努比亚山羊BMPR-IB基因多态性与其产羔性状的关联分析

[目的]明确努比亚山羊骨形态发生蛋白受体-IB(BMPR-IB)基因多态性与其产羔性状的关联,为山羊育种寻找新的遗传分子标记.[方法]采用DNA池结合PCR产物直接测序技术检测努比亚山羊BMPR-IB基因全部编码区的变异情况,以时间飞行质谱列阵技术对候选SNP位点进行基因分型,并分析BMPR-IB基因多态性与产羔性状(产羔数、初生重和断奶重)的关联性.[结果]努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位存在A→G碱基突变,内含子1第1664位和内含子9第11344位处存在G→A碱基突变.3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th)存在3种基因型(GG型、GA型和AA型),对应的多态信息含量(PIC)分别为0.37、0.11和0.37,其中Intron11664th位点的基因频率和基因型频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P?0.05),5'UTR 469th和Intron911344th位点则处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).关联分析结果表明,努比亚山羊BMPR-IB基因5'UTR第469位碱基由A→G,其GG型母羊比AA型母羊的产羔数和子代平均初生重有所减少,但子代平均断奶重增加;内含子1第1664位碱基由G→A,其GA型母羊比GG型母羊的产羔数和子代平均初生重均有所增加,但子代平均断奶重减轻;内含子9第11344位碱基由G→A,其AA型母羊比GG型母羊产羔数少,但子代平均初生重和平均断奶重均增加.可见,努比亚山羊BMPR-IB基因的3个SNP位点对其产羔性状均无显著影响(P>0.05).[结论]努比亚山羊BMPR-IB基因存在3个SNP位点(5'UTR 469th、Intron11664th和Intron911344th),但对努比亚山羊产羔性状影响不显著,说明BMPR-IB基因对山羊的产羔性状具有一定种属特异性.     

山羊FN1基因InDel位点鉴定及其与生长性状的关联性分析

【目的】转录组候选基因纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)对于骨分化、骨形成和骨细胞迁移起关键作用。对FN1基因预测突变位点进行DNA池检测，并与山羊生长性状进行关联分析，以期为山羊的遗传育种和性状改良提供分子标记。【方法】利用DNA池检测和PCR-RFLP技术，分析福清山羊、努比亚黑山羊和简阳大耳羊中FN1基因的7个预测突变位点的遗传多态性，并与其生长性状进行关联分析。【结果】通过DNA池检测和PCRRFLP发现，7个预测位点中只有Del66652位点存在多态性，且在3个山羊群体中都只存在Ⅱ和ID基因型，都不处于哈迪温伯格平衡（P>0.05），多态性信息含量小于0.25。关联分析发现，努比亚黑山羊ID基因型个体的管围显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）,ID基因型的胸围指数极显著优于Ⅱ基因型（P<0.01）。简阳大耳羊ID基因型个体的胸围指数和管围指数显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）。【结论】Del66652位点与努比亚山羊和简阳大耳羊的生长性状显著相关，且ID基因型为优势基因型。Del66652位点可作为影响山羊生长性状的分子标记位点，为提高山羊...     

FSHβ基因外显子2的多态性及其与两个山羊品种繁殖性能的相关性研究

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力标记辅助选择提供依据。【方法】根据绵羊FSHβ基因序列设计2对引物,采用 PCR-SSCP技术检测山羊FSHβ基因外显子2的多态性,利用最小二乘均数法对其与产羔数的关系进行分析,同时对多态位点的遗传方差进行分析,通过标记位点与产羔性状的遗传相关预测选择反应。【结果】在引物（P2）扩增片段中检测到1个多态位点,出现3种基因型（EE、EF和FF）。对于西农萨能奶山羊,在1～4胎和平均产羔数中,EE型个体产羔数显著高于EF和FF型个体(P＜0.05),EF型个体的第2胎和平均产羔数显著高于FF型个体(P＜0.05);对于波尔山羊,在2～3胎和平均产羔数中,EE型个体产羔数极显著高于EF和FF型个体(P＜0.01),EF型个体平均产羔数显著高于FF型个体(P＜0.05)。在西农萨能奶山羊和波尔山羊两个群体中,产羔性状的遗传主要受基因加性效应的影响。【结论】对于西农萨能奶山羊和波尔山羊,多态位点EE基因型可作为产羔性状上的标记基因型。     

