中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响

为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响,本试验选取45只SPF级昆明小鼠,分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL,对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL,每天灌胃2次,间隔8 h,连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示,中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数(Chao1和Shannon)呈波动性变化,试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著(P0.01);通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物,在门水平上,有9大优势菌门,其中与对照A组相比,试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低(P0.05);而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加(P0.05;P0.01);在科水平上,有19大优势菌科,其中与对照组相比,试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低(P0.05);在属水平上,有18大优势菌属,其中与对照A组相比,试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低(P0.05),而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加(P0.05)。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长,从而抑制Proteobacteria有害菌的生长,增强糖和脂肪代谢,最终通过改善肠道微生物多样性的结构,使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。     

中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响

为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响，本试验选取45只SPF级昆明小鼠，分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL，对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL，每天灌胃2次，间隔8 h，连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品，从每份样品中提取微生物基因组总DNA，采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示，中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数（Chao1和Shannon）呈波动性变化，试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著（P<0.01）；通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物，在门水平上，有9大优势菌门，其中与对照A组相比，试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低（P<0.05）；而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加（P<0.05；P<0.01）；在科水平上，有19大优势菌科，其中与对照组相比，试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低（P<0.05）；在属水平上，有18大优势菌属，其中与对照A组相比，试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低（P<0.05），而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加（P<0.05）。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长，从而抑制Proteobacteria有害菌的生长，增强糖和脂肪代谢，最终通过改善肠道微生物多样性的结构，使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

灌喂石榴皮瓤提取物对小鼠盲肠菌群结构及多样性的影响

试验旨在研究石榴皮瓤提取物中的鞣花酸对小鼠盲肠菌群多样性的影响,为深层次研究鞣花酸调控肠道菌群的生物学作用提供理论依据。试验选择平均日龄50 d、体重相近(37.31±5.57)g、健康良好的SPF级雄性昆明小鼠30只,随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同基础日粮条件下试验组小鼠灌喂1.5 g/(d·只)石榴皮瓤粗提物,对照组小鼠灌喂相应体积的蒸馏水,进行为期21 d的灌喂试验。试验结束当天,屠宰全部试验小鼠,采集盲肠内容物并检测相关指标。试验结果显示:①在门水平菌群变化中,试验组小鼠肠道中拟杆菌门丰度显著高于对照组,比对照组提高了65.00%(P0.05),且降低了厚壁菌门/拟杆菌门的比值;显著降低了放线菌门的丰度(P0.05)。②在科水平菌群变化中,显著增加了理研菌科的丰度(P0.05);减少了毛螺菌科的丰度,试验组比对照组降低了41.65%(P0.05)。③在属水平菌群变化中,显著增加了拟杆菌属,试验组比对照组增加了96.84%(P0.05);且肠杆菌属试验组比对照组有所减少(P0.05)。④试验组小鼠Shannon、chao1和ACE指数都高于对照组(P0.05);试验组LEfSe分析有差异细菌物种10种,对照组3种。因此,给小鼠灌喂石榴皮瓤提取物能够显著改变小鼠肠道菌群的种类和丰度,并提高物种多样性。     

屎肠球菌NCIMB11181对鼠伤寒沙门菌感染肉鸡生产性能、肠道微生物菌群和血液抗氧化功能的影响

本试验旨在研究饲粮添加屎肠球菌对鼠伤寒沙门菌感染肉鸡的生产性能、肠道微生物菌群和血液抗氧化功能的影响。试验选取432只1日龄罗斯308雄性肉鸡,随机分为4个试验组,每组6个重复,每个重复12只鸡。分别在各试验组基础饲粮中添加0、100、200、300 mg/kg屎肠球菌。在11,12日龄时,各个试验组口服鼠伤寒沙门菌(1×109CFU/m L,1 m L/只鸡)。结果:(1)与无添加组相比,饲粮中添加屎肠球菌可显著提高1~21 d,22~35 d和1~35 d日采食量和日增重(P<0.05);(2)与无添加组相比,添加屎肠球菌可显著降低感染前期有害菌大肠杆菌和沙门菌的数量(P<0.05),能显著提高感染前期和后期屎肠球菌的数量(P<0.05);(3)与无添加组相比,屎肠球菌的添加能显著降低感染前期GSH-Px和MDA含量(P<0.05);在感染后期,屎肠球菌组MDA含量显著降低(P<0.05)。表明饲粮中添加屎肠球菌可以缓解鼠伤寒沙门菌感染导致的肉鸡饲料转化效率下降、肠道菌群失调及机体的氧化应激损伤。肉鸡在沙门菌感染的情况下,饲粮中屎肠球菌的适宜添加剂量为200 mg/kg。     

