马铃薯~(60)Co-γ辐射诱变突变体的分子鉴定

为了对马铃薯辐射诱变突变体的真实性提供分子证据,利用SRAP分子标记技术,对费乌瑞它及其辐射诱变突变体F0802、F0803-Ⅰ、F0803-Ⅱ和F0803-Ⅲ进行分子标记分析。结果表明,亲本与突变体间的遗传相似系数较高,都达到0.842以上;且聚类分析结果与4个突变体来源完全吻合。说明,从分子水平上确定了F0802、F0803-Ⅰ、F0803-Ⅱ和F0803-Ⅲ是费乌瑞它亲本的突变体;SRAP标记技术进行马铃薯辐射诱变突变体分子鉴定是可行的。     

芝麻SRAP反应体系的建立与优化

以芝麻幼叶提取的DNA为试验材料,通过对影响SRAP扩增结果的重要反应因素dNTPs、Mg2 + 、Taq酶、随机引物及模板DNA进行优化,建立了芝麻扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的SRAP最佳反应体系：dNTPs（10mmol／L）0.30μl,Mg2 +（25mmol／L）1.20μl,Taq酶1.00U,正反引物各50ng,DNA模板80ng,10×Buffer 1.5μl,总体积15μl,为SRAP标记技术在芝麻分子生物学研究方面的应用奠定了基础。     

Linkage mapping and genome analysis in a Saccharum interspecific cross using AFLP, SRAP and TRAP markers

Framework genetic linkage maps of two progenitor species of cultivated sugarcane, Saccharum officinarum ‘La Striped’ (2n = 80) and S. spontaneum ‘SES 147B’ (2n = 64) were constructed using amplified fragment length polymorphism (AFLP), sequence related amplified polymorphism (SRAP), and target region amplification polymorphism (TRAP) markers. The mapping population was comprised of 100 F₁ progeny derived from the interspecific cross. A total of 344 polymorphic markers were generated from the female (S. officinarum) parent, out of which 247 (72%) were single-dose (segregating in a 1:1 ratio) and 33 (9%) were double-dose (segregating in a 3.3:1 ratio) markers. Sixty-four (19%) markers deviated from Mendelian segregation ratios. In the S. spontaneum genome, out of a total of 306 markers, 221 (72%) were single-dose, 43 (14%) were double-dose, and 42 markers (14%) deviated from Mendelian segregation ratios. Linkage maps with Kosambi map distances were constructed using a LOD score ≥5.0 and a recombination threshold of 0.45. In Saccharum officinarum, 146 markers were linked to form 49 linkage groups (LG) spanning 1732 cM whereas, in S. spontaneum, 121 markers were linked to form 45 LG spanning 1491 cM. The estimated genome size of S. officinarum ‘La Striped’ was 2448 cM whereas that of S. spontaneum ‘SES 147B’ was 3232 cM. Based on the two maps, genome coverage was 69% in S. officinarum and 46% in S. spontaneum. The S. officinarum parent ‘La Striped’ behaved like an auto-allopolyploid whereas S. spontaneum ‘SES 147B’ behaved like a true autopolyploid. Although a large disparity exists between the two genomes, the existence of simple duplex markers, which are heterozygous in both parents and segregate 3:1 in the progeny, indicates that pairing and recombination can occur between the two genomes. The study also revealed that, compared with AFLP, the SRAP and TRAP markers appear less effective at generating a large number of genome-wide markers for linkage mapping in sugarcane. However, SRAP and TRAP markers can be useful for QTL mapping because of their ability to target gene-rich regions of the genome, which is a focus of our future research.     

