三个群体罗氏沼虾线粒体COI基因的遗传多样性分析

运用PCR方法,扩增罗氏沼虾缅甸原种F1代、广西选育群体和江苏养殖群体的线粒体DNA上的细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因,在此基础上选用10种限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态(RFLP)分析。三个群体共发现2个多态位点,11种酶切图谱,3种基因型。三群体的多态座位比例、平均杂合度和基因型多样性指数分别为:缅甸原种F122.2%、0.0556、0.0472,广西选育群体22.2%、0.0400、0.0398,江苏养殖群体11.1%、0.0106和0.0083,群体间遗传差异未见显著。根据群体间遗传距离构建UPGMA聚类关系图,显示广西选育群体和江苏养殖群体间的遗传关系较近,而与原种F1群体的遗传关系较远。     

努比亚山羊脂肪和肥胖相关蛋白基因克隆分析及真核表达载体构建

研究旨在对努比亚山羊脂肪和肥胖相关蛋白（fat mass and obesityassociated protein,FTO）基因进行克隆和分析,并构建其真核表达载体。取努比亚山羊背最长肌组织作为试验材料,采用RT-PCR扩增出FTO基因的编码区,测序鉴定后对得到的序列用相应的分析软件进行生物信息学分析,然后将FTO基因片段与pMD19-T载体连接后转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,构建pMD19-T-FTO载体,测序正确的重组质粒双酶切后,连接pEGFP-N1载体构建pEGFP-N1-FTO真核表达载体,然后转染3T3-L1细胞,培养48 h后,在荧光显微镜下观察细胞表达荧光的情况。结果表明,试验成功克隆了努比亚山羊FTO基因的编码区,序列长度为1 518 bp,编码505个氨基酸,分子质量为57 142.24 u。努比亚山羊FTO基因编码区序列与NCBI上公布的山羊、牛、绵羊、猪、原鸡、小鼠的相似性分别为98.7%、96.4%、98.3%、87.2%、64.3%、81.7%,该基因系统进化树分析显示,努比亚山羊与山羊遗传距离最近,与原鸡遗传距离最远,在不同物种中具有高度保守性。努比亚山羊FTO蛋白二级和三级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。构建的真核表达载体pEGFP-N1-FTO转染3T3-L1细胞48 h后,在显微镜下观察到绿色荧光的表达,说明FTO基因真核表达载体构建成功。本试验构建努比亚山羊FTO基因真核表达载体,其在3T3-L1细胞中成功表达,为以后研究FTO基因与山羊脂肪代谢的相关性奠定基础。     

高产荷斯坦奶牛体内胚胎生产技术的初步研究

对荷斯坦奶牛超排技术环节中的影响因素进行初步探讨,结果发现,青年荷斯坦奶牛进行超排处理也可获得较好的结果;在广西炎热的7~9月份也可进行超排处理,可回收胚胎(8.4±3.8)枚/头,超排结果与其他季节差异不显著;进行荷斯坦奶牛重复超排的时间间隔可缩短到25~30 d。     

马生长激素基因多态性与体尺指标之间的关联性分析

为研究广西德保矮马、百色马和新疆伊犁马的生长激素(GH)基因多态性与体尺指标之间的相关性,本实验利用PCR-SSCP技术分析3个品种277匹马GH基因5′侧翼区、第3外显子、第4外显子、第5外显子的遗传多态性。结果表明:只有GH基因第5外显子出现多态性,表现为AA、BB和AB 3种基因型,其他片段未发现多态性。群体遗传学分析表明,等位基因A和B的基因频率相等;Hardy-Weinberg平衡检验显示,3个品种马均处于非平衡状态;它们的多态信息含量均为中度多态。统计分析表明,GH基因第5外显子的基因型与3个品种马体尺指标之间无显著相关性。     

努比亚山羊BMPR-IB基因多态性与其产羔性状的关联分析

[目的]明确努比亚山羊骨形态发生蛋白受体-IB(BMPR-IB)基因多态性与其产羔性状的关联,为山羊育种寻找新的遗传分子标记.[方法]采用DNA池结合PCR产物直接测序技术检测努比亚山羊BMPR-IB基因全部编码区的变异情况,以时间飞行质谱列阵技术对候选SNP位点进行基因分型,并分析BMPR-IB基因多态性与产羔性状(产羔数、初生重和断奶重)的关联性.[结果]努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位存在A→G碱基突变,内含子1第1664位和内含子9第11344位处存在G→A碱基突变.3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th)存在3种基因型(GG型、GA型和AA型),对应的多态信息含量(PIC)分别为0.37、0.11和0.37,其中Intron11664th位点的基因频率和基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P?0.05),5'UTR 469th和Intron911344th位点则处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).关联分析结果表明,努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位碱基由A→G,其GG型母羊比AA型母羊的产羔数和子代平均初生重有所减少,但子代平均断奶重增加;内含子1第1664位碱基由G→A,其GA型母羊比GG型母羊的产羔数和子代平均初生重均有所增加,但子代平均断奶重减轻;内含子9第11344位碱基由G→A,其AA型母羊比GG型母羊产羔数少,但子代平均初生重和平均断奶重均增加.可见,努比亚山羊BMPR-IB基因的3个SNP位点对其产羔性状均无显著影响(P>0.05).[结论]努比亚山羊BMPR-IB基因存在3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th),但对努比亚山羊产羔性状影响不显著,说明BMPR-IB基因对山羊的产羔性状具有一定种属特异性.     

