| 基于基因组测序数据的梅山猪保种现状分析 |
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| 引用本文： | 孙浩,王振,张哲,肖倩,徐忠,张向喆,杨红杰,朱满兴,薛明,刘晓辉,张文俊,郑友民,王起山,潘玉春.基于基因组测序数据的梅山猪保种现状分析[J].上海交通大学学报(农业科学版),2017(4):65-70. |
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| 作者姓名： | 孙浩 王振 张哲 肖倩 徐忠 张向喆 杨红杰 朱满兴 薛明 刘晓辉 张文俊 郑友民 王起山 潘玉春 |
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| 作者单位： | 上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240;上海市兽医生物技术重点实验室, 上海 200240,全国畜牧总站, 北京 100125,江苏省畜牧总站, 南京 210036,全国畜牧总站, 北京 100125,江苏省畜牧总站, 南京 210036,江苏省畜牧总站, 南京 210036,全国畜牧总站, 北京 100125,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240;上海市兽医生物技术重点实验室, 上海 200240,上海交通大学 农业与生物学院, 上海 200240;上海市兽医生物技术重点实验室, 上海 200240 |
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| 基金项目： | 2011-2016年农业部物种资源保护项目(31272414);上海市生猪产业技术体系建设[沪农科产字(2016)第6号] |
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| 摘 要： | 梅山猪是我国太湖流域优良地方品种之一,以繁殖力高和肉质鲜美闻名于世。为探究这一珍贵遗传资源的保种现状,本研究利用4家梅山猪保种场的143头梅山猪简化基因组测序数据,对现有群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果表明,各保种场群体有效含量均处于严重威胁状态,群体有效含量(Ne)小于65;中梅山群体具较高的多态标记比,小梅山群体具较高的观测杂合度与期望杂合度;小梅山与中梅山2类型间存在较大遗传分化,群体分化指数(Fst)为0.111,遗传距离(D)为0.287;2个小梅山保种场群体间的遗传分化较弱(Fst=0.055,D=0.239),而2个中梅山保种场群体间则达到中等程度遗传分化(Fst=0.127,D=0.273)。本研究利用测序数据首次全面揭示了现有梅山猪保种群体的遗传多样性与遗传结构关系,为更好地保护与利用梅山猪提供了分子依据。
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| 关 键 词： | 梅山猪 测序数据 遗传多样性 遗传结构 |
| 收稿时间： | 2016/11/3 0:00:00 |
Exploring the Current Situation of Conservation of Meishan Pigs Based on Genome Sequencing Data |
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| SUN Hao,WANG Zhen,ZHANG Zhe,XIAO Qian,XU Zhong,ZHANG Xiang-zhe,YANG Hong-jie,ZHU Man-xing,XUE Ming,LIU Xiao-hui,ZHANG Wen-jun,ZHENG You-ming,WANG Qi-shan and PAN Yu-chun.Exploring the Current Situation of Conservation of Meishan Pigs Based on Genome Sequencing Data[J].Journal of Shanghai Jiaotong University (Agricultural Science),2017(4):65-70. |
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| Authors: | SUN Hao WANG Zhen ZHANG Zhe XIAO Qian XU Zhong ZHANG Xiang-zhe YANG Hong-jie ZHU Man-xing XUE Ming LIU Xiao-hui ZHANG Wen-jun ZHENG You-ming WANG Qi-shan and PAN Yu-chun |
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| Institution: | School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China;Shanghai Key Laboratory of Veterinary Biotechnology,Shanghai 200240, China,National Station of Animal Husbandry,Beijing 100125, China,Jiangshu Station of Animal Husbandry,Nanjing 210036, China,National Station of Animal Husbandry,Beijing 100125, China,Jiangshu Station of Animal Husbandry,Nanjing 210036, China,Jiangshu Station of Animal Husbandry,Nanjing 210036, China,National Station of Animal Husbandry,Beijing 100125, China,School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China;Shanghai Key Laboratory of Veterinary Biotechnology,Shanghai 200240, China and School of Agriculture and Biology,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240, China;Shanghai Key Laboratory of Veterinary Biotechnology,Shanghai 200240, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Meishan pig sequencing data genetic diversity genetic structure |
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