抗生素对腹泻仔猪肠道微生物及四环素耐药基因的影响

本研究通过16S rDNA高通量测序分析技术及实时定量PCR等方法,结合统计学原理,分析抗生素治疗对腹泻仔猪肠道微生物及四环素耐药基因的影响。在同一栋猪舍同期出生的仔猪中,于10日龄左右随机选取体重3.2 kg左右且连续腹泻2 d以上的腹泻仔猪,采集其粪便样本作为腹泻组。按猪场常规治疗手段对腹泻仔猪用庆大霉素连续治疗3 d,采集治疗后仍腹泻仔猪的粪便样本作为抗生素治疗组。腹泻组与抗生素治疗组各随机选取6个样本进行检测分析。结果显示:与腹泻组相比,抗生素治疗组仔猪肠道菌群的多样性显著降低,拟杆菌属(Bacteroides)、萨特氏菌属(Sutterella)、Butyricimonas等菌属丰度显著升高,普氏菌属(Prevotella)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)等丰度显著减少,tetC、 tetG、tetO、 tetQ基因丰度显著升高,且几种四环素耐药基因与菌群之间具有明显的相关性。综上可知,使用抗生素治疗腹泻会导致仔猪肠道菌群结构发生变化,并增加菌群的抗四环素基因的丰度。     

饲粮精粗比转换下的牦牛粪便菌群区系演替

试验旨在研究饲粮精粗比转换对牦牛粪便微生物分布及功能的影响。选取24头体重接近、健康的3周岁公牦牛,1～60 d饲喂精粗比为30∶70的饲粮（C30组）,61～120 d转换为精粗比为70∶30的饲粮（C70组）。预试期15 d,正式试验期120 d。试验第60 d和120 d,饲喂3～4 h后随机选取6头试验牦牛,采用直肠粪便采样法收集约50 g粪便,通过16S rRNA基因测序技术进行测序,比较分析粪便微生物区系,进行PICRUSt2功能预测。结果显示,两组谱系多样性及多样性指数差异均不显著（P>0.05）。通过PCoA分析发现,两组牦牛的粪便菌群的组成存在明显差异（P<0.05）。在门水平上,C70组中放线菌门（Actinobacteriota）相对丰度显著高于C30组（P<0.05）。在属水平上,C70组中的未分类菌属（unidentified）的相对丰度极显著高于C30组（P<0.01）,未培养细杆菌（uncultured＿bacterium）和罗氏菌属（Roseburia）的相对丰度显著高于C30组（P<0.05）,毛螺旋菌属＿NK3A20＿群...     

鼠伤寒沙门菌烈性噬菌体的分离鉴定与生物学特性

旨在分离鼠伤寒沙门菌烈性噬菌体,为控制该病原菌感染或污染提供生物制剂。以1株从市售散装牛奶中分离到的多重耐药性鼠伤寒沙门菌为宿主菌,采用人工诱导方法,连续1周每日给3只试验鸡饲喂宿主菌悬液,7 d后,采用双层琼脂平板法从试验鸡粪便中分离培养噬菌体,并对其效价、核酸类型、宿主谱、热稳定性与酸碱耐受性以及对鼠伤寒沙门菌感染小鼠的治疗效果进行分析。结果表明：分离到1株鼠伤寒沙门菌噬菌体,命名为KM104。该病毒在体外高效裂解同源宿主菌株及另1株受试鼠伤寒沙门菌,形成清晰透明、直径约1 mm圆形噬菌斑,核酸类型为DNA,基因组约为28 kb,最佳感染比（MOI）为1∶10,对宿主菌感染的潜伏期约为6 min,70 min时效价最高,达4.6×10⁸ PFU·mL^-1,在20~60℃、pH2.0~8.0范围内保持较高的生物学活性,并有效减轻鼠伤寒沙门菌引起的小鼠十二指肠组织损伤。结果提示,噬菌体KM104能在体内外高效裂解鼠伤寒沙门菌,且增殖迅速,对环境适应性强,其耐酸特性利于抵御胃酸的分解,具有应用于生物防治的潜力。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便，基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明，不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长，厚壁菌门的相对丰度逐渐增加，变形菌门的相对丰度逐渐降低；共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势，在18～22岁达最高；Beta多样性结果表明，组间差异大于组内差异，不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌，34...     

