Analysis on Genetic Diversity and Phyletic Evolution of mtDNA Cytb Gene in Zhongdian Yak

In order to investigate the genetic diversity and the origin of evolutionary relationship of Zhongdian yak,we analyzed the complete sequence of 15 individuals Cytb gene,its sequence polymorphism was analyzed,and the phylogenetic tree was constructed.The results showed that the length of the nucleotide sequence were 1 140 bp,with nucleotide frequencies of 26.3%,31.8%,13.1% and 28.8% for T,A,G and C,respectively.Three haplotypes were identified of 15 individuals,with 3 polymorphic sites,including two conversions,one transversion,haplotype diversity was 0.2571 and nucleotide diversity was 0.00035.Phylogenetic analysis suggested that Zhongdian yak and Bos mutusc clustered firstly,then gathered with Bison bison,which indicated that there were high genetic similarity and closer genetic relationship,genetic similarity with other cattle genus was relatively low.Combining with the proof of molecular biology and paleontology,the result supported the point that Bos grunniens and Bos mutus were classified as an alone genus in Bovinae.     

亚MIC庆大霉素下CpxR对鼠伤寒沙门菌生长特性和acrD基因转录的影响

前期研究发现双组分应答调控子CpxR可调控鼠伤寒沙门菌对氨基糖苷类药物的耐药性。为进一步探索其调控机制,本研究测定了无抗生素和亚MIC庆大霉素下,鼠伤寒沙门菌标准株(JS)、过表达株(JS/pcpxR)、磷酸化位点突变过表达株(JS/pcpxR*)分别在不同能量水平的2种基本培养基中的生长曲线;同时采用LacZ报告基因融合试验方法构建3株acrD启动子融合报告菌株(JS/PacrD、JS△cpxR/PacrD、JS△cpxR/pcpxR/PacrD),通过测定其β-半乳糖苷酶活性,分析无抗生素诱导和亚MIC庆大霉素诱导下CpxR对acrD启动子转录活性的影响。结果显示,JS、JS/pcpxR和JS/pcpxR*在M9-0.2%甘油(+亚MIC庆大霉素)培养基中的对数生长期生长速率均低于各自在M9-0.2%甘油培养基中的对数生长期生长速率,JS和JS/pcpxR*在M9-0.2%葡萄糖(+亚MIC庆大霉素)培养基中的对数生长期生长速率也低于各自在M9-0.2%葡萄糖培养基中的对数生长期生长速率,但JS/pcpxR在M9-0.2%葡萄糖(+亚MIC庆大霉素)培养基与在M9-0.2%葡萄糖培养基中的生长速率基本一致;另外,亚MIC庆大霉素诱导下JS△cpxR/pcpxR/PacrD的β-半乳糖苷酶活性高于JS△cpxR/PacrD,差异极显著(P0.01),与JS/PacrD的β-半乳糖苷酶活性水平相当。结果表明,在葡萄糖存在的环境中,CpxR的过表达可提高鼠伤寒沙门菌对庆大霉素的抗性,且CpxR对外排泵acrD转录的促进是其发挥对庆大霉素耐药性调控作用的重要机制。     

基于马梨形虫地方虫株EMA和Bc48基因蛋白抗原的间接ELISA检测方法建立及其应用

以筛选马梨形虫地方虫株EMA和Bc48基因最佳抗原蛋白建立间接ELISA检测方法及其临床应用研究为目的,对已构建保存的pGEX4T-1/EMA1、PET-28a/EMA1、PET-28a/EMA2、PET-28a/EMA3、pGEX4T-1/Bc48和PET-28a/Bc48质粒进行优化表达,经KCl方法切胶纯化后作为间接ELISA包被抗原,经表达量、特异性、敏感性、重复性、符合性试验验证,筛选最佳重组抗原蛋白,优化、建立间接ELISA检测方法,并用于临床样品(n=1 584)的抗体检测。结果显示,筛选出的最佳重组抗原蛋白为GST-EMA1和His-Bc48,其可溶性蛋白表达量相比之下较高;以GST-EMA1、His-Bc48蛋白作为包被抗原建立的间接ELISA可明显区分马梨形虫标准阴性和阳性血清;阳性血清梯度效价可达1∶800;批内重复率分别为96%和94%;与商品化cELISA试剂盒检测结果的符合率为96%。所检测的血清样品中,新疆昭苏、米泉、富蕴、阿克苏及和静样品混合感染率分别为2.27%,6.90%,1.72%,0.74%和1.18%;不同年龄马匹之间感染存在显著性差异(P=0.0000.05)。试验筛选出GST-EMA1、His-Bc48为最佳抗原蛋白,经临床试验验证所建立间接ELISA检测方法的特异性强和灵敏度高,为后期马梨形虫病血清学诊断用间接ELISA商品化试剂盒研制提供实验材料和技术支持。     

