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【目的】采用16S rRNA高通量测序技术来揭露雄性和雌性林麝的粪便菌群的结构和组成。【方法】选取10只雌性和10只雄性林麝作为试验动物,采集其新鲜粪便,提取微生物总DNA,用细菌通用引物PCR扩增16S rRNA的V3~V4区,用Illumina MiSeq测序平台对扩增产物进行高通量测序,用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。【结果】雄性样本、雌性样本分别平均为57 504±8187条、50 190±6963条有效序列。在α多样性分析中雌雄微生物丰富度和多样性在组间均无显著差异(P0.05),但雄性微生物的丰富度、多样性高于雌性。门水平中,Firmicutes,Proteobacteria和Bacteroidetes为雌雄主要3个优势门类,其中Bacteroidetes在雌性所占比例较雄性高。科水平中Ruminococcaceae,Lachnospiraceae和*Clostridiales为雌雄主要3个优势科类,此外雌性含有更多的*Bacteroidales,雄性含有更多的Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae。主成分分析和以偏最小二乘回归的判别模型和菌群代谢功能聚类分析都反映出雌性和雄性存在差异,而且发现雄性的样本重复性好于雌性的重复性,但都存在一定的个体差异。【结论】雄性和雌性林麝粪便中细菌组成成分没有显著差异,但同类细菌在不同个体和分组上存在比例上的高低差异,雄性微生物组成包含更多的潜在致病菌例如Pseudomonadaceae,而雌性微生物包含更多有益菌*Bacteroidales,这可能反映出雄性和雌性对于疾病抵抗能力的不同。 相似文献
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肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)属于肠杆菌科、克雷伯菌属,在人和动物肠道、呼吸道以及水、土壤、林产品和农产品中广泛存在,肺炎克雷伯氏菌作为一种机会致病菌,是目前公认的导致人和动物发病的重要革兰阴性菌。该菌可引起宿主感染肺炎、肝脓肿、脑膜炎、肠炎、子宫炎、乳腺炎及败血症。此外,随着测序技术的发展,全基因组序列分析已经广泛应用于探究肺炎克雷伯氏菌入侵以及抵抗宿主免疫系统引起致病的研究。对肺炎克雷伯氏菌毒力因子荚膜(Capsule)、脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS)、菌毛(Fimbriae)、外膜蛋白(Outer membrane proteins)、铁载体(Siderophores)、尿囊素(Allantoin)代谢相关因子及其基因组学研究进展进行综述,并对肺炎克雷伯氏菌研究中的一些问题进行探讨。 相似文献
84.
85.
林麝粪便细菌多样性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。 相似文献
86.
了解林麝生长激素(GH)基因序列结构特点,为进一步研究GH基因的结构功能遗传变异规律及其与生长性能的关系提供科学依据。根据GenBank上已公布的绵羊全基因组GH基因序列设计合成4对特异性引物,以林麝基因组DNA为模板进行PCR扩增,将所获得的序列拼接,获得林麝GH基因CDS区序列,采用ExPASy等分子生物学工具对林麝GH蛋白的理化性质、二级结构、蛋白功能等进行预测。结果表明,林麝GH基因CDS区全长657 bp(GenBank登录序列号为KU296865),编码218个氨基酸。α-螺旋结构和卷曲结构构成了林麝GH蛋白二级结构的骨架,为跨膜蛋白,同时第1~26位氨基酸为信号肽,第27~218位氨基酸残基为生长激素结构域。进化分析结果表明,林麝与羊的关系最为接近,在分子水平上符合物种进化理论。本研究成功克隆了林麝GH基因CDS区序列,其序列保守性强,为下一步林麝GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。 相似文献
87.
[Objective] The pathogenic Escherichia coli in musk deer was classified at molecular level to provide basic materials for molecular epidemiology of pathogenic Escherichia coli in musk deer. [Method] Plasmids from 24 pathogenic Escherichia coli in musk deer were extracted by the Lysis Triton method, and then identified by single enzyme digestion with three endonucleases of Hind Ⅲ, EcoR Ⅰ and BamH Ⅰ. [Result] The yield rate of plasmids was 91.6%, and 24 pathogenic Escherichia coli in musk deer had the identical or similar plasmid profiles. [Conclusion] Plasmid DNA analysis offers scientific basis for molecular epidemiology of pathogenic Escherichia coli in musk deer in Sichuan Institute of Musk Deer Breeding. 相似文献
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林麝(Moschus berezovxkii Flerov)是一种珍贵的药用动物.1995年在四川某养麝场发生莫尼茨绦虫病流行,患病仔麝死亡率达50%以上,给养麝场造成严重的经济损失.为此,我们于1996~1998年对该病作了专题研究.结果为:①病原种类通过解剖死亡的仔麝尸体及驱虫,获得大量的绦虫虫体,经鉴定均为四川莫尼茨绦虫(Moniezia sichuanensis Wu,1982),感染强度为2~25条.②感染季节与宿主年龄经调查,其感染季节在每年5~10月,以8~9月感染率最高,本病主要侵袭仔麝及育成麝,最低感染日龄仅40d, 相似文献
89.
在实验室内利用平皿药膜法对复合酚、拜虫杀、溴氰菊脂、过氧乙酸、NaOH、新鲜石灰乳共6种消毒、杀虫药物杀灭地螨的药效进行了测定.结果以复合酚杀地螨效果最佳.1:400倍复合酚组:地螨接触药液后48~72h 后死亡率达70%;1:300倍复合酚组:地螨接触药液后6h 出现麻痹,12h 后死亡率为70%,24小时后死亡率达100%. 相似文献
90.
试验旨在研究不同种类树叶饲料对林麝营养物质表观消化率和氮平衡的影响。选取12头年龄相同、体况良好的雄性林麝[体重(8.0±0.5) kg],随机分为6组。试验采用6×6拉丁方设计,整个试验期为84 d,共分为6期,每期14 d(预试期11 d,正试期3 d),按照树叶饲料种类分为青皮藤组、桑树叶组、三角枫叶组、榆树叶组、苦楝树叶组及以上树叶等比混合的混合叶组,共6组。结果表明:(1)桑树叶组基础饲粮和树叶采食量与其他组差异不显著(P>0.05);桑树叶组日粮采食总量显著低于混合树叶组(P<0.05),但与其他组差异不显著(P>0.05)。(2)日粮粗蛋白(CP)、粗灰分(Ash)、钙(Ca)、碳水化合物(CHO)、总能(GE)、中性洗涤纤维(NDF)表观消化率以桑树叶组较高(P<0.05)。(3)桑树叶组沉积氮和氮利用率较高(P<0.05)。由此可见,林麝以桑树叶为粗饲料时日粮表观消化率和氮利用率较高。 相似文献