高通量测序研究膨化秸秆生物发酵饲料对辽育白牛肠道菌群的影响

为研究膨化秸秆生物发酵饲料对辽育白牛肠道菌群的影响,选用体重相近[(300~350)kg]的健康无疾病的辽育白牛40头(10月龄、无阉割),随机分成4组,分别为:对照组(100%基础精料+黄贮饲料),试验1组(80%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料),试验2组(70%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料),试验3组(60%基础精料+膨化秸秆生物发酵饲料)。试验的预试期30 d,正试期130 d,试验牛自由采食和饮水,每天观察牛群的采食情况及健康状况。试验结束,每组随机选取3头牛进行直肠取粪便,用于肠道菌群的高通量测序分析。结果发现:(1)粪便菌群高通量测序分析发现:在门水平上,拟杆菌门、厚壁菌门为对照组和试验组粪便中的优势菌门。在属水平上,孢杆菌属为粪便细菌中的优势菌属。添加膨化秸秆生物发酵饲料的试验组中分解纤维素的厚壁菌门、梭菌属IV增加,尤其试验2组较对照组差异显著(P0.05),且试验组丁酸产生菌梭菌属Xl Va相对丰度有所提高,但差异不显著(P0.05)。(2)粪便细菌Alpha多样性比较发现:试验组香浓指数(Shannon index)、艾斯指数(Ace index)、赵氏指数(Chao index)与对照组比较呈提高趋势,而辛普森指数(Simpson index)呈下降趋势,表明试验2组牛肠道内微生物多样性提高。     

鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因缺失对小鼠盲肠菌群影响的研究

为探究5’-nucleotidase基因对鼠伤寒沙门菌感染小鼠盲肠菌群的影响，本研究将15只6周龄BALB/c雌鼠随机平均分为对照组、野生株SL1344组和缺失株SL1344Δ5’-nucleotidase组，对照组小鼠灌胃200μL无菌PBS,SL1344组和SL1344Δ5’-nucleotidase组分别灌胃200μL含1.0×10⁶ cfu的菌液。灌胃72 h后剖杀各组小鼠，收集盲肠内容物，采用Illumina Hiseq测序技术测定各组小鼠盲肠样品微生物16S r RNA V3-V4区序列，并比较分析其微生物群落结构、多样性和信号通路富集。结果显示，与对照组相比，SL1344和SL1344Δ5’-nucleotidase组操作分类单元(OTU)以及Alpha多样性指数Chao1和Observed species均下降，Beta多样性分析显示SL1344组部分样品分布偏远，表明SL1344和SL1344Δ5’-nucleotidase感染使小鼠盲肠微生物数目减少，且SL1344对盲肠菌群影响较大。门、纲和属水平微生物种群分析结果显示，与SL1344组相比，...     

牛轮状病毒和志贺菌阳性犊牛腹泻粪便样本中肠道菌群的分析

犊牛感染不同病原所引发的腹泻可导致肠道菌群结构特征的改变。为研究其肠道菌群的多样性，从内蒙古西部地区选取3个规模化养牛场采集新鲜粪便样本38份，其中腹泻粪样30份，健康粪样8份。采用PCR方法进行腹泻相关病原检测后分为3组，分别为健康组(HC)、牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)感染腹泻组(DC＿a)和埃希菌属-志贺菌感染腹泻组(DC＿b)。提取总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3-V4区进行PCR扩增，采用Illumina NovaSeq平台进行测序，对测序结果进行生物信息学分析。结果发现，α多样性指数表明腹泻犊牛与健康犊牛肠道微生物多样性存在差异且DC＿b组α多样性显著低于其余两组(P<0.05);在门水平上，3组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门，但其相对丰度差异显著，DC＿b组厚壁菌门显著降低(P<0.05),放线菌门显著增加(P<0.05);在属水平上，3组的优势菌属不同且相对丰度也有差异。通过PICRUSt2功能预测分析表明，与HC组相比，DC＿a组在甘露糖降解、半乳糖降解、糖和维生素的生物合...     

饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响

本试验采用高通量测序技术,研究饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响。选取36日龄“杜×长×大”仔猪80头,随机分为A、B、C、D组,D组为对照组,饲喂基础饲粮;A、B、C组为试验组,分别在基础饲粮中添加5%、10%、15%的发酵豆粕。试验结束采集4组仔猪的粪便,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其中细菌的16SrRNA基因的V3~V4区序列进行测序。结果表明:1)菌群的平均有效序列数为47218条;在97%的相似水平下共产生了3581个操作分类单元(OTUs);共检测到12个门、21个纲、33个目、64个科、111个属和137个种。2)α多样性指数在各组间均无显著性差异(P>0.05),但B组的Shannon指数最高,菌群最丰富。β多样性分析表明,4组菌群在统计学上存在显著差异(P<0.05),分组效果较好。3)门水平的优势菌为厚壁菌门,科与属水平的优势菌分别为乳酸菌科和乳酸菌属。B组的厚壁菌门相对丰度显著高于D组(P<0.05),乳酸菌属相对丰度显著高于A、D组(P<0.05),但与C组间差异不显著(P>0.05)。4)菌群主要参与的代谢通路为糖类代谢、氨基酸代谢、能量代谢、核酸代谢、辅酶和维生素代谢。除核酸代谢外,其余4种代谢通路中,B组菌群的相对丰度最高并依次为C、A、D组。综上所述,在仔猪饲粮中添加10%的发酵豆粕,能增加肠道菌群的多样性,显著增加肠道中厚壁菌门、乳酸菌科和乳酸菌属等有益菌的相对丰度,维持肠道的健康,促进营养物质的代谢。     

