研究利用4家梅山猪保种场的143头梅山猪简化基因组测序数据,对现有群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果表明,各保种场群体有效含量均处于严重威胁状态,群体有效含量(Ne)小于65;中梅山群体具较高的多态标记比,小梅山群体具较高的观测杂合度与期望杂合度;小梅山与中梅山2类型间存在较大遗传分化,群体分化指数(Fst)为0.111,遗传距离(D)为0.287;2个小梅山保种场群体间的遗传分化较弱(Fst=0.055,D=0.239),而2个中梅山保种场群体间则达到中等程度遗传分化(Fst=0.127,D=0.273)。本研究利用测序数据首次全面揭示了现有梅山猪保种群体的遗传多样性与遗传结构关系,为更好地保护与利用梅山猪提供了分子依据。     

四种禽类Sox8基因部分cDNA序列的克隆及其序列分析

应用RT—PCR法扩增了鸭、孔雀、榛鸡和鹧鸪的Sox8基因的部分cDNA序列并测序，计算机模拟预测了其氨基酸序列，并将所得的序列与GenBank上发表的家鸡的相应序列进行同源性比较。结果表明：5个物种的核苷酸序列同源性可达96％以上。。     

海兰鸡PRL、OVR、OIH和GnRHR基因多态性及其与产蛋性能的关联分析

本研究以海兰褐与海兰白两个蛋鸡品系作为研究素材,选择催乳素基因(PRL)、卵细胞卵黄受体基因(OVR)、卵抑制剂基因(OIH)以及促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)4个基因作为产蛋性状相关候选基因,采用PCR-RFLP方法对候选基因进行多样性检测,并与蛋重及产蛋数两性状进行关联分析.结果表明,PRL、OVR和OIH3个基因候选位点在本研究海兰蛋鸡群体中存在SNPs,但3个基因候选位点不同基因型与产蛋性状关联分析均未能达到显著水平(P＞0.05);GnRHR基因候选位点在本研究群体中未检测到多态性的存在.     

绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析

本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的mature-microRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。     

绿壳蛋鸡FM03基因多态性PCR-RFLP检测方法研究

FM03基因是影响鸡蛋品质的主要基因之一,T329S位点突变是引起该基因功能异常的主要原因.本研究根据GenBank.k.&布的鱼腥味基因全序列设计引物,采用PCR-RFLP技术对绿壳蛋鸡T329S位点突变体进行检测.结果获得了特异性良好的引物,建立了稳定的反应体系和反应条件,所建方法判型准确、清晰.