奶水牛体型线性性状与其第一胎305 d产奶量的相关与通径分析

对广西水牛研究所共84头奶水牛的体型线性性状与其第一胎305 d产奶量进行相关与通径分析。结果显示:奶水牛体型线性性状中,尻长与摩拉水牛、尼里-拉菲水牛、三品杂水牛等三个品种奶水牛的第一胎305 d产奶量均有较强的相关,分别是0.3141、0.3343和-0.2184;此外,摩拉水牛的体高(-0.3410),尼里-拉菲水牛的后房高(0.3847)、后房宽(0.4750),三品杂水牛的后房高(-0.2852)、乳房深(0.2662)与其对应的第一胎305 d产奶量有较强的相关。结果表明:奶水牛体型线性性状与其第一胎305 d产奶量存在一定的相关,但其影响在不同品种间有很大的差异;结果也可能表明对奶水牛体型线性性状的选择标准和要求不同于普通奶牛。     

广西巴马小型猪全身CT影像学观察

[目的]获取正常形态下广西巴马小型猪心血管系统、运动系统、呼吸系统、中枢神经系统和泌尿系统的电子计算机断层扫描(CT)影像图谱及各组织器官的测量数据,为广西巴马小型猪影像数据库建立及其后续研究提供参考依据.[方法]选取10头健康合格的12月龄广西巴马小型猪,公母各半,全身麻醉后置于CT诊断台上,采用头前尾后俯卧姿势,腹部正中矢状面垂直于扫描床平面并与床面长轴的中线重合,从头顶至足部连续进行扫描,并采用多平面重建(MPR)、最大密度投影(MIP)和容积再现技术(VR)等观察分析广西巴马小型猪各系统的解剖关系.[结果]将广西巴马小型猪原始容积数据进行图像重组,即可获得心血管、运动、呼吸、中枢神经和泌尿系统等五大系统的三维重建图像,同时测量获得各系统主要组织器官的相关数据,且发现公猪和母猪间差异不显著(P>0.05);但在获得的广西巴马小型猪CT影像图谱中肌肉、细小血管及神经等显示并不清晰,无法测量,致使各系统中的组织器官测量数据并不完全.[结论]通过CT技术对正常形态下的广西巴马小型猪进行全身影像观察及各组织器官数据测量,可实现不用屠宰解剖(活体)即能观察其内部结构,使广西巴马小型猪解剖学及疾病模型应用更直观.     

努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

【目的】试验旨在克隆努比亚山羊解偶联蛋白-1(uncoupling protein-1,UCP1)基因并进行生物信息学分析,检测其在努比亚山羊不同组织中的表达差异,为研究努比亚山羊UCP1基因功能及进一步解析其在脂肪代谢中的调节作用提供数据。【方法】以努比亚山羊皮下脂肪组织cDNA为模板,采用PCR扩增并克隆UCP1基因CDS区序列后,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建,并对UCP1蛋白进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR方法检测UCP1基因在努比亚山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、皮下脂肪、腹脂中的相对表达量。【结果】努比亚山羊UCP1基因CDS区全长918 bp,编码305个氨基酸。相似性比对发现,努比亚山羊UCP1基因氨基酸序列与绵羊、瘤牛×普通牛、水牛、羚羊、马鹿、双峰驼、驴、大熊猫、人的相似性分别为98.1%、97.0%、96.5%、96.1%、95.8%、91.0%、87.0%、86.5%和83.8%。系统进化树表明,努比亚山羊与绵羊亲缘关系最近,与人的亲缘关系最远。生物信息学分析表明,努比亚山羊UCP1蛋白的分子质量为32.97 ku,等电点为9.29,属于碱性蛋白;UCP1蛋白缺乏稳定性,总平均亲水性为0.20,具备一定亲水性;脂溶性系数为91.70,跨膜螺旋氨基酸残基数量的预测值为15.94,前60个氨基酸的跨膜螺旋数预测值为8.76,位于膜细胞质侧的总概率为29.03%,属于非分泌蛋白;UCP1蛋白二级结构由α-螺旋(48.85%)、无规则卷曲(27.54%)、延伸链(16.39%)、β-转角(7.21%)构成;UCP1蛋白含有28个磷酸化位点、5个O-糖基化位点及2个N-糖基化潜在位点。实时荧光定量PCR结果显示,UCP1基因在努比亚山羊皮下脂肪中表达量最高,显著高于其他组织(P＜0.05);在背最长肌中表达量最低。【结论】试验成功扩增UCP1基因CDS区序列,UCP1是一个缺乏稳定性、亲水的碱性蛋白;UCP1基因在努比亚山羊各组织中均有表达,且主要在皮下脂肪及脾脏中表达。结果为后续开展UCP1基因在脂肪产热供能中的机制研究提供了理论依据。     

