大豆Abhydrolase_3基因家族进化分析

异黄酮是大豆的重要次生代谢物,参与植物与微生物互作。2-羟基异黄酮脱水酶(hydroxyisoflavanone dehydratase,HID)催化2-羟基异黄酮形成稳定的异黄酮。HID属于Abhydrolase_3基因家族,该基因家族具有多种功能,但该基因家族在大豆中的进化模式尚待研究。为了研究Abhydrolase_3基因家族在大豆中的进化模式,本文在大豆基因组中鉴定了62个Abhydrolase_3基因,串联和片段复制是该基因家族主要扩增方式。根据系统进化关系,将大豆Abhydrolase_3基因家族划分为8个亚家族,其中HID所在的亚家族I基因数量最多,并发生多次基因扩增事件。对大豆Abhydrolase_3基因家族结构分析表明,不同亚家族具有不同的基序。多态性分析表明,亚家族Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ具有较高的核苷酸差异,并受到放松的自然选择。基因表达分析表明,除了亚家族II和IV外,其它亚家族的基因在大豆不同组织中有较高表达;亚家族Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ基因受病原菌诱导表达。结果说明HID所在的亚家族I存在基因扩增和功能分化,与病原菌互作相关的基因具有较高的遗传多样性并受病原菌诱导表达。     

全基因组重测序及其在动物育种的研究进展

随着生物科学技术的发展以及基因研究的深入,越来越多地使用全基因组测序和高通量测序技术,以期在全基因组水平上找到与疾病或动植物复杂性状有关的遗传变异,分析个体或群体之间的基因序列差异或结构差异,检测范围广、效率高、准确度高。本文就全基因组重测序的主要内容和研究进展加以综述。     

4个国外接骨木属种质资源引种与生物学特性研究

为探讨4个接骨木品种在河南省郑州地区的引种表现及适应性,2015—2019年定期观测引种的‘金叶’、‘金羽’、‘花叶’、‘紫云’4个国外接骨木品种,采用层次分析法进行性状评价。研究结果表明,露地栽培中,引种的4个接骨木品种均可在郑州地区正常生长、开花、结果。4个接骨木品种均生长健壮,枝繁叶茂,花期较长,较耐低温。以观赏性、适应性、生长特性权重分配分别为0.4、0.3、0.3进行综合分析评价,综合分值表现为‘金叶’接骨木>‘花叶’接骨木>‘金羽’接骨木>‘紫云’接骨木。由此可见,4种接骨木均具有较高的观赏价值和适应性,可广泛用于郑州地区城市园林绿化和美化。     

三坊七巷小黄楼庭院空间的气候适应性模拟

为探究植被对人体舒适度的影响及庭院在极端季的微气候环境,文章以福州古典园林典型庭院小黄楼东花厅为研究对象,运用ENVI-met建立实际模拟和仅乔木模拟两种方案进行对比研究,并对实际方案进行量化模拟研究。结果表明:1)当乔木覆盖率达40%时,从时间和空间维度,两种方案的PMV值拟合度均较高,此时乔木对人体舒适度有强烈影响;2)夏季9∶00-17∶00,冬季9∶00前、17∶00后游人不宜长时间在室外活动,应适当调整小黄楼这类庭院的开放时间,如延长夏季开放时间;3)应加大对传统庭院与建筑的宣传保护力度,适当开展戏曲、灯展等文教活动,弘扬传统文化;或将庭院景观与灯景结合,提升景观观赏价值。     

陇东旱塬区复种不同藜麦品种(系)的适应性初步评价

为分析不同藜麦品种(系)在陇东雨养地区夏播复种的生态适应性,以12个藜麦品种(系)为材料,对其物候期、农艺性状、经济性状、品质性状等指标进行考察,采用相关性分析、主成分分析和聚类分析法对其适应性进行综合评价。结果表明:供试的12个藜麦品种(系)除LY-2无法复种成熟外,其余的11个品种(系)均能完成生育期;对其19个性状进行相关性分析表明,单位面积籽粒产量与单株粒质量和千粒质量呈极显著正相关(P0.01),而与根倒率、茎倒率呈极显著负相关(P0.01);株高与千粒质量呈极显著正相关(P0.01),籽粒粗蛋白和淀粉分别与籽粒直径和千粒质量呈极显著正相关(P0.01);对其15个性状指标进行主成分分析和聚类分析,对提出的5个主成分累计贡献率达85.04%,根据综合得分,筛选出适应性最好、得分最高的2个品种(系)‘陇藜4号’和‘Q2’;聚类分析表明,11个藜麦品种(系)系统聚为3大类型,各品种(系)间性状与遗传距离方面存在较大差异,其中第三类产量最高,第二类有矮秆、早熟等特性,可根据生产需要和育种目标进行综合考虑。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种，从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位，对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689)，主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分，基因排列紧密。除控制区，共存在37个编码基因，有9个基因由轻链（L链）编码，其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中，除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外，其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3），其中，CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列，CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树，结果表明福建黄兔起源于穴兔，支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