绵羊BMPR2基因组织表达及其多态性与产羔数的相关性分析

[目的]为探讨骨形态发生蛋白2型受体(bone morphogenetic protein receptor 2,BMPR2)基因在卵泡期和黄体期及单羔和多羔小尾寒羊组织表达特征及其多态性与小尾寒羊产羔数之间的关系.[方法]采用qPCR技术检测BMPR2基因在小尾寒羊14种组织中的表达模式.同时,使用Sequenom MassARRAY?SNP技术对BMPR2基因3个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点在6个绵羊品种中的多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联.[结果]BMPR2在14种组织中呈广谱表达,其中在肺脏、大脑、肝脏以及下丘脑组织高表达;BMPR2在卵泡期多羔组下丘脑-垂体-卵巢组织中的表达量均高于单羔组.BMPR2基因g.203707935A>G和g.203708072T>C位点在单、多羔绵羊品种间的等位基因频率差异显著(P<0.05).通过相关分析发现,g.203708352A>G位点与小尾寒羊三胎产羔数显著相关(P<0.05),野生型产羔数显著高于杂合型.通过对该位点不同基因型与小尾寒羊FecB基因型复合分析发现,3种复合基因型与小尾寒羊三胎产羔数显著关联(P<0.05),AA-GG基因型产羔数显著高于AA-AG和AA-AA基因型,推测该位点突变可能削弱了FecB基因信号强度,导致产羔数下降.[结论]BMPR2基因g.203708352A>G位点与小尾寒羊产羔数呈显著负相关,为小尾寒羊产羔性状选育提供了参考依据.     

榕江小香羊GnRH基因多态性及其与繁殖性状关联性分析

为了探讨Gn RH基因SNP与榕江小香羊繁殖性状关联性,试验以榕江小香羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测Gn RH基因单核苷酸多态性。结果表明,榕江小香羊Gn RH基因内含子3检测到1个SNP位点T-68G,该位点表现为3种基因型,分别命名为TT、TG和GG。基因型与繁殖性状关联分析显示,榕江小香羊GG基因型个体的产羔数显著高于TT和TG基因型个体(P0.05)。研究结果提示Gn RH基因可能是影响山羊产羔数的主效基因或与主效基因连锁,T-68G位点可望作为提高山羊个体繁殖性能的分子遗传标记。     

绵羊SMAD1基因组织表达及其多态性与产羔数关联分析

【目的】绵羊产羔数是一个极其复杂的性状,受诸多因素影响。绵羊排卵数是最重要的因素之一,而SMAD蛋白在哺乳动物卵泡发育和颗粒细胞生长分化过程中发挥着重要作用。因此本文基于前期绵羊基因组重测序数据,深入研究SMAD家族成员1 (SMAD family member 1, SMAD1)基因在不同繁殖力小尾寒羊组织表达模式,并探讨其多态性与绵羊产羔数的关系,以揭示其影响产羔数的机制,为绵羊分子育种提供科学依据。【方法】首先,采用反转录PCR技术检测SMAD1基因在不同繁殖力小尾寒羊群体大脑,小脑,下丘脑,垂体,子宫,卵巢,输卵管,心脏,肝脏,脾脏,肺脏,肾脏,肾上腺,甲状腺,大肠,小肠,胰腺,瘤胃,肾脂 19种组织的表达模式,然后利用实时荧光定量PCR技术检测SMAD1基因在不同繁殖力小尾寒羊下丘脑,垂体,子宫,卵巢,输卵管5种繁殖组织的相对表达量。随后采用Sequenom MassARRAY ^?SNP技术对SMAD1基因5个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点在小尾寒羊（n=380）、湖羊（n=101）、苏尼特羊（n=21）、草原型藏羊（n=161）、策勒黑羊（n=52）、滩羊（n=22）6个绵羊品种中进行基因型检测,计算其群体遗传学指标,利用SPSS19.0软件分析5个SNPs与小尾寒羊产羔数的相关性。【结果】PCR结果显示,SMAD1基因在不同繁殖力小尾寒羊全身性组织均有表达,在小尾寒羊单羔群体卵巢的表达量极显著高于多羔群体（P<0.01）,小尾寒羊单羔群体下丘脑、垂体的表达量显著高于多羔群体（P<0.05）;基因分型结果表明,g.12485895A>G,g.12487558G>A和g.12487190G>T位点在单、多羔绵羊品种中基因型和等位基因频率均差异显著（P<0.05）;而g.12508874T>C和g.12487467A>G位点在单、多羔绵羊品种中基因型和等位基因频率均差异不显著（P>0.05）;群体遗传学分析表明,g.12485895A>G、g.12487558G>A、g.12508874T>C、g.12487467A>G、g.12487190G>T位点在小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊、苏尼特羊、草原型藏羊中均为中度多态（0.25<PIC<0.5）,g.12508874T>C位点在滩羊群体表现为低度多态（PIC<0.25）;卡方适合性检验表明,g.12485895A>G和g.12487467A>G位点在小尾寒羊和草原型藏羊中处在Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.05）,g.12487558G>A在小尾寒羊和湖羊群体处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.05）,g.12487190G>T位点在草原型藏羊处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.05）。其他位点在6个绵羊品种中均处在Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;关联分析表明,g.12485895A>G,g.12487558G>A,g.12508874T>C和g.12487467A>G位点与小尾寒羊产羔数无显著关联。g.12487190G>T位点TT基因型母羊前三胎的产羔数均显著高于GT和GG基因型母羊（P<0.05）。将该位点与小尾寒羊FecB（A746G）不同基因型进行组合后发现,AA-GG、AA-GT、AA-TT型母羊产羔数显著低于其他组合基因型母羊（P<0.05）。【结论】SMAD1与小尾寒羊繁殖密切相关,g.12487190G>T可作为小尾寒羊产羔性状选育的潜在分子标记。     