新疆南疆某规模牛场牛传染性鼻气管炎PCR鉴定与分析

本试验对15份疑似感染牛传染性鼻气管炎(IBR)患牛鼻腔分泌物样品提取病毒DNA,以gB基因特异性引物进行PCR扩增,测序、核苷酸同源性分析。结果显示,在15个样品中检测出3个牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)核酸阳性样本,检出率为20%,其中1个样本提交GenBank(KY348790),命名为IBRV-4T3-1,3个IBRV核酸阳性样本之间核苷酸同源性达到99%以上,而与IBRV参考株gB基因核苷酸同源性为88.8%以上,构建的gB基因遗传进化树表明,IBRV-4T3-1与参考株亲缘关系较近,处于遗传进化树中同一分支上,属于α疱疹病毒亚科水痘病毒属(Varicellovirus)牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)。结合发病情况、临床症状,确认疑似患牛感染IBRV。     

藏香猪毕氏肠微孢子虫感染情况和基因分型

采集了青海省和陕西省部分地区共计450份藏香猪新鲜粪便样品,基于小亚基核糖体RNA基因(small-subunit ribosomal RNA,SSU rRNA)的巢式PCR检测样品中毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)的感染情况,并分析其遗传多样性。结果显示,218份样品感染了毕氏肠微孢子虫,总感染率为48.4%(218/450);青海省所调查藏香猪的毕氏肠微孢子虫感染率为65.8%(154/234),显著高于陕西省的感染率29.6%(64/216)(P0.001);4个年龄段间藏香猪毕氏肠微孢子虫感染率差异显著(P0.001),其中哺乳仔猪感染率最高(92.7%),而成年猪感染率最低(9.2%)。序列分析发现,藏香猪存在5个SSU rRNA基因型(Type 1～Type 5),其中Type 1为优势基因型。对218份毕氏肠微孢子虫阳性分离株的多位点序列分型发现,分别有59,26,9和99份样品在MS1、MS3、MS4和MS7基因位点成功扩增,呈现18,4,4和4种单倍型,基于MS1、MS3和MS4等3个基因位点共形成6种多位点基因型(multi-locus genotypes,MLGs)。     

传染性法氏囊病病毒主要结构蛋白VP2、VP1和VP2-VP1串联基因的原核表达及其初步应用

为获得传染性法氏囊病病毒(IBDV)特异性抗体检测用抗原VP2、VP1及VP2-VP1蛋白,分别设计引物扩增IBDV野毒株NN1172的VP2和VP1基因,并扩增VP2和VP1基因中抗原性和亲水性较好的重要区域,通过PCR扩增基因串联方法对截短的VP2和截短的VP1基因进行串联,首次获得VP2-VP1串联基因,并对VP2、VP1和VP2-VP1串联基因进行了原核表达和鉴定。结果成功构建了原核表达载体pET-VP2、pET-VP1和pET-VP2-VP1;诱导表达条件显示,3个重组质粒分别转入BL21菌株后经0.05 mmol/L IPTG诱导表达,分别得到分子量为69、114和63 kDa的VP2、VP1和VP2-VP1重组蛋白,且均以包涵体形式表达,3个重组蛋白分别于诱导后5、3和6 h时表达量最多。Western blot结果显示,表达的VP2、VP1和VP2-VP1蛋白与鸡抗IBDV阳性血清均具有良好的反应原性。以纯化的VP2、VP1和VP2-VP1蛋白作为包被抗原对传染性支气管炎病毒(IBV)、呼肠孤病毒(ReoV)、禽白血病病毒(ALV)和新城疫病毒(NDV)4种阳性血清检测均为阴性,表明所获得的纯化蛋白具有高度的特异性;对免疫了IBD灭活疫苗,IBD基因工程疫苗和IBD弱毒疫苗的商业鸡群进行抗体检测,结果均能显示疫苗免疫后机体抗体水平的变化趋势。本研究表明利用该原核表达系统所表达的3个蛋白均具有良好的免疫反应活性,为IBDV特异性抗体的检测和新型亚单位疫苗的研发奠定基础。     

