湟中县奶牛布病检测及流行趋势分析

布鲁氏杆菌病（简称布病）是一种人畜共患传染病,此病流行较广,青海省湟中心县在2001年12月21日通过省级验收布病达到“稳定控制区”标准。但随着奶牛业在全县迅速发展,奶牛交易流通的增加,及奶产品在人们饮食结构中的比例越来越大,奶牛的布病发病率已在悄然上升。为了掌握湟中县布病是否存在,我们在近五年对奶牛的布病流行情况进行分析。     

西藏小型猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系.结果显示,两藏小型猪线粒体DNAD-loop区分3个区域.串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B 2种类型.3'端340 bp,与国内其他猪种的序列相同,比较保守;D-loop 5'端704 bp,共有22个变异位点.由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有2种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%.根据3个转换位点:305、500、691,将西藏小型猪分成了2组,几乎与串联重复序列所分的A、B 2组类型相对应.与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5'端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有1个类型.说明西藏小型猪可能有2个母系祖先,并且与我国西南地区的猪种有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记.     

3种鼢鼠线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR 产物直接测序法测定了3种鼢鼠Mospalax spp.18个个体的线粒体控制区(Control region)核苷酸全序列,并进行了结构分析。通过与仓鼠亚科其他啮齿动物的控制区序列进行比较,将鼢鼠的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域。同时识别了鼢鼠中一系列保守序列,并给出了它们的一般形式。选用普通田鼠Microtus rossiaemeridionalis、褐家鼠Rattus norvegicus、小家鼠Mus musculus、鼹鼠Nannospalax ehrenbergi为外类群,采用NJ和UPGMA法构建分子系统发育树。结果显示：鼢鼠中控制区基因适于系统发育分析,根据分子系统学、形态学的结果初步认为高原鼢鼠M.baileyi和甘肃鼢鼠M.cansus达到了种级地位。     

美国红鱼细胞色素b基因和控制区基因序列的初步分析

采用PCR技术扩增了美国红鱼线粒体DNA的细胞色素b和控制区基因片段,PCR扩增产物直接测序,分别得到1140bp和623bp的核苷酸序列。将所得序列与从Genbank中查到的美国红鱼序列进行比较,分析了序列中碱基的组成及变异情况,为美国红鱼的合理开发利用及养殖发展规划的制定提供遗传学数据,为保护中国海域生物种质资源多样性提供科学依据。     

长江下游铜鱼线粒体DNA（mtDNA）遗传多样性的PCR-RFLP分析

对长江下游铜鱼线粒体DNA控制区（D-Loop区）和细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,扩增片段用10种限制性内切酶酶切。PCR-RFLP研究结果表明,D-Loop区和Cytb基因均未表现出个体之间的长度变异现象。10种核酸内切限制酶中,有2种对Cytb基因有酶切位点,有3种对D-Loop区有酶切位点。有酶切位点的5种限制性内切酶共检测到3种线粒体DNA单倍型。在Cytb基因检测到铜鱼个体间的变异,在D-Loop区没有检测到铜鱼个体间的变异。长江下游铜鱼线粒体DNA单倍型多样性指数（h）为0.6071,线粒体DNA遗传多样性较低。     

基于线粒体控制区序列的南海北部近岸鯻的遗传多样性

80尾鯻(Therapon theraps)样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性(0.986±0.007)和核苷酸多样性相对较低(0.009±0.000),其中陵水群体核苷酸多样性最高(0.010),碣石、阳江、东兴群体最低(0.008)。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数(Fst)为–0.017 5~0.008 9(P0.05),基因流(Nm)值为–14.54~27.84;海南岛临高和陵水群体间Fst为–0.046 0(P0.05),Nm为–5.68,表明大陆沿岸群体内部和海南岛群体内部都无明显分化;但海南岛与大陆群体间的Fst为0.061 6~0.135 3(P0.05),Nm为1.87~3.81。分子方差分析显示,大陆沿岸群体和海南岛群体间分化极显著(FCT=0.100 7,P=0.000 0),可能是受大陆与海南岛分离形成的琼州海峡,全年余流方向总趋势是由东向西,且强度较高的影响。南海北部近岸鯻可作为2个管理单位进行保护,建议优先保护陵水群体。单倍型简约性网络图呈非典型的星状分布,中性检验Fu’s Fs为显著负值且核苷酸不配对分析为单峰分布,表明历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代为晚更新世(3.62万年前),扩张后的有效群体大小约为扩张前的8.7×106倍,可能是受到海退缩减和海侵扩张的影响。     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

凡纳滨对虾亲本和子一代群体的线粒体DNA遗传特征研究

对凡纳滨对虾亲本和子一代进行线粒体控制区扩增,经测序共获得53个样本(亲虾15个,子一代38个)的线粒体D-loop区序列,长为530 bp,序列有24个变异位点,总变异为4.53%,1个插入和(或)缺失位点,共13种单倍型,13个单倍型T、C、A、G的平均含量分别为48.8%、10.6%、33.6%和7.0%,(A+T)%为82.4%,远大于(G+C)%的17.6%。亲本群体与子一代群体碱基含量相同,没有差异。凡纳滨对虾亲本15个个体有5个单倍型,单倍型多样性为0.695,核苷酸多样性为0.010 26,子一代单倍型多样性为0.772,核苷酸多样性为0.01038。凡纳滨对虾亲本群体与子一代群体的遗传距离为0.001,其中亲本群体内个体间的平均遗传距离为0.0145,子一代群体内平均遗传距离为0.0120。亲本和子一代间的遗传分化系数为-0.036 44,AMOVA分析显示,变异主要来自于群体内,亲本与子一代间无分化。     

基于线粒体控制区序列的南海圆舵鲣种群遗传结构分析

利用线粒体控制区(D-loop)高变区序列作为遗传标记,分析了中国南海5°N~21°N之间7个圆舵鲣(Auxis rochei)地理群体的遗传结构特征。201尾样本的D-loop区序列共检测到185种单倍型。各个采样点均呈现出很高的单倍型多样性(0.958 2~1.000 0)和较高的核苷酸多样性(0.034 327~0.041 235)的特征。单倍型邻接关系树未呈现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析和成对遗传分化系数(FST)显示南海海域圆舵鲣的遗传变异主要来自群体内(98.33%),群体间基因交流频繁,是一个随机交配群。核苷酸不配对分布和中性检验表明南海圆舵鲣在更新世晚期曾经历过种群的快速扩张。结果表明,南海圆舵鲣具有丰富的遗传多样性水平,遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。