GLIS1基因多态性与绵羊产羔数之间的关系研究

为了探究GLIS1基因多态性与绵羊产羔数之间的关系,利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对绵羊GLIS1基因的2个SNP位点多态性进行检测,并与绵羊产羔数进行关联分析。结果表明:在单羔和多羔绵羊品种之间,GLIS1基因2个SNP位点基因型和等位基因频率有极显著差异(P0.01);关联分析显示,g. 27775611 T C位点与小尾寒羊第二胎产羔数显著相关(P0.05),而g. 27857114 T G位点与各胎产羔数均无显著关联(P 0.05)。研究初步表明, g. 27775611 T C位点可能参与绵羊产羔数性状的调控,而g. 27857114 T G位点可能不是影响绵羊产羔数的关键位点。该研究可为绵羊高繁殖力基因及关键位点的筛选提供参考。     

中国荷斯坦牛IRAK2基因遗传多样性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】研究中国荷斯坦牛白细胞介素1受体相关激酶2(IRAK2)基因上5个SNP位点的多态性与奶牛体细胞评分（SCS）的相关性,为奶牛抗乳腺炎育种提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP技术、CRS-PCR技术和DNA测序,对1 292头中国荷斯坦牛、129头鲁西黄牛、32头渤海黑牛IRAK2基因g.28879、g.28916、g.29212、g.40035和g.40120共5个SNP位点进行研究,通过SAS软件进行相关性分析并采用SHEsis软件进行单倍型分析。【结果】共构建出30种单倍型,发现71种单倍型组合;对个体数量大于8头的单倍型组合与SCS进行关联分析表明,H21H23(TTAGGCTCCC)单倍型组合SCS最低。各个位点基因型与SCS关联分析表明,28 879突变位点的CC基因型个体SCS显著低于CT基因型个体(P＜0.05),28 916突变位点的GG基因型个体SCS显著低于AG基因型个体(P＜0.05),而其它3个位点不同基因型之间与SCS没有显著差异(P＞0.05)。【结论】H21H23单倍型组合在SCS方面为有利单倍型组合,可作为选择抗乳腺炎奶牛个体的分子遗传标记。     

西农萨能奶山羊IGFBP基因多态与产羔数、体尺性状的关联分析

为了研究山羊IGFBP3基因多态及其与繁殖、生长发育性状的关系,利用HaeⅢ、TaqⅠ、Alw26Ⅰ和XspⅠ限制性内切酶分析了74只西农萨能奶山羊IGFBP3基因RFLP,并利用最小二乘分析法研究了其多态性与产羔数、初生质量、成年质量、体尺性状的关联性。结果表明,仅在XspⅠ位点发现西农萨能奶山羊群体表现多态性,存在GG、GA和AA 3种基因型,G等位基因频率为0.6825,A等位基因频率为0.3175,处于Hardy-Weinberg平衡状态。西农萨能奶山羊IGFBP3-XspⅠ基因座不同基因型与第2胎产羔数存在显著相关(P<0.05),且与初生质量也存在显著相关(P<0.05),GG基因型个体初生质量显著高于AA、GA基因型个体(P<0.05)。表明西农萨能奶山羊群体IGFBP3基因存在XspⅠ位点多态,且该位点对产羔性状和初生质量有显著影响。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