巴马香猪CIDEa基因克隆及组织表达分析

本试验旨在对巴马香猪CIDEa基因序列进行克隆,预测其蛋白结构和功能,并进行组织表达分析。根据NCBI已经公布猪的CIDEa基因序列(登录号:NM_001112696.2),利用Oligo 7.0软件设计引物,采用RT-PCR法扩增并克隆巴马香猪CIDEa基因序列,利用生物信息学软件分析其核苷酸序列及编码蛋白的疏水性、理化性质、跨膜结构域、二级结构、三级结构及互作蛋白,并采用实时荧光定量PCR方法检测CIDEa基因在巴马香猪皮下脂肪、肝脏、肾脏、肺脏、脾脏、背最长肌及心脏的表达规律。结果显示,试验成功获得巴马香猪CIDEa基因CDS区序列,全长660 bp,编码219个氨基酸,与GenBank中猪、牛、马、犬、人、猕猴和家鼠的核苷酸相似性分别为99.4%、84.7%、81.5%、80.9%、79.7%、78.9%和76.1%。与GenBank中野猪CIDEa基因核苷酸序列比对发现,发生4处碱基突变,其中A609G和T627C位点为同义突变,C173T(Pro→Leu)和C631T(Arg→Cys)位点为错义突变。巴马香猪CIDEa蛋白分子质量为24 483.57 u,等电点为9.48,不稳定指数为52.86,属于不稳定蛋白;该蛋白中亮氨酸(Leu)含量最高(13.2%),色氨酸(Trp)含量最低(0.5%)。巴马香猪CIDEa蛋白为膜外亲水性蛋白,包含1个超家族结构域(CIDE-N)。二级结构预测发现,巴马香猪CIDEa蛋白包含α-螺旋(45.66%)、β-转角(5.94%)、延伸链(14.61%)和无规则卷曲(33.79%),三级结构预测结果与二级结构一致。蛋白互作分析结果表明,巴马香猪CIDEa蛋白与PPARG、PPARGC-1、COX8H、PRDM16、DIO2、TMEM26、ELOVL3、COX7A1、CIDEC、DFFB蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,CIDEa基因在巴马香猪皮下脂肪中表达量最高,且显著高于其他组织(P<0.05),心脏中表达量最低。研究结果为进一步探讨CIDEa基因对巴马香猪脂肪沉积的调控机制提供理论依据。     

努比亚山羊KISS1基因多态性与繁殖性状的关联分析

【目的】明确转移抑制素基因（KISS1）多态性与努比亚山羊繁殖性状（产羔数、初生重和断奶重）的关联,为进一步展开山羊分子标记辅助选择育种提供参考依据。【方法】利用DNA混合池结合Sanger测序筛选出努比亚山羊KISS1基因SNP位点,再通过MTA-Seq测序对355只努比亚山羊群体进行SNP位点的基因分型,并采用SAS 9.2的一般线性模型（GLM）对KISS1基因SNP位点与努比亚山羊的产羔表型性状进行关联分析。【结果】在努比亚山羊KISS1基因内含子1发现2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）。其中,g.1341600A>G位点处于中度多态（0.25P_HWE>0.05）;而g.1341674C>G位点处于低度多态（PIC<0.25）,已偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P_HWE<0.05）。g.1341600A>G位点GG和AG基因型个体的第一胎、第二胎及三胎联合产羔数均高于AA基因型个体,且在第一胎达显著水平（P<0.05,下同）;g.1341674C>G位点CC基因型个体则表现为第一胎、第三胎及三胎联合产羔数均高于GG基因型个体,同样在第一胎达显著水平。g.1341674C>G位点GG基因型个体的第一胎、第三胎及三胎联合羔羊初生重均高于CC基因型个体,且在第三胎达显著水平;g.1341600A>G位点不同基因型与努比亚山羊各胎次羔羊初生重无显著关联（P>0.05,下同）。在羔羊断奶重方面,2个SNP位点不同基因型与努比亚山羊各胎次断奶重也无显著关联。g.1341600A>G位点和g.1341674C>G位点可形成连锁不平衡单倍型模块,其中GC、AC、AG单倍型的频率分别为0.645、0.265和0.090;单倍型模块与第一胎产羔数显著关联,AACC组合型产羔数显著低于其他组合型。【结论】努比亚山羊KISS1基因内含子1存在2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）与其繁殖性状相关,其中g.1341600A>G位点的A等位基因和g.1341674C>G位点的C等位基因可作为努比亚山羊选育的潜在分子标记,且在今后的育种过程中应淘汰KISS1基因AACC组合型母羊。