辣椒HD-Zip基因家族鉴定、系统进化及表达分析

【目的】鉴定辣椒HD-Zip基因家族,并利用生物信息学方法系统分析其在基因组中的分布、基因结构、进化分化特征及在不同组织中的时空表达特异性,解析该家族的进化特征及生物学功能。【方法】根据已报道及PlantTFDB数据库中的拟南芥HD-Zip序列,利用本地BLAST工具在我国辣椒测序品种‘遵辣1号’基因组中比对,并利用Pfam、SMART工具进一步验证。采用EMBOSS Programs、MEGA、GSDS、MEME、MCScanX、OrthoMCL、Circos等软件预测辣椒HD-Zip基因家族成员蛋白理化性质,构建系统进化树,定位染色体,分析基因结构、基因复制类型及直系、旁系同源基因。基于GEO数据库,运用R软件、本地perl语言及Cytoscape分析辣椒HD-Zip组织表达差异并绘制共表达网络。【结果】本研究在‘遵辣1号’基因组中鉴定获得42条辣椒HD-Zip,命名为CaHDZ01—CaHDZ42。CaHDZs长度跨度较大,70% CaHDZ蛋白的pI小于7.0。除CaHDZ42,其余基因不均匀地分布在12条染色体上,部分基因为片段复制。该基因家族可分为4个亚族,分别含有18、9、5、10个HD-Zip,基因结构及蛋白结构域差别显著。辣椒、番茄和拟南芥3个物种中的直系同源基因对数目大体相同,但同为茄科的辣椒和番茄之间的稍多;辣椒中的旁系同源基因少于番茄和拟南芥,说明辣椒基因组的倍增事件并没有使CaHDZs明显扩增。对无油樟、水稻、玉米、番茄、马铃薯、辣椒‘CM334’、辣椒‘Zunla-1’、毛果杨、葡萄以及拟南芥9个代表物种的HD-Zip进化特征分析结果表明,从被子植物开始,HD-Zip基因家族就稳定存在4个亚族。推测在形成4个亚族前,HD-Zip分为两组,其中一组分化成I和II亚族,而另一组则分化成为III和IV亚族。CaHDZs在根、茎、叶、花芽、花和果实不同发育时期的表达模式分析结果显示,4个亚族具有不同程度的表达趋势。其中I亚族基因在辣椒不同组织中的表达量均较高,且不同成员间表达模式不同,CaHDZ22在茎中的表达最高,表明该基因可能对辣椒茎的生长有重要作用。II、III和IV亚族基因在不同组织中的表达量相对较低,但部分基因在特定组织中具有较大的表达量。如CaHDZ34在辣椒果实成熟后期具有较大高的表达量,CaHDZ02和CaHDZ28在果实膨大时表达较高,CaHDZ04在果实成熟前期具有较高的表达量。CaHDZs表达网络中有33对基因表达趋势的相关系数（PCC）大于0.8,6对大于0.9,表明CaHDZs协同调控了辣椒的生长发育,不同亚族之间也具有协同性。【结论】在‘遵辣1号’基因组中鉴定获得42条CaHDZs,可分为4个亚族,不同亚族的基因结构、蛋白保守结构域及表达模式不同。在进化过程中,辣椒HD-Zip保守性高,数目没有明显扩增,I和II亚族、III和IV亚族关系更近。CaHDZs具有组织表达差异性,协同调控了辣椒的生长发育。     

茴鱼属鱼类分类地位和分子系统发育研究现状

茴鱼属Thymallus鱼类主要分布于欧洲、北美洲及亚洲北部,是渔业价值较高的珍稀名贵冷水性鱼类。本文通过综述茴鱼属鱼类分类学地位、分类及命名的混乱、分子系统发育学等的研究现状以及保护遗传学研究进展,分析当前茴鱼遗传学研究存在的问题,提出解决途径,为该属鱼类的深入研究和自然资源保护提供参考。