民猪PRLR基因PCR-SSCP多态性与产仔数关联分析

 【目的】 研究民猪促乳素受体基因PRLR的多态性与母猪产仔数的相关性。【方法】采用PCR-SSCP技术检测民猪PRLR基因多态性,最小二乘法分析其多态性对母猪产仔数影响的遗传效应。【结果】PRLR基因在民猪中存在多态性,B等位基因为优势等位基因;在PRLR-1座位,对于初产母猪,BB基因型母猪的TNB和NBA比AA基因型母猪分别多0.93头和0.78头（P＜0.05）;对于经产母猪,BB基因型母猪的TNB和NBA比AA基因型母猪分别多0.62头和0.74头（P＜0.05）。在PRLR-2座位,对于初产和经产母猪,3种基因型个体的TNB之间和NBA之间差异不显著（P＞0.05）。在民猪群中这两个座位均处于Hardy-Weinberg平衡状态。【结论】PRLR基因B等位基因对民猪产仔数性状有显著影响。     

孕酮受体基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因全部9个外显子在济宁青山羊、波尔山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对山羊繁殖力的影响。【结果】只有引物P1、P8与P9扩增片段具有多态性。对于P1扩增片段,济宁青山羊中检测到AA、AB和BB型,其余山羊中均检测到AA和AB型;测序表明BB与AA型相比有一处突变（31G→A）,并导致丙氨酸变为苏氨酸;BB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型多0.52只（P＜0.05）,比AA基因型多0.98只（P＜0.001）,AB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AA基因型多0.46只（P＜0.05）。对于P8扩增片段,济宁青山羊中只检测到CC型,波尔山羊中检测到CC和CD型,其余山羊中检测到CC、CD和DD型;测序表明DD型和CC型相比有一处突变（2810C→G）,未导致氨基酸改变。对于P9扩增片段,济宁青山羊和波尔山羊中检测到FF和FG型,其余山羊中检测到FF、FG和GG型;测序表明GG型和FF型相比有一处碱基突变（60128T→A）,未导致氨基酸改变;FF基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比FG基因型多0.32只（P＞0.05）。【结论】本试验结果初步表明,PGR基因可能是控制济宁青山羊多羔性的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

杜撒♂×大长撒♀F1代猪ARHGEF37基因多态性及其对生长性状的影响

【目的】揭示ARHGEF37基因多态性及其对猪生长性状的影响,为利用该基因标记推进滇撒猪配套系的进一步选育及开发利用提供参考依据。【方法】以274头杜撒♂×大长撒♀F₁代猪为试验材料,采用PCR扩增产物直接测序法检测ARHGEF37基因外显子8多态性,采用最小二乘模型分析各SNP位点基因型及单倍型组合对5个生长性状的影响。【结果】在杜撒♂×大长撒♀F₁代猪ARHGEF37基因外显子8上检测出C1262G、T1293C、G1395A和C1398T 4个SNPs位点,分别以CC、TT、GA、CC基因型、等位基因C、T、G、C及单倍型CTGC的频率最高;除T1293C位点外,其余各位点的杂合度在0.4552~0.4940,遗传多样性较丰富。C1262G位点GG基因型个体达100 kg体重日龄(258.93±2.95 d)显著高于CG基因型个体(249.87±2.68 d)(P<0.05,下同),CG基因型个体30~60 kg日增重(462.44±15.44 g)显著高于CC基因型个体(409.29±14.30 g);T1293C位点TT基因型个体30~60 kg日增重(445.04±9.70 g)极显著高于TC基因型个体(329.33±42.26 g)(P<0.01),TT基因型个体30~100 kg日增重(516.96±6.44 g)显著高于TC基因型和CC基因型个体(470.92±28.08 g和480.64±16.94 g)。此外,达60 kg体重日龄和达100 kg体重日龄均以CTGC/GTGC组合最短(161.84±5.07 d和241.00±5.11 d),CTGC/CCGC组合最长(188.80±11.33 d和272.60±11.42 d);30~60 kg日增重和30~100 kg日增重分别以CTGC/GTAT组合和CTGC/GTGC组合最高(479.56±20.66 g和545.42±19.76 g),均以CTAC/CCGC组合最低(275.00±84.33 g和437.00±55.88 g)。【结论】ARHGEF37基因的G1395A和C1398T位点的遗传多样性较丰富;C1262G位点的CG基因型、T1293C位点的TT基因型及CTGC/GTGC单倍型组合对杜撒♂×大长撒♀F₁代生长性状的影响较大,携带有CTGC单倍型个体的各生长性状均处于较高水平。     

