快速STR分型在法医DNA分析中的应用分析

目的 :分析快速STR分型在法医DNA分检验中的应用。方法:回顾性分析90份普通滤纸上血痕样本,对90份样本实施DNA提取、PCR扩增、电泳分析。结果:快速PCR扩增体系Life Pro扩增仪、Veriti扩增仪、9700型扩增仪时间分别为45min、35min、57min,比STR Identifiler试剂检验短;88份获得鲜明的分型图谱,2份无等位基因峰;快速PCR扩增体系与TR Identifiler试剂盒检验的平行对照结果一样。结论:快速STR分型在法医DNA分析中的应用,可缩短扩增时间,提高分型效果。     

基于DNA条形码的红翅大小蠹和黄杉大小蠹分子鉴定

外来有害生物的快速准确鉴定有助于提高口岸检疫效率。红翅大小蠹(Dendroctonus rufipennis)和黄杉大小蠹(D. pseudotsugae)作为大小蠹属的非中国种是我国口岸原木检疫中频繁截获的检疫性有害昆虫。本研究以mtDNA COI基因5′端和3′端序列为标记对红翅大小蠹与黄杉大小蠹的11个样本开展分子鉴定有效性评价。结果显示,当以COI基因5′端和3′端为靶标时,两种大小蠹间的平均遗传距离分别为0.181和0.144,是种内遗传距离的60.3和48倍,且种内、种间遗传距离间无重叠现象,在系统发育树上都能聚为独立的分支,表明mtDNA COI基因5′端和3′端序列均可有效区分红翅大小蠹与黄杉大小蠹。     

利用SNP分子标记构建50份糯玉米自交系DNA指纹库

为构建糯玉米品种DNA指纹库,保护品种资源,利用Illumina公司研发的包含56 110个SNP标记的芯片,对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明:按照SNP标记选用标准,共得到42 406个SNP标记。这些标记的杂合率均值为0.04,SNP缺失率均值为0.01,最小等位基因频率(MAF)均值为0.4,多态性信息含量(PIC)均值为0.38,基因多样性指数均值为0.44。对上述获得的SNP标记设置不同数量位点进行筛选,确定25 000位点为核心标记位点,可用于构建糯玉米自交系DNA指纹库。在25 000位点时,对50份糯玉米自交系进行SNP聚类分析,共将其划分为四大类群,聚类结果与品种系谱来源一致。该研究可为糯玉米品种特异性和一致性的鉴定分析及品种保护工作提供理论指导。     

常熟市玉米地方品种陆市小黄糯分子标记辅助选择的改良

与其他玉米地方品种一样,陆市小黄糯(常熟本地传统糯质玉米品种)个体之间遗传组成和性状都不尽相同,从而影响了该特色农产品的商品质量和产业化开发。采用少代选株自交+株系鉴定筛选+多代去杂繁殖技术、配合基于SSR分子标记技术的DNA指纹图谱建立,使改良后的陆市小黄糯在特异性方面基本完好地保留了原始种质的特征特性,并提升了性状的一致性与稳定性。     

干制羊肉基因组DNA不同提取方法的比较

为了研究干制加工羊肉基因组DNA的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组DNA,并对4种方法提取的羊肉基因组DNA浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比较。结果表明,采用磁珠法提取DNA的效果更好,DNA浓度为118.87 ng·μL^-1,A₂₆₀/A₂₈₀值为1.89,而且此方法具有提取时间短、效率高、污染小等特点。本研究结果为干制加工羊肉基因组DNA的大批量提取和检测提供了参考依据。     

基于MeDIP-seq研究蛋氨酸对巨噬细胞炎症中甲基化水平的影响

本课题组前期已研究表明蛋氨酸(Met)能缓解脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞的炎症反应,但其调控的分子机制尚不明确。本研究旨在从甲基化角度初步探讨DNA甲基化与Met抑制LPS诱导巨噬细胞炎症中分子机制的相关性。应用全基因组甲基化测序技术(MeDIP-seq)检测空白组、LPS组和LPS+Met组细胞的全基因DNA,每组3个重复。结果表明:LPS组甲基化峰(peak)的数量、总长度和覆盖率均高于空白组和LPS+Met组;与空白组相比,LPS组的高甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于低甲基化基因数;与LPS组相比,Met+LPS组的低甲基化基因数在不同基因功能元件上均多于高甲基化基因数。运用GO富集和KEGG分析发现,LPS组与LPS+Met组差异甲基化基因主要富集在单一生物过程(Single-Organism Process)和细胞过程(CellularProcess),信号通路主要富集在Hippo信号通路。本研究为Met调控机体免疫和炎症反应提供一定的科学依据。     

黄瓜种子DNA快速提取新方法及其在SSR检测种子纯度中的应用

研究快速提取黄瓜种子DNA的新方法,目的在于解决多年来无法快速提取黄瓜种子DNA进行种子纯度鉴定这一困扰业界的难题。结果表明:使用该法提取黄瓜种子DNA操作简便,只需简单捣碎,不需研磨,不用离心、沉淀,耗费低;同时不使用有毒试剂,对人体危害较小;提取速度较快。SSR分析结果表明,该法提取的DNA能够满足利用SSR进行种子纯度检测的目的,值得大力推广。