H9N2亚型禽流感病毒感染对小鼠肠道菌群的影响

本研究旨在探究H9N2亚型禽流感病毒（H9N2 AIV）感染对小鼠肠道菌群的影响。选用24只SPF级BALB/c雄性小鼠,随机平均分为对照组和感染组,对照组小鼠鼻腔接种正常尿囊液,感染组小鼠鼻腔接种含有1.2×10⁵ PFU H9N2 AIV的尿囊液。收集对照组小鼠在第0、33天和感染组小鼠在感染后第4、8、21和33天的粪便,提取粪便DNA,并对其进行16S rRNA测序,根据测序结果再进行微生物多样性的生信分析,探究H9N2 AIV感染后小鼠肠道菌群的动态变化。结果表明,对照组小鼠在第0、33天的肠道菌群的alpha多样性和各物种的相对丰度都没有显著差异（P>0.05）;对照组小鼠在第0天和感染组小鼠在感染后第4、8、21和33天的肠道菌群的alpha多样性也没有显著差异（P>0.05）,而其各物种在门水平、属水平以及OUT水平上的相对丰度都存在显著差异（P<0.05）。在门水平上,主要表现为H9N2 AIV感染后小鼠肠道菌群中的厚壁菌门细菌相对丰度先减少后逐渐增多,而拟杆菌门细菌的相对丰度则先增多后逐渐减少。此外,在OUT水平上,进行PCoA分析也显示,对照组小鼠的肠道菌群以及感染组小鼠在感染后第4、8、21和33天的肠道菌群可明显区分开来。综上表明,正常小鼠的肠道菌群在第33天内是稳定的,而H9N2 AIV感染可引起小鼠肠道菌群群落结构发生明显改变,并且在感染33 d后仍未恢复。     

饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

日粮纤维对竹鼠生长及肠道菌群组成的影响

试验旨在研究日粮中纤维对竹鼠生长及肠道菌群组成的影响。选取健康状态良好、体重相近的6只竹鼠,随机分为2组,每组3只。试验组添加含0%竹茎,对照组投喂40%竹茎,试验期为45 d。结果显示,与对照组相比,在门水平上,试验组竹鼠肠道蓝藻菌门(Cyanobacteria)丰度极显著降低(P0.01),而互养菌门(Synergistetes)丰度极显著升高(P0.01);在属水平上,试验组的norank_f_Muribaculaceae丰度极显著低于对照组(P0.01),而Cloacibacillus极显著高于对照组(P0.01),优势菌属发生明显的改变。研究表明,日粮中缺乏竹茎成分使竹鼠肠道菌群多样性降低,破坏竹鼠肠道菌群的平衡,影响营养物质的吸收。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

贝氏隐孢子虫及其与大肠杆菌共感染对雏鸡肠道菌群的影响

为调查贝氏隐孢子虫单独以及与禽致病性大肠杆菌合并感染对雏鸡肠道菌群的影响,将1日龄SPF级雏鸡分为隐孢子虫单独感染组(灌胃隐孢子虫1×10~6个/只)、隐孢子虫和大肠杆菌共感染组(肌注大肠杆菌2×10~6 CFU/只,同时灌胃隐孢子虫1×10~6个/只)与健康对照组,分别于接种后第3、9、15、21和27天采集新鲜粪便,提取DNA后进行16S rRNA高通量测序及生物信息学分析。结果显示,3组雏鸡肠道微生物相对丰度最高的门为厚壁菌门,其次为拟杆菌门和变形菌门。多样性分析表明,2组感染雏鸡的肠道菌群多样性降低,但隐孢子虫单独感染组较共感染组先恢复。从属水平分析发现,与健康对照组比较,共感染组的乳杆菌属丰度明显降低(P0.05),而大肠/志贺菌属则显著升高(P0.05),两者此消彼长。2感染组雏鸡肠道中的布劳特菌属和瘤胃球菌属伴随雏鸡日龄增长呈上升趋势,但相比健康对照组绝对丰度较低。以上结果表明,大肠杆菌的共感染可加剧隐孢子虫感染造成的雏鸡肠道微生物多样性和菌群结构的变化,这可能与采食量的改变以及对免疫力和代谢功能的影响有关。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。