猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

朱鹮全基因组序列图谱绘制完成

日前，西安交通大学和华大基因联合召开新闻发布会，宣布“朱鹮全基因组序列图谱绘制完成”。这是继家鸡基因组、珍珠鸟基因组、火鸡基因组之后，世界上完成的第四个鸟类基因组测序项目和全基因组序列图谱，其对于挽救和保护朱鹦和注释生命现象具有重要科学价值和战略意义。     

马铃薯基因组研究获重大成果

由中国农业科学院科学家带领14个国家的97名研究人员组成的“马铃薯基因组测序国际协作组”经过6年的研究共同完成了马铃薯全基因测序和生物学分析，7月14日，国际权威学术期刊《自然》（Nature）发表了马铃薯全基因组序列图和生物学分析的封面论文。     

半番鸭及番鸭性腺微生物区系差异分析

本研究旨在揭示属间杂交品种半番鸭及父本番鸭性腺样本中微生物物种构成和群落结构的差异。分别采集200日龄雄性番鸭和半番鸭3个性腺组织进行16S rRNA扩增子测序、物种注释以及丰度分析，并进行菌群代谢功能预测。结果表明：变形菌门（Proteobacteria）为鸭性腺中优势菌群，假单胞菌属（Pseudomonas）为优势菌属，假单胞菌科均为优势菌科，双歧杆菌（Bifidobacterium）和小杆菌属（Dialister）分布存在差异，主要差异为双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae）和韦荣菌科（Veillonellaceae）。假杆菌（Pseudarthrobacter）、芽生球菌属（Blastococcus）、粘球菌科（Myxococcaceae）、白头翁科（Trueperaceae）、地嗜皮菌科（Geoderm atophilaceae）等下调（P<0.05），即在半番鸭中低表达，毛螺菌属（Lachnospira）、假心菌科（Pseudonocardiaceae）上调（P<0.05），即在半番鸭中高表达，推测乳酸杆菌科（Lactobacillaceae）和奈瑟...     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本，采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较，各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻，从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌，且分离率差异不大；2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组；3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...     

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘

深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。     

SYNGR2影响猪圆环病毒2型体外增殖的研究

宿主的Synaptogyrin-2(SYNGR2)蛋白影响猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)的感染能力。本研究旨在研究宿主因子SYNGR2对PCV2在细胞水平增殖的影响，并进一步对SYNGR2影响PCV2体外增殖的机制进行探究。本研究利用基因敲除、过表达、定点突变等手段，在PK15细胞上研究SYNGR2基因敲除及其p.Arg63Cys点突变对PCV2增殖的影响。为探究SYNGR2参与PCV2感染的具体机制，作者对SYNGR2基因敲除的细胞及野生型对照细胞进行转录组测序，筛选SYNGR2功能相关的基因及通路，根据差异表达基因进行表达模式聚类分析，并通过实时荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)验证差异表达基因的表达情况。结果显示，SYNGR2基因敲除或p.Arg63Cys点突变显著降低PCV2对PK15细胞的感染能力，对敲除细胞过表达不同基因型的SYNGR2,PCV2的增殖能力均恢复。转录组差异表达基因分析结果显示，SYNGR2的功能主要是参与膜成分及囊泡等被膜细胞器的组成。对差异表达基因肌球蛋白VIIA与Rab互作蛋白(...     

转录组的测序方法及应用研究概述

转录组研究是基因的结构和功能研究的基础,转录组测序技术在近年来取得了很大的进展,被应用到多种动植物中。利用其能够获得大量未知序列的优势,已经被广泛应用到未知基因挖掘、分子调控及相关代谢途径中。该研究主要介绍了转录组研究的方法、转录组测序技术的发展及其在动植物中的重要应用,并讨论其存在的问题及发展趋势。     

草鱼全基因组序列图谱绘制完成

<正>中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员,合作完成了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)基因组序列草图的绘制,相关研究成果在5月4日的《自然·遗传学》杂志上在线发表(The draft genome of the grass carp(Ctenopharyngodon idellus)provides genomic insight into its evolution and vegetarian diet adaptation)。该研究采用鸟枪法测序策略,分别对一尾雌