南瓜SRAP扩增体系与扩增程序的优化

利用L45正交设计对影响南瓜SRAP反应体系的MgCl2浓度、dNTPs浓度、Taq酶含量、引物浓度及模板DNA浓度等5个因素进行了筛选,快速得到稳定性和重复性好的南瓜SRAP扩增体系。对复性温度、PCR循环次数等影响南瓜SRAP扩增结果的重要因素进行了优化。最终优化的南瓜SRAP反应体系为25μL反应液中:10×buffer2.5μL,0.2 mmol/L dNTPs,引物0.2μmol/L,1.5 mmol/LMgCl2,DNA模板6 ng/μL,Taq酶1.5 U。本研究最终确立的PCR反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性40 s,35℃退火40 s,72℃延伸90 s,进行5个循环,94℃变性40 s,50℃退火40 s,72℃延伸90 s,进行32个循环,最后72℃延伸5 min。在此条件下得到的SRAP标记可为南瓜遗传多样性、分子标记及辅助育种等研究提供稳定有效的手段。     

海岛棉遗传多样性的SRAP标记分析

利用SRAP标记, 选用132对带型清晰的多态性引物, 对我国引入海岛棉以来培育的36个国内品种及20个国外品种进行遗传多样性分析。共检测到419个多态性位点, 每组合的多态性条带数从2~9不等, 平均为3.17。利用NTSYS-pc 2.10e 软件采用Jaccard’s相似系数和UPGMA方法进行聚类分析。结果表明, 大部分具有亲缘关系的品种聚在同类中, 说明其结果与系谱具有一定的相符性; 56个品种的平均遗传相似系数为0.497, 变化范围在0.312~0.876之间, 说明我国海岛棉品种在分子水平上存在较大差异; 我国3个育种时期育成品种的平均相似系数依次为0.501、0.507和0.548, 表明我国现在育成的品种相对于早期品种遗传多样性在逐渐降低。这些结果为我国海岛棉育种提供了有益的参考。     

八仙花SRAP反应体系的建立与优化

为建立适合八仙花SRAP-PCR分子标记技术体系,以八仙花栽培品种H.macrophylla‘Lavbla’为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、dNTPs、Mg2 、Taq酶浓度和引物用量对八仙花SRAP扩增反应的影响,确立了八仙花SRAP分析的最佳反应体系为25μl:模板DNA60ng、Mg2 2.0mmol/L、dNTPs0.7mmol/L、Taq酶0.5U、引物0.7μmol/L×2、10×PCRBuffer2.5μl,该反应条件下八仙花SRAP扩增条带清晰,多态性丰富。     

利用SRAP标记分析彩色棉与白色棉的遗传差异

利用SRAP分子标记技术对彩色棉遗传多样性进行研究,应用NTSYS软件对30种供试棉花材料的SRAP-PCR结果进行分析,从中筛选得到29对条带清晰的多态性引物,共产生1067条清晰条带,多态性条带132条,平均每个引物组合得到4.55条多态性条带。聚类分析29对引物组合的扩增结果,Jaccard’s相似系数在0.5405-0.9109之间,利用SRAP标记可以判明彩色棉和白色棉的遗传差异,可有效地应用于彩色棉的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

以色列野生二粒小麦与光稃野燕麦远缘杂种的分子标记鉴定

本试验采用5 srDNA间隔序列分析和SRAP标记验证以色列野生二粒小麦与光稃野燕麦远缘杂种的真实性,结果表明,引物对PⅠ/PⅡ在以色列野生二粒小麦与先稃野燕麦杂种中扩增了出父本特异带,父本的遗传物质导入了小麦基因组.经SRAP标记分析,引物对神me3-en3在该杂种中也扩增出了父本特异带,进一步证明了杂种的真实性.     

蝴蝶兰SRAP反应体系的建立与优化

以蝴蝶兰嫩叶提取的DNA为材料,蝴蝶兰SRAP反应体系中的重要参数Mg2＋、Taq酶、模板DNA及随机引物,建立了一套适合蝴蝶兰基因扩增的SRAP反应体系：25μL的反应体系中Mg2＋浓度为2.0mmol/L,Taq酶1.0U,DNA模板40ng,上下游引物0.8mmol/L。该体系扩增条带清晰,重复性好,有望在蝴蝶兰属植物的遗传育种研究中运用。