基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...