转Pi9抗稻瘟病基因水稻株系的比较转录组分析

【目的】在转录水平上解析Pi9基因介导的稻瘟病抗性调控机理,为培育抗病水稻品种提供理论依据。【方法】向水稻品种日本晴(NPB)及其转Pi9抗稻瘟病基因株系(NPB/Pi9)接种稻瘟菌。分别于接种后0 h、12 h、24 h、36 h提取叶组织样品,选取12503个水稻基因定制基因芯片,进行水稻基因转录组分析,并通过qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。【结果】NPB/Pi9在接种后12 h、24 h和36 h的基因表达量分别与其接种0 h表达量比较,共检测到7754个差异表达基因;相应地,感病水稻NPB在以上时间点共检测到7385个差异表达基因;在接种后36 h,NPB/Pi9的差异表达基因数目显著多于NPB。比较NPB/Pi9和NPB相同时间点的基因表达量,共获得4065个差异表达基因,其中接种后36 h的差异表达基因显著多于接种后0 h、12 h或24 h。因此,NPB/Pi9的稻瘟病防御反应更强烈。对NPB/Pi9与NPB相同时间点的差异表达基因进行GO和KEGG分析,细胞外区域、植物对刺激应答、转录调控、氧化还原、离子结合、次生代谢和植物激素相关的GO分类在接种后呈显著富集,苯丙氨酸代谢、类黄酮生物合成和植物激素信号途径的KEGG通路在接种后显著富集。与效应分子触发的免疫反应(ETI)相关的水杨酸信号途径、几丁质酶,以及与病原相关分子模式触发的免疫反应(PTI)相关的胞外区域、对刺激的应答、木质素合成等,均在抗感水稻之间差异表达。而且PTI/ETI共有的WRKY转录因子、MAPK激酶、茉莉酸和乙烯信号途径等发生差异表达。综上所述,NPB/Pi9和NPB的差异表达模式与ETI和PTI相关,两者相互联系并在Pi9介导的稻瘟病抗性中发挥作用。【结论】与日本晴比较,抗病基因型NPB/Pi9对稻瘟病防御反应更强烈。转录因子、激酶、NBS-LRR基因、几丁质酶、水杨酸、茉莉酸和乙烯信号途径,以及植物次生代谢在Pi9介导的稻瘟病抗病反应中发挥重要作用。     

非洲猪瘟病毒基因缺失疫苗株的构建和免疫保护特性

以我国首例非洲猪瘟疫情中分离的流行毒株(SY18)为亲本株构建了多基因家族(MGF)基因和CD2v基因缺失的非洲猪瘟病毒基因缺失疫苗候选株,针对基因缺失株的安全性和免疫保护效果进行了特性研究。结果显示,MGF和CD2v双基因缺失株(ASFV SY18ΔMGF/ΔCD2v)对猪安全,接种猪能够100%抵抗亲本强毒株SY18株的攻击,对照猪全部死亡;说明该毒株可作为非洲猪瘟疫苗候选株。     

利用杆状病毒表达系统表达PRV/gE蛋白及间接免疫荧光抗体(IDF)检测方法的建立

为了建立高效灵敏的伪狂犬病病毒(PRV) gE蛋白的间接免疫荧光抗体诊断方法,本研究将PRV/HN/SMX/2012毒株gE蛋白的自身信号肽及胞外域片段克隆到pFastBacHT B载体上,构建重组质粒pFastBacHTB-gE,并转化至大肠杆菌DH10Bac感受态细胞中,经过3次蓝白斑筛选获得含有gE基因的重组杆粒rBacmid-gE。随后,将该杆粒转染至sf9昆虫细胞中,获得重组杆状病毒rAcMNPV-gE。经Western blot和间接免疫荧光实验(IFA)进行鉴定分析,发现重组gE蛋白在sf9细胞中表达。利用该sf9细胞建立检测血清中gE抗体的间接免疫荧光抗体(IDF)方法,通过反应条件的优化发现,将血清和羊抗猪FITC-IgG分别进行1∶40和1∶2 000稀释时所建立的方法能针对血清中gE抗体产生较强的特异性荧光;通过与商业化的ELISA检测gI/gE试剂盒(IDEXX)比较,所建立的检测方法与商业化试剂盒的总符合率为93.18%(164/176),阳性结果符合率93.75%(120/128),阴性结果符合率91.67%(44/48),2种方法存在很强的一致性(Kappa=0.832,CI=95%);-20℃条件下保存2个月的稳定性和重复性良好。