猪精子黏合分子1(SPAM1)基因在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中的遗传变异及其与母猪产仔数的关联性

 【目的】猪精子黏合分子1(SPAM1)基因在精卵结合过程中发挥重要作用,是影响产仔数的重要候选基因。本试验分析SPAM1基因的遗传变异及其与母猪产仔数的相关性。【方法】以305头白色杜洛克×二花脸资源群体F2母猪为材料,记录连续3胎的产仔性状,利用PCR-RFLP检测intron1 g298 C＞T 、intron1 g357 C＞T 和intron3 g380 C＞T共3个SNP位点在F2群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与母猪产仔数、产活仔数、产死胎数的相关性。【结果】intron1 g298 C＞T位点CC型母猪的总产仔数显著低于CT、TT型母猪（P＜0.05）,CT基因型母猪产死胎数显著多于TT型（P＜0.05）。intron1 g357 C＞T位点CT基因型母猪产死胎数显著多于CC、TT基因型（P＜0.05）。intron3 g380 C＞T位点CC基因型母猪产活仔数显著低于CT型,产死胎数显著高于CT型（P＜0.05）。在6种单倍型中,TTT单倍型母猪的总产仔数和产活仔数明显高于其它5种（P＜0.05）;TCT、TTC单倍型母猪产死胎数显著低于CTC、TTT和TCC（P＜0.05）。【结论】SPAM1基因与母猪产仔数存在显著相关性。     

内蒙古白绒山羊褪黑激素受体基因SNP与产绒性状的关联

【目的】研究绒山羊褪黑激素受体（melatonin receptor,MTNR）基因的SNP与绒山羊产绒性状的关系,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】以内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊为研究对象,选择绒山羊褪黑激素受体（MTNR1a和MTNR1b）基因部分序列作为候选基因,采用PCR-SSCP分子标记技术和DNA测序技术研究其多态性,然后运用最小二乘方差分析方法,对各基因型间生产性状指标进行差异显著性检验。【结果】① 在绒山羊MTNR1a基因外显子1和2,以及MTNR1b基因外显子1没有检测到SSCP多态,而在绒山羊MTR1b基因外显子2中存在SSCP多态,首次检测到了3个SNP;② P4引物位点存在NM_001206907:g.648 bp处C-G突变,该突变没有导致氨基酸的改变;以及NM_001206907:g.665 bp处的G-A突变,该突变导致第223个密码子CGC变成CAC,从而使精氨酸变成组氨酸（Arg-His）;方差分析表明,该位点多态对绒山羊产绒量有显著影响（P＜0.05）;③AA基因型具有较高的产绒量,比AB、BB基因型产绒量分别高98.78和148.23 g,同时该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒厚度有显著影响（P＜0.05）;④ P5引物位点存在NM_001206907:g.1 015 bp处的G-A突变,该突变导致第339个密码子GGC变成AGC,从而使甘氨酸变成丝氨酸（Gly-Ser）,分析表明该多态位点基因型与年龄互作效应对绒山羊绒细度存在边际显著影响（P＜0.1）;⑤ 这两个位点多态对绒山羊产羔数量、羔羊初生体重等繁殖性状均无显著影响（P＞0.05）。【结论】P4-AA基因型可以作为内蒙古阿尔巴斯型白绒山羊产绒量性状辅助选择的标记基因型。     

白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中催乳素(PRL)和催乳素受体(PRLR)基因与母猪杀婴行为和产仔数关联性研究

【目的】研究PRL、PRLR基因在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中的遗传变异及其与母猪杀婴行为和产仔数的关联性。【方法】PRL基因的g.1317TA、g.8905CT、g.9056CT位点,PRLR基因的g.1217CT、g.1283CA、g.1439GA、g.1528GA和g.1600TA位点采用SNaPshot法对资源群体所有F0、F1和288头F2母猪进行基因型判定,分别利用传递不平衡检测(TDT)和最小二乘法分析这些位点与母猪杀婴行为和产仔性状的关联性。【结果】TDT分析发现,PRL和PRLR基因所有检测SNP位点,无论基因型还是单倍型均与母猪杀婴行为无显著相关。与母猪产仔数相关性分析表明:PRLR基因5个SNP位点的基因型及单倍型与总产仔数、产活仔数、产死胎数、断奶仔猪数和断奶窝重均未达到显著相关;PRL基因的3个SNP位点与母猪的总产仔数和产活仔数达到显著相关(P0.05),单倍型ACC个体的总产仔数(P=0.0005)和产活仔数(P=0.001)极显著低于其它单倍型个体;单倍型TTT个体的产活仔数显著高于其它单倍型个体(P=0.003)。【结论】白色杜洛克×二花脸F2资源群体中,PRL、PRLR基因与母猪杀婴行为无关联性,PRL基因与母猪总产仔、产活仔数显著相关。     

