犬瘟热病毒弱毒和野毒的全基因组扩增及序列测定

分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。     

杨梅基因组SSR引物的开发与应用

基于杨梅(Myrica rubar Sieb. et Zucc.)基因组序列信息,研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43842个,分布在623条scaffold中,共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个,占总SSR的82.99%;AG/CT的出现频率最高,为55.70%,占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个,占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个,占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个,占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个,占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物,多态性分析显示,高度多态性引物26对,中度多态性引物为33对;将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析,结果表明,上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体,早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异,且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。     

基于全基因组多态性的安农S-1与株1S亲缘关系分析

在两系法杂交水稻育种中,温敏核不育系具有重要作用。常用的温敏核不育系大多来源于TMS5基因编码区第71至72个碱基发生GC→TA或TC→TA的变异。本研究利用全基因组测序手段,结合生物信息学,分析了安农S-1及其衍生系准S,以及株1S及其衍生系华煜4127S在全基因组及tms5功能区域内的多态性,验证了这4个温敏核不育系的亲缘关系。     

基于GBS测序开发SNP在植物上的应用进展

基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)因具有实现相对简单、成本较低、可产生高通量SNP的优点而受到青睐。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)因简单、快速、特异性强、稳定遗传、便于检测等特点已成为目前最广泛使用的分子标记之一。本文就利用GBS技术开发SNP分子标记近年来在亲缘关系评价、重要农艺性状鉴定、遗传多样性研究、遗传图谱构建以及基因定位等方面在国内外的研究进展进行综述,并对其今后的研究提出展望,以期为其在植物上的更广泛应用提供参考。     

玉米叶片表皮蜡质相关性状的全基因组关联分析

为发掘玉米叶片表皮蜡质合成与调控相关基因，以218份由温带、亚热带和热带自交系组成的关联群体为材料，在原阳对其3个生物学重复叶片表皮挂水能力进行调查，利用1.25 M覆盖玉米全基因组的SNPs进行Q、K和Q+K这3种模型下的全基因组关联分析。结果表明，Q模型较K模型和Q+K模型能更好地评价叶片表皮的挂水能力。Q模型下，共检测到88个覆盖玉米9条染色体的显著SNPs（P ≤ 2.04E-6），88个SNPs分布于47个QTLs内，单个QTL可解释13.6%~45.6%的叶片挂水能力表型变异，47个QTL内共有97个候选基因，其中，77个具有功能注释。位于第2染色体上的转录因子NAC77（GRMZM2G018436）和第3条染色体上的亚油酸酯氧合酶（GRMZM2G156861）编码基因，是叶片表皮蜡质性状的重要候选基因。     

藏鸡基因组微卫星特征分析

藏鸡为我国高原特有地方品种,为了保护其地方品种资源,开发高原特色产业,本研究采用MISA软件检测藏鸡全基因组序列中存在的微卫星位点,并找出其SSR开始分析。研究结果发现:共找到411 761个微卫星序列,含微卫星的序列共14 295条,微卫星平均每隔2 607.56 kb出现一个序列,其中1 055种重复基元模式在藏鸡DNA序列中被找到,所占比例份额最高的是(TA)n(47.49%),10~15 bp的是微卫星序列长度所在的主要区域。因此,藏鸡微卫星标记的开发利用为藏鸡品种的分子鉴定打下基础,可以加快藏鸡杂交选育进程,以便获得较好的开发前景和产生巨大的经济效益。     

基于流式细胞术的桫椤基因组大小测定

以买麻藤(Gnetum montanum)为内参,测定5种常用裂解液(Tris·MgCl_2、LB01、WPB、Otto’s、Galbraith’s)对桫椤(Alsophila spinulosa)细胞核的裂解效果,并通过比较桫椤和买麻藤流式细胞仪测定的荧光峰值,计算出桫椤的基因组大小。结果表明:5种裂解液中,WPB为桫椤最佳裂解液;桫椤基因组大小为6 003.25Mb,即2C DNA含量为6.138 pg。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种，从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位，对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689)，主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分，基因排列紧密。除控制区，共存在37个编码基因，有9个基因由轻链（L链）编码，其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中，除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外，其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3），其中，CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列，CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树，结果表明福建黄兔起源于穴兔，支持将福建黄兔划归为穴兔属。