FSHR基因第10外显子多态性及其与小梅山猪产仔数的相关性

【目的】研究猪FSHR基因第10外显子的多态性及其与小梅山母猪产仔数的相关性。【方法】采用 PCR-SSCP和直接测序方法检测基因多态性,利用最小二乘法分析其对母猪产仔数的关系,同时对多态位点的方差组分进行分析,并预测选择反应。【结果】在小梅山猪、枫泾猪和大白猪这3个群体中,引物P1和P3上分别检测到1个多态位点,其中P1位点可导致氨基酸的改变;引物P6仅在大白猪中检测到1个多态位点;对小梅山猪而言,P1位点的A等位基因和P3位点的D等位基因为优势基因;在P1位点上,两胎以上小梅山母猪中,AA型个体的总产仔数（total number born,TNB）和产活仔数（number born alive,NBA）比BB型分别高出1.95和1.66头（P＜0.01）;在P3位点上,在两胎以上及所有胎次的母猪中,DD型个体的TNB和NBA均极显著高于CC型（P＜0.01）;小梅山母猪的TNB和NBA在P1和P3位点上的遗传主要受到加性效应的影响。【结论】FSHR基因第10外显子P1和P3位点的A和D等位基因对小梅山猪产仔数有显著影响。     

鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析

目的 Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用, 前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用, 研究以金陵花鸡为研究对象, 筛选Wnt3a SNPs, 并分析其与毛囊密度性状的相关性, 以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记, 为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。方法 采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a 的SNPs位点进行筛查, 分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡（LD）程度, 并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。结果 共发现14个SNP位点, 在第2外显子发现1个SNP位点（SNP1）, 为同义突变;第2内含子发现4个突变位点（ SNP2—SNP5）, 在第3内含子发现9个SNP位点（SNP6—SNP14）。卡方检验表明, 第2外显子的1个突变位点（SNP1）和第2内含子的3个突变位点（SNP3—SNP5）的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）, 第3内含子的9个SNPs（SNP6-SNP14）偏离哈代-温伯格平衡（P<0.05）。SNP1—SNP5的He均小于0.50, PIC均小于0.25, 这5个SNP位点遗传多样性较低。第3内含子的9个突变位点, SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25, 其他6个突变位点 0.25< PIC<0.5, 为中度多态。单标记关联分析表明, 公、母鸡SNP2位点的AG基因型的毛囊密度显著高于GG基因型（P< 0.05）;母鸡SNP8位点的AA与GG基因型的毛囊密度显著高于AG基因型（P < 0.05）, 在公鸡中3种基因型的毛囊密度差异不显著。14个SNPs连锁不平衡分析表明, SNP3、SNP4和SNP5的强连锁产生了2种单倍型, H1（GAT）频率为0.882和H2（TCC）频率为0.118;SNP6—SNP13之间的强连锁产生了5种单倍型, 其中H1（ACATTATC）和H2（ACGTCCCA）, H3（ACGTTCCA）, H4（GTGCTATA）, H5（ACGTCCCC）, 单倍型频率分别为0.469、0.275、0.123、0.113、0.014。SNP3、SNP4和SNP5连锁产生的2 种单倍型组合后产生了3种单倍型组合, 关联分析发现在公、母鸡中3种单倍型组合的毛囊密度均差异不显著;将SNP6—SNP13连锁产生的5种主要单倍型组合后, 公鸡有7种组合单倍型组合, 毛孔数量差异不显著;母鸡有8种主要单倍型组合, 其中H1H1（AACCAATTTTAATTCC）毛囊密度最大。SNP2和SNP8位点与皮肤毛囊密度显著相关, 单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）为母鸡优势单倍型。结论 筛选到Wnt3a的14个SNPs位点, 其中, SNP2（rs2587721 G >A）和SNP8（rs2555967G>A）位点与毛囊密度显著相关, 8个SNPs（SNP6—SNP13）位点处于强连锁不平衡, 母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1（AGAA）、H1H2（AGAG）和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1（AACCAATTTTAATTCC）单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关, 可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。